ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI

BAYKUL, ALI; SÖYLEMEZOĞLU, GÖKHAN

ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI

Ali BAYKUL, (Osmangazi Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Bahçe Bitkileri Bölümü, Eskişehir, Türkiye)

Gökhan SÖYLEMEZOĞLU (Ankara Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Bahçe Bitkileri Bölümü, Ankara, Türkiye)

Bahçe

5 0

Yıl: 2023 Cilt: 52 Sayı: Özel Sayı 1 Sayfa Aralığı: 18 - 23 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 07-08-2023

ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI

Öz:

Anadolu bağcılığın anavatanlarından biri olarak kabul edilmektedir ve zengin bir asma gen potansiyeline sahiptir. Asma genetik kaynaklarının koleksiyonda korunması ve ampelografik özelliklerinin tespit edilmesi, moleküler markör yöntemleriyle genetik profillerin ortaya koyulması ve veri bankası oluşturulması oldukça önemlidir. Bu araştırmada; Eskişehir İlinde yetiştiriciliği yapılan yöresel tip/çeşitlerin geniş kapsamlı olarak incelenmesi ve tespit edilen üzüm çeşitlerinin moleküler yöntemlerden SSR markörleri kullanılarak tanımlanması amacıyla 2017-2018 yılların arasında yürütülmüştür. Araştırmada Eskişehir İlinin farklı ilçelerinde tespit edilen 52 üzüm çeşit/tipinin genetik tanımlamaları yüksek ayırım gücüne sahip olan 18 SSR primeri (VVS2, VVMD5, VVMD7, VVMD21, VVMD24, VVMD27, VVMD28, VVMD31, ZAG21, ZAG47, ZAG62, ZAG79, ZAG83, ZAG112, VMC2c3, VVIb01, VMC2h4, VVIH54) ile gerçekleştirilmiştir. Ampelografik özellikleri belirlenen 52 üzüm çeşidi ile 1 referans çeşidin 18 SSR lokusu ile genetik analizleri sonucu toplam 171 allel elde edilirken, en yüksek allel sayısı 14 adet ile ZAG79 lokusunda tespit edilmiş ve ortalama allel sayısı 9.5 olarak belirlenmiştir. SSR markörleri kullanılarak yapılan moleküler karakterizasyon çalışması sonucunda, 1 sinonim ve 4 homonim durum tespit edilmiştir.

Anahtar Kelime: Eskişehir moleküler tanılama SSR asma gen kaynakları

IDENTIFICATION OF GRAPE VARIETIES GROWED IN ESKISEHIR WITH SSR MARKERS

Öz:

Anatolia is one of the homelands of viticulture and has a rich vine gene potential. It is very important to preserve grapevine genetic resources in the collection and to determine their ampelographic characteristics, to reveal genetic profiles with molecular marker methods and to establish a data bank. In this study, it was carried out between 2017 and 2018 in order to comprehensively examine the local types/varieties cultivated in Eskişehir and to identify the detected grape varieties using SSR markers from molecular methods. In the study, genetic identification of 52 grape cultivars/types detected in different districts of Eskişehir Province, 18 SSR primers with high discriminatory power of (VVS2, VVMD5, VVMD7, VVMD21, VVMD24, VVMD27, VVMD28, VVMD31, ZAG21, ZAG47, ZAG62, ZAG79, ZAG83, ZAG112, VMC2c3, VVIb01, VMC2h4, VVIH54). A total of 171 alleles were obtained as a result of genetic analyzes with 18 SSR loci of 52 grape varieties with ampelographic characteristics and 18 SSR loci of 1 reference variety, while the highest number of alleles was detected in ZAG79 locus with 14 and the average allele number was determined as 9.5. As a result of the molecular characterization study using SSR markers, 1 synonymous and 4 homonymous cases were determined.

Anahtar Kelime: Eskişehir molecular Identification SSR grapevine germplasm

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Agarwal, M., N. Shrivastava, H. Padh, 2008. Advances in molecular marker techniques and their applications in plant sciences. Plant Cell Rep, 27:617-631.
2. Ağaoğlu, Y.S., Söylemezoğlu, G., Marasalı, B., Çalışkan, M., Ergül, A., Türkben, C. 1998. Bazı yerli ve yabancı kökenli üzüm çeşitlerinin poliakrilamid jel elektroforez tekniği ile tane kökenli izoenzimlerden yararlanılarak ayrımları. 4. Bağcılık Sempozyumu, 20-23.10.1998, Yalova.
3. Benjak, A., Ercisli, S., Vokurka, A., Maletic, E., Pejic, I., 2005: Genetic relationships among grapevine cultivars native to Croatia, Greece and Turkey. Vitis 44:73-77.
4. Bowers, J.E., Dangl, G.S., Vignani, R., Meredith, C.P. 1996. Isolation and characterization of new polymorphic simple sequence repeat loci in grape (Vitis vinifera L.). Genome 39:628-633.
5. Costantini, L., Monaco, A., Vouillamoz, J.F., Forlani, M., Grando, M.S. 2005. Genetic relationships among local Vitis vinifera cultivars from Campania (Italy). Vitis 44(1):25-34.
6. Ecevit, F., Kelen, M. 1999. Isparta (Atabey)’de yetiştirilen üzüm çeşitlerinin ampelografik özelliklerinin belirlenmesi üzerine bir araştırma. Tr. J. of Agriculture and Forestry, 23:511-518.
7. Fatahi, R., Ebadi, A., Mehlenbacher, S. 2003. Characterization of Iranian grapevine cultivars using microsatellite markers. Vitis 42(4):185-192.
8. Fidan, Y. 1985. Özel bağcılık. Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi Yayınları, 930, Ders Kitabı 265.
9. Filiz, E., Koç, İ. 2011. Molecular markers in plant biotechnology. Gaziosmanpaşa Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi 2(2011).
10.Galet, P. 2000. General viticulture. (J. Towey, translator). Collection Avenir Oenologie. Oenoplurimedia, Chaintré, France.
11.Gök Tangolar, S., Soydam, S., Bakır, M., Karaağaç, E., Tangolar, S., Ergül A. 2009. Genetic analysis of grapevine cultivars from the eastern Mediterranean region of Turkey, based on SSR Markers. Tarım Bilimleri Dergisi, 15:1-8.
12.Ibanez, J., Andres, M.T., Molino, A., Borrego, J. 2003. Genetic study of key Spanish grapevine varieties using microsatellite analysis. American Journal Enology Viticulture, 54(1):22-30.
13.Lefort, F., Lally, M., Thompson, D., Douglas, G.C. 1998. Morfolojical traits microsatellite fingerprinting and genetic relatedness of a stand of elite oaks (Q. Robur L.) at Tuallynally, Ireland. Silvae Genetica 47:5-6.
14.Lin, H., Walker, M.A. 1998. Extracting DNA from cambium tissue for analysis of grape rootstocks. HortScience 32(7):1264-1266.
15.Martin J.P., Borrego, J., Cabello, F., Ortiz, J.M. 2003. Characterization of Spanish grapevine cultivar diversity using sequence-tagged microsatellite site markers, Genome 46:10-18.
16.Martinez, L.E., Cavagnaro, P.F., Masuelli, R.W., Zuniga, M., 2006. SSR-based assessment of genetic diversity in South American Vitis vinifera varieties. Plant Science 170:1036-1044.
17.Minch, E., Ruiz-Linares, A., Goldstein, D., Feldman, M., Cavalli-Sforza, L.L. 1995. Microsat (ver. 1.4 d): a computer program for calculating various statistics on microsatellite allele data.
18.Núñez, V., Monagas, M., Gomez-Cordovés, M.C.; Bartolomé, B., 2004. Vitis vinifera L. cv. Graciano grapes characterized by its anthocyanin profile. Postharvest Biol. Technol., 31:69-79.
19.Sanyürek Karaca, N., 2014. Tunceli ilinde yetiştirilen üzüm çeşitlerinin ampelografik özelliklerinin klasik yöntemle ve SSR markörlerle belirlenmesi, (Doktora Tezi). Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Ankara, 285s.
20.Sefc, K.M., Lopes, M.S., Lefort, F., Botta, R., Roubelakis-Angelakis, K.A., Ibañez, J., Pejic, I., Wegner, H.W., Glössl, J., Steinkellner, H. 2000. Microsatellite variability in grapevine cultivars from different European regions and evaluation of assignment testing to assess the geographic origin of cultivars. Theor. Appl. Genet. 100:498-505.
21.Shidfar M. 2008. Eskişehir ve Kayseri illerine ait asma gen kaynaklarının SSRs (Simple Sequence Repeats)’a dayalı genetik karakterizasyonu. (Yüksek Lisans Tezi). Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Ankara, 69s.
22.Snoussi, H., Ben Slimane, H., Ruiz-Garcia, L., Martinez-Zapater, J.M., Arroyo-Garcia, R., 2004. Genetic relationship among cultivated and wild grapevine accessions from Tunisia. Genome. 47:1211-1219.
23.Söylemezoğlu, G., Ağaoğlu, Y.S., Marasalı, B., Ergül, A., Çalışkan M., Türkben, C. 1998. Üzüm çeşitlerinin yaprak kökenli kateşol oksidaz (Co), Peroksidaz (Per) ve Esteraz (Est) izoenzimlerinden yararlanılarak tanımlanmaları. 4. Bağcılık Sempozyumu, Yalova, s:138-144.
24.Şelli, F., Bakır, M., İnan, G., Aygün, H., Boz, Y., Yaşasın, A.S., Özer, C., Akman, B., Söylemezoğlu, G., Kazan, K., Ergül, A. 2007. Simple sequence repeat-based assessment of genetic diversity in ‘Dimrit’ and ‘Gemre’ grapevine accessions from Turkey. Vitis 46(4):182-187.
25.Vouillamoz, J.F., McGovern, P.E., Ergül, A, Söylemezoğlu, G., Tevzadze, G., Meredith, C.P., Grado, M.S. 2006. Genetic characterization and relationships of traditional grape cultivars from Transcaucasia and Anatolia. Plant Genet Resources: Characterization & Utilization 4(2):1448-1458.
26.Wagner, H.W., Sefc, K.M., 1999. Identity 1.0. Centre for applied genetics. University of Agricultural Science, Vienna.
27.Yıldırım, N. 2010. Kara (siyah) üzüm gruplarının SSR (Simple Sequence Repeat) markörlere dayalı karakterizasyonu ve ülke asma kaynakları ile genetik ilişkisi (Yüksek Lisans Tezi), Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü, Ankara, 79s.
28.Yüksel, C. 2008. Manisa, İzmir, Aydın, Muğla ve Kütahya illerine ait asma gen kaynaklarının SSRS (Simple Sequence Repeats)’a dayalı genetik karakterizasyonu (Yüksek Lisans Tezi). Ankara Üniversitesi, Ankara, 59s.

APA	BAYKUL A, SÖYLEMEZOĞLU G (2023). ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI. , 18 - 23.
Chicago	BAYKUL ALI,SÖYLEMEZOĞLU GÖKHAN ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI. (2023): 18 - 23.
MLA	BAYKUL ALI,SÖYLEMEZOĞLU GÖKHAN ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI. , 2023, ss.18 - 23.
AMA	BAYKUL A,SÖYLEMEZOĞLU G ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI. . 2023; 18 - 23.
Vancouver	BAYKUL A,SÖYLEMEZOĞLU G ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI. . 2023; 18 - 23.
IEEE	BAYKUL A,SÖYLEMEZOĞLU G "ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI." , ss.18 - 23, 2023.
ISNAD	BAYKUL, ALI - SÖYLEMEZOĞLU, GÖKHAN. "ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI". (2023), 18-23.

APA	BAYKUL A, SÖYLEMEZOĞLU G (2023). ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI. Bahçe, 52(Özel Sayı 1), 18 - 23.
Chicago	BAYKUL ALI,SÖYLEMEZOĞLU GÖKHAN ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI. Bahçe 52, no.Özel Sayı 1 (2023): 18 - 23.
MLA	BAYKUL ALI,SÖYLEMEZOĞLU GÖKHAN ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI. Bahçe, vol.52, no.Özel Sayı 1, 2023, ss.18 - 23.
AMA	BAYKUL A,SÖYLEMEZOĞLU G ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI. Bahçe. 2023; 52(Özel Sayı 1): 18 - 23.
Vancouver	BAYKUL A,SÖYLEMEZOĞLU G ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI. Bahçe. 2023; 52(Özel Sayı 1): 18 - 23.
IEEE	BAYKUL A,SÖYLEMEZOĞLU G "ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI." Bahçe, 52, ss.18 - 23, 2023.
ISNAD	BAYKUL, ALI - SÖYLEMEZOĞLU, GÖKHAN. "ESKİŞEHİR İLİNDE YETİŞTİRİLEN ÜZÜM ÇEŞİTLERİNİN SSR MARKÖRLER İLE TANIMLANMASI". Bahçe 52/Özel Sayı 1 (2023), 18-23.