Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi

Şahin, Emine; Aslan, Mehmet; KARABAĞ, KEMAL; Karslı, Taki; Kamanlı, Serdar; BALCIOĞLU, MURAT SONER; DEMİR, Eymen; Fidan, Hüseyin Göktuğ; AKTAN, SEDAT

Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi

Taki KARSLI, (Akdeniz Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Zootekni Bölümü, 07058 Antalya, Türkiye)

Murat Soner BALCIOĞLU, (Akdeniz Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Zootekni Bölümü, 07058 Antalya, Türkiye)

Eymen DEMİR, (Akdeniz Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Zootekni Bölümü, 07058 Antalya, Türkiye)

Hüseyin Göktuğ FİDAN, (Akdeniz Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Zootekni Bölümü, 07058 Antalya, Türkiye)

Mehmet ASLAN, (Akdeniz Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Zootekni Bölümü, 07058 Antalya, Türkiye)

Sedat AKTAN, (Süleyman Demirel Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Zootekni Bölümü, 32260 Isparta, Türkiye)

Serdar KAMANLI, (Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü, 06170 Yenimahalle/Ankara, Türkiye)

Kemal KARABAĞ, (Akdeniz Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü, 07058 Antalya, Türkiye)

Emine ŞAHİN (Akdeniz Üniversitesi, Korkuteli Meslek Yüksekokulu, 07800 Korkuteli/Antalya, Türkiye)

Türk Tarım - Gıda Bilim ve Teknoloji dergisi

44 0

Yıl: 2017 Cilt: 5 Sayı: 9 Sayfa Aralığı: 1051 - 1056 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi

Öz:

İnsülin benzeri büyüme faktörü-I (IGF-I) ve nöropeptid Y (NPY) tavuklarda üreme özellikleri ile ilişkili aday genlerdir. Bu çalışmanın amacı Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde yetiştirilen yumurtacı saf hatlarda IGF-I ve NPY genlerindeki polimorfizmlerin PCR-RFLP yöntemi kullanılarak belirlenmesidir. Bu amaçla IGF-I (5' untranslated region) ve NPY genleri için sırasıyla 621 ve 248 bç büyüklüğündeki bantlar çoğaltılmıştır. PCR ürünleri IGF-I ve NPY genleri üzerindeki tek nükleotid polimorfizmlerini (SNP) belirlemek için sırasıyla PstI ve DraI restriksiyon enzimleri ile kesildi. IGF-I geni için Brown ve D-229 dışındaki tüm hatlar polimorfik bulunmuştur. Kahverengi yumurtacı saf hatlarda IGF-I geni için A allelinin frekansı 0,344 (COL) ile 0,906 (RIRII) aralığında değişirken, beyaz yumurtacı saf hatlarda 0,781 (Maroon) ile 1,000 (D-229, Brown) aralığında bulunmuştur. Bu çalışmada NPY geni için tüm kahverengi yumurtacı saf hatlar polimorfik iken, beyaz yumurtacı tavuk hatlarında sadece Maroon hattı monomorfik bulunmuştur. NPY geni için T allelinin frekansı kahverengi yumurtacılarda 0,200 (BARI) ile 0,985 (COL), beyaz yumurtacılarda ise 0,397 (D-229) ile 1,000 (Maroon) aralığında değişmiştir. Uygulanan ki-kare testine (?2 ) göre polimorfik populasyonlarda Hardy-Weinberg dengesinden sapma gözlenmemiştir. Sonuç olarak Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde yetiştirilen yumurtacı saf hatlarda IGF-I ve NPY genlerindeki polimorfizmler ilk kez gösterilmiştir.

Anahtar Kelime:

Konular: Ziraat Mühendisliği Gıda Bilimi ve Teknolojisi

Determination of Polymorphisms in IGF-I and NPY Candidate Genes Associated with Egg Yield in Pure LayersChicken Lines Reared in the Ankara Poultry Research Institute

Öz:

Insulin-like factor-I (IGF-I) and neropeptide Y (NPY) are candidate genes related with reproductive traits in chicken. The aim of the present study, were to determine polymorphisms the IGF-I (5' untranslated region) and NPY genes in pure layer lines reared Ankara Poultry Research Institute by using PCR-RFLP method. For this purpose, 621 and 248 bp fragments were amplified for IGF-I and NPY genes, respectively. The PCR products were digested with PstI and DraI restriction enzymes, respectively, to detect of single nucleotide polymorphism (SNP) on IGF-I and NPY genes. All pure chicken lines were found polymorphic except Black and D-229 lines for the IGF-I gene. While the frequency of A allele ranged from 0.344 (COL)and 0.906 (RIRII) in brown layer pure lines for IGF-I gene, in white layer pure lines were found in the range between 0.781 (Maroon) and 1.000 (D-229, Brown). While all brown pure layer chicken lines were polymorphic for NPY gene in this research, only Maroon line was found monomorphic in white layer chicken lines. The frequency of the T allele for NPY gene ranged between 0.200 (BARI) and 0.985 (COL) in brown layers and between 0.397 (D-229)and 1.000 (Maroon) in white layers. According to applied chi-square test, no deviation from Hardy-Weinberg equilibrium was observed in polymorphic populations. As a result, polymorphisms were shown for the first time for IGF-I and NPY genes in pure layer lines reared at the Ankara Poultry Research Institute.

Anahtar Kelime:

Konular: Ziraat Mühendisliği Gıda Bilimi ve Teknolojisi

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

Abbasi HA, Kazemi M. 2011. Detection of polymorphism at the insulin like growth factor-I gene in Mazandaran native chicken using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism method. Am J Anim Vet Sci., 6: 80–83.
Abdi M, Seyedabadi H, Gorbani A. 2014. Prolactin and NPY gene polymorphism and its associations with production and reproductive traits in west-Azarbaijan native chicken. Bull Env Pharmacol Life Sci., 3: 39-45.
Anonim 2017. Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü. “Tarihçe”, Erişim Adresi: http://arastirma.tarim.gov.tr/tavukculuk/Menu/48/Tarihce. Son erişim tarihi: 3 Nisan 2017.
Durmuş İ, Sarıca M, Aktan S, Yıldız T, Kahraman Z, Ertaş S. 2008. Geliştirilmekte olan yerli ticari yumurtacı hibritlerin verim özelliklerinin belirlenmesi. Tavukçuluk Araştırma Dergisi, 8: 15-19.
Dunn IC, Miao YW, Morris A, Romanov MN, Wilson PW, Waddington. 2004. A study of association between genetic markers in candidate genes and reproductive traits in one generation of a commercial broiler breeder hen population. Heredity, 92: 128-134.
Fatemi S, Mehrabani-yeganeh H, Nejati-javaremi, A. Niknafs S. 2012. Association of neuropeptide Y and gonadotrophinreleasing hormone receptor gene SNPs with breeding value for growth and egg production traits in Mazandaran native chickens. Genet Mol Res., 11: 2539–2547.
Göger H, Erdurmuş C. 2003. Kanada’dan ithal edilen saf hatların hat içi seleksiyonla üretilmesi. Tarım ve Köyişleri Bakanlığı, Tarımsal Araştırmalar Genel Müdürlüğü Kantlı Yetiştiriciliği Değerlendirme ve Planlama Toplantısı, 2-4 Nisan, 201-266, (yayınlanmamış), Ankara.
Karslı T. 2015. Ankara tavukçuluk araştırma istasyonunda bulunan kahverengi yumurtacı saf hatlarda genetik varyasyonun mikrosatellit markerler kullanılarak belirlenmesi. Akdeniz Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Doktora Tezi, 118s, Antalya.
Khadem A, Hafezian H, Rahimi-Mianji G. 2010. Association of single nucleotide polymorphisms in IGFI, IGF-II and IGFBP-II with production traits in breeder hens of Mazandaran native fowls breeding station. Afr J Biotechnol., 9: 805-810.
Li H, Zhu W, Chen K, Wu X, Tang Q, Gao Y. 2008. Associations between GHR and IGF-1 Gene polymorphisms, and reproductive traits in Wenchang Chickens. Turk J Vet Anim Sci., 32: 281-285.
Li HF, Zhu WQ, Chen KW, Wu X, Tang QP, Gao YS, Song WT, Xu HL. 2009. Polymorphism in NPY and IGF-I genes associate with reproductive traits in Wenchang chicken. Afr J Biotechnol., 8: 4744-4748.
Li H, Zhu W, Chen K, Song W, Shu J. Han W. 2010. Effects of the polymorphisms of GHR gene and IGF-1 gene on egg quality in Wenchang chicken. Res J Poult Sci, 3: 19-22.
Li DY, Zhang L, Smith DG, Xu HL, Liu YP, Zhao XL, Wang Y, Zhu Q. 2013. Genetic effects of melatonin receptor genes on chicken reproductive traits. Czech J Anim Sci., 58: 58– 64.
Miller S, Dykes D, Plesky HA. 1988. Simple salting out procedure for extracting DNA from human cells. Nucleic Acids Res., 16: 1215.
Ngu NT, Xuan NH, Vu CT, An NT, Dung TN, Nhan NTH. 2015. Effects of genetic polymorphisms on egg production in indigenous Noi chicken. JEBAS., 3: 487 – 493.
Uemoto Y, Suzuki C, Sato S, Ohtake T, Sasaki O, Takahashi H. Kobayashi E. 2009. Polymorphism of the ovocalyxin-32 gene and its association with egg production traits in the chicken. Poult Sci., 88: 2512–2517.
Vu CT, Ngu NT. 2016. Sıngle nucleotide polymorphisms in candıdate genes associated wıth egg production traits in native Noi chicken of Vietnam. Int J Pl An and Env Sci., 6: 162-169.
Xu W, Hui-fang L, Mei-jiao Y, Qing-ping T, Kuan-wei C, Jinyu C, Yu-shi G, Yun-jie Y, Wen-qi Z. 2007. Associations of gonadotropin-releasing hormone receptor (GnRHR) and neuropeptide Y (NPY) genes' polymorphisms with egglaying traits in Wenchang chicken. Agr Sci China., 6: 499- 504.
Xu HP, Shen X, Zhou, M, Fang M, Zeng H, Nie Q, Zhang X. 2010.The genetic effects of the dopamine D1 receptor gene on chicken egg production and broodiness traits. BMC Genet., 11: 1-10.
Xu HP, Zeng H, Zhang DX, Jia XL, Luo CL, Fang MX, Nie QH, Zhang QX. 2011. Polymorphisms associated with egg number at 300 days of age in chickens. Genet Mol Res., 10: 2279-2289.
Yeh FC, Yang RC, Boyle TBJ, Ye ZH, Mao JX. 1997. “POPGENE, The user-friendly shareware for population genetic analysis”. Molecular Biology and Biotechnology Centre, University of Alberta, Canada.
Zhou M, Du Y, Nie Q, Liang Y, Luo C, Zeng H, Zhang X. 2010. Associations between polymorphisms in the chicken VIP gene, egg production and broody traits. Br Poult Sci., 51: 195-203.

APA	Karslı T, BALCIOĞLU M, DEMİR E, Fidan H, Aslan M, AKTAN S, Kamanlı S, KARABAĞ K, Şahin E (2017). Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi. , 1051 - 1056.
Chicago	Karslı Taki,BALCIOĞLU MURAT SONER,DEMİR Eymen,Fidan Hüseyin Göktuğ,Aslan Mehmet,AKTAN SEDAT,Kamanlı Serdar,KARABAĞ KEMAL,Şahin Emine Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi. (2017): 1051 - 1056.
MLA	Karslı Taki,BALCIOĞLU MURAT SONER,DEMİR Eymen,Fidan Hüseyin Göktuğ,Aslan Mehmet,AKTAN SEDAT,Kamanlı Serdar,KARABAĞ KEMAL,Şahin Emine Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi. , 2017, ss.1051 - 1056.
AMA	Karslı T,BALCIOĞLU M,DEMİR E,Fidan H,Aslan M,AKTAN S,Kamanlı S,KARABAĞ K,Şahin E Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi. . 2017; 1051 - 1056.
Vancouver	Karslı T,BALCIOĞLU M,DEMİR E,Fidan H,Aslan M,AKTAN S,Kamanlı S,KARABAĞ K,Şahin E Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi. . 2017; 1051 - 1056.
IEEE	Karslı T,BALCIOĞLU M,DEMİR E,Fidan H,Aslan M,AKTAN S,Kamanlı S,KARABAĞ K,Şahin E "Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi." , ss.1051 - 1056, 2017.
ISNAD	Karslı, Taki vd. "Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi". (2017), 1051-1056.

APA	Karslı T, BALCIOĞLU M, DEMİR E, Fidan H, Aslan M, AKTAN S, Kamanlı S, KARABAĞ K, Şahin E (2017). Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi. Türk Tarım - Gıda Bilim ve Teknoloji dergisi, 5(9), 1051 - 1056.
Chicago	Karslı Taki,BALCIOĞLU MURAT SONER,DEMİR Eymen,Fidan Hüseyin Göktuğ,Aslan Mehmet,AKTAN SEDAT,Kamanlı Serdar,KARABAĞ KEMAL,Şahin Emine Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi. Türk Tarım - Gıda Bilim ve Teknoloji dergisi 5, no.9 (2017): 1051 - 1056.
MLA	Karslı Taki,BALCIOĞLU MURAT SONER,DEMİR Eymen,Fidan Hüseyin Göktuğ,Aslan Mehmet,AKTAN SEDAT,Kamanlı Serdar,KARABAĞ KEMAL,Şahin Emine Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi. Türk Tarım - Gıda Bilim ve Teknoloji dergisi, vol.5, no.9, 2017, ss.1051 - 1056.
AMA	Karslı T,BALCIOĞLU M,DEMİR E,Fidan H,Aslan M,AKTAN S,Kamanlı S,KARABAĞ K,Şahin E Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi. Türk Tarım - Gıda Bilim ve Teknoloji dergisi. 2017; 5(9): 1051 - 1056.
Vancouver	Karslı T,BALCIOĞLU M,DEMİR E,Fidan H,Aslan M,AKTAN S,Kamanlı S,KARABAĞ K,Şahin E Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi. Türk Tarım - Gıda Bilim ve Teknoloji dergisi. 2017; 5(9): 1051 - 1056.
IEEE	Karslı T,BALCIOĞLU M,DEMİR E,Fidan H,Aslan M,AKTAN S,Kamanlı S,KARABAĞ K,Şahin E "Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi." Türk Tarım - Gıda Bilim ve Teknoloji dergisi, 5, ss.1051 - 1056, 2017.
ISNAD	Karslı, Taki vd. "Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi". Türk Tarım - Gıda Bilim ve Teknoloji dergisi 5/9 (2017), 1051-1056.