Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi

Keskin, Emre; ATAR, Hasan Hüseyin

Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi

Emre KESKİN, (Ankara Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Su Ürünleri Mühendisliği Bölümü, Ankara, Türkiye)

Hasan Hüseyin ATAR (Ankara Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Su Ürünleri Mühendisliği Bölümü, Ankara, Türkiye)

Journal of FisheriesSciences.com

19 4

Yıl: 2012 Cilt: 6 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 125 - 131 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi

Öz:

Türkiye’nin Akdeniz kıyılarında bulunan mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik çeşitliliğin ortaya çıkarılmasında mitokondriyal sitokrom c oksidaz I (COI) geninin nükleotid dizisi farklılıklarından yararlanılmıştır. Akdeniz kıyısı boyunca, 8 farklı populasyondan (Akyatan, Fethiye, Beymelek, Güllük, İskenderun, Köyceğiz, Mersin ve Taşucu) elde edilen 143 örnek nükleotid kompozisyonu ve nükleotid çifti frekansı bakımından incelenmiştir. DNA dizilerinin farklılığı kullanılarak tespit edilen genetik farklılığın belirlenmesinde Tamura 3-parameter modeli kullanılmıştır. DNA dizi analizi gerçekleştirilen 143 örnek göz önüne alındığında, 655 baz çitlik bölgede 42 (%6.41) değişken bölge ve ortalama %1.9 varyasyon saptanmıştır. En yüksek genetik farlılık %2.5 ile Akyatan-Güllük populasyonları arasında tespit edilmiş ve ortalama R değeri tüm populasyonlar için 3.59 olarak hesaplanmıştır. Filogenetik ağacın oluşturulmasında unweighted pair-group method of arithmetic average (UPGMA) yöntemi kullanılmıştır. Dal uzunlukları toplamı= 0.07232 olarak hesaplanan filogenetik ağaç değerlendirildiğinde, mavi yengeç populasyonları arasında coğrafik uzaklıkla korele bir genetik gruplaşma olduğu sonucuna varılmıştır.

Anahtar Kelime: mavi yengeç nükleotit dizileri tespit etmek DNA Akdeniz populasyon sitokrom c oksidaz Türkiye Callinectes sapidus filogenetik genler nükleotid genetik çeşitlilik

Konular: Biyoloji

Determination of genetic variation among blue crab (Callinectes sapidus) popuations along Mediterranean coast of Turkey using COI sequences

Öz:

Nucleotide sequence divergence in mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene was used to determine genetic variation of blue crab (Callinectes sapidus) populations found along Mediterranean coast of Turkey. 143 individuals from 8 distinct populations (Akyatan, Fethiye, Beymelek, Gulluk, Iskenderun, Koycegiz, Mersin and Tasucu) along Mediterranean coast were investigated by means of nucleotide composition and nucleotide pair frequency. Genetic divergence was estimated using DNA sequence variations, under Tamura 3-parameter model. Considering 143 individuals sequenced, 42 (6.41%) variable sites and an average variation of 1.9% were found in 655 base pair long fragment. Highest genetic divergence was found between Akyatan-Gulluk populations; with a genetic distance rate of 2.5% and an average value of R was estimated as 3.59 for all the populations. Phylogenetic tree was constructed using unweighted pair-group method of arithmetic average (UPGMA) method. When we evaluated the phylogenetic tree with the sum of branch length of 0.07232, results point out a genetic structuring between blue crab populations correlated with the geographic distance.

Anahtar Kelime: populations cytochrome-c oxidase Turkey Callinectes sapidus phylogenetics genes nucleotides genetic variation blue crab nucleotide sequences determination DNA Mediterranean Sea

Konular: Biyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

Benefield, R.L., Linton, T., (1990). Movement study of blue crabs in Trinity Bay. Texas Parks and Wildlife Department, Coastal Fisheries Division, Management Data Series, 16: 1-11.
Boore, J.L., (1999). Animal mitochondrial genomes, Nucleic Acids Research, 27: 1767-1780. doi: 10.1093/nar/27.8.1767
Boore, J.L., Brown, W.M., (1995). Complete sequence of the mitochondrial DNA of the annelid worm Lumbricus terrestris, Genetics, 141: 305-319.
Cox, A.J., Hebert, P.D.N., (2001). Colonization, extinction and phylogeographic patterning in a freshwater crustacean, Molecular Ecology, 10: 371-386. doi: 10.1046/j.1365-294x.2001.01188.x
Epifanio, C.E., Garvine, R.W., (2001). Larval transport on the Atlantic continental shelf of North America: a review, Estuarine, Coastal and Shelf Science, 52: 51-77. doi: 10.1006/ecss.2000.0727
Folmer, O., Black, M., Hoeh, W., Lutz, R., Vrijenhoek, R., (1994). DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 3: 294-299.
Hamm, D.E., Burton, R.S., (2000). Population genetics of black abalone, Haliotis cracherodii, along the central California coast, Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 254: 235-247. doi: 10.1016/S0022-0981(00)00283-5
Hillis, D.M., Bull, J.J., (1993). An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence on phylogenetic analysis, Systematic Biology, 42: 182-192.
Knowlton, N., Weigt, L.A., (1998). New dates and new rates for divergence across the Isthmus of Panama. Proceedings of the Royal Society of London. Series B, 265: 2257-2263. doi: 10.1098/rspb.1998.0568
McMillen-Jackson, A.L., Bert, T.M., (2004). Mitochondrial DNA variation and population genetic structure of the blue crab Callinectes sapidus in the eastern United States, Marine Biology, 145: 769-777.
Pellegrin, G.Jr., Guillory, V., Prejean, P., Perry, H., Warren, J., Steele, P., Wagner, T., Heath, S., (2001). Length-based estimates of total mortality for Gulf of Mexico blue crab, Proceedings of the Blue Crab Mortality Symposium, 28–29 May 1999, Lafayette. Louisiana Gulf States Marine Fisheries Commission, 90: 42-49.
Sanchis, A., Michelena, J.M., Lattore, A., Quicke, D.L., Gardenfors, U., Belshaw, R., (2001). The phylogenetic analysis of variable-length sequence data: elongation factor-1 alpha introns in European populations of the parasitoid wasp genus Pauesia (Hymenoptera: Braconidae: Aphidiinae), Molecular Biology and Evolution, 18(6): 1117-1131. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a003882
Undheim, E.A.B., Norman J.A., Thoen, H.H., Fry, B.G., (2010). Genetic identification of Southern Ocean octopod samples using mtCOI, Comptes Rendus Biologies, 333: 395-404. doi: 10.1016/j.crvi.2010.02.002
Williams, A.B., (1984). Shrimps, lobsters, and crabs of the Atlantic coast of the eastern United States, Maine to Florida. Smithsonian Institution Press, Washington, D.C.

APA	Keskin E, ATAR H (2012). Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi. , 125 - 131.
Chicago	Keskin Emre,ATAR Hasan Hüseyin Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi. (2012): 125 - 131.
MLA	Keskin Emre,ATAR Hasan Hüseyin Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi. , 2012, ss.125 - 131.
AMA	Keskin E,ATAR H Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi. . 2012; 125 - 131.
Vancouver	Keskin E,ATAR H Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi. . 2012; 125 - 131.
IEEE	Keskin E,ATAR H "Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi." , ss.125 - 131, 2012.
ISNAD	Keskin, Emre - ATAR, Hasan Hüseyin. "Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi". (2012), 125-131.

APA	Keskin E, ATAR H (2012). Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi. Journal of FisheriesSciences.com, 6(2), 125 - 131.
Chicago	Keskin Emre,ATAR Hasan Hüseyin Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi. Journal of FisheriesSciences.com 6, no.2 (2012): 125 - 131.
MLA	Keskin Emre,ATAR Hasan Hüseyin Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi. Journal of FisheriesSciences.com, vol.6, no.2, 2012, ss.125 - 131.
AMA	Keskin E,ATAR H Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi. Journal of FisheriesSciences.com. 2012; 6(2): 125 - 131.
Vancouver	Keskin E,ATAR H Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi. Journal of FisheriesSciences.com. 2012; 6(2): 125 - 131.
IEEE	Keskin E,ATAR H "Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi." Journal of FisheriesSciences.com, 6, ss.125 - 131, 2012.
ISNAD	Keskin, Emre - ATAR, Hasan Hüseyin. "Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi". Journal of FisheriesSciences.com 6/2 (2012), 125-131.