Yıl: 2023 Cilt: 57 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 108 - 118 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5578/mb.20239909 İndeks Tarihi: 06-05-2023

Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi

Öz:
Nocardia türleri doğada bulunan düşük virülanslı bakterilerdir. Özellikle altta yatan immünsupresyon, kronik akciğer hastalığı ve malignite gibi risk faktörleri olan hastalarda enfeksiyon etkeni olabilmektedir. Sık görülmediği ve patognomonik semptomları olmadığı için kolaylıkla gözden kaçırılabilmektedir. Bu ça- lışmada, rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında Nocardia enfeksiyonlarının tanısında Gram boyalı yayma- ların mikroskobik incelemesinin önemine dikkat çekilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya Hacettepe Üniversite- si Tıp Fakültesi Hastanesinde Kasım 2014-Aralık 2015 tarihleri arasında klinik örneklerinde Nocardia spp. izolasyonu saptanan olgular dahil edilmiştir. Laboratuvara gelen örneklerin Gram boyanmış yaymalarının direkt mikroskobik incelenmesinde Nocardia spp. ile uyumlu görüntüsü olan örneklerin kültürlerinin inkü- basyon süreleri uzatılmıştır. Üreme saptanan plaklardaki koloniler, konvansiyonel mikrobiyolojik yöntem- lerle ve ayrıca matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS, bioMerieux, Fransa) otomatize sistemi ile tanımlanmıştır. Nocardia izolatlarının tür düzeyinde tanım- lanması, 16S rRNA gen dizi analizi ile yapılmıştır. Nocardia izolatları arasındaki genetik ilişkiyi göstermek için izolatlara ‘pulsed-field’ jel elektroforezi (PFGE) yapılmıştır. İzolatların amoksisilin-klavulonat (AMC), linezolid, moksifloksasin, trimetoprim-sülfametoksazol (TMP-SXT), amikasin, imipenem, klaritromisin, se- fepim, sefotaksim, seftriakson ve siprofloksasine karşı in vitro duyarlılıkları gradiyent şerit yöntemi (E-test, bioMerieux, Fransa) kullanılarak saptanmıştır. Çalışma süresi içinde sekiz hastadan toplam 19 Nocardia spp. izolatı elde edilmiştir. Dokuz aylık süre zarfında dört olguda, Nocardia spp.’nin tekrarlayan üre- mesi saptanmıştır. En sık izole edilen tür, dört olguda tanımlanan N.cyriacigeorgica olarak belirlenmiştir. Hastalardan izole edilen diğer türler N.asteroides, N.transvalensis, N.farcinicia ve N.asiatica/arthritidis’tir. DNA dizi analizi ve MALDI-TOF MS ile elde edilen sonuçlar karşılaştırıldığında 19 izolattan 16 (%84.2)’sı MALDI-TOF MS ile cins düzeyinde ve 9 (%47.4)’u tür düzeyinde doğru olarak tanımlanırken, üç (%15.8) izolat tanımlanamamış, yedisi (%36.8) ise yanlış tanımlanmıştır. PFGE sonuçlarına göre aynı hastadan izole edilen suşların genetik olarak aynı olduğu belirlenmiştir. İzolatların tamamı amikasin, sefepim, sefo-taksim, seftriakson, imipenem, linezolid ve bir izolat dışında TMP-SXT’ye duyarlı bulunmuştur. Çalışma izolatları arasında en sık direnç siprofloksasine (%62.5) karşı saptanmış, bunu klaritromisin (%37.5) takip etmiştir. N.cyriacigeorgica, çalışma popülasyonunda en sık saptanan ve antibiyotiklere karşı en dirençli tür olarak belirlenmiştir. Mikrobiyoloji laboratuvarlarında izolasyonu zor olan Nocardia türü bakterile- rin tanımlanmasında en değerli yöntemlerden biri klinik örneklerin direkt mikroskobik incelemesidir. Bu çalışma ile çok çeşitli klinik tablolarla ortaya çıkabilen ve kolaylıkla gözden kaçabilen Nocardia türlerinin tanımlanmasında Gram boyalı klinik örneklerin incelemesinin önemi vurgulanmıştır. Ayrıca izole edilen bakterilerin antibiyotik duyarlılık profilleri belirlenerek, türlere özgü duyarlılık profillerine katkıda bulunul- muştur. Nocardia türlerinin doğru tanımlanması klinik ve epidemiyolojik araştırmalara katkı sağlayacaktır.
Anahtar Kelime:

The Importance of Gram-stained Smears in the Diagnosis of Nocardia Infections

Öz:
Nocardia species are low virulence bacteria found in nature. They can be an infectious agent, es- pecially in patients with risk factors such as underlying immunosuppression, chronic lung disease, and malignancy. They can be easily overlooked because they are not seen frequently and has no pathog- nomonic symptoms. With this study, it was aimed to draw attention to the importance of microscopic examination of Gram-stained smears in the diagnosis of Nocardia infections in routine microbiology laboratories. Cases in which Nocardia spp. were detected in their clinical samples between November 2014-December 2015 in Hacettepe University Medical Faculty Hospital were included in the study. In the direct microscopic examination of Gram-stained smears of the samples arriving to the laboratory, the incubation periods of the cultures of the samples compatible with Nocardia spp. were extended. Then relevant colonies were identified by conventional microbiological methods and also by matrix-as- sisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS, bioMerieux, France) automated system. Species-level identification of Nocardia isolates was performed by 16S rRNA gene sequence analysis. To demonstrate the genetic relationship between Nocardia isolates, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) was performed. In vitro susceptibility of the isolates against amoxicillin-clavula- nate (AMC), linezolid, moxifloxacin, trimethoprim-sulfamethoxazole (TMP-SXT), amikacin, imipenem, clarithromycin, cefepime, cefotaxime, ceftriaxone, and ciprofloxacin was determined using the gradient strip method (E-test). A total of 19 Nocardia spp. strains were isolated from eight patients. Four cases exhibited repeated growth of Nocardia spp. up to a period of nine months. The most frequently isolated species was N.cyriacigeorgica, which was identified in four cases. Other species isolated from patients were N.asteroides, N.transvalensis, N.farcinicia, and N.asiatica/arthritidis. When the results obtained with DNA sequence analysis and MALDI-TOF MS were compared, 16 (84.2%) of 19 isolates were correctly identified to the genus level and 9 (47.4%) to the species level with MALDI-TOF MS, while three (15.8%) isolates could not be identified, and seven (36.8%) isolates were misidentified. According to the PFGE results, it was determined that the strains isolated from the same patient were genetically identical. All isolates were susceptible to amikacin, cefepime, cefotaxime, ceftriaxone, imipenem, linezolid, and except one isolate to TMP-SXT. Among the study isolates, the most common resistance was against ciprofloxacin (62.5%), followed by clarithromycin (37.5%). N.cyriacigeorgica was determined as the most frequently detected and the most resistant species to antibiotics in the study population. Direct microscopic exam- ination of clinical specimens is one of the most valuable methods for the identification of Nocardia-type bacteria, which is difficult to isolate in microbiology laboratories. With this study, the importance of ex- amining Gram-stained clinical samples was emphasized in the identification of Nocardia species, which can emerge with a wide variety of clinical forms and can be easily overlooked. In addition, antibiotic sus- ceptibility profiles of the isolated bacteria were determinedto contribute to species-specific susceptibility profiles. Accurate identification of Nocardia species will contribute to clinical and epidemiological studies.
Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Kısa Bildiri Erişim Türü: Bibliyografik
  • 1. McNeil MM, Brown JM. The medically important aerobic Actinomycetes: Epidemiology and microbiology. Clin Microbiol Rev 1994; 7(3): 357-417. https://doi.org/10.1128/CMR.7.3.357
  • 2. Colaneri M, Lombardi A, Morea A, Monzillo V, Mariani B, Marone M, et al. An eight-year experience of Nocardia infection in Italy: Does immunosuppression matter? New Microbiol 2021; 44(2): 111-6.
  • 3. Corti ME, Villafañi-Fioti MF. Nocardiosis: A review. Int J Infect Dis. 2003; 7: 243-50. https://doi.org/10.1016/ S1201-9712(03)90102-0
  • 4. Hashemzadeh M, Zadegan Dezfuli AA, Khosravi AD, Savari M, Jahangirimehr F. Genotypic and phenotypic prevalence of Nocardia species in Iran: First systematic review and meta-analysis of data accumulated over years. 1992-2021. PLoS One 2021; 16(7): e0254840. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0254840
  • 5. Li Y, Tang T, Xiao J, Wang J, Li B, Ma L, et al. Clinical analysis of 11 cases of nocardiosis. Open Med (Wars) 2021; 16(1): 610-7. https://doi.org/10.1515/med-2020-0196
  • 6. Mohanty A , Meena S, Kumar SP, Gupta PK, Kaistha N, Gupta P, et al. Incidental finding of Nocardia: A case series from a tertiary care centre in Uttarakhand. Case Rep Infect Dis 2020; 2020: 6874625. https://doi. org/10.1155/2020/6874625
  • 7. Louie L, Louie M, Simor AE. Investigation of a pseudo-outbreak of Nocardia asteroides infection by pulsed- field gel electrophoresis and randomly amplified polymorphic DNA PCR. J Clin Microbiol 1997; 35(6): 1582-4. https://doi.org/10.1128/jcm.35.6.1582-1584.1997
  • 8. Wayne PA. Susceptibility testing of mycobacteria, Nocardiae, and other aerobic actinomycetes; approved standard-second edition. CLSI document M24-A2. Pennsylvania: Clinical and Laboratory Standards Institute 2011; p. 43.
  • 9. Saubolle MA, Sussland D. Nocardiosis: Review of clinical and laboratory experience. J Clin Microbiol 2003; 41(10): 4497-501. https://doi.org/10.1128/JCM.41.10.4497-4501.2003
  • 10. Conville PS, Brown-Elliott BA, Smith T, Zelazny AM. The complexities of Nocardia taxonomy and identifica- tion. J Clin Microbiol 2017; 56(1): e01419-17. https://doi.org/10.1128/JCM.01419-17
  • 11. Marín M, Ruiz A, Iglesias C, Quiroga L, Cercenado E, Martín-Rabadán P, et al. Identification of Nocardia spe- cies from clinical isolates using MALDI-TOF mass spectrometry. Clin Microbiol Infect 2018; 24(12): 1342. e5-1342.e8. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2018.06.014
  • 12. Toyokawa M, Ohana N, Ueda A, Imai M, Tanno D, Honda M, et al. Identification and antimicrobial sus- ceptibility profiles of Nocardia species clinically isolated in Japan. Sci Rep 2021; 11(1): 16742. https://doi. org/10.1038/s41598-021-95870-2
  • 13. Margalit I, Lebeaux D, Tishler O, Goldberg E, Bishara J, Yahav D, et al. How do I manage nocardiosis? Clin Microbiol Infect 2021; 27(4): 550-8. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2020.12.019
  • 14. Lafont E, Conan PL, Rodriguez-Nava V, Lebeaux D. Invasive nocardiosis: Disease presentation, diagnosis and treatment - old questions, new answers? Infect Drug Resist 2020; 13: 4601-13. https://doi.org/10.2147/ IDR.S249761
  • 15. Yeoh K, Globan M, Naimo P, Williamson DA, Lea K, Bond K. Identification and antimicrobial susceptibility of referred Nocardia isolates in Victoria, Australia 2009-2019. J Med Microbiol 2022; 71(8). https://doi. org/10.1099/jmm.0.001581
  • 16. Wang H, Zhu Y, Cui Q, Wu W, Li G, Chen D, et al. Epidemiology and antimicrobial resistance profiles of the Nocardia species in China, 2009 to 2021. Microbiol Spectr 2022; 10(2): 01560-21. https://doi. org/10.1128/spectrum.01560-21
APA Olmez S, Otlu B, Sener B (2023). Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi. , 108 - 118. 10.5578/mb.20239909
Chicago Olmez Serpil,Otlu Baris,Sener Burcin Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi. (2023): 108 - 118. 10.5578/mb.20239909
MLA Olmez Serpil,Otlu Baris,Sener Burcin Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi. , 2023, ss.108 - 118. 10.5578/mb.20239909
AMA Olmez S,Otlu B,Sener B Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi. . 2023; 108 - 118. 10.5578/mb.20239909
Vancouver Olmez S,Otlu B,Sener B Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi. . 2023; 108 - 118. 10.5578/mb.20239909
IEEE Olmez S,Otlu B,Sener B "Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi." , ss.108 - 118, 2023. 10.5578/mb.20239909
ISNAD Olmez, Serpil vd. "Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi". (2023), 108-118. https://doi.org/10.5578/mb.20239909
APA Olmez S, Otlu B, Sener B (2023). Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi. Mikrobiyoloji Bülteni, 57(1), 108 - 118. 10.5578/mb.20239909
Chicago Olmez Serpil,Otlu Baris,Sener Burcin Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi. Mikrobiyoloji Bülteni 57, no.1 (2023): 108 - 118. 10.5578/mb.20239909
MLA Olmez Serpil,Otlu Baris,Sener Burcin Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.57, no.1, 2023, ss.108 - 118. 10.5578/mb.20239909
AMA Olmez S,Otlu B,Sener B Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2023; 57(1): 108 - 118. 10.5578/mb.20239909
Vancouver Olmez S,Otlu B,Sener B Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2023; 57(1): 108 - 118. 10.5578/mb.20239909
IEEE Olmez S,Otlu B,Sener B "Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi." Mikrobiyoloji Bülteni, 57, ss.108 - 118, 2023. 10.5578/mb.20239909
ISNAD Olmez, Serpil vd. "Nocardia Enfeksiyonlarının Tanısında Gram Boyanmış Yaymaların Önemi". Mikrobiyoloji Bülteni 57/1 (2023), 108-118. https://doi.org/10.5578/mb.20239909