Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu

AYSAN, Yeşim; MİRİK, Mustafa

Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu

Mustafa MİRİK, (Namık Kemal Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Bitki Koruma Bölümü, Tekirdağ, Türkiye)

Yeşim AYSAN (Çukurova Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Bitki Koruma Bölümü, Adana, Türkiye)

Tarım Bilimleri Dergisi

0 0

Yıl: 2011 Cilt: 17 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 279 - 290 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu

Öz:

Marmara Bölgesinde Tekirdağ, Çanakkale, Balıkesir, Bursa ve Yalova illerindeki zeytin üretim alanlarında survey yapılarak, Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi’nin neden olduğu dal kanseri hastalığının yaygınlığı araştırılmıştır. Hastalığın yaygınlık oranı Çanakkale’de %100, Balıkesir’de %81, Tekirdağ’da %66, Bursa’da %4 oranlarında saptanırken, Yalova’da hastalığa rastlanılmamıştır. Hastalığın bahçe içindeki bulunuş oranının Çanakkale’de %73, Balıkesir’de %56, Tekirdağ’da %30 ve Bursa’da %0.6 olduğu tespit edilmiştir. Marmara Bölgesinden toplanan 104 hasta bitki örneğinden King B ve PVF1 besi yerlerine yapılan izolasyonlarda, tütünde aşırı duyarlılık reaksiyonu pozitif olan 208 bakteri izolatı elde edilmiştir. Bunların içerisinden seçilen 38 bölge izolatı ve bir referans izolat (CFPB 1672) ile yapılan patojenite testlerinde bu izolatların tümünün Edremit çeşidi zeytin fidanlarında patojen olduğu saptanmıştır. Patojenite testi sonucu 88 adet re-izolat elde edilmiş ve tanı testlerinde kullanılmıştır. İzolatların tamamı gram negatif, oksidaz negatif, patates dilimlerinde pektolitik aktivite negatif, SNA besi yerinde levan olmayan tipte koloniler üretmişlerdir. Arginin dehidrolaz aktivitesi negatif ve tütünde aşırı duyarlılık reaksiyonu pozitif olarak belirlenmiştir. Tanı sonuçları, BIOLOG, spesifik PCR ve yağ asit analizlerine dayanan mikrobiyal tanı sistemine (MIS) göre teyit edilmiştir. Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının tüm hücre yağ asitleri (FAME) komposizyonuna göre karşılaştırıldığında, fenotipik olarak %96.7, BOX-PCR’a dayanan küme analizlerine göre genotipik olarak %97.4 oranında birbirine benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir.

Anahtar Kelime: yağ asitleri fenotip Olea europaea bitki hastalıkları enzimler zeytin genetik polimorfizm hastalık yaygınlığı Marmara Bölgesi yapraklar Türkiye enzim aktivitesi bitki patojenleri genotip bitki patojen bakterileri tütün Nicotiana tabacum Pseudomonas savastanoi polimeraz zincir reaksiyonu

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Phenotypic and genotypic characterization of Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi Isolates and disease prevalence of olive knot disease in Marmara region of Turkey

Öz:

Olive growing areas in Tekirdağ, Çanakkale, Balıkesir, Bursa, and Yalova cities of Marmara region were visited and prevalence and incidence of olive knot disease were noted. Disease prevalence was recorded as 100, 81, 66, 4 and 0% in Çanakkale, Balıkesir, Tekirdağ, Bursa and Yalova, respectively. Disease incidence was 73, 56, 30 and 0.6% in Çanakkale, Balıkesir, Tekirdağ and Bursa, respectively. Totaly 208 bacterial strains which showed positive hypersensitive reaction on tobacco leaves were isolated from 104 diseased plants on King’s medium B and PVF1 medium from Marmara region. Pathogenicity tests were performed with selected 38 strains and a reference strain (CFPB 1672). All strains were pathogenic on olive plants cv Edremit. Eighty eight strains were re-isolated and used in identification tests. All strains were gram negative, oxidase negative, pectolytic activity negative, levan negative, and arginin dehydrolase negative, but hypersensitive reaction on tobacco leaves was positive. The identification of the strains was confirmed by BIOLOG, spesific-PCR and microbial identification system (MIS) based on whole cell fatty acids. Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi strains showed phenotypic similarity as a ratio of 96.7% by whole cell fatty acid compositions. The strains were genotypically similar as a ratio of 97.4% by polymorphism in BOX-PCR.

Anahtar Kelime: genetic polymorphism disease prevalence Marmara Region leaves Turkey enzyme activity plant pathogens genotypes plant pathogenic bacteria tobacco Nicotiana tabacum Pseudomonas savastanoi polymerase chain reaction fatty acids phenotypes Olea europaea plant diseases enzymes olives

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

Alvarez F, Garcia de los Rios J E, Jimenez A, Rojas A, Reche P & Troya M T (1998). Phenotipic variability in different strains of Pseudomonas syringae subsp. savastanoi isolated from different hosts. European Journal of Plant Pathology 104: 603-609
Azad H R & Cooksey D A (1995). A semiselective medium for detecting epiphytic and systemic population of Pseudomonas savastanoi from oleander. Phytopathology 85: 740-745
Azeri T (1993). Research on olive leaf spot, olive knot and verticillium wilt of olive in Turkey. EPPO Bulletin 23: 437-440
Basim H & Ersoy A (2000). Batı Akdeniz Bölgesinde zeytin ağaçlarında Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi tarafından oluşturulan bakteriyel dal kanseri hastalığının yayılışı ve hastalık etmeninin tanısı. Türkiye 1. Zeytincilik Sempozyumu 310-315. 6-9 Haziran 2000, Bursa
Bora T & Karaca İ (1970). Kültür bitkilerinde hastalığın ve zararın ölçülmesi, Bornova, Ege Üniversitesi Matbaası
De Boer S H & Sasser M (1986). Differantiation of Erwinia carotovora ssp. carotovora and E. carotovora ssp. atroceptica on the basis of cellular fatty acid composition. Canadian Journal of Microbiology 32: 796-800
De Boer S H & Ward L J (1995). PCR detection of Erwinia carotovora subsp. atroceptica associated with potato tissue. Phytopathology 85: 854-858
Ersoy A (2002). Batı Akdeniz Bölgesinde Zeytin Ağaçlarında Görülen Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi’nin Neden Olduğu Bakteriyel Dal Kanseri Hastalığının Yayılışı, Etmenin Moleküler Tanısı, İzolatlarının Elde Edilmesi ve Moleküler Karakterizasyonu. (Yüksek Lisana Tezi), Akdeniz Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü
Gardan L, David C, Morel M, Glicknann E, Abu- Gorrah M, Petit A & Dessaux Y (1992). Evidence for a correlation between auxin production and host plant species among strains of Pseudomonas syringae subsp. savastanoi. Applied and Environmental Microbiology 58: 1780-1783
Iacobellis N S, Caponero A & Evidente A (1998). Characterization of Pseudomonas syringae subsp. savastanoi strains isolated from ash. Plant Pathology 47:73-78
Iacobellis N S, Contesini A M & Surico G (1995). Bacteriosin production by Pseudomonas syringae subsp. savastanoi. Phytopathology Mediterrenean 34: 15-22
Iacobellis N S, Sisto A, Surico G, Evidente A & Di Maio E (1994). Pathogenicity of Pseudomonas syringae subsp. savastanoi mutants defective in phytohormone production. Journal Phytopathology 140: 238-248
Janse J D (1981). The bacterial disease of ash (Fraxinus excelsior) caused by Pseudomonas syringae subsp. savastanoi pv. fraxini, II etiology and taxonomic considerations. European Joural of Forest Pathology 11: 425-438
Janse J D (1982). Pseudomonas syringae subsp. savastanoi (ex Smith) subsp. Nov., nom. Rev., the bacterium causing excrescences on Oleacea and Nerium oleander L. International Journal of Systemic Bacteriology 23: 166-169
Jones J B, Chase A R & Haris G K (1993). Evaluation of the Biolog GN microplate system for identification of some plant pathogenic bacteria. Plant Disease 77: 553-558
Leliott R A & Stead D E (1987). Diagnostic procedures for bacterial plant diseases In: Methods for the diagnosis of bacterial diseases of plants. p:58-59. Blackwell Scientific Publications
Louws F J, Fulbright D W, Stephens C T & DeBruiji F J (1994). Specific genomic fingerprints of phytopathogenic Xanthomonas and Pseudomonas pathovars and strains generated with repetetive sequences and PCR. Applied and Environmental Microbiology 60: 2286-2295
Marchi G, Viti C, Giovannetti L & Surico G (2005). Spread of levan-positive populations of Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi, the causal agent of olive knot, in central Italy. European Journal of Plant Pathology 112: 101–112
Mirik M, Aysan Y, Cinar O & Sahin F (2004). Türkiye’de çeşitli bitkilerden izole edilen Pseudomonas savastanoi izolatlarınınn fenotipik karakterizasyonu. Türkiye 1. Bitki Koruma Kongresi 139. 8-10 Eylül 2004, Samsun
Norman D J, Yuen M F, Resendiz R & Boswell J (2003). Characterization of Erwinia populations from nursery retention ponds and lakes infected ornamental plants in Florida. Plant Disease 87: 193-196
Ozkaya M T, Tunalioglu R, Eken Ş, Ulaş M, Tan M, Danacı A, İnan N & Tibet U (2010). Türkiye Zeytinciliğinin Sorunları ve Çözüm Önerileri. TMMOB Ziraat Mühendisleri Odası, Ziraat Mühendisliği VII. Teknik Kongresi 515-537, 11-15 Ocak 2010, Ankara
Penyalver R, Garcia A, Ferrer A, Bertolini E & Lopez M M (2000). Detection of Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi in olive plants by enrichment and PCR. Applied and Environmental Microbiology 66: 2673-2677
Schaad N W, Jones J B & Lacy G H (2001). Gram negative bacteria, Pseudomonas. p:84-117. In: Laboratory Guide for Identification of Plant Pathogenic Bacteria (Third Edition). APS Press. St. Paul, Minnesota
Smidt M & Kosuge T (1978). The role of indole-3- acetic acid accumulation by alpha methyl tryptophan resistant mutants of Pseudomonas savastanoi in gall formation on oleanders. Physiological and Molecular Plant Pathology 13: 203-214
Surico G, Comai L & Kosuge T (1984). Pathogenicity of strains of Pseudomonas syringae pv. savastanoi and their indolacetic acid-deficient mutants on olive and oleander. Phytopathology 74: 490-493
Surico G & Iacobellis N S (1992). Phytohormones and olive knot diseases. Molecular Signals. s:209-227. In Plant-Microbe Communications. FRSC, CRC Press
Surico G & Lavermicocca P (1989). A semiselective medium fort he isolation of Pseudomonas syringae pv. Savastanoi. Phytopathology 79: 185-190
Tatli B & Benlioglu K (2004). Aydın ve Muğla illeri zeytin alanlarında zeytin ağacı uru hastalığı (Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi) üzerine çalışmalar. Türkiye 1. Bitki Koruma Kongresi. 147. 8-10 Eylül 2004, Samsun
TUIK (2008). www.tüik.gov.tr
Wells J M, Casana F J & Surico G (1991). Fatty acid composition of Pseudomonas syringae pv savastanoi. Journal of Phytopathology 133: 152- 162
Wilson E E 1965. Pathological histogenesis in oleander tumors induced by Pseudomonas savastanoi. Phytopathology 55: 1244-1249
Young J M, Dye D W, Bradbury J F, Panagopoulos C G &. Robbs C F (1978). A proposed nomenclature and classification for plant pathogenic bacteria. New Zealand Journal of Agricultural Research 21: 153-177

APA	MİRİK M, AYSAN Y (2011). Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu. , 279 - 290.
Chicago	MİRİK Mustafa,AYSAN Yeşim Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu. (2011): 279 - 290.
MLA	MİRİK Mustafa,AYSAN Yeşim Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu. , 2011, ss.279 - 290.
AMA	MİRİK M,AYSAN Y Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu. . 2011; 279 - 290.
Vancouver	MİRİK M,AYSAN Y Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu. . 2011; 279 - 290.
IEEE	MİRİK M,AYSAN Y "Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu." , ss.279 - 290, 2011.
ISNAD	MİRİK, Mustafa - AYSAN, Yeşim. "Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu". (2011), 279-290.

APA	MİRİK M, AYSAN Y (2011). Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu. Tarım Bilimleri Dergisi, 17(4), 279 - 290.
Chicago	MİRİK Mustafa,AYSAN Yeşim Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu. Tarım Bilimleri Dergisi 17, no.4 (2011): 279 - 290.
MLA	MİRİK Mustafa,AYSAN Yeşim Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu. Tarım Bilimleri Dergisi, vol.17, no.4, 2011, ss.279 - 290.
AMA	MİRİK M,AYSAN Y Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu. Tarım Bilimleri Dergisi. 2011; 17(4): 279 - 290.
Vancouver	MİRİK M,AYSAN Y Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu. Tarım Bilimleri Dergisi. 2011; 17(4): 279 - 290.
IEEE	MİRİK M,AYSAN Y "Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu." Tarım Bilimleri Dergisi, 17, ss.279 - 290, 2011.
ISNAD	MİRİK, Mustafa - AYSAN, Yeşim. "Marmara Bölgesinde zeytin dal kanseri hastalığının yaygınlığı ve Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu". Tarım Bilimleri Dergisi 17/4 (2011), 279-290.