Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey

Sarah AKAR, (Kastamonu Üniversitesi, Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi, Genetik ve Biyomühendislik Anabilim Dalı, Kastamonu, Türkiye)
Yasemin ÇELİK ALTUNOĞLU, (Kastamonu Üniversitesi, Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi, Genetik ve Biyomühendislik Anabilim Dalı, Kastamonu, Türkiye)
Mehmet Cengiz BALOĞLU, (Kastamonu Üniversitesi, Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi, Genetik ve Biyomühendislik Anabilim Dalı, Kastamonu, Türkiye)
Enis Fuat TÜFEKCİ, (Kastamonu Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Kastamonu, Türkiye)
Nilay ÇÖPLÜ, (Kastamonu Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Kastamonu, Türkiye)
Çetin KILINÇ (Kastamonu Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Kastamonu, Türkiye)
Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi
13 5
Yıl: 2022 Cilt: 27 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 87 - 93 Metin Dili: İngilizce DOI: 10.5578/flora.20229907 İndeks Tarihi: 19-06-2022

Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey

Öz:
Introduction: Detecting Pseudomonas aeruginosa strains producing extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) in the hospital setting and taking necessary precautions against them is important for infection control and public health. This study aimed to investigate PER-1 and OXA-10-like ESBLs production frequency in ceftazidime-resistant P. aeruginosa obtained from Kastamonu Training and Research Hospital. Materials and Methods: Forty-two ceftazidime-resistant P. aeruginosa strains from different patients between April 2018 and March 2020 were included in the study. Identification of the strains and antibiotic susceptibility tests were studied according to the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) criteria by VITEK 2 Compact automated system (BioMerieux, France). ESBL production of the strains was studied by combined disk test, phenotypically. The presence of PER-1 and OXA-10-like genes was investigated by polymerase chain reaction (PCR). Confirmation of the PCR product was done using DNA sequencing on an ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Results: The resistance rates of the strains were: 19%, 81%, 88%, 88%, 91%, 95%, and 95% for amikacin, gentamicin, meropenem, cefepime, imipenem, piperacillin-tazobactam, and ciprofloxacin, respectively. Twenty-seven (64%) strains had the ESBL phenotype. Only one strain had PER-1 gene. OXA-10-like gene was not found in any strains. PER-1 sequence was identical and corresponded to the published sequences for PER-1 gene in GenBank at the National Center for Biotechnology Information. Conclusion: These results showed that PER-1 and OXA-10-like genes were not common among ceftazidime-resistant P. aeruginosa strains obtained from our hospital. ESBL production can be determined phenotypically in ceftazidime-resistant P. aeruginosa strains. However, confirming the results with molecular tests is significant for epidemiological studies.
Anahtar Kelime:

Kastamonu Eğitim ve Araştırma Hastanesinden İzole Edilen SeftazidimeDirençli Pseudomonas aeruginosa Suşlarında PER-1 ve OXA-10 BenzeriGenişlemiş Spektrumlu Beta-Laktamaz Sıklığının Belirlenmesi

Öz:
Giriş: Bir hastanede genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten Pseudomonas aeruginosa suşlarının tespit edilmesi ve onlara karşı gerekli önlemlerin alınması infeksiyon kontrolü ve halk sağlığı açısından önem arz etmektedir. Bu çalışmada Kastamonu Eğitim ve Araştırma Hastanesinden elde edilen seftazidime dirençli P. aeruginosa suşlarında PER-1 ve OXA-10 benzeri GSBL üretim sıklığının belirlenmesi amaçlanmıştır. Materyal ve Metod: Çalışmaya Nisan 2018-Mart 2020 tarihleri arasında farklı hastalardan izole edilen 42 seftazidime dirençli P. aeruginosa suşu dahil edilmiştir. Suşların tanımlanması ve antibiyotik duyarlılık testleri VITEK 2 Kompakt otomatize sistem (BioMerieux, Fransa) kullanılarak Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testi (EUCAST) kriterleriyle çalışılmış ve değerlendirilmiştir. Suşların GSBL üretimi fenotipik olarak kombine disk testiyle belirlenmiştir. PER-1 ve OXA-10 benzeri genlerin varlığı ise polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile araştırılmıştır. PZR ürününün doğrulanması “ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer” (Applied Biosystems, Foster City, CA, ABD) cihazında DNA dizileme yöntemi ile yapılmıştır. Bulgular: Suşların amikasin, gentamisin, meropenem, sefepim, imipenem, piperasilin-tazobaktam ve siprofloksasin antibiyotiklerine direnç oranları sırasıyla %19, %81, %88, %88, %91, %95 ve %95 olarak tespit edilmiştir. Yirmi yedi suşun (%64) GSBL fenotipine sahip olduğu bulunmuştur. Sadece bir suşta PER-1 geni tespit edilmiştir. OXA-10 benzeri gen hiçbir suşta saptanmamıştır. Elde edilen PER-1 dizisinin Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi GenBank veri tabanındaki PER-1 geni için yayınlanan dizilerle özdeş olduğu belirlenmiştir. Sonuç: Bu sonuçlar, hastanemizden izole edilen seftazidime dirençli P. aeruginosa suşlarında PER-1 ve OXA-10 benzeri genlerin yaygın olarak bulunmadığını göstermiştir. Seftazidime dirençli P. aeruginosa suşlarında GSBL üretimi fenotipik olarak tespit edilebilir. Ancak sonuçların moleküler testlerle doğrulanması özellikle epidemiyolojik çalışmalar açısından önem taşımaktadır.
Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
  • 1. Pandey N, Cascella M. Beta Lactam Antibiotics. [Updated 2021 Jan 16]. In: StatPearls. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing; 2021. Available from: https://www.ncbi.nlm. nih.gov/books/NBK545311/
  • 2. Rawat D, Nair D. Extended-spectrum β-lactamases in gram negative bacteria. J Glob Infect Dis 2010;2(3):263-74. https://doi.org/10.4103/0974-777X.68531
  • 3. Laudy AE, Róg P, Smolińska Król K, Ćmiel M, Słoczyńska A, Patzer J, et al. Prevalence of ESBL-producing Pseudomonas aeruginosa isolates in Warsaw, Poland, detected by various phenotypic and genotypic methods. PLoS One 2017;12(6):e0180121. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0180121
  • 4. Qing Y, Cao KY, Fang ZL, Huang YM, Zhang XF, Tian GB, et al. Outbreak of PER-1 and diversity of β-lactamases among ceftazidime-resistant Pseudomonas aeruginosa clinical isolates. J Med Microbiol 2014;63(3):386-92. https://doi. org/10.1099/jmm.0.069427-0
  • 5. Aktaş Z, Satana D, Kayacan C, Can B, Gönüllü N, Küçükbasmacı O. Pseudomonas aeruginosa suşlarında antibiyotik duyarlılık oranları ve beta-laktam direnç mekanizmalarının tiplendirilmesi. Mikrobiyol Bul 2012;46(3):386-97.
  • 6. Bush K, Jacoby GA. Updated functional classification of beta-lactamases. Antimicrobial Agents Chemotherapy 2010;54(3):969-76. https://doi.org/10.1128/ AAC.01009-09
  • 7. Hu YJ, Ogyu A, Cowling BJ, Fukuda K, Pang HH. Available evidence of antibiotic resistance from extended-spectrum β-lactamase-producing Enterobacteriaceae in paediatric patients in 20 countries: a systematic review and meta-analysis. Bull World Health Organ 2019;97(7):486-501B. https://doi.org/10.2471/BLT.18.225698
  • 8. The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters, version 11.0, 2021. Available from: http:// www.eucast.org/clinical_breakpoints/
  • 9. The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. EUCAST guidelines for detection of resistance mechanisms and specific resistances of clinical and/or epidemiological importance, version 2.0, 2017. Available from: http://www.eucast.org/resistance_mechanisms/
  • 10. Ahmed OB, Asghar AH, Elhassan MM. Comparison of three DNA extraction methods for polymerase chain reaction (PCR) analysis of bacterial genomic DNA. Afr J Microbiol Res 2014;8(6):598-602. https://doi.org/10.5897/ AJMR2013.6459
  • 11. Aktaş Z, Poirel L, Midilli K, Nordmann P. PER-1-and OXA10-like β-lactamases in ceftazidime-resistant Pseudomonas aeruginosa isolates from intensive care unit patients in Istanbul, Turkey. Clin Microbiol Infect 2005;11(3):193-8. https://doi.org/10.1111/j.1469-0691.2004.01067.x
  • 12. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Antibiotic Resistance Threats in the United States, 2019. Atlanta, GA: U.S. Department of Health and Human Services CDC 2019.
  • 13. Picão RC, Poirel L, Gales AC, Nordmann P. Diversity of beta-lactamases produced by ceftazidime-resistant Pseudomonas aeruginosa isolates causing bloodstream infections in Brazil. Antimicrob Agents Chemother 2009;53(9):3908-13. https://doi.org/10.1128/AAC.00453-09
  • 14. Er H, Altındiş M, Aşık G, Demir C. Seftazidime dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarında beta-laktamazların moleküler epidemiyolojisi. Mikrobiyol Bul 2015;49(2):156-65. https://doi.org/10.5578/mb.8901
  • 15. Ünlü Söğüt M, Yildirim T, Birinci A, Durupinar B. Determination of PER-1 and OXA-10-like β-lactamases in ceftazidime-resistant Pseudomonas aeruginosa isolates by molecular methods. Turkiye Klinikleri J Med Sci 2011;31(5):1227-35. https://doi.org/10.5336/medsci.2010-22180
  • 16. Nordmann P, Ronco E, Naas T, Duport C, Michel-Briand Y, Labia R. Characterization of a novel extended-spectrum beta-lactamase from Pseudomonas aeruginosa. Antimicrob Agents Chemother 1993;37(5):962-9. https://doi. org/10.1128/AAC.37.5.962
  • 17. Vahaboglu H, Dodanlı S, Eroğlu C, Oztürk R, Soyletir G, et al. Characterization of multiple-antibiotic-resistant Salmonella Typhimurium strains: molecular epidemiology of PER1 producing isolates and evidence for nosocomial plasmid exchange by a clone. J Clin Microbiol 1996;34(12):2942-6. https://doi.org/10.1128/jcm.34.12.2942-2946.1996
  • 18. Atilla A, Eroğlu C, Esen S, Sünbül M, Leblebicioğlu H. Hastane kaynaklı Pseudomonas aeruginosa izolatlarında PER-1 tipi beta-laktamaz sıklığının ve antibiyotiklere direnç oranlarının araştırılması. Mikrobiyol Bul 2012;46(1):1-8.
  • 19. Amirkamali S, Naserpour-Farivar T, Azarhoosh K, Peymani A. Distribution of the blaOXA, blaVEB-1, and blaGES-1 genes and resistance patterns of ESBL-producing Pseudomonas aeruginosa isolated from hospitals in Tehran and Qazvin, Iran. Rev Soc Bras Med Trop 2017;50(3):315-20. https://doi.org/10.1590/0037-8682-0478-2016
  • 20. Elhariri M, Hamza D, Elhelw R, Dorgham SM. Extended-spectrum beta-lactamase-producing Pseudomonas aeruginosa in camel in Egypt: potential human hazard. Ann Clin Microbiol Antimicrob 2017;16(1):21. https://doi.org/10.1186/ s12941-017-0197-x
APA AKAR S, Celik Altunoglu Y, Baloglu M, TÜFEKCİ E, çöplü n, KILINC C (2022). Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey. , 87 - 93. 10.5578/flora.20229907
Chicago AKAR SARAH,Celik Altunoglu Yasemin,Baloglu Mehmet Cengiz,TÜFEKCİ Enis Fuat,çöplü nilay,KILINC CETİN Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey. (2022): 87 - 93. 10.5578/flora.20229907
MLA AKAR SARAH,Celik Altunoglu Yasemin,Baloglu Mehmet Cengiz,TÜFEKCİ Enis Fuat,çöplü nilay,KILINC CETİN Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey. , 2022, ss.87 - 93. 10.5578/flora.20229907
AMA AKAR S,Celik Altunoglu Y,Baloglu M,TÜFEKCİ E,çöplü n,KILINC C Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey. . 2022; 87 - 93. 10.5578/flora.20229907
Vancouver AKAR S,Celik Altunoglu Y,Baloglu M,TÜFEKCİ E,çöplü n,KILINC C Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey. . 2022; 87 - 93. 10.5578/flora.20229907
IEEE AKAR S,Celik Altunoglu Y,Baloglu M,TÜFEKCİ E,çöplü n,KILINC C "Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey." , ss.87 - 93, 2022. 10.5578/flora.20229907
ISNAD AKAR, SARAH vd. "Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey". (2022), 87-93. https://doi.org/10.5578/flora.20229907
APA AKAR S, Celik Altunoglu Y, Baloglu M, TÜFEKCİ E, çöplü n, KILINC C (2022). Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, 27(1), 87 - 93. 10.5578/flora.20229907
Chicago AKAR SARAH,Celik Altunoglu Yasemin,Baloglu Mehmet Cengiz,TÜFEKCİ Enis Fuat,çöplü nilay,KILINC CETİN Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi 27, no.1 (2022): 87 - 93. 10.5578/flora.20229907
MLA AKAR SARAH,Celik Altunoglu Yasemin,Baloglu Mehmet Cengiz,TÜFEKCİ Enis Fuat,çöplü nilay,KILINC CETİN Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, vol.27, no.1, 2022, ss.87 - 93. 10.5578/flora.20229907
AMA AKAR S,Celik Altunoglu Y,Baloglu M,TÜFEKCİ E,çöplü n,KILINC C Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi. 2022; 27(1): 87 - 93. 10.5578/flora.20229907
Vancouver AKAR S,Celik Altunoglu Y,Baloglu M,TÜFEKCİ E,çöplü n,KILINC C Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi. 2022; 27(1): 87 - 93. 10.5578/flora.20229907
IEEE AKAR S,Celik Altunoglu Y,Baloglu M,TÜFEKCİ E,çöplü n,KILINC C "Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey." Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, 27, ss.87 - 93, 2022. 10.5578/flora.20229907
ISNAD AKAR, SARAH vd. "Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey". Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi 27/1 (2022), 87-93. https://doi.org/10.5578/flora.20229907
Sayfa Oluşturulma Tarihi
09-05-2024 16:44

İLETİŞİM

TÜBİTAK ULAKBİM TR Dizin

Yüzüncüyıl, İşçi Blokları Mahallesi

Muhsin Yazıcıoğlu Caddesi No:51/C

06530 Çankaya / ANKARA +90 (312) 298 92 00

trdizin@tubitak.gov.tr

TÜBİTAK ULAKBİM Ulusal Akademik Ağ ve Bilgi Merkezi Cahit Arf Bilgi Merkezi © Tüm Hakları Saklıdır. Gizlilik Politikası Kullanım Şartları