TY  - JOUR
TI  - İnvazif mantar enfeksiyonlarının tanımlanmasında moleküler yöntemlerin öneminin konvansiyonel yöntemler ile karşılaştırılarak değerlendirilmesi
AB  - Özellikle riskli hasta gruplarında gerçek ya da fırsatçı patojen mantarların neden olduğu enfeksiyonların tanısında direkt mikroskobik inceleme ve kültür, halen değerini koruyan standart konvansiyonel yöntemlerdir. Bu yöntemlerin uygulama ve değerlendirmelerinde karşılaşılan bazı sorunlar nedeniyle, günümüzde daha hızlı, kolay uygulanabilir, yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip yeni tanı yöntemlerine gereksinim duyulmaktadır. Bu çalışmada, klinik örneklerde etken olan mantarların tespiti ve tanımlanmasında moleküler yöntemler ile alınan sonuçların, eş zamanlı olarak uygulanan konvansiyonel tanı yöntemleri ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, immünsüpresif 50 hastaya ait klinik örnekler [24 bronkoalveoler lavaj (BAL); 14 kan; beş periton, dört plevra ve bir perikard sıvısı; bir beyin omurilik sıvısı (BOS), bir idrar] dahil edilmiştir. Tüm örnekler sabouraud dekstroz ve beyin kalp infüzyon agar besiyerlerine ekilerek 25-30°C ve 37°C’de 30 gün boyunca inkübe edilmiş; kan dışındaki örnekler ise %10-15 KOH + kalkoflor beyazı ile boyanarak direkt mikroskopi ile incelenmiştir. İzolatların konvansiyonel olarak tanımlanmasında temel morfolojik ve biyokimyasal özellikler esas alınmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) için örneklerden mantar DNA’sının saflaştırılmasında, hem fenol-kloroform-izoamil alkol (9-10 saat süreli) hem de ticari DNA ekstraksiyon kiti (6-7 saat süreli) kullanılmıştır. PCR yöntemi, mantarların ITS1, ITS2, ITS3, ITS4, 5.8S rDNA ve 28S rDNA bölgelerinden seçilen genel ve türe özgül primerler (multipleks) kullanılarak uygulanmıştır. Genel primerler ile 550 baz çifti (bp) büyüklüğünde mantarlara özgül bantlar; türe özgül primerler ile de 273 bp’de Candida albicans, 320 bp’de Candida parapsilosis, 423 bp’de Candida glabrata, 357 bp’de Candida tropicalis, 385 bp’de Aspergillus fumigatus ve 136 bp’de Cryptococcus neoformans’a özgül bantlar değerlendirilmiştir. Çalışılan 50 örneğin 17 (%34)’sinin kültüründe üreme saptanmış (12 BAL, üç kan ve bir idrar örneğinde C.albicans, bir kan örneğinde C.parapsilosis), kan dışı 36 örneğin 7 (%19.4)’si direkt mikroskopi ile pozitif bulunmuş (tümü BAL örneği) ve 27 (%54) örnek PCR ile olumlu sonuç vermiştir. Kültürlerinde üreme olan 17 örneğin tümünde PCR ile de pozitif sonuç alınmış, kültürü negatif 23 örnek ise PCR ile de negatif bulunmuştur. Direkt misroskopi ve kültürü negatif bulunan beş BAL, dört periton sıvısı ve bir BOS olmak üzere toplam 10 örnekte PCR ile mantar DNA’ları saptanmış ve multipleks PCR ile bunların sekizi C.albicans, biri C.parapsilosis (periton sıvısı örneği) ve biri de C.neoformans (BOS örneği) olarak tanımlanmıştır. PCR negatif, kültür pozitif bir sonuç elde edilmemiştir. Kültür negatif, PCR pozitif bulunan bu 10 örneğin antifungal tedavi alan hastalara ait olduğu izlenmiş, kriptokokoz şüpheli bir hastanın BOS örneğinde sadece PCR ile C.neoformans DNA’sının saptanması, bu olguda hızla uygun tedaviye başlanmasına olanak sağlamıştır. İstatistiksel değerlendirmede, kültür ile PCR arasındaki uyum önemli düzeyde (k= 0.61; p< 0.001), mikroskopi ile PCR arasındaki uyum ise minimal düzeyde (k= 0.24; p< 0.001) saptanmış; kültür referans yöntem olarak alındığında, PCR yönteminin duyarlılığı %100, özgüllüğü ise %69.7 olarak belirlenmiştir. Çalışmamızda, kültürde üretilen ve konvansiyonel yöntemlerle tanımlanan tüm mantar türlerinin, uygulanan multipleks PCR ile de aynı şekilde tanımlandığı gözlenmiştir. Sonuç olarak, konvansiyonel yöntemler göz ardı edilmeksizin, hastanın klinik durumu ve laboratuvar koşulları dikkate alınarak, invazif mantar enfeksiyonlarının tanısında duyarlılığı yüksek bulunan PCR temelli testlerin kullanılmasının uygun olacağı düşünülmüştür.
AU  - YEĞENOĞLU, Yıldız
AU  - SUSEVER, Serdar
PY  - 2011
JO  - Mikrobiyoloji Bülteni
VL  - 45
IS  - 2
SN  - 0374-9096
SP  - 325
EP  - 335
DB  - TRDizin
UR  - http://search/yayin/detay/128421
ER  -