Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi

CEYHAN, ISMAIL; Sezen, Figen; ALBAYRAK, Nurhan; ŞİMŞEK, Hülya; ARSLANTÜRK, Ahmet; Tarhan, Gülnur

Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi

Nurhan ALBAYRAK, (Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı, Ulusal Tüberküloz Referans ve Araştırma Laboratuvarı, Ankara, Türkiye)

Hülya ŞİMŞEK, (Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı, Ulusal Tüberküloz Referans ve Araştırma Laboratuvarı, Ankara, Türkiye)

Figen SEZEN, (Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı, Ulusal Tüberküloz Referans ve Araştırma Laboratuvarı, Ankara, Türkiye)

Ahmet ARSLANTÜRK, (Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı, Ulusal Tüberküloz Referans ve Araştırma Laboratuvarı, Ankara, Türkiye)

Gülnur TARHAN, (Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı, Ulusal Tüberküloz Referans ve Araştırma Laboratuvarı, Ankara, Türkiye)

İsmail CEYHAN (Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı, Ulusal Tüberküloz Referans ve Araştırma Laboratuvarı, Ankara, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

3 0

Yıl: 2012 Cilt: 46 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 560 - 567 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi

Öz:

Tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) türleri çevre koşullarında sıkça karşılaşılan bakteriler olup birçoğu akciğer hastalığı ile ilişkilendirilmektedir. TDM enfeksiyonlarının tanısı, klinik, radyolojik ve mikrobiyolojik verilerin toplamıyla konulmaktadır. Bu çalışmada, klinik örneklerden etken olarak izole edilen TDM suşlarının tür dağılımının irdelenmesi amaçlanmıştır. Ocak 2009-Aralık 2010 tarihleri arasında Ulusal Tüberküloz Referans Laboratuvarı (UTRL)na mikobakteri tür tayini için gönderilen TDM izolatlarının yanı sıra, UTRLde klinik örneklerden izole edilen ve TDM olarak tanımlanan izolatlar retros-pektif olarak değerlendirilmiştir. Birden fazla kültüründe aynı TDM türü izole edilen olgular mikrobiyolojik açıdan etken olarak tanımlanmıştır. Mikobakteri tür tayini, line-prob yöntemi kullanılarak ticari bir kit (GenoType Mycobacterium CM/AS; Hain Lifescience, Almanya) ile gerçekleştirilmiştir. Çalışmamızda, akciğer veya akciğer dışı örneklerinin kültüründe mikobakteri üremesi olan 206 hastanın 24 (%11.7)ünde TDM tespit edilmiş; diğer tüberküloz laboratuvarlarından tür tayini amacıyla gönderilen 75 hastaya ait 101 örneğin 51i de TDM olarak doğrulanmıştır. TDM ile enfekte olduğu saptanan hastaların %78.7 (59/75)sinin erkek olduğu ve hastaların yaş ortalamasının da 50.9 ± 18.8 yıl olduğu belirlenmiştir. TDM suşları arasında M.fortuitum(%33.3; n= 25) en sık izole edilen tür olmuş, bunu M.abscessus(%18.7; n= 14),M.gordonae (%10.7, n= 8) ve M.avium(%8; n= 6) izlemiştir. Ayrıca,M.chelonae(n= 3),M.intracellulare(n= 3),M.kansasii(n= 3),M.peregrinum(n= 2),M.scrofulaceum(n=2), M.szulgai(n= 2), M.celatum (n= 1), M.haemophilum (n= 1), M.smegmatis (n= 1) ve M.xenopi(n=1) de laboratuvarımızda tanımlanan diğer TDM türleri olmuştur. Hızlı üreyen TDM türleri (M.fortuitum ve M.abscessus) en sık (%52) karşılaşılan etkenler olarak saptanmıştır. Ayrıca, en sık izole edilen tür olan M.fortuitum suşlarının çoğunun (n= 21) perifer tüberküloz laboratuvarlarından gönderilen örneklerde tespit edildiği dikkati çekmiştir. Sonuç olarak, laboratuvarımızda en sık olarak tespit edilen tüberküloz dışı mikobakteriler hızlı üreyen türler olarak tespit edilmiş, ancak belirlenen tür dağılımı ülkemiz için daha önceden tespit edilen dağılımdan farklı bulunmuştur. Dolayısıyla, TDM profilinin epidemiyolojik veriler ile birlikte daha ileri düzeyde araştırılmasının, ülkemiz için önemli bir gereklilik olduğu kanısına varılmıştır.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Viroloji

Evaluation of the distribution of non-tuberculous mycobacteria strains isolated in national tuberculosis reference laboratory in 2009-2010, Turkey

Öz:

Non-tuberculous mycobacteria (NTM) are commonly encountered environmental bacteria, and most of them are associated with lung diseases. Diagnosis of infections caused by NTM is based on clinical, radiological and microbiological findings. The aim of this study was to investigate the distribution of non-tuberculous mycobacterial species isolated from clinical specimens as etiologic agents. The NTM strains isolated from clinical specimens in National Tuberculosis Reference Laboratory (NTRL), together with the strains that were sent to NTRL for the advanced identification of non-tu-berculous mycobacterial species that have clinical or microbiological significance, were analysed ret- rospectively. The strains belonged to January 2009 - December 2010 period. If the same NTM type was isolated more than once in the clinical specimens of a patient, then it was defined microbiologi-cally as a causative agent. Identification of mycobacteria species was performed by using a commer- cial line-probe assay (GenoType Mycobacterium CM/AS; Hain Lifescience, Germany). In our study, pulmonary and non-pulmonary samples obtained from 206 patients yielded mycobacterial growth in their cultures, and of them 24 (11.7%) were identified as NTM. On the other hand, 51 of the 101 samples sent to NTRL for identification were confirmed as NTM. Of the patients who were found to be infected with NTM (n= 75), 59 (78.7%) were male and the mean age was 50.9 ± 18.8 years. The most frequently identified NTM species was M.fortuitum (33.3%, n= 25), followed by M.abscessus (18.7%, n= 14), M.gordonae(10.7%, n= 8) and M.avium(%8; n= 6). The other types of NTM species identified in our laboratory were M.chelonae (n= 3),M.intracellulare (n= 3), M.kansasii(n= 3), M.pe-regrinum (n= 2), M.scrofulaceum(n= 2),M.szulgai(n= 2),M.celatum(n= 1),M.haemophilum(n= 1),M.smegmatis(n= 1) and M.xenopi (n= 1). Rapidly growing NTM species (M.fortuitum and M.absces-sus) were the most frequent (52%) species isolated in our laboratory as the cause of non-tuberculous mycobacterial infection. Interestingly, the majority of M.fortuitum isolates (n= 21) which was the most common species identified in our laboratory, were those received from the peripheral laboratories.The most common species identified in our laboratory were rapidly growing NTM, however the countrywide distribution of the NTM species was found different than previously reported. In conclusi- on, further investigation of the non-tuberculous mycobacteria profile in adjunct with epidemiological data seems to be essential in our country.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Viroloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. No authors listed. Diagnosis and treatment of disease caused by nontuberculous mycobacteria. This offici- al statement of the American Thoracic Society was approved by the Board of Directors, March 1997. Me-dical Section of the American Lung Association. Am J Respir Crit Care Med 1997; 156(2 Pt 2): S1-25.
2. Katoch VM. Infections due to non-tuberculous mycobacteria (NTM). Indian J Med Res 2004; 120(4): 290-304.
3. Bicmen C, Coskun M, Gunduz AT, Senol G, Cirak AK, Tibet G. Nontuberculous mycobacteria isolated from pulmonary specimens between 2004 and 2009: causative agent or not? New Microbiol 2010; 33(4): 399-403.
4. Simons S, Ingen J, Hsueh P, et al. Non-tuberculous mycobacteria in respiratory tract infections, Eastern Asia. Emerg Inf Dis 2011; 17(3): 343-9.
5. Tortoli E. Clinical manifestations of non-tuberculous mycobacteria infections. Clin Microbiol Infect 2009; 15(10): 906-10.
6. Brown-Elliott BA, Wallace RJ Jr. Clinical and taxonomic status of pathogenic nonpigmented or late-pigmen-ting rapidly growing mycobacteria. Clin Microbiol Rev 2002;15(4): 716-46.
7. Koh WJ, Kwon OJ, Lee KS. Non-tuberculosis mycobacterial pulmonary diseases in immunocompetent pati-ents. Korean J Radiol 2002; 3(3): 145-57.
8. Tortoli E. The new mycobacteria: an update. FEMS Immunol Med Microbiol 2006; 48(2): 159-78.
9. Bicmen C, Coskun M, Gunduz AT, Senol G, Cirak AK, Tibet G. Identification of atypical mycobacteria isola-ted from clinical specimens by line probe assay (LIPA). Mikrobiyol Bul 2007; 41(4): 503-10.
10. Cavusoglu C, Turhan A, Yaygin YE, Derici YK, Bilgiç A. Evaluation of INNO-LiPA mycobacteria, INNO-LiPA Mycobacteria v2 and hsp65 sequencing for identification of the clinical non-tuberculous mycobacterial iso-lates. Mikrobiyol Bul 2005; 39(4): 437-45.
11. Vincent V, Gutíerrez MC. Mycobacterium: laboratory characteristics of slowly growing mycobacteria, pp: 573-88. In: Murray PR, Baron EJ, Jorgensen JH, Landry ML, Pfaller MA (eds), Manual of Clinical Microbi-ology. 2007, 9 th ed. ASM Press, Washington, DC.
12. Cassidy PM, Hedberg K, Saulson A, McNelly E, Winthrop KL. Non-tuberculous mycobacterial disease prevalence and risk factors: a changing epidemiology. Clin Inf Dis 2009; 49(12): 124-9.
13. Wang H, Yue J, Han M, et al. Non-tuberculous mycobacteria: susceptibility pattern and prevalence rate in Shanghai from 2005 to 2008. Chin Med J 2010; 123(2): 184-7
14. Hatherill M, Hawkridge T, Whitelaw A, et al. Isolation of non-tuberculous mycobacteria in children investi-gated for pulmonary tuberculosis. PLoS One 2006; 1: e21.
15. Martín-Casabona N, Bahrmand AR, Bennedsen J, et al. Non-tuberculous mycobacteria: patterns of isolati-on. A multi-country retrospective survey. Int J Tuberc Lung Dis 2004; 8(10): 1186-93.
16. Marras TK, Chedore P, Ying AM, Jamieson F. Isolation prevalence of pulmonary non-tuberculous mycobacteria in Ontario, 1997-2003. Thorax 2007; 62(8): 661-6.

APA	ALBAYRAK N, ŞİMŞEK H, Sezen F, ARSLANTÜRK A, Tarhan G, CEYHAN I (2012). Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi. , 560 - 567.
Chicago	ALBAYRAK Nurhan,ŞİMŞEK Hülya,Sezen Figen,ARSLANTÜRK Ahmet,Tarhan Gülnur,CEYHAN ISMAIL Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi. (2012): 560 - 567.
MLA	ALBAYRAK Nurhan,ŞİMŞEK Hülya,Sezen Figen,ARSLANTÜRK Ahmet,Tarhan Gülnur,CEYHAN ISMAIL Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi. , 2012, ss.560 - 567.
AMA	ALBAYRAK N,ŞİMŞEK H,Sezen F,ARSLANTÜRK A,Tarhan G,CEYHAN I Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi. . 2012; 560 - 567.
Vancouver	ALBAYRAK N,ŞİMŞEK H,Sezen F,ARSLANTÜRK A,Tarhan G,CEYHAN I Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi. . 2012; 560 - 567.
IEEE	ALBAYRAK N,ŞİMŞEK H,Sezen F,ARSLANTÜRK A,Tarhan G,CEYHAN I "Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi." , ss.560 - 567, 2012.
ISNAD	ALBAYRAK, Nurhan vd. "Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi". (2012), 560-567.

APA	ALBAYRAK N, ŞİMŞEK H, Sezen F, ARSLANTÜRK A, Tarhan G, CEYHAN I (2012). Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 46(4), 560 - 567.
Chicago	ALBAYRAK Nurhan,ŞİMŞEK Hülya,Sezen Figen,ARSLANTÜRK Ahmet,Tarhan Gülnur,CEYHAN ISMAIL Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 46, no.4 (2012): 560 - 567.
MLA	ALBAYRAK Nurhan,ŞİMŞEK Hülya,Sezen Figen,ARSLANTÜRK Ahmet,Tarhan Gülnur,CEYHAN ISMAIL Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.46, no.4, 2012, ss.560 - 567.
AMA	ALBAYRAK N,ŞİMŞEK H,Sezen F,ARSLANTÜRK A,Tarhan G,CEYHAN I Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2012; 46(4): 560 - 567.
Vancouver	ALBAYRAK N,ŞİMŞEK H,Sezen F,ARSLANTÜRK A,Tarhan G,CEYHAN I Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2012; 46(4): 560 - 567.
IEEE	ALBAYRAK N,ŞİMŞEK H,Sezen F,ARSLANTÜRK A,Tarhan G,CEYHAN I "Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 46, ss.560 - 567, 2012.
ISNAD	ALBAYRAK, Nurhan vd. "Ulusal tüberküloz referans laboratuvarında 2009-2010 yıllarında tespit edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dağılımlarının irdelenmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 46/4 (2012), 560-567.