Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi

GÜLTEKİN, Berna; Aydın, Neriman; Kırdar, Sevin; EYIGOR, METE; TİRYAKİ, Yasin

Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi

Berna GÜLTEKİN, (Adnan Menderes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Aydın, Türkiye)

Mete EYİGÖR, (Adnan Menderes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Aydın, Türkiye)

Yasin TİRYAKİ, (Adnan Menderes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Aydın, Türkiye)

Sevin KIRDAR, (Adnan Menderes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Aydın, Türkiye)

Neriman AYDIN (Adnan Menderes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Aydın, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

4 0

Yıl: 2011 Cilt: 45 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 306 - 317 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi

Öz:

Kandidemi yüksek mortalite ile seyreden ciddi bir klinik tablodur. Özellikle immünyetmezlikli olgularda sık görülen bu tabloda erken tanı ve uygun tedavi önem taşır. Bu retrospektif çalışmada, kan kültürlerinden izole edilmiş olan Candida suşlarının antifungal duyarlılık paternlerinin belirlenmesi; virülans faktörü olarak kabul edilen fosfolipaz, esteraz ve biyofilm oluşturma özelliklerinin araştırılması ve izolatlar arasındaki klonal ilişkinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, laboratuvarımızda Şubat 2005-Temmuz 2010 tarihleri arasında, sekizi yenidoğan, 38’i ise erişkin hastaların kan kültürlerinden izole edilen 46 Candida spp. suşu alınmıştır. Suşların 17’si C.albicans, 18’i C.parapsilosis, beşi C.glabrata, dördü C.tropicalis, biri C.guilliermondii ve biri C.krusei olarak tanımlanan izolatlardır. Antifungal duyarlılık testleri “Sensititre Yeast One (Trek Diagnostic Systems, ABD)” ticari kiti ile yapılmış; esteraz aktivitesi Tween-80’li besiyerinde, fosfolipaz aktivitesi yumurta sarılı agarda araştırılmış ve biyofilm oluşturma özelliğinin belirlenmesinde mikroplak yöntemi kullanılmıştır. Suşların genotiplendirilmesi; OPE- 03, OPE-18, AP50-1, Cnd-3 ve Cnd-4 primerleri kullanılarak “Random Amplified Polymorphic DNAPolymerase Chain Reaction (RAPD-PCR)” yöntemiyle yapılmıştır. Çalışmamızda, tüm suşların amfoterisin B, vorikonazol, posakonazol ve kaspofungine duyarlı olduğu saptanmıştır. C.albicans, C.parapsilosis, C.glabrata ve C.tropicalis suşları flukonazole duyarlı bulunurken, C.krusei suşu flukonazole doğal dirençli kabul edilmiştir. Beş C.glabrata izolatının üçünde itrakonazol direnci belirlenmiş, diğer tüm suşların itrakonazole duyarlı olduğu görülmüştür. C.albicans suşlarının tümünde fosfolipaz ve esteraz aktivitesi pozitif, biyofilm oluşumu negatif iken, tüm C.parapsilosis suşlarının fosfolipaz ve esteraz aktivitesi negatif, biyofilm oluşumu pozitif bulunmuştur. Fosfolipaz aktivitesine hiçbir albicans-dışı türde rastlanmamış; C.tropicalis suşlarının hepsinde esteraz pozitifliği saptanırken, üç C.tropicalis, bir C.glabrata ve bir C.krusei izolatının biyofilm oluşturma özelliğine sahip olduğu izlenmiştir. Genotiplendirme sonucunda; beş farklı primer ile C.albicans suşları 5-8 patern, C.parapsilosis suşları ise 2-3 patern oluşturmuş, C.parapsilosis izolatlarından 14’ü primerlerin hepsi ile aynı bulunarak tek bir paternde (patern A) toplanmıştır. Sonuç olarak çalışmamızda, kandan izole edilen Candida spp. izolatlarının test edilen antifungal ajanlara karşı duyarlılıklarının oldukça yüksek olduğu görülmüş; C.albicans suşlarında yüksek oranda fosfolipaz ve esteraz, C.parapsilosis suşlarında yüksek oranda biyofilm pozitifliği saptanmıştır. C.parapsilosis izolatları arasında bulunan baskın paternin ise ekzojen yayılımla ilişkili olabileceği düşünülmüştür.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Enfeksiyon Hastalıkları Tıbbi Laboratuar Teknolojisi

Investigation of antifungal susceptibilities and some virulence factors of Candida strains isolated from blood cultures and genotyping by RAPD-PCR

Öz:

Candidemia is a serious clinical picture with a rather high mortality. Early diagnosis and appropriate treatment is crucial in this picture especially in immunocompromised cases. The aims of this retrospective study were to investigate the antifungal susceptibility patterns and to detect the presence of phospholipase, esterase and biofilm production which are excepted as virulence factors of Candida spp. strains and to evaluate the clonal relationships between isolates. A total of 46 Candida spp. strains isolated from blood cultures of patients of whom eight were newborn and 38 were adults, between the period of February 2005 to July 2010, were included in the study. Of the isolates 17 were identified as C.albicans, 18 were C.parapsilosis, five were C.glabrata, four were C.tropicalis, one was C.guilliermondii and one was C.krusei. Antifungal susceptibility tests were performed by using “Sensititre Yeast One (Trek Diagnostic Systems, USA)” commercial kit. Esterase activity was detected in Tween-80 medium; phospholipase activity in yolk egg agar and biofilm formation was investigated by microplate assay. Strain genotyping was performed by RAPD-PCR (random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction) by using OPE-03, OPE-18, AP50-1, Cnd-3 and Cnd-4 primers. All strains were found to be susceptible to amphotericin B, voriconazole, posaconazole, and caspofungin. C.krusei strain was defined as resistant (intrinsically) to fluconazole. All strains of C.albicans, C.parapsilosis, C.glabrata, and C.tropicalis were found to be susceptible to fluconazole. Three of five C.glabrata strains were resistant to itraconazole, while the other strains were found to be susceptible. All of the C.albicans strains had phospholipase and esterase activity, however none were biofilm-producing isolates. In contrast all of the C.parapsilosis strains were negative for phospholipase and esterase activity, however all were positive for biofilm formation. Phospholipase activity has not been detected in non-albicans strains; esterase activity were found positive in all of the C.tropicalis strains, while biofilm formation was detected in three C.tropicalis, one C.glabrata and one C.krusei isolates. The results of genotyping demonstrated that C.albicans strains displayed 5-8 different patterns and C. parapsilosis strains 2-3 patterns with the use of five primers. Among C.parapsilosis strains, 14 were found identical (with the use of all the primers forming a single pattern (pattern A). In conclusion, the Candida spp. isolated from blood samples were highly susceptible to the tested antifungals, and C.albicans strains had high phospholipase and esterase activity, while C.parapsilosis strains had high rate of positivity for biofilm formation. The predominant pattern amongst C.parapsilosis strains was thought to be related to exogenous dissemination.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Enfeksiyon Hastalıkları Tıbbi Laboratuar Teknolojisi

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Pfaller MA, Diekema DJ. Epidemiology of invasive candidiasis: a persistent public health problem. Clin Microbiol Rev 2007; 20(1): 133-63.
2. Diekema DJ, Messer SA, Boyken LB, et al. In vitro activity of seven systemically active antifungal agents against a large global collection of rare Candida species as determined by CLSI broth microdilution methods. J Clin Microbiol 2009; 47(10): 3170-7.
3. Tan TY, Tan AL, Tee NW, Ng LS. A retrospective analysis of antifungal susceptibilities of Candida bloodstream isolates from Singapore hospitals. Ann Acad Med Singapore 2008; 37(10): 835-40.
4. Altuncu E, Bilgen H, Cerikçioğlu N ve ark. Neonatal Candida enfeksiyonları ve etkenlerinin antifungal duyarlılıkları. Mikrobiyol Bul 2010; 44(4): 593-603.
5. Gil-Lamaignere C, Roilides E, Hacker J, Muller FM. Molecular typing for fungi-a critical review of the possibilities and limitations of currently and future methods. Clin Microbiol Infect 2003; 9(3): 172-85.
6. Akyol V, Çerikçioğlu N. Candida parapsilosis klinik izolatlarının morfotiplendirilmesi, genotiplendirilmesi ve farklı morfotiplerde bazı virülans faktörlerinin araştırılması. Mikrobiyol Bul 2010; 44(4): 605-17.
7. Saran B, Karahan ZC, Agirbasli H, Tekeli A, Aksoy AM. Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirilmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması. Mikrobiyol Bul 2008; 42(4): 645-54.
8. Chen KW, Lo HJ, Lin YH, Li SY. Comparison of four molecular typing methods to assess genetic relatedness of Candida albicans clinical isolates in Taiwan. J Med Microbiol 2005; 54(Pt 3): 249-58.
9. Costa-de-Oliveira S, Sousa I, Correia A, et al. Genetic relatedness and antifungal susceptibility profile of Candida albicans isolates from fungaemia patients. Med Mycol 2011; 49(3): 248-52.
10. Marol S, Yucesoy M. Molecular epidemiology of Candida species isolated from clinical specimens of intensive care unit patients. Mycoses 2008; 51(1): 40-9.
11. Karkowska-Kuleta J, Rapala-Kozik M, Kozik A. Fungi pathogenic to humans: molecular bases of virulence of Candida albicans, Cryptococcus neoformans and Aspergillus fumigatus. Acta Biochim Pol 2009; 56(2): 211-24.
12. Dağdeviren M, Çerikçioğlu N, Karavuş M. Hastanede yatan fungemili hastalardan izole edilen Candida parapsilosis kökenlerinin virülans faktörleri. Türk Mikrobiyol Cem Derg 2003; 33(4): 315-22.
13. Birinci A, Cihan CC, Bilgin K, Acuner C, Durupınar B. Değişik klinik örneklerden izole edilen Candida türlerinde fosfolipaz aktivitesinin araştırılması. Mikrobiyol Bul 2005; 39(2): 205-9.
14. Yücesoy M, Marol S. Candida türlerinin esteraz aktivitesinin belirlenmesi. Mikrobiyol Bul 2003; 37(1): 59- 63.
15. Donnelly SM, Sullivan DJ, Shanley DB, Coleman DC. Phylogenetic analysis and rapid identification of Candida dubliniensis based on analysis of ACT1 intron and exon sequences. Microbiology 1999; 145(Pt 8): 1871-82.
16. Pfaller MA, Castanheira M, Diekema DJ, Messer SA, Moet GJ, Jones RN. Comparison of European Committee on Antimicrobial Susceptibility 386 Testing (EUCAST) and Etest methods with the CLSI broth microdilution method for 387 echinocandin susceptibility testing of Candida species. J Clin Microbiol 2010; 48(5): 1592-9.
17. Pfaller MA, Diekema DJ, Andes D, et al; the CLSI Subcommittee for Antifungal Testing. Clinical breakpoints for the echinocandins and Candida revisited: integration of molecular, clinical, and microbiological data to arrive at species-specific interpretive criteria. Drug Resist Updat 2011. doi:10.1016/j.drup.2011.01.004.
18. Pfaller MA, Moet GJ, Messer SA, Jones RN, Castanheira M. Candida bloodstream infections: comparison of species distribution and antifungal resistance in community onset and nosocomial isolates in the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program (2008-2009). Antimicrob Agents Chemother 2011; 55(2): 561-6.
19. Pfaller MA, Diekema DJ, Rex JH, et al. Correlation of MIC with outcome for Candida species tested against voriconazole: analysis and proposal for interpretive breakpoints. J Clin Microbiol 2006; 44(3): 819-26.
20. Slifkin M. Tween 80 opacity test responses of various Candida species. J Clin Microbiol 2000; 38(12): 4626-8.
21. Samaranayake LP, Raeside JM, MacFarlane TW. Factors affecting the phospholipase activity of Candida species in vitro. Sabouraudia 1984; 22(3): 201-7.
22. Price MF, Wilkinson ID, Gentry LO. Plate method for detection of phospholipase activity in Candida albicans. Sabouraudia 1982; 20(1): 7-14.
23. Ruzicka F, Hola V, Votava M, Tejkalova R. Importance of biofilm in Candida parapsilosis and evaluation of its susceptibility to antifungal agents by colorimetric method. Folia Microbiol (Praha) 2007; 52(3): 209-14.
24. Gülay Z, Ergon C, Ozkütük A, Yücesoy M, Biçmen M. Anestezi yoğun bakım ünitesi hastalarından izole edilen Candida albicans suşlarının antifungal ajanlara duyarlılığı ve moleküler epidemiyolojik izlemi. Mikrobiyol Bul 2002; 36(3-4): 309-16.
25. Pfaller MA, Chaturvedi V, Diekema DJ, et al. Clinical evaluation of the Sensititre YeastOne colorimetric antifungal panel for antifungal susceptibility testing of the echinocandins anidulafungin, caspofungin, and micafungin. J Clin Microbiol 2008; 46(7): 2155-9.
26. Bertout S, Dunyach C, Drakulovski P, Reynes J, Mallié M. Comparison of the Sensititre YeastOne dilution method with the Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI) M27-A3 microbroth dilution reference method for determining MIC of eight antifungal agents on 102 yeast strains. Pathol Biol (Paris) 2011; 59(1): 48-51.
27. Aydin F, Bayramoglu G, Guler NC, Kaklikkaya N, Tosun I. Bloodstream yeast infections in a university hospital in Northeast Turkey: a 4-year survey. Med Mycol 2011; 49(3): 316-9.
28. Gurcuoglu E, Ener B, Akalin H, et al. Epidemiology of nosocomial candidaemia in a university hospital: a 12-year study. Epidemiol Infect 2010; 138(9): 1328-35.
29. Spiliopoulou A, Vamvakopoulou S, Bartzavali C, Dimitracopoulos G, Anastassiou ED, Christofidou M. Eleven- year retrospective survey of candidemia in a University Hospital in Southwestern Greece. Clin Microbiol Infect 2010; 16: 1378-81.
30. Saracli MA, Gumral R, Gul HC, Gonlum A, Yildiran ST. Species distribution and in vitro susceptibility of Candida bloodstream isolates to six new and current antifungal agents in a Turkish tertiary care military hospital, recovered through 2001 and 2006. Mil Med 2009; 174(8): 860-5.
31. Pfaller MA, Castanheira M, Messer SA, Moet GJ, Jones RN. Echinocandin and triazole antifungal susceptibility profiles for Candida spp., Cryptococcus neoformans, and Aspergillus fumigatus: application of new CLSI clinical breakpoints and epidemiologic cutoff values to characterize resistance in the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program (2009). Diagn Microbiol Infect Dis 2011; 69(1): 45-50.
32. Diekema DJ. Epidemiology of candidemia: 3-year results from the emerging infections and the epidemiology of Iowa organisms study. J Clin Microbiol 2002; 40(4): 1298-302.
33. Cerikcioglu N, Ilki A, Bilgen H, et al. The relationships between candidemia and candidal colonization and virulence factors of the colonizing strains in preterm infants. Turk J Pediatr 2004; 46(3): 245-50.
34. Sancak B, Menemenlioğlu D, Aydın NG, Ergüven S, Arıkan S. Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi. Mikrobiyol Bul 2008; 42(4): 635-44.
35. Kuzucu C, Durmaz R, Otlu B, et al. Species distribution, antifungal susceptibility and clonal relatedness of Candida isolates from patients in neonatal and pediatric intensive care units at a medical center in Turkey. New Microbiol 2008; 31(3): 401-8.
36. Arslan U, Fındık D. Klinik örneklerden izole edilen Candida albicans türü maya mantarlarında virulans faktörlerinin (proteinaz, slime ve fosfolipaz) in-vitro araştırılması. İnfeks Derg 2003; 17(4): 471-81.
37. Arıkan S, Sancak B, Hasçelik G, Günalp A. Candida albicans izolatlarında fosfolipaz aktivitesinin saptanması. Flora 1998; 3(4): 240-3.
38. Yücesoy M, Yuluğ N. Candida türlerinde fosfolipaz aktivitesinin araştırılması. İnfeks Derg 1999; 13(4): 569- 74.
39. Fotedar R, Al-Hedaithy SS. Comparison of phospholipase and proteinase activity in Candida albicans and C.dubliniensis. Mycoses 2005; 48(1): 62-7.
40. Yenişehirli G, Bulut Y, Tunçoglu E. Klinik örneklerden izole edilen Candida albicans suşlarının fosfolipaz, proteinaz ve hemoliz aktiviteleri. Mikrobiyol Bul 2010; 44(1): 71-7.
41. Dolapçı İ, Tekeli A. Çeşitli Candida türlerinde slime faktörü yapımının araştırılması. Mikrobiyol Bul 2002; 36(3-4): 323-8.
42. Vinitha M, Ballal M. Activity of proteinase, phospholipase and biofilm as virulence markers in Candida species isolated from haematogenous samples. J Hosp Infect 2009; 73(1): 94-5.
43. Shin JH, Kee SJ, Shin MG, et al. Biofilm production by isolates of Candida species recovered from nonneutropenic patients: comparison of bloodstream isolates with isolates from other sources. J Clin Microbiol 2002; 40(4): 1244-8.
44. Demirbilek M, Timurkaynak F, Can F, Azap O, Arslan H. Hastane kaynaklı Candida türlerinde biyofilm oluşumu ve antifungal duyarlılık paternleri. Mikrobiyol Bul 2007; 41(2): 261-9.

APA	GÜLTEKİN B, EYIGOR M, TİRYAKİ Y, Kırdar S, Aydın N (2011). Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi. , 306 - 317.
Chicago	GÜLTEKİN Berna,EYIGOR METE,TİRYAKİ Yasin,Kırdar Sevin,Aydın Neriman Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi. (2011): 306 - 317.
MLA	GÜLTEKİN Berna,EYIGOR METE,TİRYAKİ Yasin,Kırdar Sevin,Aydın Neriman Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi. , 2011, ss.306 - 317.
AMA	GÜLTEKİN B,EYIGOR M,TİRYAKİ Y,Kırdar S,Aydın N Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi. . 2011; 306 - 317.
Vancouver	GÜLTEKİN B,EYIGOR M,TİRYAKİ Y,Kırdar S,Aydın N Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi. . 2011; 306 - 317.
IEEE	GÜLTEKİN B,EYIGOR M,TİRYAKİ Y,Kırdar S,Aydın N "Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi." , ss.306 - 317, 2011.
ISNAD	GÜLTEKİN, Berna vd. "Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi". (2011), 306-317.

APA	GÜLTEKİN B, EYIGOR M, TİRYAKİ Y, Kırdar S, Aydın N (2011). Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 45(2), 306 - 317.
Chicago	GÜLTEKİN Berna,EYIGOR METE,TİRYAKİ Yasin,Kırdar Sevin,Aydın Neriman Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 45, no.2 (2011): 306 - 317.
MLA	GÜLTEKİN Berna,EYIGOR METE,TİRYAKİ Yasin,Kırdar Sevin,Aydın Neriman Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.45, no.2, 2011, ss.306 - 317.
AMA	GÜLTEKİN B,EYIGOR M,TİRYAKİ Y,Kırdar S,Aydın N Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2011; 45(2): 306 - 317.
Vancouver	GÜLTEKİN B,EYIGOR M,TİRYAKİ Y,Kırdar S,Aydın N Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2011; 45(2): 306 - 317.
IEEE	GÜLTEKİN B,EYIGOR M,TİRYAKİ Y,Kırdar S,Aydın N "Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 45, ss.306 - 317, 2011.
ISNAD	GÜLTEKİN, Berna vd. "Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 45/2 (2011), 306-317.