Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı

AYDEMIR, OZLEM; KÖROĞLU, MEHMET; Altindis, Mustafa; DEMİRAY, Tayfun; Yilmaz, Kerem Can; KILIÇ, ÜMİT

Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı

Tayfun DEMİRAY, (Sakarya Üniversitesi, Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Sakarya)

Özlem AYDEMİR, (Sakarya Üniversitesi, Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Sakarya)

Ümit KILIÇ, (Sakarya Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, Sakarya)

KEREM CAN YILMAZ, (Sakarya Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, Sakarya)

Mehmet KÖROĞLU, (Sakarya Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, Sakarya)

Mustafa ALTINDİŞ (Sakarya Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, Sakarya)

Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi

12 2

Yıl: 2017 Cilt: 47 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 78 - 82 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı

Öz:

Amaç: Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae izolatlarının neden olduğu enfeksiyonlar tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de en güncel sağlık sorunlarındandır. Karbapenem dirençli Klebsiella türlerinin neden olduğu salgınlar ve sporadik olgular ülkemizde giderek artan sıklıkta rapor edilmeye başlanmıştır. Bu çalışmada, moleküler metot ile karbapenemaz ürettiği doğrulanmış K. pneumoniae izolatlarında karbapenemaz inaktivasyon testinin tanısal değerinin modifiye Hodge testi ile kıyaslanması ve rutin laboratuvar pratiğinde kullanımının irdelenmesi amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Hastanemizde 2014-2015 yılları arasında klinik örneklerden ve tarama numunelerinden izole edilen toplam 125 Klebsiella pneumoniae izolatı çalışma kapsamında değerlendirildi. Modifiye Hodge testi ve karbapenemaz inaktivasyon testinin değerlendirilmesi için karbapenemaz üreten karbapenem dirençli 60 izolat ve karbapenem duyarlı 60 izolat kullanıldı. Moleküler değerlendirme Gene-Xpert® sistemine ait Carba R kitleri (Cepheid, ABD) ile blaIMP-1, blaKPC, blaNDM-1, blaOXA-48 ve blaVIM gen bölgeleri araştırılarak yapıldı.Bulgular: Moleküler yöntem ile karbapenemaz kodlayan gen varlığı saptanan 60 Klebsiella izolatında modifiye Hogde testi ile 54 adet izolatta pozitif sonuç saptanırken, karbapenemaz inaktivasyon testinde 52 adet izolatta pozitiflik saptandı.Sonuç: Moleküler yöntem altın standart olarak değerlendirildiğinde; modifiye Hodge testinin ve karbapenemaz inaktivasyon testlerinin duyarlılıkları sırasıyla 0.85 ve 0.80, özgüllükleri ise 0.95 ve 0.93 olarak hesaplanmıştır. Enzim inhibisyonuna bağlı fenotipik testler düşük maliyetli ve kolay uygulanabilir olmaları nedeniyle rutin uygulamalarda tercih edilebilmektedirler. Ancak bu testlerin duyarlılık ve özgüllüklerinin değişken olduğu unutulmamalıdır

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Tıbbi Laboratuar Teknolojisi

Use of Carbapenemase Inactivation Test in the Detection of Carbapenemase Production Among The Isolates of Carbapenem- Resistant Klebsiella pneumoniae

Öz:

Objective: The infections caused by carbapenemaseproducing Enterobacteriaceae isolates are among the most actual health problems in our country as well as all over the world. Epidemics and sporadic cases caused by carbapenem- resistant Klebsiella species have begun to be reported increasingly from our country. In this study, we aimed to compare the diagnostic value of carbapenemase inactivation test with the modified Hodge test in carbapenemase producing K. pneumoniae isolates verified by molecular method and to evaluate the use of this test in routine laboratory practice.Material and Methods: A total of 125 isolates of Klebsiella pneumoniae harvested from clinical, and screening specimens between 2014 and 2015 were evaluated. Carbapenemase-producing 60, and carbapenem sensitive 60 isolates were used for the evaluation of the modified Hodge test and carbapenemase inactivation test. Molecular evaluation was performed by investigating the blaIMP-1, blaKPC, blaNDM-1, blaOXA-48 and blaVIM gene regions with Carba R kits (Cepheid, USA) of the Gene-Xpert® system.Results: The modified Hodge test detected 54 out of 60 Klebsiella isolates, which were found to have carbapenemase encoding gene by molecular method; whereas carbapenemase inactivation test detected 52 out of 60 isolates.Conclusion: When molecular method is regarded as gold standard, sensitivities of modified Hodge test and carbapenemase inactivation test were 0.85 and 0.80; specificities were calculated as 0.95 and 0.93, respectively. Phenotypic tests depending on enzyme inhibition can be preferred in routine practice since they have low cost and are easy-to-apply. However, it should not be forgotten that the sensitivity and specificity of these tests are variable

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Tıbbi Laboratuar Teknolojisi

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Nordmann P, Gniadkowski M, Giske C, et al. Identification and screening of carbapenemaseproducing Enterobacteriaceae. Clin Microbiol Infect 2012; 18:432-38. https://doi.org/10.1111/j.1469-0691.2012.03815.x
2. Nordmann P, Cuzon G, Naas T. The real threat of Klebsiella pneumoniae carbapenemase-producing bacteria. Lancet Infect Dis 2009; 9:228-36. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(09)70054-4
3. Kılıç Ü, Demiray T, Altındiş M. Karbapenemaz üreten enterobacteriaceae izolatlarının saptanmasında fenoti̇pik ve genotipik metotlar. ANKEM Derg 2016; 30:62-75.
4. Livermore DM. Current epidemiology and growing resistance of gram-negative pathogens. Korean J Intern Med 2012; 27:128-42. https://doi.org/10.3904/kjim.2012.27.2.128
5. Canton R, Akova M, Carmeli Y, et al. Rapid evolution and spread of carbapenemases among Enterobacteriaceae in Europe. Clin Microbiol Infect 2012; 18:413-31. https://doi.org/10.1111/j.1469-0691.2012.03821.x
6. Karah N, Sundsfjord A, Towner K, Samuelsen Ø. Insights into the global molecular epidemiology of carbapenem non-susceptible clones of Acinetobacter baumannii. Drug Resist Update 2012; 15:237-47. https://doi.org/10.1016/j.drup.2012.06.001
7. Kilic A, Baysallar M. The first Klebsiella pneumoniae isolate co-producing OXA-48 and NDM-1 in Turkey. Ann Lab Med 2015; 35:382-83. https://doi.org/10.3343/alm.2015.35.3.382
8. Karabay O, Altindis M, Koroglu M, Karatuna O, Aydemir ÖA, Erdem A. The carbapenem-resistant Enterobacteriaceae threat is growing: NDM-1 epidemic at a training hospital in Turkey. Ann Clin Microbiol Antimicrob 2016; 15:6. https://doi.org/10.1186/s12941-016-0118-4
9. Nordmann P, Poirel L. The difficult-to-control spread of carbapenemase producers among Enterobacteriaceae worldwide. Clin Microbiol Infect 2014; 20:821-30. https://doi.org/10.1111/1469-0691.12719
10. Nordmann P, Poirel L, Dortet L. Rapid detection of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae. Emerg Infect Dis 2012; 18:1503-7. https://doi.org/10.3201/eid1809.120355
11. Albiger B, Glasner C, Struelens MJ, Grundmann, H, Monnet DL, European Survey of CarbapenemasePruducing Enterobacteriaeceae (EuSCAPE) working group. Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in Europe: assessment by national experts from 38 countries. Euro Surveill 2015; 20.
12. CLSI. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. Twenty-Fifth Informational Supplement. CLSI Document M100-S25. Clinical and Laboratory Standards Institute, Wayne, PA, Clinical Laboratory Standarts Institute, 2015.
13. van der Zwaluw K, de Haan A, Pluister GN, Bootsma HJ, de Neeling AJ, Schouls LM. The carbapenem inactivation method (CIM), a simple and low-cost alternative for the Carba NP test to assess phenotypic carbapenemase activity in gram-negative rods. PLoS One 2015; 10:e0123690. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0123690
14. Nordmann P, Naas T, Poirel L. Global spread of carbapenemase-producing enterobacteriaceae. Emerg Infect Dis 2011; 17:1791-8. https://doi.org/10.3201/eid1710.110655
15. Cohen Stuart J, Leverstein-Van Hall, Dutch MA. Working Party on the detection of highly resistant microorganisms. Guideline for phenotypic screening and confirmation of carbapenemases in Enterobacteriaceae. Int J Antimicrobial Agents 2010; 36:205-10. https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2010.05.014
16. Hammoudi D, Moubareck CA, Sarkis DK. How to detect carbapenemase producers? A literature review of phenotypic and molecular methods. J Microbiol Methods 2014; 107:106-18. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.09.009

APA	DEMİRAY T, AYDEMIR O, KILIÇ Ü, Yilmaz K, KÖROĞLU M, Altindis M (2017). Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı. , 78 - 82.
Chicago	DEMİRAY Tayfun,AYDEMIR OZLEM,KILIÇ ÜMİT,Yilmaz Kerem Can,KÖROĞLU MEHMET,Altindis Mustafa Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı. (2017): 78 - 82.
MLA	DEMİRAY Tayfun,AYDEMIR OZLEM,KILIÇ ÜMİT,Yilmaz Kerem Can,KÖROĞLU MEHMET,Altindis Mustafa Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı. , 2017, ss.78 - 82.
AMA	DEMİRAY T,AYDEMIR O,KILIÇ Ü,Yilmaz K,KÖROĞLU M,Altindis M Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı. . 2017; 78 - 82.
Vancouver	DEMİRAY T,AYDEMIR O,KILIÇ Ü,Yilmaz K,KÖROĞLU M,Altindis M Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı. . 2017; 78 - 82.
IEEE	DEMİRAY T,AYDEMIR O,KILIÇ Ü,Yilmaz K,KÖROĞLU M,Altindis M "Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı." , ss.78 - 82, 2017.
ISNAD	DEMİRAY, Tayfun vd. "Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı". (2017), 78-82.

APA	DEMİRAY T, AYDEMIR O, KILIÇ Ü, Yilmaz K, KÖROĞLU M, Altindis M (2017). Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 47(2), 78 - 82.
Chicago	DEMİRAY Tayfun,AYDEMIR OZLEM,KILIÇ ÜMİT,Yilmaz Kerem Can,KÖROĞLU MEHMET,Altindis Mustafa Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 47, no.2 (2017): 78 - 82.
MLA	DEMİRAY Tayfun,AYDEMIR OZLEM,KILIÇ ÜMİT,Yilmaz Kerem Can,KÖROĞLU MEHMET,Altindis Mustafa Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, vol.47, no.2, 2017, ss.78 - 82.
AMA	DEMİRAY T,AYDEMIR O,KILIÇ Ü,Yilmaz K,KÖROĞLU M,Altindis M Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2017; 47(2): 78 - 82.
Vancouver	DEMİRAY T,AYDEMIR O,KILIÇ Ü,Yilmaz K,KÖROĞLU M,Altindis M Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2017; 47(2): 78 - 82.
IEEE	DEMİRAY T,AYDEMIR O,KILIÇ Ü,Yilmaz K,KÖROĞLU M,Altindis M "Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı." Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 47, ss.78 - 82, 2017.
ISNAD	DEMİRAY, Tayfun vd. "Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Saptanmasında Karbapenemaz İnaktivasyon Testinin Kullanımı". Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 47/2 (2017), 78-82.