Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı

ÖZKAN, Seçil; BOZDAYI, Gülendam; ALP, Gülçin; Ahmed, Kamruddin; DALGIÇ, Buket; MERAL, Melda

Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı

Melda MERAL, (Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Gülendam BOZDAYI, (Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Seçil ÖZKAN, (Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Halk Sağlığı Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Buket DALGIÇ, (Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Pediatrik Gastroenteroloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Gülçin ALP, (Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Kamruddin AHMED (Oita Univercity Yufu, Oita, Japan)

Mikrobiyoloji Bülteni

6 0

Yıl: 2011 Cilt: 45 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 104 - 112 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı

Öz:

Rotavirus, tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de küçük çocuklardaki akut gastroenteritin en önemli etkenidir. Bu çalışmanın amacı, üçüncü basamak sağlık hizmeti veren bir hastaneye akut gastroenterit şikayeti ile başvuran beş yaş altındaki çocuklarda rotavirus enfeksiyon prevalansının belirlenmesi ve yaygın olan rotavirus serotip ve elektroferotiplerinin saptanmasıdır. Çalışmaya, Nisan 2009 ile Şubat 2010 tarihleri arasında Gazi Üniversitesi Hastanesine başvuran 0-5 yaş arasındaki 251 (108 kız, 143 erkek) olgu dahil edilmiştir. Olgulardan toplanan dışkı örneklerinde rotavirus antijeni, ELISA (Rotaclone, Meridian Diagnostics, ABD) yöntemi ile saptanmış ve pozitif örneklerden fenol-kloroform-izoamil- alkol metodu ile çift zincirli RNA izole edilmiştir. Çift zincirli RNA elektroferotiplendirme için poliakrilamid jel elektroforezine tabi tutulmuştur. G ve P genotipleri, AccessQuick RT-PCR ve PCR Mastermix kullanılarak (Promega Corporation, Madison, WI) RT-PCR ve daha sonra “nested” PCR ile belirlenmiştir. Örneklerin 53 (%21.1)’ünde ELISA ile rotavirus antijeni pozitif bulunmuş; G ve P tipleri sırasıyla 31 (%58.5) ve 24 (%45.3) örnekte saptanmıştır. G tiplerinin %16.1’i G1, %12.9’u G2, %38.7’si G3, %25.8’i G4 ve %6.5’i G9 olarak tanımlanmıştır. P tiplerini ise P[8] (%87.5), P[6] (%8.3) ve P[9] (%4.2) genotipleri oluşturmuştur. Çalışmamızda örneklerin 18 (%34)’inde hem G hem de P tipleri birlikte tes-pit edilmiş ve bunların da 7 (%38.9)’sinin G3P[8], 3 (%16.6)’ünün G2P[8], 3 (%16.6)’ünün G4P[8], 2 (%11.1)’sinin G1P[8] ve 1 (%5.6)’er adedinin ise G9P[8], G4P[6] ve G1P[6] olduğu saptanmıştır. Örneklerin 23 (%43.4)’ünde dört farklı elektroferotip belirlenmiş ve bunların E1 (n= 10), E2 (n= 10), E3 (n= 1) ve E5 (n= 2) olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak bölgemizde, G1-4 ve G9 tiplerinin yaygınlığını koruduğu, ancak G1 baskınlığından G3 ve G4’e geçiş olduğu ve G9 genotipinin yayılımının azaldığı gözlenmiştir. Çalışmamız ile ülkemizde ilk kez P[9] tipinin varlığı saptanmıştır. Daha önce yaygın olarak görülen G1P[8]‘in yerini G3P[8]’in aldığı belirlenmiştir. Önceki çalışmalarda tüm E tipleri görülebilmesine rağmen bu çalışmada sadece dört E tipi tespit edilmiştir. Globalleşmenin bir sonucu olarak, önceki dönemlerde rastlanan rotavirus genotip ve elektroferotip oranlarında sapmalar olduğu gösterilmiştir.

Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Parashar UD, Hummelman EG, Bresee JS, Miller MA, Glass RI. Global illness and deaths caused by rotavirus disease in children. Emerg Infect Dis 2003; 9(5): 565-72.
2. Parashar UD, Gibson CJ, Bresee JS, Glass RI. Rotavirus and severe childhood diarrhea. Emerg Infect Dis 2006; 12(2): 304-6.
3. Kurugöl Z, Salman N. Rotavirus infeksiyonları ve aşıları. ANKEM 2008; 22(3): 160-70.
4. Bozdayi G, Dogan B, Dalgic B, et al. Diversity of human rotavirus G9 among children in Turkey. J Med Virol 2008; 80(4): 733-40.
5. Santos N, Hoshino Y. Global distribution of rotavirus serotypes/genotypes and its implication for the development and implementation of an effective rotavirus vaccine. Rev Med Virol 2005; 15(1): 29-56.
6. Damme PV, Giaquinto C, Maxwell M, Todd P, Wielen MV. Distribution of rotavirus genotypes in Europe, 2004-2005: the reveal study. J Infect Dis 2007; 195(Suppl 1): 17-25.
7. Kurugol Z, Geylani S, Karaca Y, et al. Rotavirus gastroenteritis among children under five years of age in Izmir, Turkey. Turkish J Pediatr 2003; 45(4): 290-4.
8. Cataloluk O, Iturriza M, Gray J. Molecular characterization of rotaviruses circulating in the population in Turkey. Epidemiol Infect 2005; 133(4): 673-8.
9. Ceyhan M, Alhan E, Kurugol Z, et al. Multicenter prospective study on the burden of rotavirus gastroenteritis in Turkey, 2005-2006: a hospital-based study. J Infect Dis 2009; 200(Suppl 1): 234-8.
10. Watanabe M, Nakagomi T, Koshimura Y, Nakagomi O. Direct evidence for genome segment reassortment between concurrently circulating human rotavirus strains. Arch Virol 2001; 146(3): 557-70.
11. Koshimura Y, Nakagomi T, Nakagomi O. Relative frequencies of G serotypes of rotaviruses recovered from hospitalized children with diarrhoea. A 10-year survey (1987-1996) in Japan with a review of globally collected data. Microbiol Immunol 2000; 44(6): 499-510.
12. Iturriza-Gomara M, Kang G, Gray J. Rotavirus genotyping: keeping up with an evolving population of human rotaviruses. J Clin Virol 2004; 31(4): 259-65.
13. Gentsch JR, Glass RI, Bhan MK. Identification of group A rotaviruses gene 4 types by polymerase chain reaction. J Clin Microbiol 1992; 30(6): 1365-73.
14. Gunasena S, Nakagomi O, Isegawa Y, et al. Relative frequency of VP4 gene alleles among human rotavirus recovered over a 10-year period (1982-1991) from Japanese children with diarrhoea. J Clin Microbiol 1993; 31(8): 2195-7.
15. Uchida R, Pandey BD, Sherchand JB, et al. Molecular epidemiology of rotavirus diarrhea among children and adults in Nepal: detection of G12 strains with P[6] or P[8] and a G11P[25] strain. J Clin Microbiol 2006; 44(10): 3499-505.
16. Black RE, Cousens S, Johnson HL, et al. Global, regional, and national causes of child mortality in 2008: a systematic analysis. Lancet 2010; 375(9730): 1969-87.
17. Yarkın F. Gastroenterit virusları, s: 245-9. Ustaçelebi Ş, Abacıoğlu H, Badur S (ed), Moleküler, Klinik ve Tanısal Viroloji. 2004, Güneş Kitabevi, Ankara.
18. Moon HW. Pathophysiology of viral diarrhea, pp: 27-52. In: Kapikian AZ (ed), Viral Infections of the Gastrointestinal Tract. 1994, 2nd ed. Marcel Dekker Inc, New York.
19. Kiulia NM, Kamenwa R, Irimu G, et al. The epidemiology of human rotavirus associated with diarrhoea in Kenyan children: a review. J Trop Pediatrics 2008; 54(6): 401-5.
20. Khalili B, Cuevas LE, Reisi N, Dove W, Cunliffe NA, Hart CA. Epidemiology of rotavirus diarrhoea in Iranian children. J Med Virol 2004; 73(2): 309-12.
21. Tcheremenskaia O, Marucci G, Petris SD, et al. Molecular epidemiology of rotavirus in Central and Southeastern Europe. J Clin Microbiol 2007; 45(7): 2197-204.
22. Ospino DU, Young G, Navarro OA. Viral gastroenteritis and diversity of rotavirus strains in Colombian children: a systematic review. J Infect Dev Ctries 2008; 2(2): 99-105.
23. Ahmed K, Ahmed S, Mitui MT, et al. Molecular characterization of VP7 gene of human rotaviruses from Bangladesh. Virus Genes 2010; 40(3): 347-56.
24. Karadag A, Acikgoz ZC, Avci Z, et al. Childhood diarrhoea in Ankara, Turkey: epidemiological and clinical features of rotavirus-positive versus rotavirus-negative cases. Scand J Infect Dis 2005; 37(4): 269 -75.
25. Nazik H, İlktaç M, Öngen B. Çocukluk yaş grubu gastroenteritlerinde rotavirus sıklığının araştırılması. ANKEM 2006; 20(4): 233-5.
26. Biçer S, Şahin GT, Koncay B ve ark. Çocuk acil servisinde saptanan rotavirus gastroenteriti olgularının sıklığı. Çocuk Enfeksiyon Derg 2008; 2(3): 96-9.

APA	MERAL M, BOZDAYI G, ÖZKAN S, DALGIÇ B, ALP G, Ahmed K (2011). Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı. , 104 - 112.
Chicago	MERAL Melda,BOZDAYI Gülendam,ÖZKAN Seçil,DALGIÇ Buket,ALP Gülçin,Ahmed Kamruddin Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı. (2011): 104 - 112.
MLA	MERAL Melda,BOZDAYI Gülendam,ÖZKAN Seçil,DALGIÇ Buket,ALP Gülçin,Ahmed Kamruddin Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı. , 2011, ss.104 - 112.
AMA	MERAL M,BOZDAYI G,ÖZKAN S,DALGIÇ B,ALP G,Ahmed K Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı. . 2011; 104 - 112.
Vancouver	MERAL M,BOZDAYI G,ÖZKAN S,DALGIÇ B,ALP G,Ahmed K Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı. . 2011; 104 - 112.
IEEE	MERAL M,BOZDAYI G,ÖZKAN S,DALGIÇ B,ALP G,Ahmed K "Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı." , ss.104 - 112, 2011.
ISNAD	MERAL, Melda vd. "Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı". (2011), 104-112.

APA	MERAL M, BOZDAYI G, ÖZKAN S, DALGIÇ B, ALP G, Ahmed K (2011). Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni, 45(1), 104 - 112.
Chicago	MERAL Melda,BOZDAYI Gülendam,ÖZKAN Seçil,DALGIÇ Buket,ALP Gülçin,Ahmed Kamruddin Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni 45, no.1 (2011): 104 - 112.
MLA	MERAL Melda,BOZDAYI Gülendam,ÖZKAN Seçil,DALGIÇ Buket,ALP Gülçin,Ahmed Kamruddin Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.45, no.1, 2011, ss.104 - 112.
AMA	MERAL M,BOZDAYI G,ÖZKAN S,DALGIÇ B,ALP G,Ahmed K Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni. 2011; 45(1): 104 - 112.
Vancouver	MERAL M,BOZDAYI G,ÖZKAN S,DALGIÇ B,ALP G,Ahmed K Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni. 2011; 45(1): 104 - 112.
IEEE	MERAL M,BOZDAYI G,ÖZKAN S,DALGIÇ B,ALP G,Ahmed K "Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı." Mikrobiyoloji Bülteni, 45, ss.104 - 112, 2011.
ISNAD	MERAL, Melda vd. "Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı". Mikrobiyoloji Bülteni 45/1 (2011), 104-112.