Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi
Yıl: 2022 Cilt: 10 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 24 - 28 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 İndeks Tarihi: 23-09-2022
Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi
Öz: Amaç: Kanserli hastaların vücut sıvılarında post-translasyonel histon modifikasyonlarının (PTHM) likit biyopsi bazlı ölçümü, biyobelirteç araştırmalarının yeni bir alanını temsil etmektedir. Bu çalışmada, perisentrik histone 4 lizin 20 trimetilasyonu (H4K20me3) ile ilgili dolaşımdaki DNA’yı çıkarmak ve ölçmek için enzime bağlı immünosorbent testini (ELISA) ve nicel polimeraz zincir reaksiyonu birleştiren bir yaklaşımın uygulanabilirliğini test ettik. Gereç ve Yöntem: ELISA kuyularına plazma eklendikten ve H4K20me3 ile ilgili nükleozomların antikora bağlanmasına izin verildikten sonra, NaHC03, SDS ve proteinaz K içeren bir tampon kullanılarak nükleozomal DNA bağışıklık komplekslerinden ayrıldı ve saflaştırıldı. Kolon kanseri ve kolon polipleri olan hastalardan H4K20me3 ile ilgili DNA’nın miktarını ölçmek için kromozom 16 ve 1’in perisentrik bölgelerinden tek kopya ve çoklu kopya dizisi çoğaltıldı. Bulgular: H4K20me3 ile ilişkili nükleozomal DNA’nın göreceli plazma seviyesi, kolon kanserli hastalarda kontrollere göre daha düşük görüldü ve chr16’ya özgü hedefte istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptandı (göreceli değerler sırasıyla 0,037’ye karşı 0,073 idi; p=0,008). H4K20me3 ile ilişkili nükleozomal DNA’nın kolon kanserinde düşük seviyelerde bulunması, diğer teknikler kullanılarak elde ettiğimiz önceki bulgularımızı doğrulamaktadır. Sonuç: Sonuç olarak, bulgularımız ELISA bağışıklık komplekslerinden proteine bağlı DNA’nın doğrudan çıkarılmasının uygulanabilirliğini göstermektedir ve PTHM’lerin veya diğer protein-DNA etkileşimlerinin değerlendirilmesinde farklı bir yöntem sağlayabilir.
Anahtar Kelime: Combining Histone ELISA and Quantitative PCR Assays to Extract and Quantify Histone Methylation-related Circulating DNA
Öz: Aim: Liquid biopsy-based measurement of post-translational histone modifications (PTHMs) in bodily fluids of patients with cancer represents a novel area of biomarker research. Here, we tested the applicability of an approach combining enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA)- like measurement of histone methylation and quantitative polymerase chain reaction to extract and quantify pericentric histone 4 lysine 20 trimethylation (H4K20me3)-related circulating DNA. Materials and Methods: After adding plasma into ELISA wells and letting H4K20me3-related nucleosomes bind to the antibody, nucleosomal DNA was detached from immune complexes using a buffer including NaHCO3, SDS, and proteinase K and purified. A single copy- and a multiple copysequence from pericentric regions of chromosomes 16 and 1 were amplified to quantify H4K20me3-related DNA from patients with colon cancer or colonic polyps. Results: Relative plasma level of H4K20me3-related nucleosomal DNA was lower in the patients with colon cancer than in controls for both target sequences, with a statistically significant difference at the chr16-specific target (relative values were 0.037 vs. 0.073, respectively; p=0.008). Conclusion: That H4K20me3-related nucleosomal DNA is present in decreased levels in colon cancer confirms our previous findings attained using other techniques. In conclusion, our findings indicate the applicability of direct extraction of protein-bound DNA from ELISA immune complexes and it could provide a surrogate means in the assessment of PTHMs or other protein-DNA interactions.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
- 1. Bannister AJ, Kouzarides T. Regulation of chromatin by histone modifications. Cell Res. 2011;21:381-95.
- 2. Zhao S, Allis CD, Wang GG. The language of chromatin modification in human cancers. Nat Rev Cancer. 2021;21:413-30.
- 3. Fioriniello S, Marano D, Fiorillo F, D’Esposito M, Della Ragione F. Epigenetic Factors That Control Pericentric Heterochromatin Organization in Mammals. Genes (Basel). 2020;11:595.
- 4. Fraga MF, Ballestar E, Villar-Garea A, Boix-Chornet M, Espada J, Schotta G, et al. Loss of acetylation at Lys16 and trimethylation at Lys20 of histone H4 is a common hallmark of human cancer. Nat Genet. 2005;37:391-400.
- 5. Leszinski G, Gezer U, Siegele B, Stoetzer O, Holdenrieder S. Relevance of histone marks H3K9me3 and H4K20me3 in cancer. Anticancer Res. 2012;32:2199-205.
- 6. Gezer U, Yörüker EE, Keskin M, Kulle CB, Dharuman Y, Holdenrieder S. Histone Methylation Marks on Circulating Nucleosomes as Novel Blood- Based Biomarker in Colorectal Cancer. Int J Mol Sci. 2015;16:29654-62.
- 7. Bauden M, Pamart D, Ansari D, Herzog M, Eccleston M, Micallef J, et al. Circulating nucleosomes as epigenetic biomarkers in pancreatic cancer. Clin Epigenetics. 2015;7:106.
- 8. Rahier JF, Druez A, Faugeras L, Martinet JP, Géhénot M, Josseaux E, et al. Circulating nucleosomes as new blood-based biomarkers for detection of colorectal cancer. Clin Epigenetics. 2017;9:53.
- 9. Van den Ackerveken P, Lobbens A, Turatsinze JV, Solis-Mezarino V, Völker- Albert M, Imhof A, et al. A novel proteomics approach to epigenetic profiling of circulating nucleosomes. Sci Rep. 2021;11:7256.
- 10. Das PM, Ramachandran K, vanWert J, Singal R. Chromatin immunoprecipitation assay. Biotechniques. 2004;37:961-9.
- 11. Gade P, Kalvakolanu DV. Chromatin immunoprecipitation assay as a tool for analyzing transcription factor activity. Methods Mol Biol. 2012;809:85-104.
- 12. de Jonge WJ, Brok M, Kemmeren P, Holstege FCP. An Optimized Chromatin Immunoprecipitation Protocol for Quantification of Protein-DNA Interactions. STAR Protoc. 2020;1:100020.
- 13. Van Den Broeck A, Brambilla E, Moro-Sibilot D, Lantuejoul S, Brambilla C, Eymin B, et al. Loss of histone H4K20 trimethylation occurs in preneoplasia and influences prognosis of non-small cell lung cancer. Clin Cancer Res. 2008;14:7237-45.
| APA | Özgür E, Yoruker E, Keskin M, Gezer U (2022). Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi. , 24 - 28. 10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 |
| Chicago | Özgür Emre,Yoruker Ebru Esin,Keskin Metin,Gezer Ugur Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi. (2022): 24 - 28. 10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 |
| MLA | Özgür Emre,Yoruker Ebru Esin,Keskin Metin,Gezer Ugur Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi. , 2022, ss.24 - 28. 10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 |
| AMA | Özgür E,Yoruker E,Keskin M,Gezer U Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi. . 2022; 24 - 28. 10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 |
| Vancouver | Özgür E,Yoruker E,Keskin M,Gezer U Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi. . 2022; 24 - 28. 10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 |
| IEEE | Özgür E,Yoruker E,Keskin M,Gezer U "Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi." , ss.24 - 28, 2022. 10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 |
| ISNAD | Özgür, Emre vd. "Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi". (2022), 24-28. https://doi.org/10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 |
| APA | Özgür E, Yoruker E, Keskin M, Gezer U (2022). Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi. Namık Kemal Tıp Dergisi, 10(1), 24 - 28. 10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 |
| Chicago | Özgür Emre,Yoruker Ebru Esin,Keskin Metin,Gezer Ugur Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi. Namık Kemal Tıp Dergisi 10, no.1 (2022): 24 - 28. 10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 |
| MLA | Özgür Emre,Yoruker Ebru Esin,Keskin Metin,Gezer Ugur Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi. Namık Kemal Tıp Dergisi, vol.10, no.1, 2022, ss.24 - 28. 10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 |
| AMA | Özgür E,Yoruker E,Keskin M,Gezer U Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi. Namık Kemal Tıp Dergisi. 2022; 10(1): 24 - 28. 10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 |
| Vancouver | Özgür E,Yoruker E,Keskin M,Gezer U Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi. Namık Kemal Tıp Dergisi. 2022; 10(1): 24 - 28. 10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 |
| IEEE | Özgür E,Yoruker E,Keskin M,Gezer U "Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi." Namık Kemal Tıp Dergisi, 10, ss.24 - 28, 2022. 10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 |
| ISNAD | Özgür, Emre vd. "Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi". Namık Kemal Tıp Dergisi 10/1 (2022), 24-28. https://doi.org/10.4274/nkmj.galenos.2021.46362 |
