Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri

ZARAKOĞLU, Pınar; AKOĞLU, Hadim; ÜNAL, Serhat; altun, belgin

Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri

Hadim AKOĞLU, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, İç Hastalıkları Anabilim Dalı, İnfeksiyon Hastalıkları Ünitesi, Ankara, Türkiye)

Pınar ZARAKOĞLU, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, İç Hastalıkları Anabilim Dalı, İnfeksiyon Hastalıkları Ünitesi, Ankara, Türkiye)

Belgin ALTUN, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, İç Hastalıkları Anabilim Dalı, İnfeksiyon Hastalıkları Ünitesi, Ankara, Türkiye)

Serhat ÜNAL (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, İç Hastalıkları Anabilim Dalı, İnfeksiyon Hastalıkları Ünitesi, Ankara, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

4 0

Yıl: 2010 Cilt: 44 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 343 - 355 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri

Öz:

Bu çalışmada Ocak 2004-Aralık 2005 tarihleri arasında Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde yatan hastalardan alınan çeşitli klinik örneklerden izole edilen hastane kaynaklı (HK) metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) izolatlarının (n= 110) epidemiyolojik ve moleküler özelliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. İzolatların elde edildiği klinik örnekler, servisler, antibiyotik duyarlılıkları, klonalite farklılıkları ile stafilokokal kromozomal kaset mec (SCCmec) ve Panton-Valentine Lökosidin (PVL) gen varlığı araştırılmıştır. İzolatların tanımlanması Sceptor otomatize sistemi (Becton Dickinson, ABD) ile yapılmıştır. MecA geninin yanı sıra SCCmec tipleri ve PVL gen varlığının saptanması için polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi kullanılmıştır. Klonal farklılıkların değerlendirilmesi için “pulsed field” jel elektroforezi (PFGE) uygulanmıştır. Çeşitli antibiyotiklere duyarlılık “Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)” önerilerine göre disk difüzyon ve E-test (AB Biodisk, İsveç) yöntemleriyle saptanmıştır. İzolatların elde edildiği klinik örnekler (37 püy, 35 kan, 23 derin trakeal aspirasyon, 5 kateter, 10 diğer) ağırlıklı olarak (%71) yoğun bakım üniteleri ve cerrahi servislerden elde edilmiştir. İzolatların tümünde mecA geni pozitif bulunmuş; 68 (%61.8)’inde SCCmec tip III, 38 (%34.5)’inde SCCmec varyant IIIB ve 3 (%2.7)’ünde SCCmec tip IV tespit edilmiştir. Bir suşta mecA geni pozitif olup, SCCmec tipleri arasında sınıflandırılamamıştır. PVL geni toplam 14 (%12.7) suşta pozitif bulunmuştur. İzolatların tümü tigesiklin, linezolid, vankomisin ve teikoplanine duyarlı iken; trimetoprim-sülfametoksazole %90, klindamisine %53, eritromisine %32’sinin duyarlı; gentamisin, siprofloksasin ve rifampine ise yüksek oranda (> %90) dirençli olduğu belirlenmiştir. Tüm MRSA suşları PFGE paternlerine göre değerlendirildiğinde 8 pulsotip (A, B, C, D, K, L, N, O) ayırt edilmiştir. İzolatların %92.7’sinin pulsotip A paterni gösterdiği saptanmıştır. Hastanemizde ağırlıklı olarak çeşitli yoğun bakım üniteleri ve cerrahi servislerde yatan hastaların püy ve kan örneklerinden izole edilen HK-MRSA izolatlarının çoklu ilaç direncine sahip olduğu gözlenmiştir. Bu izolatların büyük çoğunluğunun SCCmec III veya varyant tip IIIB taşıdığı belirlenmiştir. Toplum kökenli MRSA’nın bilinen bir virulans faktörü olan PVL, HK-MRSA izolatlarında da önemli oranda saptanmıştır. Bu durum MRSA izolatlarının değişen epidemiyolojisinin takibinin önemini vurgulamaktadır.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Epidemiological and molecular characteristics of hospital-acquired methicillin-resistant Ataphylococcus Aureus strains isolated in Hacettepe University Adult Hospital in 2004-2005

Öz:

The aim of this study was to determine the epidemiological and molecular characteristics of hospital-acquired (HA)-methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates by investigating the distribution of clinical samples according to the hospital wards, antibiotic susceptibility patterns, staphylococcal chromosome cassette mec (SCCmec) types and the presence of Panton-Valentine Leukocidin (PVL) genes. A total of 110 MRSA isolates obtained from various clinical samples of inpatients at Hacettepe University Adult Hospital between January 2004 and December 2005 were included in the study. The identification of the isolates was done by BD Sceptor automated system (Becton Dickinson, USA). The mecA gene, SCCmec types and PVL genes were detected by polymerase chain reaction (PCR). Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) was performed to examine the clonal relatedness. The susceptibility testing was performed for some antibiotics by E-test (AB Biodisk, Sweden) and for the others by disk diffusion methods according to the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) recommendations. The clinical samples (35 blood, 37 pus, 23 deep tracheal aspiration, 5 catheter, and 10 other samples) that yielded the MRSA strains were isolated from patients (71.5%) at intensive care units and surgical wards. All the isolates were positive for mecA gene. Of the isolates, 68 (61.8%) were harboring SCCmec type III, 38 (34.5%) SCCmec variant IIIB, and 3 (2.7%) SCCmec type IV. One isolate which was mecA gene positive could not be classified in any of the SCCmec types. PVL was positive in 14 (12.7%) of the isolates. All MRSA strains were susceptible to tigecycline, linezolid, vancomycin and teicoplanin; however, exhibited high rates (> 90%) of resistance to gentamicin, ciprofloxacin and rifampin. Susceptibility rates to trimethoprim/sulfamethoxazole was 90%, clindamycin 53% and erythromycin 32%. Eight pulsotypes were distinguished on the basis of PFGE (A, B, C, D, K, L, N, O). Of the total isolates, 92.7% belonged to pulsotype A. HA-MRSA strains predominantly isolated from pus and blood samples of inpatients at intensive care units and surgical wards in our hospital were multi-resistant. Majority of these isolates were SCCmec III, or variant IIIB type. Although PVL is known as a common virulence factor of community-acquired MRSA, HA-MRSA isolates in our center have a considerable rate of PVL positivity pointing out the importance of surveillance of the changing epidemiology of MRSA.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Benner EJ, Kayser FH. Growing clinical significance of methicilliresistant Staphylococcus aureus. Lancet 1968; 2: 741-4.
2. Rubin RJ, Harrington CA, Poon A, Dietrich K, Greene JA, Moiduddin A. The economic impact of Staphylococcus aureus infection in New York City hospitals. Emerg Infect Dis 1999; 5: 9-17.
3. Naimi TS, LeDell KH, Como-Sabetti K, et al. Comparison of community- and health care-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus infection. JAMA 2003; 290: 2976-84.
4. Murakami K, Minamide W, Wada K, Nakamura E, Teraoka H, Watanabe S. Identification of methicillin-resistant strains of staphylococci by polymerase chain reaction. J Clin Microbiol 1991; 29: 2240-4.
5. Katayama Y, Ito T, Hiramatsu K. Genetic organization of the chromosome region surrounding mecA in clinical staphylococcal strains: role of IS43 mediated mecI deletion in expression of resistance in mecA-carrying, low-level methicillin-resistant Staphylococcus haemolyticus. Antimicrob Agents Chemother 2001; 45:
1955-63. 6. Oliveira DC, Tomasz A, de Lencastre H. The evolution of pandemic clones of methicillin-resistant Staphylococcus aureus: identification of two ancestral genetic backgrounds and the associated mec elements. Microb Drug Resist 2001; 7: 349-61.
7. Eady EA, Cove JH. Staphylococcal resistance revisited: community-acquired methicillin resistant Staphylococcus aureus--an emerging problem for the management of skin and soft tissue infections. Curr Opin Infect Dis 2003; 16: 103-24.
8. Garner JS, Jarvis WR, Emori TG, Horan TC, Hughes JM. CDC definitions for nosocomial infections. 1988. Am J Infect Control 1988; 16: 128-40.
9. Unal S, Hoskins J, Flokowitsch JE, Wu CY, Preston DA, Skatrud PL. Detection of methicillin-resistant staphylococci by using the polymerase chain reaction. J Clin Microbiol 1992; 30: 1685-91.
10. Oliveira DC, de Lencastre H. Multiplex PCR strategy for rapid identification of structural types and variants of the mec element in methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Antimicrob Agents Chemother 2002; 46: 2155-61.
11. Murray BE, Singh KV, Heath JD, Sharma BR, Weinstock GM. Comparison of genomic DNAs of different enterococcal isolates using restriction endonucleases with infrequent recognition sites. J Clin Microbiol 1990; 28: 2059-63.
12. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. Fifteenth Informational Supplement M100-S15, 2005. CLSI, Wayne, Pa.
13. Tiemersma EW, Bronzwaer SL, Lyytikäinen O, et al. European Antimicrobial Resistance Surveillance System Participants. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Europe, 1999-2002. Emerg Infect Dis 2004; 10: 1627-34.
14. Johnson AP, Pearson A, Duckworth G. Surveillance and epidemiology of MRSA bacteraemia in the UK. J Antimicrob Chemother 2005; 56:455-62.
15. Khairulddin N, Bishop L, Lamagni TL, Sharland M, Duckworth G. Emergence of methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) bacteraemia among children in England and Wales, 1990-2001. Arch Dis Child 2004; 89: 378-9.
16. Ito T, Okuma K, Ma XX, Yuzawa H, Hiramatsu K. Insights on antibiotic resistance of Staphylococcus aureus from its whole genome: genomic island SCC. Drug Resist Updat 2003; 6:41-52.
17. Borg MA, de Kraker M, Scicluna E, et al. ARMed Project Members and Collaborators. Prevalence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in invasive isolates from southern and eastern Mediterranean countries. J Antimicrob Chemother 2007; 60: 1310-5.
18. Tosun I, Udo EE, Noronha B, et al. Emergence of rifampicin resistance in methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolated at a Turkish university hospital. Microb Drug Resist 2005; 11: 48-52.
19. Samra Z, Ofer O, Shmuely H. Susceptibility of methicillin-resistant Staphylococcus aureus to vancomycin, teicoplanin, linezolid, pristinamycin and other antibiotics. Isr Med Assoc J 2005; 7: 148-50.
20. Ito T, Ma XX, Takeuchi F, Okuma K, Yuzawa H, Hiramatsu K. Novel type V staphylococcal cassette chromosome mec driven by a novel cassette chromosome recombinase, ccrC. Antimicrob Agents Chemother 2004; 48: 2637-51.
21. Oliveira DC, Tomasz A, de Lencastre H. The evolution of pandemic clones of methicillin-resistant Staphylococcus aureus: identification of two ancestral genetic backgrounds and the associated mec elements. Microb Drug Resist 2001; 7: 349-61.
22. Daum RS, Ito T, Hiramatsu K, et al. A novel methicillin-resistance cassette in community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates of diverse genetic backgrounds. J Infect Dis 2002; 186: 1344-7.
23. Dufour P, Gillet Y, Bes M, et al. Community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus infections in France: emergence of a single clone that produces Panton-Valentine leukocidin. Clin Infect Dis 2002; 35: 819-24.
24. Wannet WJ, Spalburg E, Heck ME, et al. Emergence of virulent methicilliresistant Staphylococcus aureus strains carrying Panton-Valentine leucocidin genes in The Netherlands. J Clin Microbiol 2005; 43: 3341-5.
25. Vandenesch F, Etienne J. How to prevent transmission of MRSA in the open community? Euro Surveill 2004;9: 5.
26. Ben Nejma M, Mastouri M, Frih S, Sakly N, Ben Salem Y, Nour M. Molecular characterization of methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolated in Tunisia. Diagn Microbiol Infect Dis 2006; 55: 21-6.
27. Kilic A, Guclu AU, Senses Z, Bedir O, Aydogan H, Basustaoglu AC. Staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) characterization and panton-valentine leukocidin gene occurrence for methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Turkey, from 2003 to 2006. Antonie Van Leeuwenhoek 2008; 94: 607-14.
28. Karahan ZC, Tekeli A, Adaleti R, Koyuncu E, Dolapci I, Akan OA. Investigation of Panton-Valentine leukocidin genes and SCCmec types in clinical Staphylococcus aureus isolates from Turkey. Microb Drug Resist 2008; 14: 203-10.
29. Berglund C, Mölling P, Sjöberg L, Söderquist B. Predominance of staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) type IV among methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in a Swedish county and presence of unknown SCCmec types with Panton-Valentine leukocidin genes. Clin Microbiol Infect 2005; 11: 447-56.
30. Boussaud V, Parrot A, Mayaud C, et al. Life-threatening hemoptysis in adults with community-acquired pneumonia due to Panton-Valentine leukocidin-secreting Staphylococcus aureus. Intensive Care Med 2003; 29: 1840-3.
31. Ramdani-Bouguessa N, Bes M, Meugnier H, et al. Detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains resistant to multiple antibiotics and carrying the Panton-Valentine leukocidin genes in an Algiers hospital. Antimicrob Agents Chemother 2006; 50: 1083-5.
32. Chini V, Petinaki E, Foka A, Paratiras S, Dimitracopoulos G, Spiliopoulou I. Spread of Staphylococcus aureus clinical isolates carrying Panton-Valentine leukocidin genes during a 3-year period in Greece. Clin Microbiol Infect 2006; 12: 29-34.
33. Jarraud S, Mougel C, Thioulouse J, et al. Relationships between Staphylococcus aureus genetic background, virulence factors, agr groups (alleles), and human disease. Infect Immun 2002; 70: 631-41.

APA	AKOĞLU H, ZARAKOĞLU P, altun b, ÜNAL S (2010). Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri. , 343 - 355.
Chicago	AKOĞLU Hadim,ZARAKOĞLU Pınar,altun belgin,ÜNAL Serhat Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri. (2010): 343 - 355.
MLA	AKOĞLU Hadim,ZARAKOĞLU Pınar,altun belgin,ÜNAL Serhat Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri. , 2010, ss.343 - 355.
AMA	AKOĞLU H,ZARAKOĞLU P,altun b,ÜNAL S Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri. . 2010; 343 - 355.
Vancouver	AKOĞLU H,ZARAKOĞLU P,altun b,ÜNAL S Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri. . 2010; 343 - 355.
IEEE	AKOĞLU H,ZARAKOĞLU P,altun b,ÜNAL S "Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri." , ss.343 - 355, 2010.
ISNAD	AKOĞLU, Hadim vd. "Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri". (2010), 343-355.

APA	AKOĞLU H, ZARAKOĞLU P, altun b, ÜNAL S (2010). Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri. Mikrobiyoloji Bülteni, 44(3), 343 - 355.
Chicago	AKOĞLU Hadim,ZARAKOĞLU Pınar,altun belgin,ÜNAL Serhat Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri. Mikrobiyoloji Bülteni 44, no.3 (2010): 343 - 355.
MLA	AKOĞLU Hadim,ZARAKOĞLU Pınar,altun belgin,ÜNAL Serhat Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.44, no.3, 2010, ss.343 - 355.
AMA	AKOĞLU H,ZARAKOĞLU P,altun b,ÜNAL S Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri. Mikrobiyoloji Bülteni. 2010; 44(3): 343 - 355.
Vancouver	AKOĞLU H,ZARAKOĞLU P,altun b,ÜNAL S Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri. Mikrobiyoloji Bülteni. 2010; 44(3): 343 - 355.
IEEE	AKOĞLU H,ZARAKOĞLU P,altun b,ÜNAL S "Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri." Mikrobiyoloji Bülteni, 44, ss.343 - 355, 2010.
ISNAD	AKOĞLU, Hadim vd. "Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesinde 2004-2005 yıllarında izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus Aureus suşlarının epidemiyolojik ve moleküler özellikleri". Mikrobiyoloji Bülteni 44/3 (2010), 343-355.