Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi

ŞEN, Selahattin; DIKER, K. Serdar; Karataş Yeni, Derya; kardoğan, özlem; MÜŞTAK, H. Kaan; Şahan Yapıcıer, Özlem; Gunaydin, Elcin

Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi

Elçin GÜNAYDIN, (Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü, Yetiştirme Hastalıkları Teşhis Laboratuvarı, Ankara)

Selahattin ŞEN, (Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü, Bakteriyolojik Teşhis Laboratuvarı, Ankara)

K. Serdar DIKER, (Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara)

Derya Karataş YENİ, (Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü, Viral Aşı Üretim Laboratuvarı, Ankara)

Özlem KARDOĞAN, (Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü, Kanatlı hayvan Hastalıkları Teşhis Laboratuvarı, Ankara)

H. Kaan MÜŞTAK, (Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara)

ÖZLEM ŞAHAN YAPICIER (Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi Veteriner Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Burdur)

Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi

8 2

Yıl: 2017 Cilt: 28 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 85 - 95 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi

Öz:

Bu çalışmanın amacı, Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü (VKMAE), Bakteriyolojik Teşhis Laboratuvarı sorumluluğunda 2009-2011 yılları arasında Salmonella Prevalans çalışması kapsamında, KauffmannWhite serotiplendirme şeması ile tiplendirmesi yapılan toplam 907 Salmonella izolatının, serogrup Salmonella multiplex- PZR, Faz 1 Salmonella multiplex-PZR ve Faz 2 Salmonella multiplex-PZR kullanarak sahada yaygın olarak sirküle olan Salmonellla serovarları için dizayn edilen primerler ile maksimum 2-3 gün gibi kısa sürede, düşük maliyetle tiplendirmesini yapabilmektir. Bu çalışmayla, konvansiyonel yöntemle faz 1 ve faz 2 antijenlerinin eş zamanlı sergilenmemesi sonucunda ekstra laboratuvar iş yükü, olası çarpraz reaksiyonlar sebepli ekstra antiserum harcanması dolayısıyla yaşanılan zaman kaybı ve yüksek maliyetin üstesinden gelineceği öngörüldü. Ayrıca, 2 testin (multiplex-PZR ve konvansiyel serotiplendirme) örtüşmediği durumlar bakterilerin 6.5 kb operonunu inceleyen ribotiplendirme desteğiyle çözülmesi yoluna gidilmiştir. Çalışmada kullanılacak primerler ile 907 izolatın % 29.32'sinin (266 izolat; 15 farklı serovar) üç antijenik yapısı da tam olarak identifiye edilip, isimlendirilebilmiştir. İncelenen izolatların somatik, flagellar 1 ve flagellar 2 antijenlerinin sırasıyla; %54.56 (490), %90.95 (825) ve %78.94 (716)'ü tespit edilebilmiştir. İzolatların en azından % 50'sinin tam olarak isimlendirilebileceği öngörülmüştür ancak Salmonella Infantis (S. Infantis) ve S. Mbandaka suşarında somatik antijeni amplifiye eden primer olmasına rağmen somatik antijen tespit edilememiştir. Bu suşlar ribotiplendirmeye alınmıştır. Konvansiyonel seroloji, multiplex-PZR ve ribotiplendirme değerlendirildiğinde; ribotiplendirme ve multiplex-PZR'ların gold standart metoda destek metodlar olarak kullanabileceği tespit edilmiştir. Özet olarak; çalışmada mevcut olan primerler sadece sahada yaygın olan serovarların somatik, faz 1 ve faz 2 antijenlerine spesifik oldukları için PZR tüm serovarları identifiye etmekte yetersiz kalmıştır. Sonuç olarak ucuz, hızlı ve duyarlı metot olan multiplex-PZR'ların belirli somatik, flagellar 1 ve 2 antijenlerinin tespitinde konvansiyonel serolojik yönteme destek olarak kullanılabileceği kanısına varılmıştır

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Molecular Typing of Common Salmonella Serovars

Öz:

The purpose of this study was to identify total 907 Salmonella isolates had been formerly identified by using Kauffmann-White serotype scheme on the scope of Salmonella Prevalance Study between 2009-2011 under the responsibility of Veterinary Control Central Research Institute, Bacteriological Diagnosis Laboratory; by performing serogroup Salmonella multiplex-PCR, phase-1 Salmonella multiplex-PCR, phase-2 Salmonella multiplex-PCR with the specific primers designed for the common Salmonella serovars circulating around the field, in maximum 2-3 days, relatively short time, with a low cost. With this study, extra laboratory work load due to phase 1 and phase 2 flagellar antigens not being expressed synchronously, dilution of time and high cost due to probable cross-reactions requiring extra antiserum usage are envisaged to have been overcomed. Moreover, the occasions where 2 tests (multiplex-PCRs and conventional serotyping) are not overlapped was resolved with the support of ribotyping which examine the 6.5 kb operone of bacteriae. Consequently, identification by both methods, and evaluating the results comparatively is thought to be beneficialWith the primers used in the study, three antigenic structures of 29.32% (266 isolates; 15 different serovars) of the 907 isolates were fully identified. Somatic, phase 1 and phase 2 antigens were deterrmined with a percentage of 54.56 (490 isolates), 90.95 (825 isolates) and 78.94 (716 isolates), respectively. At least 50% of the isolates were preasumed to be fully identified. However, the somatic antigen of Salmonella Infantis (S. Infantis) ve S. Mbandaka were not detected altough the primers amplfying somatic antigen were present. These two sereovars were ribotyped. When conventional serology, multiplex-PCRs and ribotyping were evaluated, multiplex-PCRs and ribotyping were found to be supportive to conventional serology. In a summary, due to present primers, specific to somatic, phase 1 and phase 2 of the only common Salmonella serovars in the field, PCR has deficiencies for identifying whole serovars. Consequently, the multiplex-PCRs termed cheap, sensitive, and rapid were decided to be supportive to conventional serology for defining specific somatic, phase 1 and 2 antigens

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Aarts HJ, LA Van Lith, J. Keijer, (1998). High resolution genotyping of Salmonella strains by AFLP-fingerprinting. Lett Appl Microbiol, 26, 131-135.
2. Bastin DA, Reeves PR, (1995). Sequence and Analysis of the O antigen gene (rfb) cluster of Escherichia coli O111. Gene, 16, 17-23.
3. Bayindir Bilman F, Gunaydin E, Turhanoglu M, Akkoc A, (2014). The Value of PCR Method in the Species-Level Identification of a Mucoid Salmonella sp. Strain Isolated from the Urine Culture of a Case with Asymptomatic Nephrolithiasis. Mikrobiol Bul, 48(1), 151-159.
4. Echeita MA and Usera MA, (1998). Rapid Identification of Salmonella spp. phase 2 antigens of the H1 antigenic complex using ‘multiplex PCR’. Res Microbiol, 149, 757-761.
5. Echeita MA, Herrera S, Garazier J and Usera MA, (2002). Multiplex PCR- based detection and identification of the most common Salmonella-second-phase flagellar antigens. Research in Microbiol, 153, 107-113.
6. Fitzgerald C, Sherwood R, Gheesling LL, Brenner FW, Fields PI, (2003). Molecular analysis of the rfb O antigen gene cluster of Salmonella enterica serogroup O:6,14 and development of a serogroup-specific PCR assay. Appl Environ Microbiol, 69(10), 6099-105.
7. Grazier J, Lopez-Molina N, Laconcha I, Bagessen DL, Rementeria A, Vivanco A, Audicana I, Perales A, (2000). Suitable of PCR fingerprinting, Infrequent-Restriction-Site PCR, and Pulsed-Field Gel Electrophoresis, combined with computerized gel analysis, in library typing of Salmonella enterica serovar Enteritidis. Appl Environ Microbiol, 66, 5273-5281.
8. Guibourdenche M, Roggentin, P Mikoleit M, Fields PI, Bockemühl J, Grimont PA.D, Weill François-Xavier, (2010). Supplement 2003-2007 (No. 47) to the WhiteKauffmann-Le Minor scheme. Res Microbiol, 161(1), 26-9.
9. Herrera-Leon S, McQuiston JR, Usera MA, Fields PI, Garazier J and Echeita MA, (2004). Multiplex PCR for Distinguishing the Most Common Phase-1 Flagellar Antigens of Salmonella spp. J Clin Microbiol, 42(6), 2581- 2586.
10. Herrera-Leon S, Ramiro R, Arroyo M, Diez R, Usera MA, Echeita MA, (2007). Blind comparison of traditional serotyping with three multiplex PCRs for the identification of Salmonella serotypes. Research in Microbiology, 158, 122-127.
11. Hong Y, Liu T, Lee MD, Hofacre CL, Maier M, White DG, Ayers S, Wang L, Berghaus R, Maurer JJ, (2008). Rapid screening of Salmonella enterica serovars Enteritidis, Hadar, Heidelberg and Typhimurium using a serologicallycorrelative allelotyping PCR targeting the O and H antigen alleles, BMC Microbiol, 8, 178.
12. Lindstedt BA, Heir E, Vardund T, Kapperud G, (2000). Fluorescent amplified-fragment length polymorphism genotyping of Salmonella enterica subsp. enterica serovars and comparison with pulsed-field gel electrophoresis typing. J Clin Microbiol, 38, 1623-1627.
13. Lino T, (1997). Genetics of structure and function of bacterial flagella. Anu Rev Genet, 11, 161-182.
14. Luk JM, Kongmuang U, Reeves PR, Lindberg AA, (1993). Selective amplification of abequose and paratose synthase genes (rfb) by polymerase chain reaction for identification of Salmonella major serogroups (A, B, C2, and D). J Clin Microbiol, 31, 2118-2123.
15. Marolda CL, Vicarioli J, Valvano MA, (2004). Wzx proteins involved in biosynthesis of O antigen function inassociation with the first sugar of O specific lipopolisaccharide subunit. Microbiology, 150, 4095-4105.
16. Newton S, MRD Wasley, A Wilson, LT Rosenberg, JF Miller, and BA Stocker, (1991). Segment IV of a Salmonella flagellin gene specifies flagellar antigen epitopes. Mol Microbiol, 5, 419-425.
17. Patrick AD Grimont & François-Xavier Weill, (2007). Kauffmann-White Scheme Antigenic formulae of the Salmonella serovars, 9th edition, Institut Pasteur, 28 rue du Dr. Roux, 75724 Paris Cedex 15, France.
18. Ranjbar R, Mortazavi SM, Mehrabi Tavana A, Sarshar M, Najafi A, Soruri Zanjani R, (2017), Simultaneous Molecular Detec-tion of Salmonella enterica Serovars Typhi, Enteritidis, Infantis, and Typhimurium. Iran J Public Health, 46(1),103-111.
19. Reeves MW, Evins GM, Heiba AA, Plikaytis BD, Farmer JJ, (1989). Clonal nature of Salmonella typhi and its genetic relatedness to other salmonellae as shown by multilocus enzyme electrophoresis, and proposal of S. bongori comb. J Clin Microbiol, 35, 2786-2790.
20. Samuel G, Reeves PR, (2003). Biosynthesis of O-antigens: genes and pathways involved in nucleotide sugar precursor synthesis and O-antigen assembly, Carbohydr Res, 338, 2503-2519.
21. Shah DH, Park JH, Cho MR, Kim MC, Chae JS, (2005). Allele-specific PCR method based on rfbS sequence for distinquishing Salmonella gallinarum from Salmonella pullorum: serotype-specific rfbS sequence polymorphism. J Clin Microbiol, Methods, 60, 169-177.
22. Şahan Ö, Müştak K, Torun E, Akan M, Diker S. Salmonella Infantis tanısında ribtiplendirme ve serotiplendirme yöntemlerinin karşılaştırması. 10. Uluslararası Veteriner Hekimleri Mikrobiyoloji Kongresi, 24-27 Eylül 2012, Kuşadası, AYDIN
23. Wei LN, and TM Joys, (1995). Covalent structure of three phase-1 flagellae filament proteins of Salmonella spp. J Mol Biol, 186, 791-803.
24. Zappelini L, Martone-Rocha S, Dropa M, Matté MH, Tiba MR, Breternitz BS, Razzolini MT, (2017). Effective characterization of Salmonella Enteritidis by most probable number (MPN) followed by multiplex polymerase chain reaction (PCR) methods, Environ Sci Pollut Res Int, 24(5), 4828-4834.
25. Zieg J, Silverman M, Hilmen M and Simon M, (1977). Recombinational switch for gene expression. Science, 196, 170-172.

APA	Gunaydin E, ŞEN S, DIKER K, Karataş Yeni D, kardoğan ö, MÜŞTAK H, Şahan Yapıcıer Ö (2017). Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi. , 85 - 95.
Chicago	Gunaydin Elcin,ŞEN Selahattin,DIKER K. Serdar,Karataş Yeni Derya,kardoğan özlem,MÜŞTAK H. Kaan,Şahan Yapıcıer Özlem Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi. (2017): 85 - 95.
MLA	Gunaydin Elcin,ŞEN Selahattin,DIKER K. Serdar,Karataş Yeni Derya,kardoğan özlem,MÜŞTAK H. Kaan,Şahan Yapıcıer Özlem Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi. , 2017, ss.85 - 95.
AMA	Gunaydin E,ŞEN S,DIKER K,Karataş Yeni D,kardoğan ö,MÜŞTAK H,Şahan Yapıcıer Ö Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi. . 2017; 85 - 95.
Vancouver	Gunaydin E,ŞEN S,DIKER K,Karataş Yeni D,kardoğan ö,MÜŞTAK H,Şahan Yapıcıer Ö Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi. . 2017; 85 - 95.
IEEE	Gunaydin E,ŞEN S,DIKER K,Karataş Yeni D,kardoğan ö,MÜŞTAK H,Şahan Yapıcıer Ö "Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi." , ss.85 - 95, 2017.
ISNAD	Gunaydin, Elcin vd. "Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi". (2017), 85-95.

APA	Gunaydin E, ŞEN S, DIKER K, Karataş Yeni D, kardoğan ö, MÜŞTAK H, Şahan Yapıcıer Ö (2017). Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, 28(2), 85 - 95.
Chicago	Gunaydin Elcin,ŞEN Selahattin,DIKER K. Serdar,Karataş Yeni Derya,kardoğan özlem,MÜŞTAK H. Kaan,Şahan Yapıcıer Özlem Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi 28, no.2 (2017): 85 - 95.
MLA	Gunaydin Elcin,ŞEN Selahattin,DIKER K. Serdar,Karataş Yeni Derya,kardoğan özlem,MÜŞTAK H. Kaan,Şahan Yapıcıer Özlem Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, vol.28, no.2, 2017, ss.85 - 95.
AMA	Gunaydin E,ŞEN S,DIKER K,Karataş Yeni D,kardoğan ö,MÜŞTAK H,Şahan Yapıcıer Ö Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi. 2017; 28(2): 85 - 95.
Vancouver	Gunaydin E,ŞEN S,DIKER K,Karataş Yeni D,kardoğan ö,MÜŞTAK H,Şahan Yapıcıer Ö Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi. 2017; 28(2): 85 - 95.
IEEE	Gunaydin E,ŞEN S,DIKER K,Karataş Yeni D,kardoğan ö,MÜŞTAK H,Şahan Yapıcıer Ö "Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi." Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, 28, ss.85 - 95, 2017.
ISNAD	Gunaydin, Elcin vd. "Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi". Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi 28/2 (2017), 85-95.