Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu
Yıl: 2023 Cilt: 47 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 64 - 70 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.4274/tpd.galenos.2022.76476 İndeks Tarihi: 07-06-2023
Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu
Öz: Amaç: Bu çalışmada Van yöresinde sağlıklı görünümlü koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin yaygınlığının moleküler yöntemlerle araştırılması ve saptanan izolatların genotiplerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntemler: Mayıs-Eylül 2021 tarihleri arasında Van yöresindeki çeşitli işletmelerden 38’i erkek 162’si dişi, 32’si süt emen, 38’i sütten kesilmiş kuzu ve 130’u da ergin olmak üzere toplam 200 Akkaraman ırkı koyun çalışmaya dahil edilmiştir. Koyunlardan toplanan dışkı örneklerinden ticari kitler ile genomik DNA (gDNA) ekstraksiyonu yapılmış ve elde edilen gDNA izolatlarında E. bieneusi DNA’sı ITS rRNA gen bölgesini amplifiye eden primerler yardımıyla Nested polimeraz zincir reaksiyon (PZR) yöntemi ile araştırılmıştır. Pozitif belirlenen izolatlara ait PZR ürünleri E. bieneusi’nin genotiplendirmesi ve filogenetik analizleri için sekans analizine tabii tutulmuştur. Bulgular: İncelenen 200 koyuna ait dışkı gDNA örneklerinin toplam 16’sında (%8,0) Nested PZR ile E. bieneusi DNA’sı belirlenmiştir. E. bieneusi pozitifliği en yüksek %18,8 ile süt emen kuzularda saptanmış bunu %10,5 ile sütten kesilmiş kuzular ve %4,6 ile de ergin koyunlar takip etmiştir. Enfeksiyonun yaygınlığı erkeklerde %7,9 dişilerde ise %9,3 olarak tespit edilmiştir. Sekans ve filogenetik analizler çalışmada belirlenen izolatların BEB6 genotipine ait olduğunu, Türkiye ve çeşitli ülkelerde farklı konaklardaki BEB6 izolatlarıyla birlikte kümelenerek E. bieneusi genogrup 2’de yer aldığını ortaya koymuştur. Sonuç: Bu çalışma ile Türkiye’de koyunlarda E. bieneusi enfeksiyonlarının yaygınlığı üzerine moleküler epidemiyolojik veriler elde edilmiş olup araştırma yöresinde yaygın genotipin BEB6 olduğu ortaya konulmuştur. Elde edilen sonuçlar E. bieneusi’nin koyunlarda moleküler epidemiyolojisi ve çeşitliliğine katkı sağlamıştır.
Anahtar Kelime: Molecular Prevalence and Phylogenetic Characterization of Enterocytozoon bieneusi in Sheep in the Van Region
Öz: Objective: In this study, we aimed to determine the prevalence of Enterocytozoon bieneusi in healthy sheep in Van province using molecular techniques and to reveal genotypes of the detected isolates. Methods: A total of 200 healthy appearance sheep comprise 38 male and 162 female, 32 preweaned, 38 postweaned lamb and 130 adult sheep from several farms in the Van region were included in the study between May and September 2021. Genomic DNA (gDNA) extractions were utilized on fecal samples collected from sheep by commercial kits, and E. bieneusi DNA was investigated by Nested polymerase chain reaction (PCR) amplifying ITS rRNA in the gDNA isolates. PCR products of the positive isolates were subjected to sequence analyze for genotyping and phylogenetic analyses of E. bieneusi. Results: E. bieneusi DNA was determined in 16 out of 200 examined sheep fecal gDNA samples (8.0%) by Nested PCR. The highest E. bieneusi prevalence was determined in preweaned lambs with a rate of 18.8%. This was followed by postweaned lambs and adult sheep with a prevalence of 10.5% and 4.6%, respectively. The prevalence of the infection in males and females was 7.9% and 9.3%, respectively. All the ITS rRNA amplicons from 16 positive isolates were subjected to sequence analyses for genotyping and phylogenetic analyses. Sequence analyses revealed that all the isolates determined in sheep belonged to the BEB6 genotype and clustered in genogroup 2 of E. bieneusi with the BEB6 isolates from different hosts in several countries. Conclusion: Molecular epidemiological data on the prevalence of E. bieneusi in sheep in Turkey were obtained with this study and the common genotype was determined as BEB6 in the research area. The obtained data contribute to the molecular epidemiology and diversity of E. bieneusi in sheep.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
- 1. Li W, Xiao L. Ecological and public health significance of Enterocytozoon bieneusi. One Health 2020; 12: 100209.
- 2. Deng L, Yue CJ, Chai YJ, Wang WY, Su XY, Zhou ZY, et al. New genotypes and molecular characterization of Enterocytozoon bieneusi in pet birds in Southwestern China. Int J Parasitol Parasites Wildl 2019; 10: 164-9.
- 3. Pekmezci D, Pekmezci GZ, Yildirim A, Duzlu O, Inci A. Molecular Detection of Zoonotic Microsporidia in Domestic Cats in Turkey: A Preliminary Study. Acta Parasitol 2019; 64: 13-8.
- 4. Zhang X, Wang Z, Su Y, Liang X, Sun X, Peng S, et al. Identification and genotyping of Enterocytozoon bieneusi in China. J Clin Microbiol 2011; 49: 2006-8.
- 5. Qin RL, Liu YY, Mei JJ, Zou Y, Zhang ZH, Zheng WB, et al. Molecular Identification and Genotyping of Enterocytozoon bieneusi in Sheep in Shanxi Province, North China. Animals (Basel) 2022; 12: 993.
- 6. Li J, Luo N, Wang C, Qi M, Cao J, Cui Z. Occurrence, molecular characterization and predominant genotypes of Enterocytozoon bieneusi in dairy cattle in Henan and Ningxia, China. Parasit Vectors 2016; 9: 142.
- 7. Pekmezci D, Yetismis G, Esin C, Duzlu O, Colak ZN, Inci A, et al. Occurrence and molecular identification of zoonotic microsporidia in pet budgerigars (Melopsittacus undulatus) in Turkey. Med Mycol 2020: myaa088.
- 8. Yildirim A, Okur M, Uslug S, Onder Z, Yetismis G, Duzlu O, et al. First report on the molecular prevalence of Enterocytozoon bieneusi in horses in Turkey: genotype distributions and zoonotic potential. Parasitol Res 2020; 119: 2821-8.
- 9. Yildirim Y, Al S, Duzlu O, Onmaz NE, Onder Z, Yetismis G, et al. Enterocytozoon bieneusi in raw milk of cattle, sheep and water buffalo in Turkey: Genotype distributions and zoonotic concerns. Int J Food Microbiol 2020; 334: 108828.
- 10. Bilgin T, Usluğ S, Karademir GK, Okur M, Yetişmiş G, Yıldırım A. Molecular Prevalence and Phylogenetic Characterization of Enterocytozoon bieneusi in Healthy Cattle. Turkiye Parazitol Derg 2020; 44: 36-42.
- 11. Pekmezci D, Yetismis G, Colak ZN, Duzlu O, Ozkilic GN, Inci A, et al. First report and molecular prevalence of potential zoonotic Enterocytozoon bieneusi in Turkish tumbler pigeons (Columba livia domestica). Med Mycol 2021; 59: 864-8.
- 12. Duzlu O, Yildirim A, Onder Z, Ciloglu A, Yetismis G, Inci A. Prevalence and Genotyping of Microsporidian Parasites in Dogs in Turkey: Zoonotic Concerns. J Eukaryot Microbiol 2019; 66: 771-7.
- 13. Zhang Y, Mi R, Yang J, Wang J, Gong H, Huang Y, et al. Enterocytozoon bieneusi genotypes in farmed goats and sheep in Ningxia, China. Infect Genet Evol 2020; 85: 104559.
- 14. Buckholt MA, Lee JH, Tzipori S. Prevalence of Enterocytozoon bieneusi in swine: an 18-month survey at a slaughterhouse in Massachusetts. Appl Environ Microbiol 2002; 68: 2595-9.
- 15. Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J Mol Evol 1980; 16: 111-20.
- 16. Nei M. Phylogenetic analysis in molecular evolutionary genetics. Annu Rev Genet 1996; 30: 371-403.
- 17. Kumar S, Stecher G, Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets. Mol Biol Evol 2016; 33: 1870-4.
- 18. Posada D. jModelTest: phylogenetic model averaging. Mol Biol Evol 2008; 25: 1253-6.
- 19. Guindon S, Gascuel O. A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood. Syst Biol 2003; 52: 696-704.
- 20. Karim MR, Dong H, Li T, Yu F, Li D, Zhang L, et al. Predomination and new genotypes of Enterocytozoon bieneusi in captive nonhuman primates in zoos in China: high genetic diversity and zoonotic significance. PLoS One 2015; 10: e0117991.
- 21. Karim MR, Rume FI, Rahman ANMA, Zhang Z, Li J, Zhang L. Evidence for Zoonotic Potential of Enterocytozoon bieneusi in Its First Molecular Characterization in Captive Mammals at Bangladesh National Zoo. J Eukaryot Microbiol 2020; 67: 427-35.
- 22. Li J, Qi M, Chang Y, Wang R, Li T, Dong H, et al. Molecular Characterization of Cryptosporidium spp., Giardia duodenalis, and Enterocytozoon bieneusi in Captive Wildlife at Zhengzhou Zoo, China. J Eukaryot Microbiol 2015; 62: 833-9.
- 23. Li W, Xiao L. Multilocus Sequence Typing and Population Genetic Analysis of Enterocytozoon bieneusi: Host Specificity and Its Impacts on Public Health. Front Genet 2019; 10: 307.
- 24. Li W, Feng Y, Santin M. Host Specificity of Enterocytozoon bieneusi and Public Health Implications. Trends Parasitol 2019; 35: 436-51.
- 25. Ding H, Zhao A, Wang L, Gao N, Sun Y, Li J, et al. Genotypes and zoonotic potential of Enterocytozoon bieneusi in edible bullfrogs ( Lithobates catesbeiana) in China. Int J Parasitol Parasites Wildl 2020; 11: 103-7.
- 26. Ercan N, Duzlu O, Yildirim A. Molecular detection and genotyping of microsporidia species in chickens in Turkey. Comp Immunol Microbiol Infect Dis 2020; 72: 101516.
- 27. Qi M, Jing B, Jian F, Wang R, Zhang S, Wang H, et al. Dominance of Enterocytozoon bieneusi genotype J in dairy calves in Xinjiang, Northwest China. Parasitol Int 2017; 66: 960-3.
- 28. Fiuza VRDS, Lopes CWG, Cosendey RIJ, de Oliveira FCR, Fayer R, Santín M. Zoonotic Enterocytozoon bieneusi genotypes found in brazilian sheep. Res Vet Sci 2016; 107: 196-201.
- 29. Chen D, Wang SS, Zou Y, Li Z, Xie SC, Shi LQ, et al. Prevalence and multi- locus genotypes of Enterocytozoon bieneusi in black-boned sheep and goats in Yunnan Province, southwestern China. Infect Genet Evol 2018; 65: 385-91.
- 30. Yang H, Mi R, Cheng L, Huang Y, An R, Zhang Y, et al. Prevalence and genetic diversity of Enterocytozoon bieneusi in sheep in China. Parasit Vectors 2018; 11: 587.
- 31. Zhang Q, Cai J, Li P, Wang L, Guo Y, Li C, et al. Enterocytozoon bieneusi genotypes in Tibetan sheep and yaks. Parasitol Res 2018; 117: 721-7.
- 32. Peng JJ, Zou Y, Li ZX, Liang QL, Song HY, Li TS, et al. Occurrence of Enterocytozoon bieneusi in Chinese Tan sheep in the Ningxia Hui Autonomous Region, China. Parasitol Res 2019; 118: 2729-34.
- 33. Jiang Y, Tao W, Wan Q, Li Q, Yang Y, Lin Y, et al. Zoonotic and Potentially Host-Adapted Enterocytozoon bieneusi Genotypes in Sheep and Cattle in Northeast China and an Increasing Concern about the Zoonotic Importance of Previously Considered Ruminant-Adapted Genotypes. Appl Environ Microbiol 2015; 81: 3326-35.
- 34. Shi K, Li M, Wang X, Li J, Karim MR, Wang R, et al. Molecular survey of Enterocytozoon bieneusi in sheep and goats in China. Parasit Vectors 2016; 9: 23.
- 35. Wegayehu T, Li J, Karim MR, Zhang L. Molecular Characterization and Phylogenetic Analysis of Enterocytozoon bieneusi in Lambs in Oromia Special Zone, Central Ethiopia. Front Vet Sci 2020; 7: 6.
- 36. Fiuza VRDS, Lopes CWG, Cosendey RIJ, de Oliveira FCR, Fayer R, Santín M. Zoonotic Enterocytozoon bieneusi genotypes found in brazilian sheep. Res Vet Sci 2016; 107: 196-201.
- 37. Santín M, Vecino JA, Fayer R. A zoonotic genotype of Enterocytozoon bieneusi in horses. J Parasitol 2010; 96: 157-61.
- 38. Sak B, Salát J, Horká H, Saková K, Ditrich O. Antibodies enhance the protective effect of CD4+ T lymphocytes in SCID mice perorally infected with Encephalitozoon cuniculi. Parasite Immunol 2006; 28: 95-9.
- 39. Sulaiman IM, Fayer R, Lal AA, Trout JM, Schaefer FW 3rd, Xiao L. Molecular characterization of microsporidia indicates that wild mammals Harbor host-adapted Enterocytozoon spp. as well as human-pathogenic Enterocytozoon bieneusi. Appl Environ Microbiol 2003; 69: 4495-501.
- 40. Santín M, Cortés Vecino JA, Fayer R. Enterocytozoon bieneusi genotypes in dogs in Bogota, Colombia. Am J Trop Med Hyg 2008; 79: 215-7.
- 41. Dong H, Zhao Z, Zhao J, Fu Y, Lang J, Zhang J, et al. Molecular characterization and zoonotic potential of Enterocytozoon bieneusi in ruminants in northwest China. Acta Trop 2022; 234: 106622.
- 42. Wang L, Xiao L, Duan L, Ye J, Guo Y, Guo M, et al. Concurrent infections of Giardia duodenalis, Enterocytozoon bieneusi, and Clostridium difficile in children during a cryptosporidiosis outbreak in a pediatric hospital in China. PLoS Negl Trop Dis 2013; 7: e2437.
- 43. Ye J, Ji Y, Xu J, Ma K, Yang X. Zoonotic Enterocytozoon bieneusi in raw wastewater in Zhengzhou, China. Folia Parasitol (Praha) 2017; 64: 2017.002.
| APA | APAYDIN M, Yetismis G, KARABULUT F, Yıldırım A (2023). Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu. , 64 - 70. 10.4274/tpd.galenos.2022.76476 |
| Chicago | APAYDIN MUHAMMET HASAN,Yetismis Gamze,KARABULUT Faruk,Yıldırım Alparslan Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu. (2023): 64 - 70. 10.4274/tpd.galenos.2022.76476 |
| MLA | APAYDIN MUHAMMET HASAN,Yetismis Gamze,KARABULUT Faruk,Yıldırım Alparslan Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu. , 2023, ss.64 - 70. 10.4274/tpd.galenos.2022.76476 |
| AMA | APAYDIN M,Yetismis G,KARABULUT F,Yıldırım A Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu. . 2023; 64 - 70. 10.4274/tpd.galenos.2022.76476 |
| Vancouver | APAYDIN M,Yetismis G,KARABULUT F,Yıldırım A Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu. . 2023; 64 - 70. 10.4274/tpd.galenos.2022.76476 |
| IEEE | APAYDIN M,Yetismis G,KARABULUT F,Yıldırım A "Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu." , ss.64 - 70, 2023. 10.4274/tpd.galenos.2022.76476 |
| ISNAD | APAYDIN, MUHAMMET HASAN vd. "Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu". (2023), 64-70. https://doi.org/10.4274/tpd.galenos.2022.76476 |
| APA | APAYDIN M, Yetismis G, KARABULUT F, Yıldırım A (2023). Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu. Türkiye Parazitoloji Dergisi, 47(2), 64 - 70. 10.4274/tpd.galenos.2022.76476 |
| Chicago | APAYDIN MUHAMMET HASAN,Yetismis Gamze,KARABULUT Faruk,Yıldırım Alparslan Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu. Türkiye Parazitoloji Dergisi 47, no.2 (2023): 64 - 70. 10.4274/tpd.galenos.2022.76476 |
| MLA | APAYDIN MUHAMMET HASAN,Yetismis Gamze,KARABULUT Faruk,Yıldırım Alparslan Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu. Türkiye Parazitoloji Dergisi, vol.47, no.2, 2023, ss.64 - 70. 10.4274/tpd.galenos.2022.76476 |
| AMA | APAYDIN M,Yetismis G,KARABULUT F,Yıldırım A Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu. Türkiye Parazitoloji Dergisi. 2023; 47(2): 64 - 70. 10.4274/tpd.galenos.2022.76476 |
| Vancouver | APAYDIN M,Yetismis G,KARABULUT F,Yıldırım A Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu. Türkiye Parazitoloji Dergisi. 2023; 47(2): 64 - 70. 10.4274/tpd.galenos.2022.76476 |
| IEEE | APAYDIN M,Yetismis G,KARABULUT F,Yıldırım A "Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu." Türkiye Parazitoloji Dergisi, 47, ss.64 - 70, 2023. 10.4274/tpd.galenos.2022.76476 |
| ISNAD | APAYDIN, MUHAMMET HASAN vd. "Van Yöresindeki Koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu". Türkiye Parazitoloji Dergisi 47/2 (2023), 64-70. https://doi.org/10.4274/tpd.galenos.2022.76476 |
