Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi

DOGRUER, YUSUF; Telli, A. Ezgi; BIÇER, YUSUF; Telli, Nihat

doi:10.47027/duvetfd.1095611

Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi

Yusuf DOĞRUER, (Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Besin Hijyeni ve Teknolojisi Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Arife Ezgi TELLİ, (Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Besin Hijyeni ve Teknolojisi Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Nihat TELLİ, (Konya Teknik Üniversitesi, Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu, Gıda İşleme Bölümü, Konya, Türkiye)

Yusuf BİÇER (Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Besin Hijyeni ve Teknolojisi Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi

8 0

Yıl: 2022 Cilt: 15 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 14 - 19 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.47027/duvetfd.1095611 İndeks Tarihi: 09-08-2022

Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi

Öz:

Araştırmada, deniz ürünlerinde halk sağlığı bakımından yüksek riskli olarak tanımlanan Vibrio parahaemolyticus, V. vulnificus ve V. cholerae’nın varlığının belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla örneklerde etken tespiti için hızlı ve etkin bir yöntem olan İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) metodu kullanıldı. Araştırma materyali olarak farklı satış noktalarından temin edilen dondurulmuş deniz ürünleri kullanıldı (n=212). Örneklerde klasik kültür yöntemiyle etken izolasyonu için ISO / TS 21872-1:2007 ve ISO 21872-2:2007 yöntemleri uygulandı. Elde edilen şüpheli izolatlarda gerçekleştirilen DNA ekstraksiyonu sonrasında genus spesifik PCR reaksiyonuyla gyrB1 gen bölgesi hedeflenerek Vibrio spp. varlığı doğrulandı. Pozitif örneklere V. parahaemolyticus, V. vulnificus ve V. cholerae için sırasıyla toxR, vvhA ve ompW hedef gen bölgelerine yönelik LAMP primer setleri kullanılarak turbidite bazlı Real-Time LAMP uygulandı. Araştırma bulguları değerlendirildiğinde, klasik kültürel yöntemle örneklerin %16.98’inde (36/212) Vibrio spp. kontaminasyonu olduğu belirlendi. Bununla birlikte Vibrio spp. pozitif izolatlarda LAMP reaksiyonu bulgularına göre V. cholerae varlığı tespit edilemezken V. parahaemolyticus ve V. vulnificus kontaminasyon düzeyleri ise sırasıyla %36.1 (13/36) ve %5.5 (2/36) olarak saptandı. Bu çalışma, dondurulmuş muhafaza uygulanarak satışa sunulan deniz ürünlerinde V. parahaemolyticus ve V. vulnificus gibi patojenik suşların varlığının tespiti ve bu gıdaların vibriosis bakımından önemini ortaya koymaktadır. Bu bağlamda deniz ürünlerinde dondurulmuş muhafaza öncesi mikrobiyal kalitenin ve muhafaza esnasındaki koşulların ve hijyenik standartların oluşturulmasının önemli olduğu düşünülmektedir.

Anahtar Kelime: Dondurulmuş deniz ürünleri LAMP Vibrio spp.

Presence of Vibrio spp. in Frozen Seafoods by Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) Method

Öz:

In the study, it was aimed to determine the presence of Vibrio parahaemolyticus, V. vulnificus and V. cholerae, which are defined as high risk for public health in seafood. For this purpose, Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) method, which is a fast an d effective method for agent detection in samples, was used. Frozen seafoods obtained from different sales points were used as research material (n=212). ISO / TS 21872-1:2007 and ISO 21872-2:2007 methods were applied for the isolation from the samples using the classical cultural method. After DNA extraction performed on the suspected isolates, presence of Vibrio spp. was confirmed by genus-specific PCR reaction using the gyrB1 gene region. A turbidity-based Real-Time LAMP was applied to positive samples using LAMP primer sets for V. parahaemolyticus, V. vulnificus and V. cholerae targeted gene regions of toxR, vvhA and ompW, respectively. When the results were evaluated, it was determined that 16.98% (36/212) of the samples were contaminated with Vibrio spp. using the classical cultural method. However, the presence of V. cholerae could not be detected in Vibrio spp. positive isolates according to the LAMP reaction, while the contamination levels of V. parahaemolyticus and V. vulnificus were found to be 36.1% (13/36) and 5.5% (2/36), respectively. This study reveals the presence of pathogenic strains such as V. parahaemolyticus and V. vulnificus in seafood products sold in frozen storage and the importance of these foods in terms of vibriosis. In this context, it is thought that it is importan t to establish microbial quality before frozen storage, conditions during storage and hygienic standards in frozen seafood.

Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Ina-Salwany MY, Al-saari N, Mohamad A et al. (2019). Vibriosis in Fish: A Review on Disease Development and Prevention. J Aquat Anim Health. 31 (1): 3-22.
2. Helmi AM, Mukti AT, Soegianto A, Effendi MH. (2020). A Review of Vibriosis in Fisheries: Public Health Importance. Sys Rev Pharm. 11 (8): 51-58.
3. Janda JM, Newton AE, Bopp CA. (2015). Vibriosis. Clin. Lab. Med. 35(2): 273-288.
4. Baker-Austin C, Oliver JD, Alam M et al. (2018). Vibrio spp. in- fections. Nat Rev Dis Primers. 4(1): 1-19.
5. Heperkan D. (2016). Temel Gıda Mikrobiyolojisi, Editör: Heper- kan D. Bölüm: Gıdaların Normal Mikrobiyolojik Kalitesi ve Önemi. Osmanlı Mücellit Matbaacılık, Bursa. s.41-50.
6. Al-Ashhab A, Alexander-Shani R et al. (2022). Fish Skin Micro- biota Under Healthy and Diseased Conditions. https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-1311488/v1.
7. Liu C, Zhao LP, Shen YQ (2021). A Systematic Review of Advan- ces in Intestinal Microflora of Fish. Fish Physiol. Biochem. 47(6): 2041-2053.
8. Zarei M, Borujeni MP, Jamnejod A, Khezrzadeh M. (2012). Sea- sonal Prevalence of Vibrio species in Retail Shrimps with an Emphasis on Vibrio parahaemolyticus. Food Control. 25: 107- 109.
9. Garg N, Ahmad FJ, Kar S. (2022). Recent Advances in Loop-Me- diated Isothermal Amplification (LAMP) for Rapid and Efficient Detection of Pathogens. CRMICR, 3, 100120. https://doi.org/10.1016/j.crmicr.2022.100120
10. Mori Y, Notomi T. (2009). Loop-Mediated Isothermal Amplifica- tion (LAMP): a Rapid, Accurate, and Cost-effective Diagnostic method for Infectious Diseases. J. Infect. Chemother. 15(2): 62- 69.
11. Tomita N, Mori Y, Kodama H, Notomi T. (2008). Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) of Gene Sequences and Simple Visual Detection of Products. Nat Protoc. 3: (877-882).
12. Ren CH, Hu CQ, Luo P, Wang QB. (2009) Sensitive and Rapid Identification of Vibrio vulnificus by Loop-Mediated Isothermal Amplification. Microbiol Res. 164(5): 514-521.
13. Okada K, Chantaroj S, Taniguchi T, Suzuki Y, Roobthaisong A, Puiprom O, Honda T, Sawanpanyalert P. (2010). A Rapid, Simple and Sensitive Loop-mediated Isothermal Amplification Method to Detect Toxigenic Vibrio cholerae in Rectal Swap Samples. Di- agn Microbiol Infect Dis. 66:135-139.
14. Jones JL, Hara-Kudo Y, Krantz JA et al. (2012) Comparison of Mo- lecular Detection Methods for Vibrio parahaemolyticus and Vibrio vulnificus. Food Microbiol. 30:105-111.
15. Telli AE, Doğruer Y. (2019). Discrimination of Viable and Dead Vibrio parahaemolyticus Subjected to Low Temperatures Using Propidium Monoazide–quantitative Loop Mediated Isothermal Amplification (PMA-qLAMP) and PMA-qPCR. Microb Pat- hog. 132: 109-116.
16. Doğruer Y, Telli AE. (2020). Determination of Vibrio parahae- molyticus in Seafoods Using Direct Plate Counting, Quantitative Loop-Mediated Isothermal Amplification and Propidium Mono- azide-qLAMP. Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Der- gisi. 67(4): 349-355.
17. International Organization for Standardization (2007). ISO/TS 21872–1:2007. Microbiology of Food and Animal Feeding Stuffs — Horizontal Method for the Detection of Potentially Entero- pathogenic Vibrio spp. —part 1: Detection of Vibrio parahae- molyticus and Vibrio cholerae. https://www.iso.org/stan- dard/38278.html.
18. International Organization for Standardization (2007). ISO/TS 21872–2:2007. Microbiology of Food and Animal Feeding Stuffs – Horizontal Method for the Detection of Potentially Enteropat- hogenic Vibrio spp. – Part 2: Detection of Species Other than Vibrio parahaemolyticus and Vibrio cholerae. International Or- ganization for Standardization (ISO). https://www.iso.org/stan- dard/38279.html.
19. Teh CSJ, Chua KH, Thong KL (2010): Simultaneous Differential detection of Human Pathogenic and Nonpathogenic Vibrio Spe- cies Using a Multiplex PCR Based on gyrB and pntA genes. J Appl Microbiol. 108: 1940-1945.
20. Chen S, Ge B. (2010). Development of a toxR-based Loop-medi- ated Isothermal Amplification Assay for Detecting Vibrio para- haemolyticus. BMC Microbiol. 10(41): 1-9.
21. Srisuk C, Chaivisuthangkura P, Rukpratanporn S, Longyant S, Sri- dulyakul P, Sithigorngul P. (2010). Rapid and Sensitive Detec- tion of Vibrio cholerae by Loop mediated Isothermal Amplifica- tion Targeted to the Gene of Outer Membrane Protein ompW. Lett Appl Microbiol. 50(1): 36-42.
22. Noorlis A, Ghazali FM, Cheah YK ve ark. (2011). Prevalence and Quantification of Vibrio Species and Vibrio parahaemolyticus in Freshwater Fish at Hypermarket Level. Int Food Res J. 18 (2): 689-695.
23. Raissy M, Moumeni M, Ansari M, Rahimi E. (2012). Ocurrence of Vibrio spp. in Lobster and Crab From the Persian Gulf. J Food Safety. 32: 198-203.
24. Avşar C, Berber İ, Yıldırım AK. (2016). Sinop İlindeki Hamsi ve Zargana Balıklarından Vibrio spp. İzolasyonu ve Karakterizas- yonu. Turk Hij Den Biyol Derg. 73(2): 121-130.
25. Vu TTT, Alter T, Huehn S. (2018). Prevalence of Vibrio spp. in Retail Seafood in Berlin, Germany. J Food Protection. 81(4): 593-597.
26. Ripabelli G, Sammarco ML, Fanelli I, Grasso GM. (2004). Detec- tion of Salmonella, Listeria spp., Vibrio spp., and Yersinia ente- rocolitica in Frozen Seafood and Comparison with Enumeration for Faecal Indicators: Implication for Public Health. Annali di Igi- ene: Medicina Preventiva e di Comunita. 16(4): 531-539.
27. Beyari EA, Aly MM, Jastaniah SD. (2021). Incidence of Food- borne Bacteria That Cause Serious Health Hazards in Fish: A Re- view. Annals of Medical and Health Sciences Research| Vo- lume, 11(S4).
28. Wei Q, Wang X, Sun DW, Pu H. (2019). Rapid Detection and Control of Psychrotrophic Microorganisms in Cold Storage Fo- ods: A Review. Trends Food Sci Technol. 86: 453-464.
29. Yang ZQ, Jiao XA, Zhou XH, Cao GX, Fang WM, Gu RX. (2008). Isolation and Molecular Characterization of Vibrio parahae- molyticus from Fresh, Low-temperature Preserved, Dried, and Salted Seafood Products in Two Coastal Areas of Eastern China. Int J Food Microbiol. 125(3): 279-285.
30. Rodriguez Castro A, Ansede-Bermejo J, Blanco-Abad V, Varela- Pet J, Garcia-Martin O, Martinez-Urtaza J. (2010). Prevalence and Genetic Diversity of Pathogenic Populations of Vibrio para- haemolyticus in Coastal Waters of Galicia, Spain. Environ Mic- robiol Rep. 2 (1): 58-66.
31. Tang JYH, Wan-Rosli WF, Abdul-Razak NH, Yeo CC, Abu Bakar CA, Son R. (2014). Incidence and Antibiogram of Vibrio paraha- emolyticus in Processed and Frozen Bivalve Mollusks in Kuala Terengganu, Malaysia. Int Food Res J. 21(4): 1349-1353.
32. Elhadi N, Radu S, Chen CH, Nishibuchi M. (2004) Prevalence of potentially Pathogenic Vibrio Species in the Seafood Marketed in Malaysia. J Food Protection. 67(7): 1469-1475.
33. Topić Popović N, Benussi Skukan A, Džidara P. ve ark. (2010). Mic- robiological Quality of Marketed Fresh and Frozen Seafood Caught off the Adriatic Coast of Croatia. Vet med. 55(5): 233-244.
34. Fu S, Wang W, Wang Q, He F, Hao J, Pang B. (2021). Surveillance of Enteric Pathogens in İmported Seafood and Environmental Surfaces in Five Seafood Markets before the Outbreak of COVID-19. Biosafety and Health. 3(4): 183-186.
35. Sadeghi S, Thong KL, Chai LC. (2019). Pre-enrichment Step, In- cubation Temperature and Type of Selective Media Affect the Pathogenic Vibrio parahaemolyticus Detection Efficiency in Fro- zen Prawns. JCF. 14(4): 355-364.
36. Turner JW, Malayil L, Guadagnoli D, Cole D, Lipp EK. (2013). De- tection of Vibrio parahaemolyticus, Vibrio vulnificus and Vibrio cholerae with Respect to Seasonal Fluctuations in Temperature and Plankton Abundance. Environ Microbiol. 16(4): 1019-1028.
37. İrkin R, Korukluoğlu M, Tavşanlı H. (2007). Microbial Properties of Some Sea Products Intended for Export. Turk Hij Den Biyol Derg. 64 (1): 26-30.
38. Wong HC, Chen LL, Yu CM. (1995). Occurrence of vibrios in fro- zen Seafoods and Survival of Psychrotrophic Vibrio cholerae in Broth and Shrimp Homogenate at Low Temperatures. J food protection. 58(3): 263-267.
39. Ottaviani D, Leoni F, Rocchegiani E, et al. (2009) Prevalence and Virulence Properties of non-O1 non-O139 Vibrio cholerae Stra- ins from Seafood and Clinical Samples Collected in Italy. Int J Food Microbiol. 132(1): 47-53.
40. Yano Y, Hamano K, Satomi M, Tsutsui I, Ban M, Aue-Umneoy D. (2014). Prevalence and Antimicrobial Susceptibility of Vibrio species Related to Food Safety Isolated from Shrimp Cultured at Inland Ponds in Thailand. Food Cont. 38: 30-36.

APA	DOGRUER Y, Telli A, Telli N, BIÇER Y (2022). Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. , 14 - 19. 10.47027/duvetfd.1095611
Chicago	DOGRUER YUSUF,Telli A. Ezgi,Telli Nihat,BIÇER YUSUF Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. (2022): 14 - 19. 10.47027/duvetfd.1095611
MLA	DOGRUER YUSUF,Telli A. Ezgi,Telli Nihat,BIÇER YUSUF Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. , 2022, ss.14 - 19. 10.47027/duvetfd.1095611
AMA	DOGRUER Y,Telli A,Telli N,BIÇER Y Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. . 2022; 14 - 19. 10.47027/duvetfd.1095611
Vancouver	DOGRUER Y,Telli A,Telli N,BIÇER Y Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. . 2022; 14 - 19. 10.47027/duvetfd.1095611
IEEE	DOGRUER Y,Telli A,Telli N,BIÇER Y "Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi." , ss.14 - 19, 2022. 10.47027/duvetfd.1095611
ISNAD	DOGRUER, YUSUF vd. "Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi". (2022), 14-19. https://doi.org/10.47027/duvetfd.1095611

APA	DOGRUER Y, Telli A, Telli N, BIÇER Y (2022). Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 15(1), 14 - 19. 10.47027/duvetfd.1095611
Chicago	DOGRUER YUSUF,Telli A. Ezgi,Telli Nihat,BIÇER YUSUF Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 15, no.1 (2022): 14 - 19. 10.47027/duvetfd.1095611
MLA	DOGRUER YUSUF,Telli A. Ezgi,Telli Nihat,BIÇER YUSUF Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, vol.15, no.1, 2022, ss.14 - 19. 10.47027/duvetfd.1095611
AMA	DOGRUER Y,Telli A,Telli N,BIÇER Y Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi. 2022; 15(1): 14 - 19. 10.47027/duvetfd.1095611
Vancouver	DOGRUER Y,Telli A,Telli N,BIÇER Y Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi. 2022; 15(1): 14 - 19. 10.47027/duvetfd.1095611
IEEE	DOGRUER Y,Telli A,Telli N,BIÇER Y "Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi." Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 15, ss.14 - 19, 2022. 10.47027/duvetfd.1095611
ISNAD	DOGRUER, YUSUF vd. "Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi". Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 15/1 (2022), 14-19. https://doi.org/10.47027/duvetfd.1095611