Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması

ASLAN, GÖNÜL; DİREKEL, ŞAHİN; EMEKDAŞ, Gürol; CEYHAN, Osman; Tarhan, Gülnur; CAFRİ, Uğur

Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması

Uğur CAFRİ, (Mersin Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

Gönül ASLAN, (Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

Şahin DİREKEL, (Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

Gülnur TARHAN, (Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı, Tüberküloz Referans ve Araştırma Laboratuvarı, Ankara, Türkiye)

Osman CEYHAN, (Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı, Tüberküloz Referans ve Araştırma Laboratuvarı, Ankara, Türkiye)

Gürol EMEKDAŞ (Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

24 0

Yıl: 2010 Cilt: 44 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 395 - 403 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması

Öz:

Doğada ve çevrede yaygın olarak bulunan tüberküloz dışı mikobakteriler (nontuberculous mycobacteria; NTM), özellikle immün sistemi baskılanmış konaklarda fırsatçı enfeksiyonların en önemli nedenlerindendir. Bu çalışmada, Mersin’de toprak, çiğ süt ve su dağıtım sistemlerinden alınan örneklerden NTM izolasyonu ve tanımlanması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Kasım 2003-Mayıs 2004 tarihleri arasında Mersin ili içinden ve çevresinden toplanan 101 su, 124 toprak ve 40 süt örneği dahil edilmiştir. Su örnekleri, 29 farklı su dağıtım sisteminden; toprak örnekleri, Mersin ve çevresindeki çeşitli park ve bahçelerden; süt örnekleri ise değişik bölgelerde pazarlanan çiğ sütlerden toplanmıştır. Örneklere homojenizasyon ve dekontaminasyon işlemi uygulandıktan sonra aside dirençli boyama ve Löwenstein-Jensen besiyerinde kültür yapılarak aside dirençli bakteriler araştırılmıştır. Kültürden izole edilen aside dirençli bakteriler, polimeraz zincir reaksiyonu temelli RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) ve INNO-LIPA Mycobacteria yöntemleri ile tanımlanmıştır. Çalışmamızda, su örneklerinin %4.9 (5/101)’unda ve toprak örneklerinin %0.8 (1/124)’inde kültür ve polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile NTM pozitifliği saptanırken, çiğ süt ör- neklerinin hiçbirisinde NTM tespit edilmemiştir. Su örneklerinden izole edilen NTM suşlarının üçü, PCR-RFLP ve INNO-LIPA Mycobacteria yöntemleri ile Mycobacterium chelonae tip III, ikisi Mycobacterium kansasii tip II olarak; toprak örneğinden izole edilen bir suş ise Mycobacterium fortuitum olarak tanımlanmıştır. NTM varlığı saptanan beş su örneğinin ikisinin hastane musluk suyu örnekleri olduğu dikkati çekmiştir. Sonuç olarak, özellikle hastanelerde su ve çevresel ortamların NTM ile kontaminasyon/kolonizasyonu, nozokomiyal enfeksiyonlar için potansiyel risk oluşturduğundan, su sistemleri ve tıbbi donanımların sürveyans kültürlerinin yapılması, kaynağın en kısa sürede belirlenmesi, izolatların tanımlanması ve tiplendirilmesinin, etkili kontrol önlemlerinin (uygun sterilizasyon/dezenfeksiyon yöntemleri, su sistemlerinin bakımı ve modernizasyonu vb.) alınması için gerekli olduğu düşünülmüştür.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Identification and isolation of non-tuberculous mycobacteria from environmental samples

Öz:

Non-tuberculous mycobacteria (NTM) found frequently in tap water and environment cause important opportunistic infections in immunocompromised patients. The aim of this study was to isolate and identify non-tuberculous mycobacteria in soil, raw milk and water distribution system samples in Mersin (a province located at Mediterranean region of Turkey). A total of 101 water, 124 soil and 40 milk samples collected from the central part and suburban parts of Mersin during November 2003-May 2004 period were included in the study. Water samples were collected from 29 different water distribution sys- tems; soil samples from different parks and gardens and milk samples from raw milks sold at different districts. After the samples were processed by homogenization and decontamination, acid-fast staining and culture into Löwenstein-Jensen medium were performed. Acid-fast bacilli isolated from culture medium were identified by using conventional methods, polymerase chain reaction (PCR)-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) and INNO-LIPA Mycobacteria methods. NTM were identified from 4.9% (5/101) of water samples and 0.8% (1/124) of soil samples by culture and PCR. No NTM were detected in the raw milk samples. Three of the NTM strains isolated from water samples were defined as Mycobacterium chelonae type III and two as Mycobacterium kansasii type II. One NTM strain isolated from soil was defined as Mycobacterium fortuitum. It was of note that two of the five NTM positive water samples were tap water samples collected from hospitals. It was concluded that NTM colonization/contamination of water and environment in the hospitals was a potential risk factor in terms of nosocomial infections. Thus surveillance cultures of the water systems and the medical devices in the hospital are necessary to fix the source of NTM, to identify and type the strains and to establish effective control measures such as sterilization, disinfection, maintenance and modernization of water systems.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Grubek-Jaworska H, Walkiewicz R, Safianowska A, et al. Nontuberculous mycobacterial infections among patients suspected of pulmonary tuberculosis. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2009; 28: 739-44.
2. Primm TP, Lucero CA, Falkinham JO. Health impacts of environmental Mycobacteria. Clin Microbiol Rev 2004; 17: 98-106.
3. Falkinham JO. Surrounded by mycobacteria: nontuberculous mycobacteria in the human environment J Appl Microbiol 2009; 107: 356-67.
4. Choudhri S, Manfreda J, Wolfe J, Parker S, Long R. Clinical significance of nontuberculous mycobacteria isolates in a Canadian tertiary care center. Clin Infect Dis 1995; 21: 128-33.
5. Le Dantec C, Duguet JP, Montiel A, Dumoutier N, Dubrou S, Vincent V. Occurrence of mycobacteria in water treatment lines and in water distribution systems. Appl Environ Microbiol 2002; 68: 5318-25.
6. Phillips MS, Von Reyn CF. Nosocomial infections due to nontuberculous mycobacteria. Clin Infect Dis 2001; 33: 1363-74.
7. Goslee S, Wolinsky E. Water as a source of potentially pathogenic mycobacteria. Am Rev Respir Dis 1976; 113: 287-92.
8. Parashar D, Chauhan DS, Sharma VD, Chauhan A, Chauhan SV, Katoch VM. Optimization of procedures for isolation of mycobacteria from soil and water samples obtained in northern India. Appl Environ Microbiol 2004; 70: 3751-3.
9. Brooks RW, Parker BC, Gruft H, Falkinham, JO. Epidemiology of infection by nontuberculous mycobacteria. Am Rev Respir Dis 1984; 130: 630-3.
10. Chapman JS, Speight M. Isolation of atypical mycobacteria from pasteurized milk. Am Rev Respir Dis 1968; 98: 1052-4.
11. Durmaz R (ed). Nükleik asit amplifikasyon yöntemlerinde sorunlar ve standardizasyon, s: 45-6. Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji. 2001, 2. Baskı. Kozan Ofset, Ankara.
12. Shinnick T. The 65-kilodalton antigen of Mycobacterium tuberculosis. J Bacteriol 1987; 169: 1080-8.
13. Telenti A, Marchesi F, Balz M, Bally F, Böttger EC, Bodmer T. Rapid identification of mycobacteria to species level by polymerase chain reaction and restriction enzyme analysis. J Clin Microbiol 1993; 31: 175 -8.
14. Ergin MA, Kocagöz T, Us D, Günalp A. Evaluation of 120 Mycobacterial strains isolated from clinical specimens to the species level by polymerase chain reaction-restriction enzyme analysis. Scand J Infect Dis 2000; 32: 657-62.
15. Covert TC, Rodgers MR, Reyes AL, Stelma GN. Occurrence of nontuberculous mycobacteria in environmental samples. Appl Environ Microbiol 1999; 65: 2492-6.
16. Chang CT, Wang LY, Liao CY, Huang SP. Identification of nontuberculous mycobacteria existing in tap water by PCR-restriction fragment length polymorphism. Appl Environ Microbiol 2002; 68: 3159-61.
17. Narang R, Narang P, Mendiratta DK. Isolation and identification of nontuberculosis mycobacteria from water and soil in central India. Indian J Med Microbiol 2009; 27: 247-50.
18. Akbal H. Çevre örnekleri ve klinik materyallerden üretilen mikobakterilerin tiplendirilmesi. İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi Yüksek Lisans Tezi, 1998.
19. Kubica GP, Beam RE, Palmer JW. A method for the isolation of unclassified acid-fast bacilli from soil and water. Am Rev Respir Dis 1963; 88: 718-20.
20. Donoghue HD, Overend E, Stanford JL. A longitudinal study of environmental mycobacteria on a farm in south-west England. J Appl Microbiol 1997; 82: 57-67.
21. Katila ML, Iivanainen E, Torkko P, Kauppinen J, Martikainen P, Väänänen P. Isolation of potentially pathogenic mycobacteria in the Finish environment. Scand J Infect Dis Suppl 1995; 98: 9-11.
22. Leite CQ, Anno IS, Leite SR, Roxo E, Morlock GP, Cooksey RC. Isolation and identification of mycobacteria from livestock specimens and milk obtained in Brazil. Mem Inst Oswaldo Cruz 2003; 98: 319-23.
23. Jordao Junior CM, Lopes FC, David S, Farache Filho A, Leite CQ. Detection of nontuberculous mycobacteria from water buffalo raw milk in Brazil. Food Microbiol 2009; 26: 658-61.
24. Konuk M, Korcan E, Dülgerbaki S, Altındiş M. Isolation and identification of mycobacteria from raw milk samples in Afyonkarahisar district of Turkey. Intern J Food Microbiol 2007; 115: 343-7.
25. Vaerewijck MJ, Huys G, Palomino JC, Swings J, Portaels F. Mycobacteria in drinking water distribution systems: ecology and significance for human health. FEMS Microbiol Rev 2005; 29: 911-34.

APA	CAFRİ U, ASLAN G, DİREKEL Ş, Tarhan G, CEYHAN O, EMEKDAŞ G (2010). Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması. , 395 - 403.
Chicago	CAFRİ Uğur,ASLAN GÖNÜL,DİREKEL ŞAHİN,Tarhan Gülnur,CEYHAN Osman,EMEKDAŞ Gürol Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması. (2010): 395 - 403.
MLA	CAFRİ Uğur,ASLAN GÖNÜL,DİREKEL ŞAHİN,Tarhan Gülnur,CEYHAN Osman,EMEKDAŞ Gürol Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması. , 2010, ss.395 - 403.
AMA	CAFRİ U,ASLAN G,DİREKEL Ş,Tarhan G,CEYHAN O,EMEKDAŞ G Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması. . 2010; 395 - 403.
Vancouver	CAFRİ U,ASLAN G,DİREKEL Ş,Tarhan G,CEYHAN O,EMEKDAŞ G Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması. . 2010; 395 - 403.
IEEE	CAFRİ U,ASLAN G,DİREKEL Ş,Tarhan G,CEYHAN O,EMEKDAŞ G "Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması." , ss.395 - 403, 2010.
ISNAD	CAFRİ, Uğur vd. "Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması". (2010), 395-403.

APA	CAFRİ U, ASLAN G, DİREKEL Ş, Tarhan G, CEYHAN O, EMEKDAŞ G (2010). Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması. Mikrobiyoloji Bülteni, 44(3), 395 - 403.
Chicago	CAFRİ Uğur,ASLAN GÖNÜL,DİREKEL ŞAHİN,Tarhan Gülnur,CEYHAN Osman,EMEKDAŞ Gürol Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması. Mikrobiyoloji Bülteni 44, no.3 (2010): 395 - 403.
MLA	CAFRİ Uğur,ASLAN GÖNÜL,DİREKEL ŞAHİN,Tarhan Gülnur,CEYHAN Osman,EMEKDAŞ Gürol Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.44, no.3, 2010, ss.395 - 403.
AMA	CAFRİ U,ASLAN G,DİREKEL Ş,Tarhan G,CEYHAN O,EMEKDAŞ G Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2010; 44(3): 395 - 403.
Vancouver	CAFRİ U,ASLAN G,DİREKEL Ş,Tarhan G,CEYHAN O,EMEKDAŞ G Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2010; 44(3): 395 - 403.
IEEE	CAFRİ U,ASLAN G,DİREKEL Ş,Tarhan G,CEYHAN O,EMEKDAŞ G "Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması." Mikrobiyoloji Bülteni, 44, ss.395 - 403, 2010.
ISNAD	CAFRİ, Uğur vd. "Çevre örneklerinden tüberküloz dışı mikobakterilerin izolasyonu ve tanımlanması". Mikrobiyoloji Bülteni 44/3 (2010), 395-403.