Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri

Gunaydin, Elcin; TURHANOĞLU, Mine; BİLMAN BAYINDIR, Fulya; Akkoç, Ali

Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri

Fulya BİLMAN BAYINDIR, (Diyarbakır Bölge Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Diyarbakır)

Elçin GÜNAYDIN, (Etlik Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü, Bakteriyolojik Teşhis Laboratuvarı, Ankara, Türkiye)

Mine TURHANOĞLU, (Diyarbakır Bölge Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Diyarbakır)

Ali AKKOÇ (Diyarbakır Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Üroloji Kliniği, Diyarbakır, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

2 0

Yıl: 2014 Cilt: 48 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 151 - 159 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri

Öz:

Salmonella cinsinin üyesi olan bakterilerin koloni yapıları genellikle düzgün (smooth, S) özellik göstermektedir. Bu nedenle literatürde mukoid görünümde koloni oluşturan Salmonella suşlarına çok nadiren rastlanmaktadır. Mukoid yapıya sahip olan suşların tür düzeyinde tanımlanması konvansiyonel yöntemlerle zor olmaktadır; zira mukus tabakası bakterinin antijenik reaksiyonlara tepki vermesini engellemektedir. Bu çalışmanın amacı, kaba (rough, R) veya mukoid (M) formda Salmonella izolatları ile karşılaşılan durumlarda polimeraz zincir reaksiyonu ile serotiplendirmenin hızlı ve güvenilir bir yöntem olduğunu vurgulamaktır. Hastanemizde nefrolitiazis tanısı ile takip edilen 17 yaşındaki bir kadın hastanın idrar kültüründe 100.000 cfu/ml mukoid koloni oluşturan gram-negatif basil üremiştir. İzolat, biyokimyasal testler ve Vitek 2 (bioMérieux, Fransa) otomatize sistemi ile Salmonella sp. olarak tanımlanmış, bilinen antiserumlarla yapılan aglütinasyon testlerinde negatif sonuç alınmıştır. İzolatın mukoid olmasından dolayı aglütinasyonun oluşamadığı düşünülmüştür. Tanı, Vitek MS MALDI-TOF (bioMérieux, Fransa) analiz yöntemi ile de Salmonella sp. olarak doğrulanmış, ancak yine tür düzeyinde tanımlama yapılamamıştır. Mukoid koloninin Salmonella sp. olduğu, invA primerleri ile yapılan cinse özgül PCR yönteminde yaklaşık 284 baz çifti (bç) büyüklüğünde PCR amplikonunun oluşması sonucu doğrulanmıştır. Ardından, O:B (O:4), O:C1 (O:7), O:C2-C3 (O:8), O:D (O:9, O:9,46, O:9,46,27), O:E (O:3,10, O:3,19) somatik antijenlerinin tespit edilebildiği bir multipleks PCR (mPCR) ile serogruplandırma yapılmıştır. Mukoid Salmonella türünün yaklaşık 615 bç büyüklüğünde bant oluşturduğu ve D grubu içinde yer aldığı tespit edilmiştir. Bu suşun, insanlardan sıklıkla izole edilen D1 grubunda yer alıp almadığını tespit etmek için, O:D1(O:9) ve O:E1(3,10) somatik antijenlerinin belirlenebildiği bir diğer mPCR uygulanmış ve yaklaşık 624 bç büyüklüğünde oluşturduğu bant ile izolatın D1 grubunda yer aldığı belirlenmiştir. D1 grubunda yer alan mukoid Salmonella türünün faz-1 flajellar antijenlerinin belirlenmesi için uygulanan mPCR sonucu, izolat Salmonella Enteritidis (1,9,12:g,m:-) olarak tiplendirilmiştir. Disk difüzyon yöntemi ile CLSI’nın önerilerine uygun olarak yapılan antibiyotik duyarlılık testinde izolatın ampisilin, siprofloksasin, seftriakson, trimetop- rim-sülfametoksazol ve kloramfenikole duyarlı olduğu bulunmuştur. Sonuç olarak, somatik, flajellar antijenlerin eksprese edilmediği, kaba veya mukoid formda Salmonella izolatları ile karşılaşılan durumlarda, PCR yönteminin hızlı ve güvenilir bir alternatif yöntem olarak, konvansiyonel serotiplendirmeye yardımcı olabileceği ortaya konmuştur.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

The value of PCR Method in the species-level identification of a mucoid Salmonella sp. strain isolated from the urine culture a of a case with asymptomatic nephrolithiasis

Öz:

Colonies of the Salmonella strains usually show a smooth (S) character. Therefore, Salmonella strains producing mucoid colony are very rarely encountered in the literature. Identification of the mucoid Salmonella strains to the species level is difficult via conventional methods, since the mucus layer does not allow the bacterium to respond to the antigenic reactions. In this study we aimed to emphasize the identification of Salmonella serotypes by the polymerase chain reaction (PCR) when rough (R) or mucoid (M) Salmonella isolates are encountered in the laboratory. The urine culture of a 17-year-old female patient revealed growth of 100.000 cfu/mL gram-negative bacilli in mucoid colony morphology. The isolate was identified as Salmonella sp. by biochemical tests and Vitek 2 (bioMérieux, France) automated identification system. Agglutination tests showed negative reaction with the known antiserums. Absence of agglutination was attributed to the mucoid character of the isolate. Identification of the Salmonella sp. was confirmed by Vitek MS MALDI-TOF (bioMérieux, France) analysis method, however, the serotype of the strain could not be identified. In order to verify that the mucoid colony was Salmonella spp., species-specific PCR was performed using invA primers, and Salmonella sp. identification was verified by observing a 284 base-pair (bp) PCR amplicon. Subsequently, serogrouping was done by multiplex-PCR (mPCR), which could identify the O:B (O:4), O:C1 (O:7), O:C2-C3 (O:8), O:D (O:9, O:9,46, O:9,46,27), and O:E (O:3,10, O:3,19) somatic antigens. It was detected that the mucoid Salmonella sp. formed a band of approximately 615 bp in size and took place in group D. Another mPCR directed towards O:D1(O:9) and O:E1(3,10) somatic antigens to detect subgroups of group D mucoid Salmonella spp., revealed that the isolate formed a DNA band of approximately 624 bp in size and took place in group D1 which is usually isolated from human. Modified version of another mPCR was used to determine phase-1 flagellar antigen of common Salmonella serovars, as well as to determine the phase-1 flagellar antigen of mucoid Salmonella spp. in group D1. Thus, the isolate was serotyped as Salmonella Enteritidis (1.9,12:g,m:-). Antibiotic susceptibility test performed by disc diffusion method in line with the recommendations of CLSI, revealed that the isolate was susceptible to ampicillin, ciprofloxacin, ceftriaxone, trimethoprim-sulfamethoxazole and chloramphenicol. In conclusion, PCR is a reliable and rapid alternative method that contributes to the conventional serotyping of Salmonella when rough or mucoid strains that lack somatic and flagellar antigens, are isolated.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Olgu Sunumu Erişim Türü: Bibliyografik

1. Nataro JP. Escherichia, Shigella and Salmonella, pp: 682-3. In: Murray PR, Baron EJ, Jorgensen JH, Pfaller MA, Yolken RH (eds), Manual of Clinical Microbiology, 2009, 9th ed. American Society for Microbiology, Washington, DC.
2. Wuthe HH, Aleksic S, Podschun R, et al. Urinary tract infection due to a mucoid (M) form of Salmonella. A new transformation from M form into T1 form. Zhl Bakt 1992; 277(1): 74-9.
3. Rahn K, De Grandis SA, Clarke RC, et al. Amplification of invA gene sequence of Salmonella typhimurium by polymerase chain reaction as specific method of detection of Salmonella. Mol Cell Probes 1992; 6(4): 271-9.
4. Herrera-Leon S, Ramiro R, Arroyo M, Diez R, Usera MA, Echeita MA. Blind comparison of traditional serotyp- ing with three multiplex PCRs for the identification of Salmonella serotypes. Res Microbiol 2007; 158(2): 122-7.
5. Hong Y, Liu T, Lee MD, et al. Rapid screening of Salmonella enterica serovars Enteritidis, Hadar, Heidelberg and Typhimurium using a serologically-correlative allelotyping PCR targeting the O and H antigen alleles. BMC Microbiol 2008; 8: 178.
6. Herrera-Leon S, McQuiston JR, Usera MA, Fields PI, Garazier J, Echeita MA. Multiplex PCR for distinguishing the most common phase-1 flagellar antigens of Salmonella spp. J Clin Microbiol 2004; 42(6): 2581-6.
7. Clinical and Laboratory Standards Institute. Antimikrobik duyarlılık testleri için uygulama standartları. Yirmi ikinci Bilgi Eki, M100-S22, 2012. Gür D (Çeviri ed), Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Yayını, İstanbul.
8. Erdem B, Hasçelik G, Gedikoğlu S, et al. Salmonella enterica serotypes and Salmonella infections: a multi- center study covering ten provinces in Turkey. Mikrobiyol Bul 2004; 38(3): 173-86.
9. Fisher IS. Enter-net participants. Dramatic shift in the epidemiology of Salmonella enterica serotype Enteritidis phage types in western Europe, 1998-2003 results from the Enter-net international salmonella database. Euro Surveill 2004; 9(11): 43-5.
10. Aarts HJ, Van Lith LA, Keijer J. High resolution genotyping of Salmonella strains by AFLP-fingerprinting. Lett Appl Microbiol 1998; 26(2): 131-5.
11. Garaizar J, Lopez-Molina N, Laconcha I, et al. Suitability of PCR fingerprinting, infrequent-restriction-site PCR, and pulsed-field gel electrophoresis, combined with computerized gel analysis, in library typing of Salmonella enterica serovar Enteritidis. Appl Environ Microbiol 2000; 66(12): 5273-81.
12. Lindstedt BA, Heir E, Vardund T, Kapperud G. Fluorescent amplified-fragment length polymorphism genotyping of Salmonella enterica subsp. enterica serovars and comparison with pulsed-field gel electrophoresis typing. J Clin Microbiol 2000; 38(4): 1623-7.
13. Luk JM, Kongmuang U, Reeves PR, Lindberg AA. Selective amplification of abequose and paratose synthase genes (rfb) by polymerase chain reaction for identification of Salmonella major serogroups (A, B, C2, and D). J Clin Microbiol 1993; 31(8): 2118-23.
14. Echeita MA, Usera MA. Rapid identification of Salmonella spp. phase 2 antigens of the H1 antigenic complex using “multiplex PCR”. Res Microbiol 1998; 149(10): 757-61.
15. Echeita MA, Herrera S, Garaizar J, Usera MA. Multiplex PCR- based detection and identification of the most common Salmonella-second-phase flagellar antigens. Res Microbiol 2002; 153(2): 107-13.

APA	BİLMAN BAYINDIR F, Gunaydin E, TURHANOĞLU M, Akkoç A (2014). Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri. , 151 - 159.
Chicago	BİLMAN BAYINDIR Fulya,Gunaydin Elcin,TURHANOĞLU Mine,Akkoç Ali Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri. (2014): 151 - 159.
MLA	BİLMAN BAYINDIR Fulya,Gunaydin Elcin,TURHANOĞLU Mine,Akkoç Ali Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri. , 2014, ss.151 - 159.
AMA	BİLMAN BAYINDIR F,Gunaydin E,TURHANOĞLU M,Akkoç A Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri. . 2014; 151 - 159.
Vancouver	BİLMAN BAYINDIR F,Gunaydin E,TURHANOĞLU M,Akkoç A Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri. . 2014; 151 - 159.
IEEE	BİLMAN BAYINDIR F,Gunaydin E,TURHANOĞLU M,Akkoç A "Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri." , ss.151 - 159, 2014.
ISNAD	BİLMAN BAYINDIR, Fulya vd. "Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri". (2014), 151-159.

APA	BİLMAN BAYINDIR F, Gunaydin E, TURHANOĞLU M, Akkoç A (2014). Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri. Mikrobiyoloji Bülteni, 48(1), 151 - 159.
Chicago	BİLMAN BAYINDIR Fulya,Gunaydin Elcin,TURHANOĞLU Mine,Akkoç Ali Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri. Mikrobiyoloji Bülteni 48, no.1 (2014): 151 - 159.
MLA	BİLMAN BAYINDIR Fulya,Gunaydin Elcin,TURHANOĞLU Mine,Akkoç Ali Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.48, no.1, 2014, ss.151 - 159.
AMA	BİLMAN BAYINDIR F,Gunaydin E,TURHANOĞLU M,Akkoç A Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri. Mikrobiyoloji Bülteni. 2014; 48(1): 151 - 159.
Vancouver	BİLMAN BAYINDIR F,Gunaydin E,TURHANOĞLU M,Akkoç A Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri. Mikrobiyoloji Bülteni. 2014; 48(1): 151 - 159.
IEEE	BİLMAN BAYINDIR F,Gunaydin E,TURHANOĞLU M,Akkoç A "Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri." Mikrobiyoloji Bülteni, 48, ss.151 - 159, 2014.
ISNAD	BİLMAN BAYINDIR, Fulya vd. "Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella sp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri". Mikrobiyoloji Bülteni 48/1 (2014), 151-159.