Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi

Kabay, Nilgün; VURAN, M. Emre; ERGİN, Çağrı; KARAARSLAN, Aydın; ÖZDEMİR, Durmuş; Zorbozan, Orçun; KALELİ, İlknur; GÖK, YAŞAR; ÇON, Ahmet Hilmi

Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi

Çağrı ERGİN, (Pamukkale Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Denizli, Türkiye)

M. Emre VURAN, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Yaşar GÖK, (Pamukkale Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, Denizli, Türkiye)

Durmuş ÖZDEMİR, (İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü, Kimya Bölümü, Urla, İzmir, Türkiye)

Aydın KARAARSLAN, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

İlknur KALELİ, (Pamukkale Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Denizli, Türkiye)

Orçun ZORBOZAN, (Pamukkale Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Denizli, Türkiye)

Nilgün KABAY, (Pamukkale Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, Denizli, Türkiye)

Ahmet Hilmi ÇON (Pamukkale Üniversitesi Mühendislik Fakültesi, Gıda Mühendisliği Bölümü, Denizli, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

6 0

Yıl: 2011 Cilt: 45 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 707 - 715 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi

Öz:

Malassezia türleri, normal deri florasının üyesi kabul edilen, cilt enfeksiyonlarına da yol açabilen lipofilik ekzobasidiyomiçet mantarlardır. Rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında uygulanan fenotipik karakterlere dayalı tür tanımlaması her zaman için taksonomik araştırmalarla uyumlu olmayabilmektedir. Lipofilik ve lipide bağımlı Malassezia türleri lipid ile zenginleştirilmiş besiyerlerine gereksinim gösterir. Bu nedenle, lipid bölgesine odaklanmış Fourier dönüşümlü kızılötesi (Fourier transform infrared; FT-IR) spektroskopisi, Malassezia türlerinin tanımlanmasında yardımcı olabilir. Bu çalışmada, insan patojeni olan 10 farklı türe ait standart Malassezia suşu (M.dermatis CBS 9145, M.furfur CBS 7019, M.japonica CBS 9432, M.globosa CBS 7966, M.nana CBS 9561, M.obtusa CBS 7876, M.pachydermatis CBS 1879, M.slooffiae CBS 7956, M.sympodialis CBS 7222 ve M.yamatoensis CBS 9725), modifiye Dixon agar besiyerinde standart kültürü takiben FT-IR spektroskopisi ile incelenmiştir. Çalışmamızda, tüm spektrum analizi ile iki ana grup (M1 grubu; M.globosa, M.obtusa, M.sympodialis, M.dermatis, M.pachydermatis ve M2 grubu; M.furfur, M.japonica, M.nana, M.slooffiae, M.yamatoensis) ayırımı yapılmıştır. M1 grubunda; M.obtusa’nın 1686-1606 $cm^ {-1}$, M2 grubunda M.japonicum’un 2993-2812 $cm^ {-1}$ dalga sayısı penceresinde yapılan ikinci basamak işlemlerinde, düşük düzeyde ayırım gücü ile tanımlandığı görülmüştür. Bununla birlikte, M.sympodialis, M.globosa ve M.pachydermatis ile M.furfur ve M.yamatoensis’in birbirlerinden ayırım gösterdiği bölgeler saptanamamıştır. Sonuç olarak, farklı spektral bölgelerin analiz verilerine göre; FT-IR spektroskopik analizinin, standart kültürü yapılan Malassezia türlerinin ayırımında yeterli olmadığı kanısına varılmıştır.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Fizik, Uygulamalı

Evaluation of Malassezia species by fourier transform infrared (FT-IR) spectroscopy

Öz:

Malassezia species which are lipophilic exobasidiomycetes fungi, have been accepted as members of normal cutaneous flora as well as causative agent of certain skin diseases. In routine microbiology laboratory, species identification based on phenotypic characters may not yield identical results with taxonomic studies. Lipophilic and lipid-dependent Malassezia yeasts require lipid-enriched complex media. For this reason, Fourier transform infrared (FT-IR) spectroscopy analysis focused on lipid window may be useful for identification of Malassezia species. In this study, 10 different standard Malassezia species (M.dermatis CBS 9145, M.furfur CBS 7019, M.japonica CBS 9432, M.globosa CBS 7966, M.nana CBS 9561, M.obtusa CBS 7876, M.pachydermatis CBS 1879, M.slooffiae CBS 7956, M.sympodialis CBS 7222 and M.yamatoensis CBS 9725) which are human pathogens, have been analyzed by FT-IR spectroscopy following standard cultivation onto modified Dixon agar medium. Results showed that two main groups (M1; M.globosa, M.obtusa, M.sympodialis, M.dermatis, M.pachydermatis vs, M2; M.furfur, M.japonica, M.nana, M.slooffiae, M.yamatoensis) were discriminated by whole spectra analysis. M.obtusa in M1 by 1686-1606 $cm^ {-1}$ wavenumber ranges and M.japonicum in M2 by 2993-2812 $cm^ {-1}$ wavenumber ranges were identified with low level discrimination power. Discriminatory areas for species differentiation of M1 members as M.sympodialis, M.globosa and M.pachydermatis and M2 members as M.furfur and M.yamatoensis could not be identified. Several spectral windows analysis results revealed that FT-IR spectroscopy was not sufficient for species identification of culture grown Malassezia species.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Fizik, Uygulamalı

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Hay RJ, Midglay G. Introduction: Malassezia yeasts from a historical perspective, pp. 1-16. In: Boekheut T, Guého-Kellermann E, Mayser P, Velegraki A (eds), Malassezia and The Skin. Science and Clinical Practice. 2010, Springer, Berlin-Heidelberg.
2. Erdik E. Kırmızı ötesi (İnfrared) spektroskopisi, s: 82-182. Organik Kimyada Spektroskopik Yöntemler. 1993. Gazi Büro Kitabevi, Ankara.
3. Naumann D. FT-Infrared and FT-Raman spectroscopy in biomedical research. Appl Spectrosc Rev 2001; 36(2-3): 239-98.
4. Rodriguez MPQ. Fourier transform infrared (FTIR) technology for the identification of organisms. Clin Microbiol Newsletter 2000; 22(8): 57-61.
5. Beekes M, Lasch P, Naumann D. Analytical applications of Fourier transform-infrared (FT-IR) spectroscopy in microbiology and prion research. Vet Microbiol 2007; 123(4): 305-19.
6. Kalinowska-Pujdak A, Schmalreck A, Haustein UF, Nenoff P. Species differentiation of yeasts of the genus Malassezia with Fourier transform infrared spectroscopy. Hautarzt 2006; 57(2): 127-36.
7. Aparicio R. Characterization: Mathematical procedures for chemical analysis, pp: 285-354. In: Aparicio R, Harwood J (eds), Handbook of Olive Oil: Analysis and Properties. 1999, 1st ed. Springer-Verlag, New York.
8. Dıraman H, Özdemir D, Hışıl Y. Ayvalık zeytin çeşidinden üretilen erken hasat natürel zeytinyağlarının yağ asitleri bileşenlerine göre kemometrik karakterizasyonu. Gıda Teknolojileri Elektronik Derg 2009; 4(3): 1-11.
9. Guillot J, Breugnot C, de Barros M, Chermette R. Usefulness of modified Dixon's medium for quantitative culture of Malassezia species from canine skin. J Vet Diagn Invest 1998; 10(4): 384-6.
10. Guého-Kellermann E, Boekhout T, Begerow D. Biodiversity, phylogeny and ultrastructure, pp: 17-64. In: Boekheut T, Guého-Kellermann E, Mayser P, Velegraki A (eds), Malassezia and The Skin. Science and Clinical Practice. 2010, Springer, Berlin-Heidelberg.
11. Saadatzadeh MR, Ashbee HR, Holland KT, Ingham E. Production of the mycelial phase of Malassezia in vitro. Med Mycol 2001; 39(6): 487-93.
12. Winiarczyk S. The ultrastructure of Pityrosporum pachydermatis. Arch Vet Pol 1992; 32(3-4): 5-13.
13. Guillot J, Guého E, Chévrier G, Chermette R. Epidemiological analysis of Malassezia pachydermatis isolates by partial sequencing of the large subunit ribosomal RNA. Res Vet Sci 1997; 62(1): 22-5.
14. Midreuil F, Guillot J, Guého E, Renaud F, Mallié M, Bastide JM. Genetic diversity in the yeast species Malassezia pachydermatis analysed by multilocus enzyme electrophoresis. Int J Syst Bacteriol 1999; 49(Pt 3): 1287-94.
15. Cabañes FJ, Theelen B, Castellá G, Boekhout T. Two new lipid-dependent Malassezia species from domestic animals. FEMS Yeast Res 2007; 7(6): 1064-76.
16. Ergin Ç, İlkit M, Gök Y ve ark. FT-IR spektroskopi analizi ile Trichophyton mentagrophytes ve Trichophyton rubrum kökenlerinin ayırımında Tween 80 etkisi. XXXIV. Türk Mikrobiyoloji Kongresi. 7-10 Kasım 2010, Girne, Kıbrıs. Kongre Kitabı, Sözlü Sunum No: 11.
17. Fischer G, Braun S, Thissen R, Dott W. FT-IR spectroscopy as a tool for rapid identification and intra-species characterization of airborne filamentous fungi. J Microbiol Methods 2006; 64(1): 63-77.
18. Bastert J, Korting HC, Traenkle P, Schmalreck AF. Identification of dermatophytes by Fourier transform infrared spectroscopy (FT-IR). Mycoses 1999; 42(9-10): 525-8.
19. Rebuffo-Scheer CA, Kirschner C, Staemmler M, Naumann D. Rapid species and strain differentiation of nontubercoulous mycobacteria by Fourier-transform infrared microspectroscopy. J Microbiol Methods 2007; 68(2): 282-90.
20. Rellini P, Roscini L, Fatichenti F, Morini P, Cardinali G. Direct spectroscopic (FT-IR) detection of intraspecific binary contaminations in yeast cultures. FEMS Yeast Res 2009; 9(3): 460-7.
21. Karadenizli A, Kolayli F, Ergen K. A novel application of Fourier-transformed infrared spectroscopy: classification of slime from staphylococci. Biofouling 2007; 23(1-2): 63-71.

APA	ERGİN Ç, VURAN M, GÖK Y, ÖZDEMİR D, KARAARSLAN A, KALELİ İ, Zorbozan O, Kabay N, ÇON A (2011). Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi. , 707 - 715.
Chicago	ERGİN Çağrı,VURAN M. Emre,GÖK YAŞAR,ÖZDEMİR Durmuş,KARAARSLAN Aydın,KALELİ İlknur,Zorbozan Orçun,Kabay Nilgün,ÇON Ahmet Hilmi Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi. (2011): 707 - 715.
MLA	ERGİN Çağrı,VURAN M. Emre,GÖK YAŞAR,ÖZDEMİR Durmuş,KARAARSLAN Aydın,KALELİ İlknur,Zorbozan Orçun,Kabay Nilgün,ÇON Ahmet Hilmi Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi. , 2011, ss.707 - 715.
AMA	ERGİN Ç,VURAN M,GÖK Y,ÖZDEMİR D,KARAARSLAN A,KALELİ İ,Zorbozan O,Kabay N,ÇON A Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi. . 2011; 707 - 715.
Vancouver	ERGİN Ç,VURAN M,GÖK Y,ÖZDEMİR D,KARAARSLAN A,KALELİ İ,Zorbozan O,Kabay N,ÇON A Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi. . 2011; 707 - 715.
IEEE	ERGİN Ç,VURAN M,GÖK Y,ÖZDEMİR D,KARAARSLAN A,KALELİ İ,Zorbozan O,Kabay N,ÇON A "Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi." , ss.707 - 715, 2011.
ISNAD	ERGİN, Çağrı vd. "Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi". (2011), 707-715.

APA	ERGİN Ç, VURAN M, GÖK Y, ÖZDEMİR D, KARAARSLAN A, KALELİ İ, Zorbozan O, Kabay N, ÇON A (2011). Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 45(4), 707 - 715.
Chicago	ERGİN Çağrı,VURAN M. Emre,GÖK YAŞAR,ÖZDEMİR Durmuş,KARAARSLAN Aydın,KALELİ İlknur,Zorbozan Orçun,Kabay Nilgün,ÇON Ahmet Hilmi Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 45, no.4 (2011): 707 - 715.
MLA	ERGİN Çağrı,VURAN M. Emre,GÖK YAŞAR,ÖZDEMİR Durmuş,KARAARSLAN Aydın,KALELİ İlknur,Zorbozan Orçun,Kabay Nilgün,ÇON Ahmet Hilmi Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.45, no.4, 2011, ss.707 - 715.
AMA	ERGİN Ç,VURAN M,GÖK Y,ÖZDEMİR D,KARAARSLAN A,KALELİ İ,Zorbozan O,Kabay N,ÇON A Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2011; 45(4): 707 - 715.
Vancouver	ERGİN Ç,VURAN M,GÖK Y,ÖZDEMİR D,KARAARSLAN A,KALELİ İ,Zorbozan O,Kabay N,ÇON A Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2011; 45(4): 707 - 715.
IEEE	ERGİN Ç,VURAN M,GÖK Y,ÖZDEMİR D,KARAARSLAN A,KALELİ İ,Zorbozan O,Kabay N,ÇON A "Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 45, ss.707 - 715, 2011.
ISNAD	ERGİN, Çağrı vd. "Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi ile Malassezia türlerinin değerlendirilmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 45/4 (2011), 707-715.