Yıl: 2020 Cilt: 54 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 596 - 605 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5578/mb.69832

Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi

Öz:
Kandidemiler, dünyadaki en önemli hasta bakımı ile ilişkili enfeksiyonlardan biridir. Candida türleri-nin türe özgü antifungal duyarlılık profillerinin olması nedeni ile kandidemili hastalarda enfeksiyon etke-ni türün belirlenmesi hastaların uygun tedavisi için gereklidir. Etken türün belirlenmesinde tanımlanma süresini kısaltmak için çeşitli yöntemler kullanılmaktadır. Fungal ID multipleks tandem polimeraz zincir reaksiyonu (MT-PCR) (AusDiagnostics, Avustralya), klinik örneklerden sık izole edilen maya ve küflerin tanımlanması için geliştirilmiş bir testtir. Çalışmamızda, Akdeniz Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratu-varında pozitif sinyal veren kan kültür şişelerinden maya morfolojisindeki mantarların tanımlanmasında Fungal ID MT-PCR testinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Aralık 2016-Aralık 2017 tarihleri arasında, Gram yaymasında maya hücresi saptanan, 92 ardışık hastadan alınan kan kültürü örnekleri, Fungal ID MT-PCR ve referans yöntemle test edilmiştir. Pozitif sinyal veren kan kültür şişelerinden Sabouraud deks-troz agar besiyerine pasaj yapılmış, morfolojik tanımlama yöntemleri (germ tüp testi ve corn meal Twe-en® 80 agar besiyerlerindeki morfolojik özellikleri vb.), BD Phoenix Yeast ID Panel (Becton Dickinson, Sparks, MD, Almanya) ve Bruker Biotyper “matrix-assisted laser desorption/ionization time-of- flight, mass spectrometry (MALDI-TOF MS)” (Bruker Daltonics, Almanya) sistemleri ile türler tanımlanmıştır. MALDI-TOF MS ile yapılan tanımlamalar referans yöntem olarak kabul edilmiştir. Referans yöntem ile izolatların 35’i Candida albicans, 17’si Candida glabrata, 13’ü Candida parapsilosis, 12’si Candida tropicalis, yedisi Candida krusei, ikisi Candida guilliermondii, ikisi Candida dubliniensis, ikisi Candida inconspicua, biri Candida kefyr ve biri Saprochaete capitata olarak tanımlanmıştır. Birden fazla maya türünün etken olduğu olgu bulunmamıştır. Morfolojik tanımlama yöntemleri ile izolatların %94.6’sının olası tanımı yapılmıştır. BD Phoenix Yeast ID Panel ile referans yöntem arasında uyumsuz sonuç saptanmamıştır. Fungal ID MT-PCR ile izolatların 33’ü C.albicans, 15’i C.glabrata, 13’ü C.parapsilosis, 11’i C.tropicalis, beşi C.krusei, ikisi C.guilliermondii, biri C.dubliniensis, biri C.kefyr ve 10’u Candida spp. olarak tanımlanmıştır. C.inconspicua ve S.capitata test panelinde yer almadığından, iki örnekte C.inconspicuaCandida spp. olarak tanımlanırken, bir örnekte S.capitata tanımlanamamıştır. Fungal ID MT-PCR ve referans yöntem arasındaki uyum, tür düzeyinde %88, cins düzeyinde ise %98.9 olarak bulunmuştur. C.krusei ve C.glabrata’nın saptanmasında Fungal ID MT-PCR testinin duyarlılığı sırasıyla %71.4 ve %88.2 olarak saptanmıştır. Fungal ID MT-PCR testi, cins düzeyinde tanımlamada yüksek performansa sahiptir, ancak tedavi yönetimi için önemli olan tür seviyesinde tanımlamada performansı orta düzeydedir. Fungal ID MT-PCR, Candida türlerinin erken saptanması için geleneksel tanımlama yöntemlerine ek test olarak kullanılabilir.
Anahtar Kelime:

Evaluation of a Commercial Multiplex Tandem Polymerase Chain Reaction Method for the Identification of the Yeasts Isolated from Blood Cultures

Öz:
Candidemia is one of the most important health care-associated infections worldwide. Candida speci-es have species-specific antifungal susceptibility profiles and it has been shown that the identification of the Candida species is necessary for the appropriate treatment of the patients with candidemia. Various methods are used to shorten the identification time for the determination of the causative species. Fungal ID multiplex tandem polymerase chain reaction (MT-PCR) (AusDiagnostics, Australia) is a test developed to identify yeasts and molds isolated from clinical specimens. In this study, we aimed to evaluate the Fungal ID MT-PCR test (AusDiagnostics, Australia) for the identification ofthe yeasts from positive blood cultures in Akdeniz University Hospital Central Laboratory. Between December 2016 and December 2017, blood culture samples from 92 consecutive patients with yeast cells detected in Gram stained smears were tested by Fungal ID MT-PCR and the reference method. After the subculture of the positive signaling blood culture bottles to Sabouraud dextroz agar (SDA), the identification of the yeasts were performed by morphological identification methods (Germ tube test, Corn Meal Tween® 80 agar media, etc.), BD Phoenix Yeast ID Panel (Becton Dickinson, Sparks, MD) and Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of mass spectrometry (MALDI-TOF MS) (Bruker Daltonics, Germany) systems. Identification with MALDI-TOF MS have been accepted as the reference method. Thirty-five of the isola-tes were identified as Candida albicans, 17 were Candida glabrata, 13 were Candida parapsilosis, 12 were Candida tropicalis, seven were Candida krusei, two were Candida guilliermondii, two were Candida dub-liniensis, two were Candida inconspicua, one was Candida kefyr and one was Saprochaete capitata by the reference method. In our study, no blood culture sample yielded more than one yeast species. 94.6% of the strains were presumptively identified by the morphological identification methods. Discordant results were not detected between the BD Phoenix Yeast ID Panel and the reference method. Thirty-three of the isolates were identified as C.albicans, 15 were C.glabrata, 13 were C.parapsilosis, 11 were C.tropicalis, five were C.krusei, two were C.guilliermondii, one was C.dubliniensis, one was C.kefyr and 10 were Candida spp. by Fungal ID MT-PCR assay. Since C.inconspicua and S.capitata were not included in the test panel, C.inconspicua was identified as Candida spp. in two samples, while S.capitata could not be identified in one sample. Concordance between Fungal ID MT-PCR and the reference method were found to be 88% at the species level and 98.9% at the genus level. The sensitivity of the Fungal ID MT-PCR test in in the de-tection of C.krusei and C.glabrata was 71.4% and 88.2%, respectively. Fungal ID MT-PCR test has shown a high performance in the identification at the genus level, but the identification at the species level, which is important for the treatment management, was moderate. Fungal ID MT-PCR can be used as an adjunct test to the traditional identification methods for the early identification of the Candida species.
Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik
  • 1. Ao W, Klonoski J, Berlinghoff E, Jensen J, Afroz T, Munns D, et al. Rapid detection and differentiation of clinically relevant Candida species simultaneously from blood culture by use of a novel signal amplification approach. J Clin Microbiol 2017; 56(1): e00982-17.
  • 2. Pfaller MA, Diekema DJ. Epidemiology of invasive mycoses in North America. Crit Rev Microbiol 2010; 36(1): 1-53.
  • 3. Lamoth F, Lockhart SR, Berkow EL, Calandra T. Changes in the epidemiological landscape of invasive candidiasis. J Antimicrob Chemother 2018; 73(S1): i4-i13.
  • 4. Fraser VJ, Jones M, Dunkel J, Storfer S, Medoff G, Dunagan WC. Candidemia in a tertiary care hospital: epidemiology, risk factors, and predictors of mortality. Clin Infect Dis 1992; 15(3): 414-21.
  • 5. Andes DR, Safdar N, Baddley JW, Playford G, Reboli AC, Rex JH, et al. Impact of treatment strategy on outcomes in patients with candidemia and other forms of invasive candidiasis: a patient-level quantitative review of randomized trials. Clin Infect Dis 2012; 54(8): 1110-22.
  • 6. Clancy CJ, Nguyen MH. The end of an era in defining the optimal treatment of invasive candidiasis. Clin Infect Dis 2012; 54(8): 1123-5.
  • 7. Garey KW, Rege M, Pai MP, Mingo DE, Suda KJ, Turpin RS, et al. Time to initiation of fluconazole therapy impacts mortality in patients with candidemia: a multi-institutional study. Clin Infect Dis 2006; 43(1): 25-31.
  • 8. Pappas PG, Kauffman CA, Andes DR, Clancy CJ, Marr KA, Ostrosky-Zeichner L, et al. Clinical practice guideline for the management of candidiasis: 2016 update by the Infectious Diseases Society of America. Clin Infect Dis 2016; 62(4): e1-50.
  • 9. Kullberg BJ, Arendrup MC. Invasive Candidiasis. N Engl J Med 2016; 374(8): 794-5.
  • 10. Doğan Ö, İnkaya AÇ, Gülmez D, Uzun Ö, Akova M, Arıkan Akdağlı S. Evaluation of PNA-FISH method for direct identification of Candida species in blood culture samples and its potential impact on guidance of antifungal therapy. Mikrobiyol Bul 2016; 50(4): 580-9.
  • 11. Aydemir G, Koç AN, Atalay MA. Evaluation of peptide nucleic acid fluorescent in situ hybridization (PNA FISH) method in the identification of Candida species isolated from blood cultures. Mikrobiyol Bul 2016; 50(2): 293-9.
  • 12. Turhan O, Ozhak-Baysan B, Zaragoza O, Er H, Sarıtas ZE, Ongut G, et al. Evaluation of MALDI-TOF-MS for the identification of yeast isolates causing bloodstream infection. Clin Lab 2017; 63(4): 699-703.
  • 13. Ağca H, Dalyan Cilo B, Özmerdiven GE, Sağlam S, Ener B. Development of a real-time polymerase chain reaction method for the identification of Candida species. Mikrobiyol Bul 2015; 49(1): 56-65.
  • 14. Lewis White P, Perry MD, Barnes RA. Candida, pp: 551-68. In: Liu D (ed), Molecular Detection of Human Fungal Pathogens. 2011, 1st ed. Boca Raton, Florida.
  • 15. Ling H, Yuan Z, Shen J, Wang Z, Xu Y. Accuracy of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry for identification of clinical pathogenic fungi: a meta-analysis. J Clin Microbiol 2014; 52(7): 2573-82.
  • 16. Terrero-Salcedo D, Powers-Fletcher MV. Updates in laboratory diagnostics for invasive fungal infections. J Clin Microbiol 2020; 58(6): e01487-19.
  • 17. Patel R. A Moldy Application of MALDI: MALDI-ToF mass spectrometry for fungal identification. J Fungi (Basel) 2019; 5(1): 4.
  • 18. Cuenca-Estrella M, Verweij PE, Arendrup MC, Arikan-Akdagli S, Bille J, Donnelly JP, et al. ESCMID* guideline for the diagnosis and management of Candida diseases 2012: diagnostic procedures. Clin Microbiol Infect 2012; 18(S7): 9-18.
  • 19. Horn DL, Neofytos D, Anaissie EJ, Fishman JA, Steinbach WJ, Olyaei AJ, et al. Epidemiology and outcomes of candidemia in 2019 patients: data from the prospective antifungal therapy alliance registry. Clin Infect Dis 2009; 48(12): 1695-703.
  • 20. Cicek-Kolak C, Erman-Daloglu A, Ozhak B, Ogunc D, Gunseren F. Epidemiology of candidemia, antifungal susceptibilities of Candida species and their impact on mortality in adult patients admitted to Akdeniz University Hospital. Klimik Journal 2019; 32(3): 250-8.
  • 21. Bomkamp JP, Sulaiman R, Hartwell JL, Desai A, Winn VC, Wrin J, et al. Evaluation of a rapid fungal detection panel for identification of candidemia at an academic medical center. J Clin Microbiol 2020; 58(3): e01408- 19.
  • 22. Simor AE, Porter V, Mubareka S, Chouinard M, Katz K, Vermeiren C, et al. Rapid identification of Candida species from positive blood cultures by use of the filmarray blood culture identification panel. J Clin Microbiol 2018; 56(12): e01387-18.
  • 23. Walsh T, Hayden R, Larone D. Laboratory Technique, pp: 359-426. In: Larone’s Medically Important Fungi: A Guide to Identification. 2018, 6th ed. ASM Press, Washington DC.
  • 24. Gayibova Ü, Dalyan Cılo B, Ağca H, Ener B. Klinik örneklerden izole edilen Candida türlerinin tanımlanmasında Phoenix™ Yeast ID Panel ile API(®) ID 32C ticari sistemlerinin karşılaştırılması. Mikrobiyol Bul 2014; 48(3): 438-48.
  • 25. Grant ML, Parajuli S, Deleon-Gonsalves R, Potula R, Truant AL. Comparative evaluation of the BD Phoenix Yeast ID Panel and Remel RapID Yeast Plus system for yeast identification. Can J Infect Dis Med Microbiol 2016; 2016: 4094932.
  • 26. Kanesaka I, Kanayama A, Itou T, Uchino U, Koyama H, Matsuzaki K, et al. Evaluation of the BD Phoenix ID Yeast System for the species identification of clinical yeast-like organisms. Kansenshogaku Zasshi 2017; 90(6): 787-91.
  • 27. Marucco AP, Minervini P, Snitman GV, Sorge A, Guelfand LI, Moral LL, et al. Comparison of the identification results of Candida species obtained by BD Phoenix™ and Maldi-TOF (Bruker Microflex LT Biotyper 3.1). Rev Argent Microbiol 2018; 50(4): 337-40.
  • 28. Er H, Koyuncu-Ozyurt O, Ozhak B, Yazisiz H, Eres Saritas Z, Cetinkaya O, et al. Evaluation of an automated yeasts identification system for identification of yeast isolates. Clin Lab 2020; 66(1).
  • 29. Chao QT, Lee TF, Teng SH, Peng LY, Chen PH, Teng LJ, et al. Comparison of the accuracy of two conventional phenotypic methods and two MALDI-TOF MS systems with that of DNA sequencing analysis for correctly identifying clinically encountered yeasts. PLoS One 2014; 9(10): e109376.
  • 30. Posteraro B, Ruggeri A, De Carolis E, Torelli R, Vella A, De Maio F, et al. Comparative evaluation of BD Phoenix and vitek 2 systems for species identification of common and uncommon pathogenic yeasts. J Clin Microbiol 2013; 51(11): 3841-45.
  • 31. Lau A, Sorrell TC, Chen S, Stanley K, Iredell J, Halliday C. Multiplex tandem PCR: a novel platform for rapid detection and identification of fungal pathogens from blood culture specimens. J Clin Microbiol 2008; 46(9): 3021-7.
  • 32. Lau A, Sorrell TC, Lee O, Stanley K, Halliday C. Colony multiplex-tandem PCR for rapid, accurate identification of fungal cultures. J Clin Microbiol 2008; 46(12): 4058-60.
  • 33. Lau A, Halliday C, Chen SC, Playford EG, Stanley K, Sorrell TC. Comparison of whole blood, serum, and plasma for early detection of candidemia by multiplex-tandem PCR. J Clin Microbiol 2010; 48(3): 811-6.
APA ER H, ÖZYURT Ö, ÖZHAK B, YAZISIZ H, ÖNGÜT G, SARITAŞ Z, DÖNMEZ L, ÇOLAK D, GÜNSEREN F, ÖĞÜNÇ D (2020). Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi. , 596 - 605. 10.5578/mb.69832
Chicago ER Halil,ÖZYURT Özlem KOYUNCU,ÖZHAK Betil,YAZISIZ Hatice,ÖNGÜT Gözde,SARITAŞ Zübeyde ERES,DÖNMEZ LEVENT,ÇOLAK Dilek,GÜNSEREN Filiz,ÖĞÜNÇ Dilara Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi. (2020): 596 - 605. 10.5578/mb.69832
MLA ER Halil,ÖZYURT Özlem KOYUNCU,ÖZHAK Betil,YAZISIZ Hatice,ÖNGÜT Gözde,SARITAŞ Zübeyde ERES,DÖNMEZ LEVENT,ÇOLAK Dilek,GÜNSEREN Filiz,ÖĞÜNÇ Dilara Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi. , 2020, ss.596 - 605. 10.5578/mb.69832
AMA ER H,ÖZYURT Ö,ÖZHAK B,YAZISIZ H,ÖNGÜT G,SARITAŞ Z,DÖNMEZ L,ÇOLAK D,GÜNSEREN F,ÖĞÜNÇ D Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi. . 2020; 596 - 605. 10.5578/mb.69832
Vancouver ER H,ÖZYURT Ö,ÖZHAK B,YAZISIZ H,ÖNGÜT G,SARITAŞ Z,DÖNMEZ L,ÇOLAK D,GÜNSEREN F,ÖĞÜNÇ D Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi. . 2020; 596 - 605. 10.5578/mb.69832
IEEE ER H,ÖZYURT Ö,ÖZHAK B,YAZISIZ H,ÖNGÜT G,SARITAŞ Z,DÖNMEZ L,ÇOLAK D,GÜNSEREN F,ÖĞÜNÇ D "Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi." , ss.596 - 605, 2020. 10.5578/mb.69832
ISNAD ER, Halil vd. "Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi". (2020), 596-605. https://doi.org/10.5578/mb.69832
APA ER H, ÖZYURT Ö, ÖZHAK B, YAZISIZ H, ÖNGÜT G, SARITAŞ Z, DÖNMEZ L, ÇOLAK D, GÜNSEREN F, ÖĞÜNÇ D (2020). Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 54(4), 596 - 605. 10.5578/mb.69832
Chicago ER Halil,ÖZYURT Özlem KOYUNCU,ÖZHAK Betil,YAZISIZ Hatice,ÖNGÜT Gözde,SARITAŞ Zübeyde ERES,DÖNMEZ LEVENT,ÇOLAK Dilek,GÜNSEREN Filiz,ÖĞÜNÇ Dilara Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 54, no.4 (2020): 596 - 605. 10.5578/mb.69832
MLA ER Halil,ÖZYURT Özlem KOYUNCU,ÖZHAK Betil,YAZISIZ Hatice,ÖNGÜT Gözde,SARITAŞ Zübeyde ERES,DÖNMEZ LEVENT,ÇOLAK Dilek,GÜNSEREN Filiz,ÖĞÜNÇ Dilara Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.54, no.4, 2020, ss.596 - 605. 10.5578/mb.69832
AMA ER H,ÖZYURT Ö,ÖZHAK B,YAZISIZ H,ÖNGÜT G,SARITAŞ Z,DÖNMEZ L,ÇOLAK D,GÜNSEREN F,ÖĞÜNÇ D Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2020; 54(4): 596 - 605. 10.5578/mb.69832
Vancouver ER H,ÖZYURT Ö,ÖZHAK B,YAZISIZ H,ÖNGÜT G,SARITAŞ Z,DÖNMEZ L,ÇOLAK D,GÜNSEREN F,ÖĞÜNÇ D Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2020; 54(4): 596 - 605. 10.5578/mb.69832
IEEE ER H,ÖZYURT Ö,ÖZHAK B,YAZISIZ H,ÖNGÜT G,SARITAŞ Z,DÖNMEZ L,ÇOLAK D,GÜNSEREN F,ÖĞÜNÇ D "Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 54, ss.596 - 605, 2020. 10.5578/mb.69832
ISNAD ER, Halil vd. "Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mayaların Tanımlanmasında Ticari Bir Multipleks Tandem Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yönteminin Değerlendirilmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 54/4 (2020), 596-605. https://doi.org/10.5578/mb.69832