Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma

BOZDOĞAN, Bülent; DURUPINAR, Belma; BAYRAMOĞLU, Gülçin; Coban, Ahmet Yilmaz; TANRIVERDİ ÇAYCI, Yeliz; ÇETİNKAYA, Ebru; PİRİNÇCİLER, Müjgan; CİHAN ÇEKİÇ, Çiğdem; Nohut, Okan Kadir

Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma

Ahmet Yılmaz ÇOBAN, (Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Samsun, Türkiye)

Okan Kadir NOHUT, (Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Anabilim Dalı, Samsun, Türkiye)

Yeliz TANRIVERDİ ÇAYCI, (Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Samsun, Türkiye)

Gülçin BAYRAMOĞLU, (Karadeniz Teknik Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Trabzon, Türkiye)

Müjgan PİRİNÇCİLER, (Çanakkale Devlet Hastanesi, Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Çanakkale, Türkiye)

Ebru ÇETİNKAYA, (Dr. Nafiz Kören Sincan Devlet Hastanesi, Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Ankara, Türkiye)

Çiğdem CİHAN ÇEKİÇ, (Çorum Göğüs Hastalıkları Hastanesi, Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Çorum, Türkiye)

Bülent BOZDOĞAN, (Adnan Menderes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Aydın, Türkiye)

Belma DURUPINAR (Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Samsun, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

0 0

Yıl: 2012 Cilt: 46 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 366 - 374 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma

Öz:

1986 yılından beri kullanımda olan florokinolonlar hem gram-pozitif hem de gram-negatif bakterilere etkili ajanlardır. Kinolonlar, DNA giraz ve topoizomeraz IV enziminin inhibisyonu sonucu bakterisidal etki gösterir. Kinolonlara direnç gelişmesinde başlıca mekanizmalar bu enzimlerde meydana gelen kromozomal mutasyonlar ve atım pompaları veya dış zar geçirgenliğinde azalma nedeniyle hücre içinde ilaç birikiminin azalmasıdır. Ancak son yıllarda bu direnç mekanizmalarına ek olarak ortaya çıkan bir mekanizma da plazmid aracılı kinolon direncidir. Bu direnç genleri qnr olarak adlandırılmıştır. Qnr genleri tek başlarına kinolon direncine neden olmasa da kinolon duyarlılığında azalmaya ve minimum inhibitör konsantrasyonu değerlerinde artmaya neden olmaktadır. Günümüzde tanımlanmış beş qnr gen bölgesi (qnrA, qnrB, qnrC, qnrD ve qnrS) mevcuttur. Bu çalışmada plazmid aracılı kinolon direncini saptamak amacıyla, Türkiye’nin dört farklı bölgesinden toplanan Enterobacteriaceae ailesine ait klinik izolatlarda qnrA, qnrB, qnrC ve qnrS genlerinin varlığı araştırılmıştır. Çalışmaya, Mayıs 2009-Temmuz 2009 tarihleri arasında dört farklı merkezden [Trabzon (n= 387), Çanakkale (n= 82), Ankara (n= 96), Tokat (n= 82)] toplanmış olan Enterobacteriaceae ailesine ait 647 bakteriyel izolat dahil edilmiş ve bu suşlarda qnrA, qnrB, qnrC ve qnrS genleri multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle araştırılmıştır. Çalışmamızda, 2 izolatta qnrA, 12 izolatta qnrB, 4 izolatta qnrC ve 10 izolatta qnrS pozitifliği saptanmış ve pozitifliklerin doğrulaması amacıyla dizi analizi yapılmıştır. Dizi analizi sonucunda pozitif izolat sayısı azalmış; iki izolatta qnrA1 [Enterobacter cloacae (kod no. 796), Salmonella grup B (kod no. 491)], iki izolatta qnrB1 [Salmonella grup B (kod no. 491), Citrobacter freundii (kod no. 768)], bir izolatta qnrB6 [Escherichia coli (kod no. CC1800)], bir izolatta qnrB9 [E.coli (kod no. CC1873)], bir izolatta qnrB24 [Citrobacter koseri (kod no. MP5200)], bir izolatta qnrB27 [C.freundii (kod no. 842)], iki izolatta qnrS1 [E.coli (kod no. CC1705), E.coli (kod no.159)] ve bir izolatta qnrB2 [E.coli (kod no. 843)] pozitifliği saptanmıştır. Qnr geni saptanan izolatlardan biri siprofloksasine, ikisi nalidiksik aside dirençli bulunmuştur. Mutasyona bağlı kinolon direncinin klinik suşlar arasında artmasının yanı sıra, aktarılabilir kinolon direncinin yaygınlaşması klinik açısından önemli sonuçlar doğurabilecektir. Bu nedenle aktarılabilen kinolon direncinin izlenmesi ve yayılım oranlarının saptanması, alınacak önlemlerin belirlenmesi için önemlidir.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Investigation of plasmid-mediated quinolone resistance determinants in enterobacteriaceae: A multicenter study

Öz:

Fluoroquinolones which are in use since 1986, are effective agents both against gram-positive and gram-negative bacteria. Quinolones show bactericidal effect as a result of inhibition of DNA gyrase and topoisomerase IV enzymes. Main quinolone resistance mechanisms are chromosomal mutations in these enzymes and decreased intracellular accumulation due to efflux pumps or decreased membrane uptake. Recently a new quinolone resistance mechanism mediated by plasmids has been defined. These plasmids carry genes called as qnr. Qnr genes do not cause quinolone resistance but they cause decreased quinolone susceptibility and lead to higher minimum inhibitory concentrations. Currently there are qnrA, qnrB, qnrC, qnrD and qnrS genes. This study was aimed to investigate the presence of plasmid-mediated quinolone resistance determinants in Enterobacteriaceae isolates collected from four different centers in Turkey. A total of 647 isolates (387 from Trabzon, Black Sea region; 82 from Canakkale, Trace region; 96 from Ankara, Central Anatolia region; 82 from Tokat, Black Sea region) belonging to the Enterobacteriaceae family collected between May-July 2009, were included in the study. Presence of qnrA, qnrB, qnrS and qnrC genes were investigated by multiplex polymerase chain reaction (PCR) method and confirmed by gene sequencing. The results of the PCR amplification revealed that 2 isolates were positive for qnrA, 12 isolates were positive for qnrB, 4 isolates were positive for qnrC and 10 isolates were positive for qnrS. However, the number of positive strains decreased with the use of gene sequencing, and this method led to the identification of qnrA1 in two isolates [Enterobacter cloacae (code. 796), Salmonella group B (code. 491)], qnrB1 in two isolates [Salmonella group B (code. 491), Citrobacter freundii (code. 768)], qnrB6 in one isolate [Escherichia coli (code. CC1800)], qnrB9 in one isolate [E.coli (code. CC1873)], qnrB24 in one isolate [Citrobacter koseri (code. MP5200)], qnrB27 in one isolate [C.freundii (code. 842)], qnrS1 in two isolates [E.coli (code. CC1705), E.coli (code.159)] and qnrB2 in one isolate [E.coli (code. 843)]. One of the isolates that carried the qnr gene was ciprofloxacin-resistant and two isolates were nalidixic-acid resistant. Transferable quinolone resistance due to the dissemination of qnr genes may have important impacts in terms of infection control and treatment problems. Survey of plasmid mediated quinolone resistance will help to determine the size of the issue and guide the measures that should be taken to avoid escalation of resistance and dissemination problem.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Cattoir V, Nordmann P. Plasmid-mediated quinolone resistance in gram-negative bacterial species: an update. Curr Med Chem 2009; 16(8):1028-46.
2. Ruiz J. Mechanisms of resistance to quinolones: target alterations, decreased accumulation and DNA gyrase protection. J Antimicrob Chemother 2003; 51(5): 1109-17.
3. Hooper Dc, Strahilevitz J. Quinolones, pp: 487-510. In: Mandell GL, Bennett JE, Dolin R (eds), Mandell, Douglas and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases. 2009, 7th ed. Elsevier Churchill Livingstone, Philadelphia.
4. Wolfson JS, Hooper D. Fluoroquinlone antimicrobial agents. Clin Microb Rev 1989; 2(4): 378-424.
5. Martinez LM, Pascual A, Jacoby GA. Quinolone resistance from a transferable plasmid. Lancet 1998; 351(9105): 797-9.
6. Yamane K, Wochino J, Suzuki S, et al. New plasmid-medited quinolone efflux pump, QepA, found in an Escherichia coli clinical isolate. Antimimicrob Agents Chemother 2007; 51(9): 3354-60.
7. Herrera-Leon S, Gonzalez-Sanz R, Herrera-Leon L, Echeita MA. Characterization of multidrug-resistant Enterobacteriaceae carrying plasmid-mediated quinolone resistance mechanisms in Spain. J Antimicrob Chemother 2011; 66(2): 287-90.
8. Garcia-Fulgueiras V, Bado I, Mota MI, et al. Extended-spectrum β-lactamases and plasmid-mediated quinolone resistance in enterobacterial clinical isolates in the pediatric hospital of Uruguay. J Antimicrob Chemother 2011; 66(8): 1725-9.
9. Cattoir V, Poirel L, Aubert C, Soussy CJ, Nordmann P. Unexpected occurence of plasmid-mediated quinolone resistance determinants in enviromental Aeromonas spp. Emerg Infect Dis 2008; 14(2): 231-7.
10. Strahilevitz J, Jacoby GA, Hooper D, Robicsek A. Plasmid-mediated quinolone resistance: a multifaceted threat. Clin Microb Rev 2009; 22(4): 664-89.
11. Kim HB, Park CH, Kim CJ, Kim EC, Jacoby GA, Hooper DC. Prevalence of plasmid-mediated quinolone resistance determinants over a 9-year period. Antimicrob Agents Chemother 2009; 53(2): 639-45.
12. Jacoby GA. Mechanisms of resistance to quinolones. Clin Infect Dis 2005; 41(Suppl 2): S120-6.
13. Poirel L, Rodriguez-Martinez JM, Mammeri H, Liard A, Nordmann P. Origin of plasmid-mediated quinolone resistance determinant QnrA. Antimicrob Agents Chemother 2005; 49(8):3523-5.
14. Nazik H, Öngen B. Türkiye’de plazmid aracılı kinolon direnci. ANKEM 2010; 24(1): 46-54.
15. Öktem MA, Biçmen M, Gülay Z. Kan kültürlerinden soyutlanan Enterobacteriaceae izolatlarında plazmid ile ilişkili kinolon direnci genlerinin saptanması. 8. Antimikrobik Kemoterapi Günleri, 2-4 Nisan 2008, İstanbul. Program ve Özet Kitabı, P28.
16. Nazik H, Ongen B, Kuvat N. Investigation of plasmid-mediated quinolone resistance among isolates obtained in a Turkish intensive care unit. Jpn J Infect Dis 2008; 61(4): 310-2.
17. Poirel L, Gür D, Minarini L, Arslan U, Nordmann P. Molecular epidemiology of plasmid-mediated quinolone resistance determinants in extended spectrum beta-lactamase producing E.coli and K.pneumoniae isolates from Turkey. 18th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 19-22 April 2008, Barcelona. Abstract Book, P1527.
18. Veldman K, Cavaco LM, Mevius D, et al. International collaborative study on the occurence of plasmid-mediated quinolone resistance in Salmonella enterica and Escherichia coli isolated from animals, humans, food and the enviroment in 13 European countries. J Antimicrob Chemother 2011; 66(6): 1278-86.
19. Guillard T, Moret H, Brasme L, et al. Rapid detecion of qnr and qepA plasmid-mediated quinolone resistance genes using real-time PCR. Diagn Microbiol Infect Dis 2011; 70(2):253-9.
20. Park YJ, Yu JK, Kim SY, Lee S, Jeong SH. Prevalence and characteristics of qnr determinants and aac(6’)-Ibcr among ciprofloxacin-susceptible isolates of Klebsiella pneumoniae in Korea. J Antimicrob Chemother 2010; 65(9): 2041-3.

APA	Coban A, Nohut O, TANRIVERDİ ÇAYCI Y, BAYRAMOĞLU G, PİRİNÇCİLER M, ÇETİNKAYA E, CİHAN ÇEKİÇ Ç, BOZDOĞAN B, DURUPINAR B (2012). Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma. , 366 - 374.
Chicago	Coban Ahmet Yilmaz,Nohut Okan Kadir,TANRIVERDİ ÇAYCI Yeliz,BAYRAMOĞLU Gülçin,PİRİNÇCİLER Müjgan,ÇETİNKAYA Ebru,CİHAN ÇEKİÇ Çiğdem,BOZDOĞAN Bülent,DURUPINAR Belma Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma. (2012): 366 - 374.
MLA	Coban Ahmet Yilmaz,Nohut Okan Kadir,TANRIVERDİ ÇAYCI Yeliz,BAYRAMOĞLU Gülçin,PİRİNÇCİLER Müjgan,ÇETİNKAYA Ebru,CİHAN ÇEKİÇ Çiğdem,BOZDOĞAN Bülent,DURUPINAR Belma Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma. , 2012, ss.366 - 374.
AMA	Coban A,Nohut O,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,BAYRAMOĞLU G,PİRİNÇCİLER M,ÇETİNKAYA E,CİHAN ÇEKİÇ Ç,BOZDOĞAN B,DURUPINAR B Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma. . 2012; 366 - 374.
Vancouver	Coban A,Nohut O,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,BAYRAMOĞLU G,PİRİNÇCİLER M,ÇETİNKAYA E,CİHAN ÇEKİÇ Ç,BOZDOĞAN B,DURUPINAR B Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma. . 2012; 366 - 374.
IEEE	Coban A,Nohut O,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,BAYRAMOĞLU G,PİRİNÇCİLER M,ÇETİNKAYA E,CİHAN ÇEKİÇ Ç,BOZDOĞAN B,DURUPINAR B "Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma." , ss.366 - 374, 2012.
ISNAD	Coban, Ahmet Yilmaz vd. "Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma". (2012), 366-374.

APA	Coban A, Nohut O, TANRIVERDİ ÇAYCI Y, BAYRAMOĞLU G, PİRİNÇCİLER M, ÇETİNKAYA E, CİHAN ÇEKİÇ Ç, BOZDOĞAN B, DURUPINAR B (2012). Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma. Mikrobiyoloji Bülteni, 46(3), 366 - 374.
Chicago	Coban Ahmet Yilmaz,Nohut Okan Kadir,TANRIVERDİ ÇAYCI Yeliz,BAYRAMOĞLU Gülçin,PİRİNÇCİLER Müjgan,ÇETİNKAYA Ebru,CİHAN ÇEKİÇ Çiğdem,BOZDOĞAN Bülent,DURUPINAR Belma Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma. Mikrobiyoloji Bülteni 46, no.3 (2012): 366 - 374.
MLA	Coban Ahmet Yilmaz,Nohut Okan Kadir,TANRIVERDİ ÇAYCI Yeliz,BAYRAMOĞLU Gülçin,PİRİNÇCİLER Müjgan,ÇETİNKAYA Ebru,CİHAN ÇEKİÇ Çiğdem,BOZDOĞAN Bülent,DURUPINAR Belma Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.46, no.3, 2012, ss.366 - 374.
AMA	Coban A,Nohut O,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,BAYRAMOĞLU G,PİRİNÇCİLER M,ÇETİNKAYA E,CİHAN ÇEKİÇ Ç,BOZDOĞAN B,DURUPINAR B Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma. Mikrobiyoloji Bülteni. 2012; 46(3): 366 - 374.
Vancouver	Coban A,Nohut O,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,BAYRAMOĞLU G,PİRİNÇCİLER M,ÇETİNKAYA E,CİHAN ÇEKİÇ Ç,BOZDOĞAN B,DURUPINAR B Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma. Mikrobiyoloji Bülteni. 2012; 46(3): 366 - 374.
IEEE	Coban A,Nohut O,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,BAYRAMOĞLU G,PİRİNÇCİLER M,ÇETİNKAYA E,CİHAN ÇEKİÇ Ç,BOZDOĞAN B,DURUPINAR B "Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma." Mikrobiyoloji Bülteni, 46, ss.366 - 374, 2012.
ISNAD	Coban, Ahmet Yilmaz vd. "Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnç determinantlarının araştırılması: Çok merkezli bir çalışma". Mikrobiyoloji Bülteni 46/3 (2012), 366-374.