Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması

DURMAZ, RIZA; KARAGOZ, ALPER; Karahocagil, Mustafa Kasim; ÇIKMAN, AYTEKİN; REŞAT, MEHMET

doi:10.35440/hutfd.757137

Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması

Mehmet Reşat CEYLAN, (Harran Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, Şanlıurfa, Türkiye)

Mustafa Kasim KARAHOCAGİL, (Ahi Evran Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, Kırşehir, Türkiye)

Alper KARAGÖZ, (Uşak Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Uşak, Türkiye)

Aytekin ÇIKMAN, (Erzincan Binali Yıldırım Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Bölümü, Erzincan, Türkiye)

Rıza DURMAZ (Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi

4 2

Yıl: 2020 Cilt: 17 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 297 - 305 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.35440/hutfd.757137 İndeks Tarihi: 08-10-2021

Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması

Öz:

Amaç: Bu çalışma ile, yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalardan izole edilen A.baumannii suşlarının antibiyotiklere direnç oranının saptanmasıve hastane enfeksiyonu etkeni çoklu ilaç direncine sahip izolatların klonal ilişkisinin, pulsed-field jel elektroforez (PFGE) yöntemi kullanılarakgösterilmesi amaçlandı.Materyal ve Metod: Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi; Anesteziyoloji ve Reanimasyon Yoğun Bakım Ünitesi (AYBÜ), GöğüsHastalıkları Yoğun Bakım Ünitesi ve Pediatri Yoğun Bakım Ünitesi’nde Ocak 2010-Ekim 2011 tarihleri ve AYBÜ’de Temmuz-Kasım 2012 tarihleriarasında takip edilen A. baumanii ile oluşan, Ventilatör İlişkili Pnömoni (VİP) ve Primer Kan Dolaşımı Enfeksiyonu (PKDE) tanısı alan 69 hasta veaynı sayıda izolat çalışmaya alındı.Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 69 hastanın 35’i erkek (%50,7) ve 34’ü (%49,3) kadındı. Hastaların yaşları 1-86 arasında değişmekte idi(ortalama yaş 54). Hastaların 63 (%91) tanesi VİP, 6 (%9) tanesi ise PKDE tanısı almıştı. Tüm hastalara YBÜ yatışı boyunca en az iki invazivgirişim uygulanmıştı. Üriner kateterizasyon (%100), mekanik ventilasyon (%94,2) ve periferik venöz kateterizasyon (%91,3) en sık uygulananinvaziv girişimlerdi. Antibiyotik duyarlılıkları imipenem, kolistin ve tigesiklin için E-test, diğer antibiyotikler için disk difüzyonla çalışıldı. Tüm suşlariçin en duyarlı antibiyotik kolistin (%98,6) idi. Daha sonra tigesiklin (%97,1) ve levofloksasin (%69,6) gelmekteydi. Suşların tamamı seftriakson,piperasilin/tazobaktam, meropenem ve imipeneme dirençli bulundu. A.baumannii izolatlarının ApaI ile kesilen genomik DNA’sına yapılan PFGEanalizi ile, 69 A.baumannii suşunun 62 (%89,9)’sinin küme içinde olduğu saptandı. Bu suşlar 16 küme içinde yer almakta idi. Suşların 7 (%10,1)’siözgül PFGE profili gösterdi ve suşlar arasında 23 pulsotip saptandı.Sonuç: Çoğul ilaç dirençli A.baumannii izolatlarının kümeleşme oranının yüksek bulunması ve benzer genotipteki izolatların farklı ünitelerdekihastalardan izole edilmesi bu bakterinin hastanemiz YBÜ’ lerinde endemik duruma geçtiğinin göstergesidir. Önlem alınmadığı takdirdeA.baumannii uzun yıllar boyunca hastanelerde kalabilmekte ve hastalar arasında kolaylıkla bulaş olabilmektedir. Özellikle çapraz bulaşınönlenmesi için enfeksiyon kontrol programlarının gerekliliği ve önemi bir kez daha vurgulandı.

Anahtar Kelime:

The Investigation of Clonal Relationship Among Multiple Drug Resistant Acinetobacter baumannii Isolates with Pulsed-Field Gel Electrophoresis

Öz:

Background: With this study, the detection of the resistance rates of A.baumannii strains isolated from the patients in the intensive care units to the antibiotics and the demonstration of the clonal relationship of the isolates with multi-drug resistant of the factor of nosocomial infection were aimed by using the method of pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Materials and Methods: At the Medical Faculty Hospital of Yüzüncü Yıl University, 69 patients followed between January 2010-October 2011 at the Intensive Care Unit of Anesthesiology and Reanimation (ICUAR), Intensive Care Unit of Chest Diseases and Pediatric Intensive Care Unit and July-November 2012 at ICUAR and the same number of isolates formed with A.baumanii, Ventilator Associated Pneumonia (VAP) and diagnosis of Primary Bloodstream Infection (PBI) were enrolled to the study. Results: Of the 69 patients included in the study, 35 were men (50.7%) and 34 (49.3%) were women. The ages of the patients ranged from 1 to 86 years (mean age 54). 63 (91%) of the patients were diagnosed with VAP and 6 (9%) of them with PBI. At least two invasive interference had been performed to the all patients during the staying at the ICU. Urinary catheterization (100%), mechanical ventilation (94.2%) and peripheral venous catheterization (91.3%) were the most frequently performed invasive interferences. Antibiotic susceptibilities to imipenem, colistin and tigecycline were studied with the E-test and to the other antibiotics with the disk diffusion. Colistin was the most effective antibiotic for all of the strains (98.6%). Then, tigecycline (97.1%) and levofloxacin (69.6%) were in the second place. All of the strains were resistant to ceftriaxone, piperacillin/tazobactam, meropenem and imipenem. With the PFGE analysis of A.baumannii isolates performed to the genomic DNA cut with ApaI, it was found that 62 of the 69 A.baumannii strains (89.9%) were within the cluster. These strains were located within 16 clusters. 7 of the strains (10.1%) showed the profiles of specific PFGE and 23 pulsotip were detected among the strains. Conclusion: Being high of clustering rate of multidrug-resistant A. baumannii isolates and isolating the isolates in similar genotypes from the patients in different units is the indicator of these bacteria to be endemic situation in the ICUs of our hospital. If precautions are not taken, A. baumannii has been able to remain in the hospitals for many years and can be easily transmitted among the patients. Especially for the prevention of cross-contamination, the necessity and importance of infection control programs have once again emphasized.

Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Peleg AY, Seifert H and Paterson DL. Acinetobacter baumannii: emergence of a successful pathogen. Clin Microbiol Rev. 2008; 21(3):538-82.
2. Allen MD, Hartman BJ, Acinetobacter spp, In: Mandell, douglas, and bennett's principles and practice of infectious diseases: 7th ed., Churchill Livingstone, Philadelphia, 2010; 2881-85.
3. Fournier PE, Richet H and Weinstein RA. The epidemiology and control of Acinetobacter baumannii in health care facilities. Clin Infect Dis. 2006;42(5):692-99,
4. Seifert H, Dijkshoorn L, Gerner-Smidt P, Pelzer N, Tjernberg I, Vaneechoutte M, Distrubution of Acinetobacter species on human skin: comparison of phenotypic and genotypic identification methods. J Clin Mikrobiyol. 1997; 35(11): 2819-25.
5. Corbella X, Pujol M, Ayats J, Sendra M, Ardanuy C, Domínguez MA, ‘et al.’ Relevance of digestive tract colonization in the epidemiology of nosocomial infections due to multiresistant Acinetobacter baumannii. Clin Infect Dis. 1996; 23(2), 329-34.
6. T.C. Sağlık Bakanlığı, Sağlık Hizmetleri Genel Müdürlüğü, Sağlık Hizmet Standartları Dairesi Başkanlığı Ulusal Hastane Enfeksiyonları Sürveyans Ağı (UHESA) Raporu, Özet Veri 20, 2012. https://docplayer.biz.tr/108543950-Ulusal-hastane-enfeksiyonlari-surveyans-agi-uhesa-raporu-ozet-veri-2012.html
7. Schulte B, Goerke C, Weyrich P, Gröbner S, Bahrs C, Wolz C, ‘et al.’ Clonal spread of meropenem-resistant Acinetobacter baumannii strains in hospitals in the Mediterranean region and transmission to South-west Germany. J Hosp Infect. 2005; 61(4):356-7.
8. Souli M, Galani I, and Giamarellou H, Emergence of extensively drugresistant and pandrug-resistant Gram-negative bacilli in Europe. İn:Euro surveillance: bulletin européen sur les maladies transmissibles= Euro Surveill. Kristinsson, K.G., Monnet, D.L.(Eds), 2008; 13(47):30-40
9. Ruiz J, Núñez ML, Pérez J, Simarro E, Martínez-Campos L, and Gómez J, Evoluation of resistance among clinical isolates of Acinetobacter over a 6-year period, Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 1999; 18(4):292-5.
10. Corbella X, Montero A, Pujol M, Domínguez MA, Ayats J, Argerich MJ, ‘et al.’ Emergence and rapid spread of carbapenem resistance during a large and sustained hospital outbreak of multiresistant Acinetobacter baumannii. J Clin Microbiol. 2000; 38(11): 4086-95,
11. Karahocagil MK, Yaman G, Göktaş U, Sünnetçioğlu M, Çıkman A, Bilici A. ve ‘ark.’ Hastane enfeksiyon etkenlerinin ve direnç profillerinin belirlenmesi, Van Tıp Dergisi. 2011; 18(1):27-32,
12. Leblebicioglu H, Rosenthal VD, Arıkan ÖA, Özgültekin A, Yalcin AN, Koksal I, ‘et al.’ Device-associated hospital-acquired infection rates in Turkish intensive care units. Findings of the International Nosocomial Infection Control Consortium (INICC). J Hosp Infect. 2007; 65(3): 251- 7.
13. Dikmen Y, Aygün G, Öztürk R. Yoğun bakım ünitesinde ventilatör ilişkili pnömonilerin değerlendirilmesi. Klimik Dergisi. 2004; 17(2):117-9,
14. Meric M, Willke A, Caglayan C, Toker K. Intensive care unit-acquired infections: incidence, risk factors and associated mortality in a Turkish university hospital. Jpn J Infect Dis. 2005;58(5):297-302.
15. Goering RV. Molecular epidemiology of nosocomial infection: analysis of chromosomal restriction fragment patterns by pulsed-field gel electrophoresis. Infect Control Hosp Epidemiol. 1993; 14(10): 595-600
16. CDC/NHSN surveillance definition of health care–associated infection and criteria for specific types of infections in the acute care setting. Am J Infect Control. 2008; 36: 309‐32,
17. Performance Standards for Antimicrobial Disk Susceptibility Tests; Approved Standard—Eleventh Edition. CLSI document M02-A11 (ISBN 1-56238-781-2 [Print]; ISBN 1-56238-782-0 [Electronic]). 2012; 32(1): 44-5, Clinical and Laboratory Standards Institute, Wayne, Pennsylvania, USA,
18. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing; Twenty-Third Informational Supplement. CLSI document M100-S23 (ISBN 1-56238-865-7 [Print]; ISBN 1-56238-866-5 [Electronic]).2013; 33(1):66-7, Clinical and Laboratory Standards Institute, Wayne, Pennsylvania, USA
19. Navon-Venezia S, Leavitt A, Carmeli Y. High tigecycline resistance in multidrug-resistant Acinetobacter baumannii, J Antimicrob Chemother. 2007; 59(4):772-4.
20. Seifert H, Dolzani L, Bressan R, van der Reijden T, van Strijen B, Stefanik D, ‘et al.’ Standardization and interlaboratory reproducibility assessment of pulsed-field gel electrophoresis-generated fingerprints of Acinetobacter baumannii. J Clin Microbiol. 2005; 43(9): 4328-35,
21. Durmaz R, Otlu B, Koksal F, Hosoglu S, Ozturk R, Ersoy Y, ‘ve ark.’ The optimization of a rapid pulsed-field gel electrophoresis protocol for the typing of Acinetobacter baumannii, Escherichia coli and Klebsiella spp. Jpn J Infect Dis. 2009; 62(5), 372-7.
22. Tenover FC, Arbeit RD, Goering RV, Mickelsen PA, Murray BE, Persing DH, ‘et al.’ Interpreting chromosomal DNA restriction patterns produced by pulsed-field gel electrophoresis: criteria for bacterial strain typing. J Clin Microbiol. 1995; 33(9): 2233-9
23. Taşova Y, Akgün Y, Saltoğlu N, Yılmaz G, Kara O, Dündar İH, Nozokomiyal Acinetobacter infeksiyonları. Flora. 1999; 4(3):170–6
24. Xu T, Xia W, Rong G, Pan S, Huang P, Gu B, A 4-year surveillance of antimicrobial resistance patterns of Acinetobacter baumanni in a university-affiliated hospital in China. J Thorac Dis. 2013; 5(4): 506-12.
25. Eren OÖ, Kalyoncu U, Andıç N, Şardan YÇ, Yoğun bakım ünitesinde hasta maliyetini etkileyen faktörler. Selçuk Tıp Dergisi. 2009; 25(4):195- 202,
26. İnan A, Özgultekin A, Akçay SS, Engin DÖ, Turan G, Ceran N, et al. Alterations in bacterial spectrum and increasing resistance rates in isolated microorganisms from device-associated infections in an intensive care unit of a teaching hospital in İstanbul (2004-2010). Jpn J Infect Dis. 2012; 65(2), 146-151
27. Katsaragakis S, Markogiannakis H, Toutouzas KG, Drimousis P, Larentzakis A, Theodoraki EM, ‘et al.’ Acinetobacter baumannii infections in a surgical intensive care unit: predictors of multi-drug resistance. World J Surg. 2008; 32(6), 1194-202
28. Falagas ME, and Kopterides P, Risk factors for the isolation of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa: a systematic review of the literature. J Hosp Infect. 2006; 64(1):7-15,
29. Abbo A, Carmeli Y, Navon-Venezia S, Siegman-Igra Y, Schwaber MJ, Impact of multi-drug-resistant Acinetobacter baumannii on clinical outcomes. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2007; 26(11): 793-800
30. Wróblewska M, Novel therapies of multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter spp. infections: the state of the art. Arch Immunol Ther Exp (Warsz). 2006; 54(2): 113-120,
31. Brahmi N, Beji O, Abidi N, Kouraichi N, Blel Y, El Ghord H, ‘et al.’ Epidemiology and risk factors for colonization and infection by Acinetobacter baumannii in an ICU in Tunisia, where this pathogen is endemic. J Infect Chemother. 2007; 13(6): 400-4
32. Dede B, Kadanalı A, Karagöz G, Çomoğlu Ş, Bektaşoğlu MF, Yücel FM. Investigation of antibiotic resistance of Acinetobacter baumannii strains isolated from various clinical samples in intensive care unit. Bakırköy Tıp Dergisi. 2013; 9(1): 20-23,
33. Koeleman JG, van der Bijl MW, Stoof J, Vandenbroucke-Grauls CM, Savelkoul PH. Antibiotic resistance is a major risk factor for epidemic behavior of Acinetobacter baumannii. Infect Control Hosp Epidemiol. 2001; 22(5), 284-8
34. Durmaz R. Direnç gelişimini önlemede moleküler mikrobiyolojinin katkısı. Ankem Dergisi. 2009; 23 (Ek 2):111-5,
35. Wang JT, Lin SF, Chiu HL, Wang LC, Tai HM, Jiang CF, ‘et al.’ Molecular epidemiology and control of nosocomial methicillin-resistant Staphylococcus aureus infection in a teaching hospital. J Formos Med Assoc. 2004; 103(1): 32-6,
36. Wang H, Guo P, Sun H, Wang H, Yang O, Chen M, ‘et al.’ Molecular Epidemiology of Clinical Isolates of Carbapenem-Resistant Acinetobacter spp. from Chinese Hospitals. Antimicrob Agents Chemother. 2007; 51(11), 4022–8,
37. Rosenthal V, Guzmán S, Crnich C, Device-associated nosocomial infection rates in intensive care units of Argentina. Infect Control Hosp Epidemiol. 2004; 25(3): 251-5,

APA	REŞAT M, Karahocagil M, KARAGOZ A, ÇIKMAN A, DURMAZ R (2020). Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması. , 297 - 305. 10.35440/hutfd.757137
Chicago	REŞAT MEHMET,Karahocagil Mustafa Kasim,KARAGOZ ALPER,ÇIKMAN AYTEKİN,DURMAZ RIZA Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması. (2020): 297 - 305. 10.35440/hutfd.757137
MLA	REŞAT MEHMET,Karahocagil Mustafa Kasim,KARAGOZ ALPER,ÇIKMAN AYTEKİN,DURMAZ RIZA Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması. , 2020, ss.297 - 305. 10.35440/hutfd.757137
AMA	REŞAT M,Karahocagil M,KARAGOZ A,ÇIKMAN A,DURMAZ R Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması. . 2020; 297 - 305. 10.35440/hutfd.757137
Vancouver	REŞAT M,Karahocagil M,KARAGOZ A,ÇIKMAN A,DURMAZ R Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması. . 2020; 297 - 305. 10.35440/hutfd.757137
IEEE	REŞAT M,Karahocagil M,KARAGOZ A,ÇIKMAN A,DURMAZ R "Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması." , ss.297 - 305, 2020. 10.35440/hutfd.757137
ISNAD	REŞAT, MEHMET vd. "Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması". (2020), 297-305. https://doi.org/10.35440/hutfd.757137

APA	REŞAT M, Karahocagil M, KARAGOZ A, ÇIKMAN A, DURMAZ R (2020). Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması. Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi, 17(2), 297 - 305. 10.35440/hutfd.757137
Chicago	REŞAT MEHMET,Karahocagil Mustafa Kasim,KARAGOZ ALPER,ÇIKMAN AYTEKİN,DURMAZ RIZA Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması. Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi 17, no.2 (2020): 297 - 305. 10.35440/hutfd.757137
MLA	REŞAT MEHMET,Karahocagil Mustafa Kasim,KARAGOZ ALPER,ÇIKMAN AYTEKİN,DURMAZ RIZA Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması. Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi, vol.17, no.2, 2020, ss.297 - 305. 10.35440/hutfd.757137
AMA	REŞAT M,Karahocagil M,KARAGOZ A,ÇIKMAN A,DURMAZ R Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması. Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi. 2020; 17(2): 297 - 305. 10.35440/hutfd.757137
Vancouver	REŞAT M,Karahocagil M,KARAGOZ A,ÇIKMAN A,DURMAZ R Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması. Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi. 2020; 17(2): 297 - 305. 10.35440/hutfd.757137
IEEE	REŞAT M,Karahocagil M,KARAGOZ A,ÇIKMAN A,DURMAZ R "Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması." Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi, 17, ss.297 - 305, 2020. 10.35440/hutfd.757137
ISNAD	REŞAT, MEHMET vd. "Çoğul İlaç Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Pulsed-Field Gel Elektroforezis İle Klonal İlişkisinin Araştırılması". Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi 17/2 (2020), 297-305. https://doi.org/10.35440/hutfd.757137