Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi

339 0

Proje Grubu: SBAG Sayfa Sayısı: 18 Proje No: 321S004 Proje Bitiş Tarihi: 01.11.2022 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 31-08-2023

Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi

Öz:
Tek hücre RNA dizileme tekniklerinin birçoğu hücre içinde üretilen mRNA moleküllerinin 3? ucundan kısa okumalar yaparak gen ekspresyon seviyesini belirlemeyi hedefler. Gen bazında tespitler ile elde edilen ekspresyon tablosu, dokuyu oluşturan hücrelerin türler bazında komposizyonlarını belirli ölçüde tespitine olanak sağlamaktadır. Fakat genlerin transkripsiyonu tek düze birebir benzer kopya moleküller üretmekten ziyade, alternatif ürünlerle sonuçlanabilmektedir. Yaygın olarak transkripsiyon izoformları ya da alternatif kırpma şeklinde bilinen modifikasyonların yanı sıra transle edilmeyen son ekzon bölgesinde transkipsiyonun sonlandığı ve mRNA molekülünün poli-A kuyruğu ile daha stabil hale getirildiği lokasyon üzerinden de farklılıklar açığa çıkmaktadır. Bu birbirine alternatif lokasyonların patolojik mekanizmalar ile ilişkilendirilmiş olması bilgisi üzerine tek hücre RNA dizilemelerinin özellikleri birleştirilince bir biyoinformatik araç geliştirme ihtiyacı hasıl olmuştur. Başlangıçta 8 ay olarak planlanan ve ek süre ile birlikte 11 ayda tamamlanan proje ile geliştirilen araç tek hücre verilerinde alternatif poliadenilasyon bölgelerini hücre türü özelinde belirleme özelliğine sahiptir. Projenin akciğer kanserini tema alarak bulmayı hedeflediği tümöre özgü alternatif poliadenilasyon içeren genlerin diğer kanserlerde hasta prognoz ilişkilerine bakıldığında biyolojik çıktıların potansiyel olarak etkilerinin önemi anlaşılmaktadır. Proje süresi ve kapsamı içerisinde işlenen verilerle kısıtlı kalınmaması, farklı ölçekte veri setlerinin de değerlendirilerek daha derinlemesine incelemeler yapılmasının yeni projelere yelken açacağı düşünülmektedir.
Anahtar Kelime: Biyoinformatik Alternatif izoformlar tek hücre genomik

Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi

Öz:
Most single-cell RNA sequencing techniques aim to determine the level of gene expression by reading from the 3' end of mRNA molecules produced inside the cell. The expression table obtained by gene-based determinations allows to determine the composition of the cells forming the tissue to a certain extent on the basis of cell types. However, transcription of genes may result in alternative products rather than producing uniform identical copies of molecules. Besides the modifications commonly known as transcriptional isoforms or alternative splicing, differences also emerge over the location where transcription is terminated in the un-translated last exonic region and the mRNA molecule is stabilized by the poly-A tail. The need to develop a bioinformatics tool arose when the features of single cell RNA sequencing were combined upon the knowledge that these alternative locations are associated with pathological mechanisms. The tool developed with the project, which was originally planned as 8 months and completed in 11 months with additional time, has the feature of determining cell type specific alternative polyadenylation sites in single cell data. When we look at the patient prognosis relationships of the tumor-specific alternative polyadenylation genes, which the project aims to find by taking lung cancer as a theme, the importance of the potential effects of biological outcomes would be appreciated. It is thought that not being limited to the data processed within the project period and scope, and making more in-depth examinations by evaluating various data sets at different scale will set sail for new projects.
Anahtar Kelime: Biyoinformatik Alternatif izoformlar tek hücre genomik

Erişim Türü: Bibliyografik
APA SİPAHİ M, YILDIZ M, Kaymaz Y (2022). Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi. , 0 - 18.
Chicago SİPAHİ MERYEM İREM,YILDIZ MERT,Kaymaz Yasin Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi. (2022): 0 - 18.
MLA SİPAHİ MERYEM İREM,YILDIZ MERT,Kaymaz Yasin Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi. , 2022, ss.0 - 18.
AMA SİPAHİ M,YILDIZ M,Kaymaz Y Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi. . 2022; 0 - 18.
Vancouver SİPAHİ M,YILDIZ M,Kaymaz Y Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi. . 2022; 0 - 18.
IEEE SİPAHİ M,YILDIZ M,Kaymaz Y "Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi." , ss.0 - 18, 2022.
ISNAD SİPAHİ, MERYEM İREM vd. "Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi". (2022), 0-18.
APA SİPAHİ M, YILDIZ M, Kaymaz Y (2022). Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi. , 0 - 18.
Chicago SİPAHİ MERYEM İREM,YILDIZ MERT,Kaymaz Yasin Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi. (2022): 0 - 18.
MLA SİPAHİ MERYEM İREM,YILDIZ MERT,Kaymaz Yasin Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi. , 2022, ss.0 - 18.
AMA SİPAHİ M,YILDIZ M,Kaymaz Y Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi. . 2022; 0 - 18.
Vancouver SİPAHİ M,YILDIZ M,Kaymaz Y Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi. . 2022; 0 - 18.
IEEE SİPAHİ M,YILDIZ M,Kaymaz Y "Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi." , ss.0 - 18, 2022.
ISNAD SİPAHİ, MERYEM İREM vd. "Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri Için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi". (2022), 0-18.