Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması

US, EBRU; DOLAPÇI, GÜLLÜ İŞTAR; ÇÖLOĞLU, Derya; Karahan, Zeynep Ceren; TEKELI, ALPER; ULUSOY, Mehtap; MUMCUOGLU, IPEK

Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması

GÜLLÜ İŞTAR DOLAPÇI, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Zeynep Ceren KARAHAN, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

İpek MUMCUOĞLU, (SB Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği, Ankara, Türkiye)

Ebru US, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Derya ÇÖLOĞLU, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Mehtap ULUSOY, (SB Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği, Ankara, Türkiye)

FAZIL ALPER TEKELİ (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

2 0

Yıl: 2010 Cilt: 44 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 547 - 552 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması

Öz:

Acinetobacter türleri, özellikle Acinetobacter baumannii, çeşitli hastane enfeksiyonlarından da sorumlu olan, önemli fırsatçı patojenlerdir. Sıklıkla geniş spektrumlu beta-laktam antibiyotikler, aminoglikozidler ve kinolonları da içeren birçok antibiyotiğe direnç geliştirme eğilimindedirler. Bu çalışmada hastane enfeksiyonu etkeni olan A.baumannii izolatlarında sınıf 1 integron taşıyıcılığı sıklığının saptanması amaçlanmıştır. Bunun için SB Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesinde Eylül 2006-Ağustos 2007 tarihleri arasını kapsayan bir yıllık dönemde farklı klinik örneklerden hastane enfeksiyonu etkeni olarak izole edilen karbapeneme dirençli toplam 89 adet A.baumannii suşu değerlendirilmiştir. İzolatların sınıf 1 integron taşıyıcılıkları 5’CS ve 3’CS primerleri kullanılarak, korunmuş bölgelerle sınırlanmış değişken bölgeleri içeren kromozomal DNA bölümü amplifiye edilerek araştırılmıştır. Bunun sonucunda suşların %93.3 (83/89)’ünün sınıf 1 integron yapısı taşıdıkları ortaya konulmuştur. Araya giren gen kasetlerinin boyutlarının 100-3000 baz çift arasında değiştiği izlenmiştir. Bugüne kadar yapılan çalışmalarda Acinetobacter türlerinde sınıf 1 integron yapısının yaygın olduğu bildirilmiştir. Bizim çalışmamızda da %93.3 oranı ile sınıf 1 integron pozitifliği yüksek olarak bulunmuştur. İzolatların “pulsed-field” jel elektroforezi (PFGE) yöntemi ile tiplendirilmeleri sonucunda 13 farklı gruba ayrıldıkları ve iki grupta yoğunlaşma olduğu izlenmiştir (grup A: 29; grup C: 21 izolat). Sınıf 1 integron yapısını taşımayan toplam 6 izolatın (6/89; %6.7) 5’inin aynı PFGE paternini (grup C) gösterdikleri saptanmıştır. İntegronlar antibiyotik direnç genlerinin dağılımında ve suşların nozokomiyal yayılımında önemli rol oynamaktadır. İntegronların polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile araştırılması, A.baumannii izolatlarının epidemik potansiyelini ortaya koymada hızlı ve basit bir teknik olarak görünmektedir.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Investigation of presence of class 1integrons in clinical isolates of carbapenem-resistant Acinetobacter Baumannii

Öz:

Acinetobacter species, particularly Acinetobacter baumannii, are important opportunistic pathogens responsible for nosocomial infections. They are often resistant to a wide range of antibiotics, including broad-spectrum beta-lactams, aminoglycosides and quinolones. This study was aimed to investigate the presence of class 1 integrons in nosocomial A.baumannii isolates. Eighty-nine carbapenem resistant nosocomial A.baumannii strains recovered from various clinical samples at Ankara Numune Teaching and Research Hospital during September 2006-August 2007, were included in the study. To determine the presence of integrons in Acinetobacter isolates, a chromosomal DNA region that consists of internal variable gene sequences restricted to two conserved regions, was amplified by using 5’CS and 3’CS primers. Class 1 integrons were demonstrated in 93.3% (83/89) of the strains. The range of inserted gene cassette sizes detected varied from 100 to 3000 base pairs. Recent studies have shown that the majority of integrons belong to class 1 among Acinetobacter species. This study also indicated that class I integrons were present in 93.3% of the A.baumannii isolates. The isolates were genotyped by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and found to be distributed into 13 different groups, two of the groups predominated the isolates (group A: 29, group C: 21 isolates). Five of 6 isolates that did not have the class 1 integron (6/89; 6.7%) exhibited the same PFGE pattern (group C). Since integrons are important for the dissemination of antibioticresistance genes among nosocomial Acinetobacter species, the investigation of integrons by polymerase chain reaction method seems to be a rapid and simple technique for revealing the epidemic potential of A.baumannii isolates.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Oh JY, Kim KS, Jeong YW, et al. Epidemiological typing and prevalence of integrons in multiresistant Acinetobacter strains. APMIS 2002; 110: 247-52.
2. Gaur A, Prakash P, Anupurba S, et al. Possible role of integrase gene polymerase chain reaction as an epidemiological marker: study of multidruresistant Acinetobacter baumannii isolated from nosocomial infections. Int J Antimicrob Agents 2007; 29: 446-50.
3. Gallego L, Towner KJ. Carriage of class 1 integrons and antibiotic resistance in clinical isolates of Acinetobacter baumannii from Northern Spain. J Med Microbiol 2001; 50: 71-7.
4. Turton JF, Kaufmann ME, Glover J, et al. Detection and typing of integrons in epidemic strains of Acinetobacter baumannii found in the United Kingdom. J Clin Microbiol 2005; 43: 3074-82.
5. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. Sixteenth Informational Supplement, M100 S16. 2006. CLSI, Wayne, PA.
6. Koeleman JG, Stoof J, Van der Bijl MW, Vandenbroucke-Grauls CM, Savelkoul PH. Identification of epidemic strains of Acinetobacter baumannii by integrase gene PCR. J Clin Microbiol 2001; 39: 8-13.
7. Tenover FC, Arbeit RD, Goering RV, et al. Interpreting chromosomal DNA restriction patterns produced by pulsed field gel electrophoresis criteria for bacterial strain typing. J Clin Microbiol 1995; 33: 2233-9.
8. Vahapoglu H, Budak F, Kasap M, et al. High prevalence of OXA-51-type class D β-lactamases among ceftazidimeresistant clinical isolates of Acinetobacter spp.: co-existence with OXA-58 in multiple centres. J Antimicrob Chemother 2006; 58: 537-42.
9. Liu SY, Lin JY, Chu C, Su LH, Lin TY, Chiu CH. Integron-associated imipenem resistance in Acinetobacter baumannii isolated from a regional hospital in Taiwan. Int J Antimicrob Agents 2006; 27: 81-4.
10. Levesque C, Piche L, Larose C, Roy PH. PCR mapping of integrons reveals several novel combinations of resistance genes. Antimicrob Agents Chemother 1995; 39: 185-91.
11. Ruiz J, Navia MM, Casals C, Sierra JM, Jiménez De Anta MT, Vila J. Integromediated antibiotic resistance in Acinetobacter baumannii clinical isolates from Spain. Clin Microbiol Infect 2003; 9: 907-11.

APA	DOLAPÇI G, Karahan Z, MUMCUOGLU I, US E, ÇÖLOĞLU D, ULUSOY M, TEKELI A (2010). Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması. , 547 - 552.
Chicago	DOLAPÇI GÜLLÜ İŞTAR,Karahan Zeynep Ceren,MUMCUOGLU IPEK,US EBRU,ÇÖLOĞLU Derya,ULUSOY Mehtap,TEKELI ALPER Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması. (2010): 547 - 552.
MLA	DOLAPÇI GÜLLÜ İŞTAR,Karahan Zeynep Ceren,MUMCUOGLU IPEK,US EBRU,ÇÖLOĞLU Derya,ULUSOY Mehtap,TEKELI ALPER Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması. , 2010, ss.547 - 552.
AMA	DOLAPÇI G,Karahan Z,MUMCUOGLU I,US E,ÇÖLOĞLU D,ULUSOY M,TEKELI A Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması. . 2010; 547 - 552.
Vancouver	DOLAPÇI G,Karahan Z,MUMCUOGLU I,US E,ÇÖLOĞLU D,ULUSOY M,TEKELI A Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması. . 2010; 547 - 552.
IEEE	DOLAPÇI G,Karahan Z,MUMCUOGLU I,US E,ÇÖLOĞLU D,ULUSOY M,TEKELI A "Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması." , ss.547 - 552, 2010.
ISNAD	DOLAPÇI, GÜLLÜ İŞTAR vd. "Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması". (2010), 547-552.

APA	DOLAPÇI G, Karahan Z, MUMCUOGLU I, US E, ÇÖLOĞLU D, ULUSOY M, TEKELI A (2010). Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, 44(4), 547 - 552.
Chicago	DOLAPÇI GÜLLÜ İŞTAR,Karahan Zeynep Ceren,MUMCUOGLU IPEK,US EBRU,ÇÖLOĞLU Derya,ULUSOY Mehtap,TEKELI ALPER Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni 44, no.4 (2010): 547 - 552.
MLA	DOLAPÇI GÜLLÜ İŞTAR,Karahan Zeynep Ceren,MUMCUOGLU IPEK,US EBRU,ÇÖLOĞLU Derya,ULUSOY Mehtap,TEKELI ALPER Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.44, no.4, 2010, ss.547 - 552.
AMA	DOLAPÇI G,Karahan Z,MUMCUOGLU I,US E,ÇÖLOĞLU D,ULUSOY M,TEKELI A Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2010; 44(4): 547 - 552.
Vancouver	DOLAPÇI G,Karahan Z,MUMCUOGLU I,US E,ÇÖLOĞLU D,ULUSOY M,TEKELI A Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2010; 44(4): 547 - 552.
IEEE	DOLAPÇI G,Karahan Z,MUMCUOGLU I,US E,ÇÖLOĞLU D,ULUSOY M,TEKELI A "Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması." Mikrobiyoloji Bülteni, 44, ss.547 - 552, 2010.
ISNAD	DOLAPÇI, GÜLLÜ İŞTAR vd. "Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Acinetobacter Baumannıı suşlarında sınıf 1integron taşıyıcılığının araştırılması". Mikrobiyoloji Bülteni 44/4 (2010), 547-552.