Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi

AKTEPE, Orhan Cem; ÇİFTCİ, İHSAN HAKKI; Altindis, Mustafa; ÇETİNKAYA, Zafer

Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi

Mustafa ALTINDİŞ, (Afyon Kocatepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Afyon, Türkiye)

Orhan Cem AKTEPE, (Afyon Kocatepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Afyon, Türkiye)

Zafer ÇETİNKAYA, (Afyon Kocatepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Afyon, Türkiye)

İHSAN HAKKI ÇİFTCİ (Afyon Kocatepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Afyon, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

1 0

Yıl: 2007 Cilt: 41 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 121 - 126 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi

Öz:

Yüksek genetik çeşitlilik gösteren hepatit C virusu (HCV) ile oluşan enfeksiyonların tedavisinde ve kronikleşme sürecinin izlenmesinde genotiplerinin belirlenmesi büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada, iki ayrı yöntemle HCV genotiplerinin belirlenmesi planlanmıştır. Bu amaçla, anti-HCV (Vitros, Ortho- Clinical Diagnostics) ve HCV-RNA (Rotorgene, Artus) belirleyicileri pozitif olan 30 olguya (15 hemodiyaliz hastası, 9 kronik hepatit C'li hasta, 5 kan donörü, 1 hastane personeli) ait serum örneklerinde, Inno-LIPA (INNO-LIPA HCV II, Innogenetics, Belgium) ve sekans analizi (9700 Sequence Detection System ve ABI PRISM 310 Genetic Analyzer, Applied Biosystems, USA) yöntemleriyle HCV genotiplendirmesi yapılmıştır. Inno-LIPA için, HCV RNA'nın 5'NCR bölgesi (5'non-coding region) ters transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (RT- PCR) ile çoğaltılmış ve "line prob"ları ile genotiplendirilmiştir. Sekans analizi (SA) yönteminde ise, NS5B ve 5'NCR bölgeleri RT-PCR ile amplifiye edilmiş ve "Cycle Sequencing" (Applied Biosystems, USA) sistemi ile genotiplendirme yapılmıştır. Sonuç olarak, Inno-LIPA ve SA yöntemleri ile bir suş 1a, 28 suş 1b olarak saptanmış; Inno-LIPA ile 1b/3a olarak tiplendirilen bir suş SA yöntemi ile 1b olarak tanımlanmıştır. Çalışmamızın bulguları, HCV genotiplerini belirlemede her iki yöntemle de alınan sonuçların uyumlu olduğunu ortaya koymuş ve bu yöntemlerin benzer duyarlılığa sahip olduğunu düşündürmüştür.

Anahtar Kelime: Hepacivirus Kan vericileri Genotip Renal diyaliz Personel, hastane RNA, viral Sekans analizi, RNA Hepatit C, kronik Ters transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji

Determination of hepatitis C virüs genotypes by indo-lipa and sequence analysis methods

Öz:

The detection of genotypes of hepatitis C virus (HCV) which exhibit very high genetic variability, has a great impact for the therapy and follow-up of the chronicity of infections. The aim of this study was to detect the genotypesof HCV strains by using two different methods. Thirty patients (5 hemodialysis patients, 9 chronic hepatitis C patients, 5 blood donors, 1 hospital staff) who were positive for both anti-HCV (Vitros, Ortho-Clinical Diagnostics) and HCV-RNA (Rotorgene, Artus) were included to the study. The serum samples were studied by Inno-LIPA (Inno-LIPA HCV-II, Innogenetics, Belgium) and sequence analysis (9700 Sequence Detection System, and ABI PRISM 310 Genetic Analyzer, Applied Biosystems, USA) methods. For Inno-LIPA, 5'non-coding region (5'NCR) of HCV- RNA was amplified by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and genotyped by line probes. For sequence analysis (SA), NS5B and 5'NCR regions were amplified by RT-PCR, and genotypic variations were assessed by Cycle Sequencing system (Applied Biosystems, USA). As a result, one strain was found as 1a, and 28 strains were found as 1b with both Inno-LIPA and SA methods, however, one strain was genotyped as 1b/3a by Inno-LIPA, but as 1b by SA method. Our data have indicated that the results obtained by Inno-LIPA and sequence analysis methods were in concordance for the detection of HCV genotypes, considering that they have similar sensitivities.

Anahtar Kelime: RNA, Viral Sequence Analysis, RNA Hepatitis C, Chronic Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction Hepacivirus Blood Donors Genotype Renal Dialysis Personnel, Hospital

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Lole KS, Jha JA, Shrotri SP, Tandon BN, Prasad VG, Arankalle VA. Comparison of hepatitis C virus genotyping by 5' noncoding region- and core-based reverse transcriptase PCR assay with sequencing and use of the assay for determining subtype distribution in India. J Clin Microbiol 2003; 41: 5240-4.
2. Abacioglu YH, Davidson F, Tuncer S, et al. The distribution of hepatitis C virus genotypes in Turkish patients. J Viral Hepat 1995; 2: 297-301.
3. Yıldız E, Oztan A, Sar F, et al. Molecular characterizations of a full genome Turkish hepatitis C virus 1b isolate (HCV-TR1): a predominant viral form in Turkey. Virus Genes 2002; 25: 169-77.
4. Hosseini-Moghaddam SM, Keyvani H, Kasiri H, et al. Distribution of hepatitis C virus genotypes among hemodialysis patients in Tehran--a multicenter study. J Med Virol 2006; 78: 569-73.
5. Al-Kubaisy WA, Niazi AD, Kubba K. History of miscarriage as a risk factor for hepatitis C virus infection in pregnant Iraqi women. East Mediterr Health J 2002; 8: 239-44.
6. Simmonds P, Bukh J, Combet C, et al. Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis C virus genotypes. Hepatology 2005; 42: 962-73.
7. Bukh J, Miller RH, Purcell RH. Genetic heterogeneity of hepatitis C virus: quasispecies and genotypes. Semin Liver Dis 1995; 15: 41-63.
8. Poynard T, Ratziu V, Benhamou Y, Opolon P, Cacoub P, Bedossa P. Natural history of HCV infection. Baillieres Best Pract Res Clin Gastroenterol 2000; 14: 211-28.
9. Stuyver L, Wyseur A, van Arnhem W, Hernandez F, Maertens G. Second-generation line probe assay for hepatitis C virus genotyping. J Clin Microbiol 1996; 24: 2259-66.
10. Shinji T, Kyaw YY, Gohan K, et al. Analysis of HCV genotypes from blood donors shows there new HCV type 6 subgroups exits in Myanmar. Acta Med Okayama 2004; 58: 135-42.
11. Stuyver L, Wyseur A, van Arnhem W, et al. Hepatitis C genotyping by means of 5'-UR/core line probe assays and molecular analysis of untypeable samples. Virus Res 1995; 38: 137-57.
12. Richter SS. Laboratory assays for diagnosis and management of hepatitis C virus infection. J Clin Microbiol 2002; 40: 4407-12.
13. Sayan M, Toklu T,Abacioglu YH. Time and cost comparison of LIPA and RFLP analysis for HCV genotyping. Viral Hepatit Derg 2001; 2: 308-12.
14. Haushofer AC, Berg J, Hauer R, Trubert-Exinger D-, Stekel HG, Kessler HH. Genotyping of hepatitis C virus-comparison of three assays. J Clin Virol" 2003; 27: 276-85.
15. Chinchai T, Labout J, Noppornpanth S, et al. Comparative study of different methods to genotype hepatitis C virus type 6 variants. J Virol Methods 2003; 109: 195-201.
16. Zekri AR, El-Din HM, Bahnassy AA, et al. TRUGENE sequencing versus INNO-LİPA for subgenotyping of HCV genotype-4. J Med Virol 2005; 75: 412-20.
17. Tang YW, Li H, Roberto A, Warner D, Yen-Lieberman B. Detection of hepatitis C virus by a user-developed reverse transcriptase-PCR and use of amplification products for subsequent genotyping. J Clin Virol 2004; 31: 148-52.
18. Mitchell PS, Sloan LM, Majewski DW, et al. Comparison of line probe assay and DNA sequencing of 5' untranslated region for genotyping hepatitis C virus: description of novel line probe patterns. Diagn Microbiol Infect Dis 2002; 42: 175-9.
19. Antonishyn NA, Ast VM, McDonald RR, et al. Rapid genotyping of hepatitis C virus by primer-specific extension analysis. J Clin Microbiol 2005; 43: 5158-63.
20. de Vries MJ, te Rijdt B, van Nieuwkerk CM. Genotype distribution amongst hepatitis C patients in The Netherlands. Neth J Med 2006; 64: 109-13.
21. Kabir A, Alavian SM, Keyvani H. Distribution of hepatitis C virus genotypes in patients infected by different sources and its correlation with clinical and virological parameters: a. preliminary study. Comp Hepatol 2006; 5: 4.
22. Cantaloube JF, Laperche S, Gallian P, Bouchardeau F, de Lamballerie X, de Micco P. Analysis of the 5' noncoding region versus the NS5b region in genotyping hepatitis C virus isolates from blood donors in France. J Clin Microbiol 2006; 44: 2051-6.
23. Laperche S, Saune K, Deny P, et al. Unique NS5b hepatitis C virus gene sequence consensus database is essential for standardization of genotype determinations in multicenter epidemiological studies. J Clin Microbiol 2006; 44: 614-6.

APA	Altindis M, AKTEPE O, ÇETİNKAYA Z, ÇİFTCİ İ (2007). Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi. , 121 - 126.
Chicago	Altindis Mustafa,AKTEPE Orhan Cem,ÇETİNKAYA Zafer,ÇİFTCİ İHSAN HAKKI Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi. (2007): 121 - 126.
MLA	Altindis Mustafa,AKTEPE Orhan Cem,ÇETİNKAYA Zafer,ÇİFTCİ İHSAN HAKKI Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi. , 2007, ss.121 - 126.
AMA	Altindis M,AKTEPE O,ÇETİNKAYA Z,ÇİFTCİ İ Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi. . 2007; 121 - 126.
Vancouver	Altindis M,AKTEPE O,ÇETİNKAYA Z,ÇİFTCİ İ Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi. . 2007; 121 - 126.
IEEE	Altindis M,AKTEPE O,ÇETİNKAYA Z,ÇİFTCİ İ "Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi." , ss.121 - 126, 2007.
ISNAD	Altindis, Mustafa vd. "Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi". (2007), 121-126.

APA	Altindis M, AKTEPE O, ÇETİNKAYA Z, ÇİFTCİ İ (2007). Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 41(1), 121 - 126.
Chicago	Altindis Mustafa,AKTEPE Orhan Cem,ÇETİNKAYA Zafer,ÇİFTCİ İHSAN HAKKI Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 41, no.1 (2007): 121 - 126.
MLA	Altindis Mustafa,AKTEPE Orhan Cem,ÇETİNKAYA Zafer,ÇİFTCİ İHSAN HAKKI Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.41, no.1, 2007, ss.121 - 126.
AMA	Altindis M,AKTEPE O,ÇETİNKAYA Z,ÇİFTCİ İ Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2007; 41(1): 121 - 126.
Vancouver	Altindis M,AKTEPE O,ÇETİNKAYA Z,ÇİFTCİ İ Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2007; 41(1): 121 - 126.
IEEE	Altindis M,AKTEPE O,ÇETİNKAYA Z,ÇİFTCİ İ "Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 41, ss.121 - 126, 2007.
ISNAD	Altindis, Mustafa vd. "Hepatit C virüs genotiplerinin indo-lipa ve sekans analizi yöntemleri ile belirlenmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 41/1 (2007), 121-126.