Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması

ÖZKAN AKTOĞU, Serir; Bicmen, Can; ECEMİŞ, Talat; SÜRÜCÜOĞLU, Süheyla; KURUTEPE, Semra; ÇELİK, PINAR; ÖZGEN ALPAYDIN, Aylin

Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması

Semra KURUTEPE, (Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Manisa, Türküye)

Talat ECEMİŞ, (Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Manisa, Türküye)

Aylin ÖZGEN ALPAYDIN, (Dokuz Eylül Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Göğüs Hastalıkları Anabilim Dalı, İzmir, Türkiye)

Can BİÇMEN, (Dr. Suat Seren Göğüs Hastalıkları ve Cerrahisi Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı, İzmir, Türkiye)

Pınar ÇELİK, (Celal Bayar Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Göğüs Hastalıkları Anabilim Dalı, Manisa, Türkiye)

Serir ÖZKAN AKTOĞU, (Dr. Suat Seren Göğüs Hastalıkları ve Cerrahisi Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Göğüs Hastalıkları Kliniği, İzmir, Türkiye)

Süheyla SÜRÜCÜOĞLU (Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Manisa, Türküye)

Mikrobiyoloji Bülteni

3 0

Yıl: 2012 Cilt: 46 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 523 - 531 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması

Öz:

Toplum kökenli pnömoni (TKP), hayatı tehdit eden ciddi bir hastalık olup, gelişmiş tanı yöntemlerine rağmen olguların %50sinden fazlasında etiyolojik etken saptanamamaktadır. Etiyolojinin belirlenmesinde en sık kullanılan tanı yöntemleri kültür ve serolojik testlerdir. TKP olgularında erken ve doğru teda- vinin mortaliteyi azaltması nedeniyle hızlı ve güvenilir tanı yöntemlerine ihtiyaç vardır. Bu çalışmada, TKPli erişkin hastalarda konvansiyonel yöntemler ve multipleks polimeraz zincir reaksiyonu/reverse line blot hibridizasyon (M-PCR/RLBH) yöntemiyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Kasım 2008-Kasım 2010 tarihleri arasında hastanemize başvuran ve klinik olarak TKP tanısı alan 128 olgu (94ü erkek; yaş aralığı: 19-81 yıl, ortalama yaş: 58 yıl) dahil edilmiştir. Hastalardan alınan solunum yolu örnekleri (balgam ve/veya bronkoalveoler lavaj), M-PCR/RLBH (GenID®, Autoimmun Diagnostika GmbH, Almanya) yöntemiyle Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae ve Legionella pneumophilaya ait nükleik asit varlığı yönünden araştırılmıştır. Örneklerin eş zamanlı olarak, %5 koyun kanlı, çikolata, Haemophilus izolasyon, BCYE (buffered charcoal yeast extract)-selektif agar ve EMB besiyerlerinde kültürü yapılmıştır. Hastaların serum örneklerinde C.pneumoniae IgM ve IgG antikorları, mikroimmünofloresans yöntemiyle (Focus Diagnostic, ABD); L.pneumophila ve M.pneumoniaeya özgül IgM ve IgG antikorları ise indirekt immünofloresan antikor yöntemiyle (Euroimmun, Almanya) araştırılmıştır. Çalışmamızda, TKPli 128 hastanın 59 (%46.1)unda toplam 73 adet bakteriyolojik etken tanımlanmıştır. En sık saptanan mikroorganizma S.pneumoniae olmuş (n= 32, %25), bunu H.influenzae ve M.pneumoniae (n= 9, %7), gram-negatif basiller (n= 10, %7.8), M.catarrhalis (n= 6, %4.7),C.pneumoniae (n= 4, %3.2), L.pneumophila (n= 2, %1.6) ve Staphylococcus aureus (n= 1, %1.4) izlemiştir. Olguların 15 (%11.7)inde atipik etkenler saptanmış; 14 (%10.9) hastada çok etkenli karışık enfeksiyon varlığı izlenmiştir. M-PCR/RLBH yöntemiyle araştırılan mik-roorganizmalar (S.pneumoniae, H.influenzae, M.catarrhalis, C.pneumoniae, L.pneumophila ve M.pneumo-niae) olguların %41.4 (53/128) ünde saptanırken, konvansiyonel yöntemlerle bu etkenler %23.4(30/128) olguda tanımlanmış ve bu fark anlamlı bulunmuştur (p< 0.05). Sonuç olarak verilerimiz, M-PCR/RLBH yönteminin, TKP olgularında bakteriyel etiyolojinin belirlenmesinde konvansiyonel yöntemle-re katkı sağladığını göstermiş (saptama oranı %23.4ten %41.4e yükselmiştir); bölgemizde TKP olgula-rının başlangıç tedavisinin S.pneumoniae, M.pneumoniae ve H.influenzae yı kapsayacak şekilde olması gerektiğini vurgulamıştır.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Enfeksiyon Hastalıkları

Investigation of bacterial etiology with conventional and multiplex PCR methods in adult patients with community-acquired Pneumonia

Öz:

Community-acquired pneumonia (CAP) is still a serious life-threatening disease, in which the etiologic agent cannot be identified in more than 50% of patients despite advanced diagnostic methods. The most commonly used methods in the determination of CAP etiology are culture and serological tests. Since early and accurate therapy reduces the mortality in CAP cases, rapid and reliable diagnostic met-hods are needed. The aim of this study was to determine the bacterial etiology in adult patients with CAP by implementing multiplex polymerase chain reaction/reverse line blot hybridization (M-PCR/RLBH) assay combined with conventional methods. A total of 128 cases (94 were male; age range: 19-81 ye-ars, mean age: 58) who were admitted to our hospital and clinically diagnosed as CAP between Novem-ber 2008 - November 2010, were included in the study. Respiratory samples (sputum and/or broncho-alveolar lavage) obtained from patients were searched by M-PCR/RLBH method (Gen ID®, Autoimmun Diagnostika GmbH, Germany) in terms of the presence of Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influ-enzae, Moraxella catarrhalis, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae and Legionella pneumophi-la nucleic acids. The samples were simultaneously inoculated onto 5% sheep blood agar, chocolate agar, haemophilus isolation agar, buffered charcoal yeast extract-selective agar and EMB agar media for culti-vation. Serum samples obtained from the cases were tested for IgM and IgG antibodies against C.pne-umoniae by microimmunofluorescence (Focus Diagnostic, USA) and against L.pneumophila and M.pne-umoniae by indirect immunofluorescence (Euroimmun, Germany) methods. The bacterial etiology was identified in 59 (46.1%) of 128 patients with CAP and a total of 73 pathogens were detected. The le-ading organism was S.pneumoniae (n= 32, 25%), followed by H.influenzae and M.pneumoniae (n= 9, 7%), gram-negative bacilli (n= 10, 7.8%), M.catarrhalis (n= 6, 4.7%), C.pneumoniae (n= 4, 3.2%), L.pne-umophila(n= 2, 1.6%) and Staphylococcus aureus (n= 1, 1.4%). Infection with atypical pathogens were detected in 15 (11.7%), and mixed infections in 14 (10.9%) patients. The detection rate of microorga- nisms (S.pneumoniae, H.influenzae, M.catarrhalis, C.pneumoniae, L.pneumophilia, M.pneumoniae) searc-hed by M-PCR/RLBH method was 41.4% (53/128), while those microorganisms were detected in 23.4%(30/128) of the patients by conventional methods, representing a significant difference (p< 0.05). It was concluded that M-PCR/RLBH method supplemented the determination of bacterial etiology in CAP ca ses by increasing the rate of detection from 23.4% to 41.4%. The results indicated that empirical treatment of CAP should primarily include antibiotics against S.pneumoniae, M.pneumoniae and H.influenzae in our region.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Enfeksiyon Hastalıkları

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Restrepo MI, Anzueto A. Severe community-acquired pneumonia. Infect Dis Clin North Am 2009; 23(3): 503-20.
2. Loke YK, Kwok CS, Niruban A, Myint PK. Value of severity scales in predicting mortality from community- acquired pneumonia: systematic review and meta-analysis. Thorax 2010; 65(10): 884-90.
3. Özlü T, Bülbül Y, Alataş F ve ark. Türk Toraks Derneği Erişkinlerde Toplumda Gelişen Pnömoni Tanı ve Teda- vi Uzlaşı Raporu. Türk Toraks Dergisi 2009; 10(Ek 9): 1-16.
4. Carroll KC. Laboratory diagnosis of lower respiratory tract infections: controversy and conundrums. J Clin Microbiol 2002; 40(9): 3115-20.
5. Skerrett SJ. Diagnostic testing to establish a microbial cause is helpful in the management of community- acquired pneumonia. Semin Respir Infect 1997; 12(4): 308-21.
6. File TM. Community-acquired pneumonia. Lancet 2003; 362(9400): 1991-2001.
7. Meehan TP, Fine MJ, Krumholz HM, et al. Quality of care, process, and outcomes in elderly patients with pneumonia. JAMA 1997; 278(3): 2080-4.
8. Metlay JP, Fine MJ. Testing strategies in the initial management of patients with community-acquired pneumonia. Ann Intern Med 2003; 138(2): 109-18.
9. Templeton KE, Scheltinga SA, van den Eeden WC, Graffelman AW, van den Broek PJ, Claas EC. Improved diagnosis of the etiology of community-acquired pneumonia with real-time polymerase chain reaction. Clin Infect Dis 2005; 41(1): 345-51.
10. Stralin K, Törnqvist E, Kaltoft MS, Olcen P, Holmberg H. Etiologic diagnosis of adult bacterial pneumonia by culture and PCR applied to respiratory tract samples. J Clin Microbiol 2006; 44(2): 643-5.
11. Kong F, Gilbert GL. Multiplex PCR-based reverse line blot hybridization assay (mPCR/RLB)-a practical epidemiological and diagnostic tool. Nat Protoc 2006; 1(6): 2668-80.
12. Thomson RB Jr, Miller M. Specimen collection, transport, and processing: bacteriology, pp: 286-330. In: Murray PR, Baron EJ, Jorgensen JH, Pfaller MA, Yolken RH (eds), Manual of Clinical Microbiology. 2003, 8 thed. ASM Press, Washington, DC.
13. Plouffe JF. Importance of atypical pathogens of community-acquired pneumonia. Clin Infect Dis 2000; 31(2): 35-9.
14. Özlü T, Bülbül Y, Ozsu S. Ulusal verilerle toplum kökenli pnömoniler. Tuberk Toraks 2007; 55(2): 191-212.
15. Gönlügür U, Akkurt İ, Bakıcı MZ, Sümer H. Sivasta toplum kökenli pnömonilerde bakteriyel etiyoloji. Akciğer Arşivi 2001; 2(4): 143-8.
16. Köksal I, Ozlü T, Bayraktar O, et al. Etiological agents of community-acquired pneumonia in adult patients in Turkey; a multicentric, cross-sectional study. Tuberk Toraks 2010; 58(2): 119-27.
17. File TM Jr, Tan JS. Incidence, etiologic pathogens, and diagnostic testing of community-acquired pneumo- nia. Curr Opin Pulm Med 1997; 3(2): 89-97.
18. Saito A, Kohno S, Matsushima T, et al. Prospective multicenter study of the causative organisms of community-acquired pneumonia in adults in Japan. J Infect Chemother 2006; 12(2): 63-9.
19. Cilloniz C, Ewig S, Polverino E, et al. Community-acquired pneumonia in outpatients: aetiology and outcomes. Eur Respir J 2012; 40(4): 931-8.
20. Vergis EN, Yu VL. New directions for future studies of community-acquired pneumonia: optimizing impact on patient care. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 1999; 18(12): 847-51.
21. Jokinen C, Heiskanen L, Juvonen H, et al. Microbial etiology of community-acquired pneumonia in the adult population of 4 municipalities in eastern Finland. Clin Infect Dis 2001; 32(8): 1141-54.
22. Lim WS, Macfarlane JT, Boswell TC, et al. Study of community acquired pneumonia aetiology (SCAPA) in adults admitted to hospital: implications for management guidelines. Thorax 2001; 56(4): 296-301.
23. Song JH, Oh WS, Kang CI, et al; Asian Network for Surveillance of Resistant Pathogens Study Group. Epidemiology and clinical outcomes of community-acquired pneumonia in adult patients in Asian countries: a prospective study by the Asian network for surveillance of resistant pathogens. Int J Antimicrob Agents 2008; 31(2): 107-14.
24. Saltoğlu N, Taşova Y, Yılmaz G ve ark. Toplumda edinilmiş pnömoni: Etyoloji, prognoz ve tedavi. FLORA 1999; 4(4): 245-52.
25. Özlü T, Bülbül Y, Kaygusuz S, Öztuna F, Yıldırım Z, Köksal İ. Toplum kökenli pnömoni olgularımızda M.pneumoniae,C.pneumoniae ve L.pneumophilia sıklığı. Solunum Hastalıkları 2000; 11(2): 135-9.
26. Lieberman D, Schlaeffer F, Boldur I, et al. Multiple pathogens in adult patients admitted with community-acquired pneumonia: a one-year prospective study of 346 consecutive patients. Thorax 1996; 51(2): 179-84.
27. Ishida T, Hashimoto T, Arita M, Ito I, Osawa M. Etiology of community-acquired pneumonia in hospitalized patients: a 3-year prospective study in Japan. Chest 1998; 114(6): 1588-93.
28. Lui G, Ip M, Lee N, et al. Role of 'atypical pathogens' among adult hospitalized patients with community- acquired pneumonia. Respirology 2009; 14(8): 1098-105.
29. Mustafa MI, Al-Marzooq F, How SH, Kuan YC, Ng TH. The use of multiplex real-time PCR improves the detection of the bacterial etiology of community acquired pneumonia. Trop Biomed 2011; 28(3): 531-44.
30. Johansson N, Kalin M, Tiveljung-Lindell A, Giske CG, Hedlund J. Etiology of community- acquired pneumonia: increased microbiological yield with new diagnostic methods. Clin Infect Dis 2010; 50(2): 202-9

APA	KURUTEPE S, ECEMİŞ T, ÖZGEN ALPAYDIN A, Bicmen C, ÇELİK P, ÖZKAN AKTOĞU S, SÜRÜCÜOĞLU S (2012). Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması. , 523 - 531.
Chicago	KURUTEPE Semra,ECEMİŞ Talat,ÖZGEN ALPAYDIN Aylin,Bicmen Can,ÇELİK PINAR,ÖZKAN AKTOĞU Serir,SÜRÜCÜOĞLU Süheyla Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması. (2012): 523 - 531.
MLA	KURUTEPE Semra,ECEMİŞ Talat,ÖZGEN ALPAYDIN Aylin,Bicmen Can,ÇELİK PINAR,ÖZKAN AKTOĞU Serir,SÜRÜCÜOĞLU Süheyla Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması. , 2012, ss.523 - 531.
AMA	KURUTEPE S,ECEMİŞ T,ÖZGEN ALPAYDIN A,Bicmen C,ÇELİK P,ÖZKAN AKTOĞU S,SÜRÜCÜOĞLU S Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması. . 2012; 523 - 531.
Vancouver	KURUTEPE S,ECEMİŞ T,ÖZGEN ALPAYDIN A,Bicmen C,ÇELİK P,ÖZKAN AKTOĞU S,SÜRÜCÜOĞLU S Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması. . 2012; 523 - 531.
IEEE	KURUTEPE S,ECEMİŞ T,ÖZGEN ALPAYDIN A,Bicmen C,ÇELİK P,ÖZKAN AKTOĞU S,SÜRÜCÜOĞLU S "Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması." , ss.523 - 531, 2012.
ISNAD	KURUTEPE, Semra vd. "Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması". (2012), 523-531.

APA	KURUTEPE S, ECEMİŞ T, ÖZGEN ALPAYDIN A, Bicmen C, ÇELİK P, ÖZKAN AKTOĞU S, SÜRÜCÜOĞLU S (2012). Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, 46(4), 523 - 531.
Chicago	KURUTEPE Semra,ECEMİŞ Talat,ÖZGEN ALPAYDIN Aylin,Bicmen Can,ÇELİK PINAR,ÖZKAN AKTOĞU Serir,SÜRÜCÜOĞLU Süheyla Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni 46, no.4 (2012): 523 - 531.
MLA	KURUTEPE Semra,ECEMİŞ Talat,ÖZGEN ALPAYDIN Aylin,Bicmen Can,ÇELİK PINAR,ÖZKAN AKTOĞU Serir,SÜRÜCÜOĞLU Süheyla Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.46, no.4, 2012, ss.523 - 531.
AMA	KURUTEPE S,ECEMİŞ T,ÖZGEN ALPAYDIN A,Bicmen C,ÇELİK P,ÖZKAN AKTOĞU S,SÜRÜCÜOĞLU S Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2012; 46(4): 523 - 531.
Vancouver	KURUTEPE S,ECEMİŞ T,ÖZGEN ALPAYDIN A,Bicmen C,ÇELİK P,ÖZKAN AKTOĞU S,SÜRÜCÜOĞLU S Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2012; 46(4): 523 - 531.
IEEE	KURUTEPE S,ECEMİŞ T,ÖZGEN ALPAYDIN A,Bicmen C,ÇELİK P,ÖZKAN AKTOĞU S,SÜRÜCÜOĞLU S "Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması." Mikrobiyoloji Bülteni, 46, ss.523 - 531, 2012.
ISNAD	KURUTEPE, Semra vd. "Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması". Mikrobiyoloji Bülteni 46/4 (2012), 523-531.