Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi
Yıl: 2023 Cilt: 5 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 7 - 11 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.52827/hititmedj.1148852 İndeks Tarihi: 05-04-2023
Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi
Öz: Amaç:Enfeksiyöz gastroenterit salgınlarla seyredebilen küresel bulaşıcı hastalıktır. Akut gastroenteritlerin nedenleri arasında çok çeşitli bakteri, virüs ve parazitler bulunur. Çalışmamızda bölgemizdeki gastroenterit vakalarına neden olan bakteriyel etkenlerin dağılımının yanı sıra yaş ve mevsim gibi epidemiyolojik özelliklerini belirlemek, konvansiyonel metotlarla tespit edilmesi zor olan Campylobacter türlerinin multipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle gerçek sıklığına ışık tutmak amaçlandı. Gereç ve Yöntem:Ocak 2016 ve Ağustos 2019 tarihleri arasında hastanemizin çeşitli kliniklerinden bakteriyel etkenlerin saptanması amacıyla mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen 7659 dışkı örneğinin bakteri paneli sonuçları geriye dönük olarak incelendi. Bulgular:Değerlendirilen olguların %21,7’si pozitif, %78,3’ü negatif saptandı. Pozitif örneklerin %92’sinde dört etkenden herhangi biri pozitif iken %7,9’unda 2 etken, %0,1’inde ise 3 etken birlikte pozitif saptandı. Tüm yaşlarda en çok tekli pozitif bulunan etken toplamda Campylobacter (%35,8) idi. Diğerleri sırayla Shiga toksin (%23,6 ), Shigella/ Enteroinvaziv E. coli (%22,3) ve Salmonella (%18,3) idi. Çocuklarda en sık Campylobacter (%43,6), erişkinlerde ise Shigella (%30,6 ) pozitif idi. Pozitiflik en sık yaz aylarında (%37,6) iken en az (%17,8) kış aylarında saptandı. Yaz aylarındaki en sık pozitif olan etken Campylobacter (%38,7), kış aylarında ise Shigella/ Enteroinvaziv E. coli (%39,7) olarak bulundu. Sonuç:Konvansiyonel yöntemlerle yapılan dışkı kültürlerinde özellikle Campylobacter türlerinin tanımlanmasında zorluklar yaşanmaktadır. Çalışmamız Campylobacter türlerinin neden olduğu gastroenteritlerin gerçek sıklığını belirlemek ve diğer etkenlerin bölgemizdeki dağılımının epidemiyolojik faktörlerden nasıl etkilendiğini göstermek açısından literatüre katkı sağlayacaktır. Diğer taraftan moleküler temelli yöntemler tanı açısından her ne kadar altın standart olarak kabul edilmese de, erken tanıya katkıda bulunarak ampirik tedaviye yön verebilir.
Anahtar Kelime: Multiplex Pcr Bacteria Panel Evaluation Studied In Fecal Samples At A University Hospital
Öz: Objective:Infectious gastroenteritis is a global infectious disease that can be accompanied by outbreaks.Causes include a wide range of bacteria,viruses and parasites.In our study,we aimed to determine the distribution of bacterial agents that cause gastroenteritis cases in our region,their epidemiological characteristics,such as age and season.It is aimed to light the way on the true frequency of Campylobacter species,which are difficult to detect by conventional methods,by multiplex real-time polymerase chain reaction method. Material and method:Between January 2016 and August 2019,7659 stool samples sent to microbiology laboratory for detection of bacterial agents from various clinics of our hospital were retrospectively reviewed. Results:21.7% of the evaluated cases were positive and 78.3% were negative.In 92% of positive samples,any of the four agents were positive,while in 7.9% 2 agents and 0.1% 3 agents were positive together.Campylobacter(35.8%) was the most positive single agent at all ages.The others were Shiga toxin(23.6%),Shigella/Enteroinvaziv E. coli(22.3%) and Salmonella(18.3%),respectively. Campylobacter(43.6%) was most common in children and Shigella(30.6%) was positive in adults. Positivity was most common in summer(37.6%),while at least(17.8%) was detected in winter.Campylobacter(38.7%), the most frequently positive agent in summer,was found to be Shigella/ Enteroinvaziv E. coli(39.7%) in winter. Conclusion:There are difficulties in identifying Campylobacter species by conventional methods.Our study will contribute to the literature in terms of determining the true frequency of gastroenteritis caused by Campylobacter species and showing how the distribution of other agents in our region is influenced by epidemiological factors.On the other hand,although molecular-based methods are not accepted as the gold standard in terms of diagnosis,they may direct empirical treatment by contributing to early diagnosis.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
- 1. Riddle MS, Dupont HL, Connor BA. ACG clinical guideli- ne: Diagnosis, treatment, and prevention of acute diarrheal in- fections in adults. Am J Gastroenterol 2016;111(5):602–22.
- 2. Chen J, Wan CM, Gong ST, et al. Chinese clinical practi- ce guidelines for acute infectious diarrhea in children. World J Pediatr 2018;14(5):429–36.
- 3. da Cruz Gouveia MA, Lins MTC, da Silva GAP. Acute diar- rhea with blood: diagnosis and drug treatment J Pediatr (Rio J) 2020;96(1):20-28.
- 4. Samie A, Guerrant RL, Barrett L, Besong PO, Igumbor EO, Obi CL. Prevalence of intestinal parasitic and bacteri- al pathogens in diarrhoeal and non-diarroeal human sto- ols from Vhembe district, South Africa. J Health Popul Nutr 2009;27(6):739–45.
- 5. Coker AO, Isokpehi RD, Thomas BN, Amisu KO , Obi CL. Human campylobacteriosis in developing countries. Emerg In- fect Dis 2002;8(3):237–43.
- 6. Yılmaz E. Salmonella Enfeksiyonlarının Epidemiyolo- jisi. Turkiye Klinikleri J Inf Dis-Special Topics 2013;6(2):7- 132013;6(2):7–13.
- 7. Lee MS, Tesh VL. Roles of shiga toxins in immunopatho- logy. Toxins (Basel) 2019;11(4):1–26.
- 8. Klinik Bakteriyoloji Tanı Standartları Çalışma Grubu. Akut İshal. Ulusal Mikrobiyoloji Standartları, Bulaşıcı Hastalık- lar Laboratuvar Tanı Rehberi içinde. 2015. p. SY-01.
- 9. Binnicker MJ. Multiplex molecular panels for diagnosis of gastrointestinal infection: Performance, result interpretation, and cost-effectiveness. J Clin Microbiol 2015;53(12):3723–8.
- 10. Akan H, İzbırak G, Gürol Y, et al. Rotavirus and adeno- virus frequency among patients with acute gastroenteritis and their relationship to clinical parameters: a retrospective study in Turkey. Asia Pac Fam Med 2009;8(1):8.
- 11. Harrington SM, Buchan BW, Doern C, et al. Multicenter evaluation of the BD max enteric bacterial panel PCR assay for rapid detection of salmonella spp., Shigella spp., campy- lobacter spp. (C. jejuni and C. coli), and shiga toxin 1 and 2 genes. J Clin Microbiol 2015 May 1;53(5):1639–47.
- 12. Kurugöl Z, Devrim I. Gastrointestinal Enfeksiyonlar. Co- cuk Enfeksiyon Derg 2014;8(2):71–81.
- 13. Maurelli AT. Shigella and enteroinvasive Escherichia coli : Paradigms for pathogen evolution and host – parasite interactions [Internet]. In: Escherichia coli: Pathotypes and Principles of Pathogenesis. Second edition. Elsevier; 2013. 215–245 .
- 14. Guarino A, Giannattasio A. New molecular approaches in the diagnosis of acute diarrhea: Advantages for clinicians and researchers. Curr Opin Gastroenterol 2011;27(1):24–9.
- 15. Martín A, Pérez-Ayala A, Chaves F, Lora D, Orellana MÁ. Evaluation of the multiplex PCR Allplex-GI assay in the detection of bacterial pathogens in diarrheic stool samples. J Microbiol Methods 2018;144(October 2017):33–6.
- 16. Göktaş Ş, Gökmen AA, Şamlıoğlu P. Detection of Acu- te Gastroenteritis Agents By Molecular Methods. J Clin Exp Investig 2018;9(1):21–5.
- 17. Keske Ş, Zabun B, Aksoy K, Palaog E. Rapid Molecu- lar Detection of Gastrointestinal Pathogens and Its Role in Antimicrobial Stewardship. J Clin Microbiol 2018;56(5):1–5.
- 18. Wohlwend N, Tiermann S, Risch L, Risch M, Bodmer T. Evaluation of a multiplex real-time PCR assay for detecting major bacterial enteric pathogens in fecal specimens: Intes- tinal inflammation and bacterial load are correlated in cam- pylobacter infections. J Clin Microbiol 2016;54(9):2262–6.
- 19. Beal SG, Tremblay EE, Toffel S, Velez L, Rand KH. A Gastrointestinal PCR Panel Improves Clinical Management and Lowers Health Care Costs. J Clin Microbiol 2018;56(1).
| APA | fırtına topcu k, hasbek m, BÜYÜKTUNA S, TEK B (2023). Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi. , 7 - 11. 10.52827/hititmedj.1148852 |
| Chicago | fırtına topcu kübra,hasbek mürşit,BÜYÜKTUNA SEYİT ALİ,TEK BAŞAK Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi. (2023): 7 - 11. 10.52827/hititmedj.1148852 |
| MLA | fırtına topcu kübra,hasbek mürşit,BÜYÜKTUNA SEYİT ALİ,TEK BAŞAK Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi. , 2023, ss.7 - 11. 10.52827/hititmedj.1148852 |
| AMA | fırtına topcu k,hasbek m,BÜYÜKTUNA S,TEK B Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi. . 2023; 7 - 11. 10.52827/hititmedj.1148852 |
| Vancouver | fırtına topcu k,hasbek m,BÜYÜKTUNA S,TEK B Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi. . 2023; 7 - 11. 10.52827/hititmedj.1148852 |
| IEEE | fırtına topcu k,hasbek m,BÜYÜKTUNA S,TEK B "Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi." , ss.7 - 11, 2023. 10.52827/hititmedj.1148852 |
| ISNAD | fırtına topcu, kübra vd. "Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi". (2023), 7-11. https://doi.org/10.52827/hititmedj.1148852 |
| APA | fırtına topcu k, hasbek m, BÜYÜKTUNA S, TEK B (2023). Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi. Hitit medical journal (Online), 5(1), 7 - 11. 10.52827/hititmedj.1148852 |
| Chicago | fırtına topcu kübra,hasbek mürşit,BÜYÜKTUNA SEYİT ALİ,TEK BAŞAK Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi. Hitit medical journal (Online) 5, no.1 (2023): 7 - 11. 10.52827/hititmedj.1148852 |
| MLA | fırtına topcu kübra,hasbek mürşit,BÜYÜKTUNA SEYİT ALİ,TEK BAŞAK Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi. Hitit medical journal (Online), vol.5, no.1, 2023, ss.7 - 11. 10.52827/hititmedj.1148852 |
| AMA | fırtına topcu k,hasbek m,BÜYÜKTUNA S,TEK B Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi. Hitit medical journal (Online). 2023; 5(1): 7 - 11. 10.52827/hititmedj.1148852 |
| Vancouver | fırtına topcu k,hasbek m,BÜYÜKTUNA S,TEK B Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi. Hitit medical journal (Online). 2023; 5(1): 7 - 11. 10.52827/hititmedj.1148852 |
| IEEE | fırtına topcu k,hasbek m,BÜYÜKTUNA S,TEK B "Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi." Hitit medical journal (Online), 5, ss.7 - 11, 2023. 10.52827/hititmedj.1148852 |
| ISNAD | fırtına topcu, kübra vd. "Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi". Hitit medical journal (Online) 5/1 (2023), 7-11. https://doi.org/10.52827/hititmedj.1148852 |
