Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri

ORYASIN, ERMAN; TÜRK DAĞI, HATİCE; TUNCER, İnci; FINDIK, Duygu; Arslan, Ugur; BOZDOĞAN, Bülent; Demir, Esra

Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri

Uğur ARSLAN, (Selçuk Üniversitesi, Selçuklu Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Esra DEMİR, (Adnan Menderes Üniversitesi, Bilim ve Teknoloji Araştırma ve Uygulama Merkezi, Aydın, Türkiye)

Erman ORYAŞIN, (Adnan Menderes Üniversitesi, Bilim ve Teknoloji Araştırma ve Uygulama Merkezi, Aydın, Türkiye)

HATİCE TÜRK DAĞI, (Selçuk Üniversitesi, Selçuklu Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

İnci TUNCER, (Selçuk Üniversitesi, Selçuklu Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Duygu FINDIK, (Selçuk Üniversitesi, Selçuklu Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Bülent BOZDOĞAN (Adnan Menderes Üniversitesi, Bilim ve Teknoloji Araştırma ve Uygulama Merkezi, Aydın, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

3 0

Yıl: 2013 Cilt: 47 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 432 - 441 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri

Öz:

Enterokoklar, özellikle de tedavi seçenekleri sınırlı olan vankomisine dirençli enterokoklar (VDE), önemli nozokomiyal patojenlerdir. Enterokoklar penisilinlere ve aminoglikozidlere düşük düzey dirence sahiptir ve sefalosporinlere intrensek olarak dirençlidir. Ayrıca beta-laktam antibiyotiklere, aminoglikozidlere ve glikopeptidlere yüksek düzey direnç kazanabilir. Bu çalışmanın amacı 2003-2009 yılları arasında kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli E.faecium suşlarının glikopeptid direnç mekanizmalarını ve moleküler epidemiyolojik yöntemlerle genetik ilişkilerini belirlemektir. Çalışmaya kan kültürlerinde üreyen 38 VDE suşu alınmış; bakterilerin tanımlanması konvansiyonel yöntemler ve Phoenix 100 BD otomatize sistemi (Becton Dickinson Diagnostic Systems, ABD) ile yapılmış ve 16S rRNA amplikon dizi analizi ile doğrulanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testi CLSI önerileri doğrultusunda Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile çalışılmıştır. Vankomisine direnç saptanan suşlarda E-Test (AB Biodisk, İsveç) yöntemi ile vankomisin MİK değerleri belirlenmiştir. Vankomisin direnç genlerinden vanA, vanB, vanC ve vanD varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle araştırılmıştır. Suşlar arasındaki klonal ilişki değişken alanlı jel elektroforezi (PFGE) ve multilokus dizi tiplendirme (MLST) yöntemleri ile belirlenmiştir. Kan kültürlerinden izole edilen 38 enterokok suşu fenotipik yöntemlerle E.faecium olarak tanımlanmış ve 16S rRNA dizi analizi ile doğrulanmıştır. Suşların vankomisin MİK değeri E test ile > 256 μg/ml olarak saptanmıştır. Tüm suşlarda vanA geni pozitif olarak bulunmuştur. VanA geni taşıyan 38 E.faecium izolatının klonal ilişkisi PFGE yöntemiyle araştırılmış; her pulsotip ve alttiplerden MLST için seçilen örneklere dizi analizi yapılmıştır. PFGE ile dört pulsotip (A-D) ve bir adet sporadik izolat saptanmıştır. Bu suşlardan 29’unun A pulsotipine, üçünün B pul-sotipine, ikisinin C pulsotipine ve üçünün ise D pulsotipine ait olduğu belirlenmiştir. A pulsotipindeki 29 izolattan sekizi A1, dokuzu A2, altısı A3, ikisi A4 ve dördü A5 olarak tanımlanmıştır. MLST ile dört farklı dizi tipi (ST) saptanmış; 29 (%76.3) pulsotip A ve alttiplerinin ST117, üç (%7.9) pulsotip B’nin ST280, iki (%5.2) pulsotip C’nin ST18 ve üç (%7.9) pulsotip D’nin ST17 olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak hastanemizde VDE’nin etken olduğu kan dolaşımı enfeksiyonlarının ST117 tipinde hastaneye egemen bir suştan kaynaklandığı görülmüştür. Ancak bu suşun farklı pulsotiplerinin bulunması, uzun süreden beri hastanede mevcut olan suşun genetik farklılıklar oluşturduğunu göstermektedir. Bunun yanında minör pulsotiplere ait enfeksiyonlar da belirlenmiştir. Bu nedenle VDE’lere bağlı hastane enfeksiyonlarının yayılımının önlenmesinde ve kontrolünde direnç paternlerinin belirlenmesi ve klonal ilişkinin gösterilmesi önemlidir.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

MLST Types of vancomycin-resistant enterococcus faecium strains isolated from blood cultures

Öz:

Enterococci, particularly vancomycin-resistant enterococci (VRE), are important nosocomial pathogens with limited treatment options. Enterococci have low-level resistance to penicillins and aminogly- cosides and are intrinsically resistant to cephalosporins. In addition, they can acquire high-level resistance to beta-lactam antibiotics, aminoglycosides and glycopeptides. The aim of this study was to determine glycopeptide resistance mechanisms and genetic relationships of vancomycin-resistant E.faecium strains isolated from blood cultures between 2003-2009 years by molecular epidemiologic methods. A total of 38 VRE strains isolated from blood cultures were included in this study. The isolates were identifi- ed by conventional methods and Phoenix 100 BD automated system (Becton Dickinson Diagnostic Systems, USA) and confirmed by sequence analysis of 16S rRNA amplicons. Antibiotic susceptibility tests were performed by the Kirby-Bauer disk diffusion method accor-ding to the CLSI standards. MIC values of vancomycin were determined in vancomycin resistant strains by E-test (AB Biodisk, Sweden) method. Vancomycin resistance genes included vanA, vanB, vanC, and vanD were investigated by polymerase chain reaction (PCR) method. Clonal relationship between strains was determined by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Sequence analysis was performed for examples selected for multilocus sequence typing (MLST) of each pulsotype and subtype. Thirty eight strains of enterococci isolated from blood cultures were defined as E.faecium by phenotypic methods and confirmed by 16S rRNA sequence analysis. Vancomycin MIC values of strains were determined as > 256 μg/ml by E test. The vanA gene was detected in all isolates. Clonal relationship of 38 isolates E.faecium carrying the vanA gene was determined by PFGE and MLST methods. PFGE detected four pulsotypes (A-D) and one sporadic isolate. Twenty nine strains belonged to A pulsotype, three strains belonged to B pulsotype, two strains belonged to C pulsotype and three strains belonged to D pulsotype. Out of 29 isolates, eight strains were type A1, nine strains were type A2, six strains were type A3, two strains were type A4 and four strains were type A5. MLST identified four different sequence types (STs). Twenty nine A pulsotype and its subtypes belonged to ST117 (76.3%), three B pulsotype belonged to ST280 (7.9%), two C pulsotype belonged to ST18 (5.2%) and three D pulsotype belonged to ST17 (7.9%). In conclusion, bloodstream infections caused by VRE in our hospital arose from a dominant strain belonged to ST117. However, presence of different pulsotypes of this strain indicated that the strain had been present in the hospital for a long time and had accumulated genetic variations. In addition, infections caused by minor pulsotypes were also detected. Therefore for prevention and control of the spread of nosocomial infections caused by VRE, it is crucial to identify resistance patterns and clonal relationship of these organisms.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Lewis CM, Zervos MJ. Clinical manifestations of enterococcal infection. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 1990; 9(2): 111-7.
2. Cetinkaya Y, Falk P, Mayhall CG. Vancomycin-resistant enterococci. Clin Microbiol Rev 2000; 13(4): 686-707.
3. Vergis EN, Hayden MK, Choe JW, et al. Determinants of vancomycin resistance and mortality rates in ente- rococcal bacteremia. Ann Intern Med 2001; 135(7): 484-92.
4. Chou YY, Lin TY, Lin JC, Wang NC, Peng MY, Chang FY. Vancomycin-resistant enterococcal bacteremia: comparison of clinical features and outcome between Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis. J Mic- robiol Immunol Infect 2008; 41(2):124-9.
5. Stampone L, Del Grosso M, Boccia D, Pantosti A. Clonal spread of a vancomycin-resistant Enterococcus fa- ecium strain among bloodstream-infecting isolates in Italy. J Clin Microbiol 2005; 43(4): 1575-80.
6. Abele-Horn M, Vogel U, Klare I, et al. Molecular epidemiology of hospital-acquired vancomycin-resistant enterococci. J Clin Microbiol 2006; 44(11): 4009-13.
7. Werner G, Coque TM, Hemmerum AM, et al. Emergence and spread of vancomycin resistance among enterococci in Europe. Euro Surveill 2008; 13(47): pii: 19046.
8. Singh A, Goering RV, Simjee S, Foley SL, Zervos MJ. Application of molecular techniques to the study of hospital infection. Clin Microbiol Rev 2006; 19(3): 512-30.
9. Vancanneyt M, Lombardi A, Andrighetto C, et al. Intraspecies GenoMİC groups in Enterococcus faecium and their correlation with origin and pathogenicity. Appl Environ Microbiol 2002; 68(3): 1381-91.
10. Descheemaeker P, Lammens C, Pot B, Vandamme P, Goossens H. Evaluation of arbitrarily primed PCR analy- sis and pulsed-field gel electrophoresis of large GenoMicDNA fragments for identification of enterococci important in human medicine. Intern J Syst Bacteriol 1997; 47(2): 555-61.
11. Saeed B, Hallgren A, Jonasson J, Nilsson LE, Hanberger H, Isaksson B. Modified pulsed field gel electropho- resis protocol for typing of enterococci. APMIS 2002;110(12): 869-74.
12. Yean CY, Yin LS, Lalitha P, Ravichandran M. A nanoplex PCR assay for the rapid detection of vancomycin and bifunctional aminoglycoside resistance genes in Enterococcus species. BMC Microbiol 2007; 7: 112
13. Murray BE, Singh KV, Heath JD, Sharma BR, Weinstock GM. Comparison of genomic DNAs of different enterococcal isolates using restriction endonucleases with infrequent recognition sites. J Clin Microbiol 1990; 28(9): 2059-63.
14. Homan WL, Tribe D, Poznanski S, et al. Multilocus sequence typing scheme for Enterococcus faecium. J Clin Microbiol 2002; 40(6): 1963-71.
15. Uttley AH, Collins CH, Naidoo J, George RC. Vancomycin-resistant enterococci. Lancet 1988; 1(8575-6): 57-8.
16. Leclercq R, Derlot E, Duval J, Courvalin P. Plasmid-mediated resistance to vancomycin and teicoplanin in Enterococcus faecium. N Engl J Med 1988; 319(3): 157-61.
17. Vural T, Şekercioğlu AS, Öğünç D ve ark. Vankomisine dirençli Enterococcus faecium suşu. ANKEM 1999; 13(1): 1-4.
18. Rudy M, Zientara M, Bek T, Martirosian G. Occurrence of antibiotic resistant enterococci in clinical specimens from a pediatric hospital. Pol J Microbiol 2005; 54(1): 77-80.
19. Bourdan N, Fines-Guyon M, Thiolet JM, et al. Changing trends in vancomycin-resistant enterococci in French hospitals, 2001-08. J Antimicrob Chemother 2011; 66(4): 713-21.
20. DeLisle S, Perl TM. Vancomycin-resistant-enterococci: a road map on how to prevent the emergence and transmission of antimicrobial resistance. Chest 2003; 123(5 Suppl): 504-18.
21. Kilic A, Senses Z, Aydogan H, Basustaoglu A. Molecular analysis of vancomycin-resistant enterococci isola- ted from clinical samples. Mikrobiyol Bul 2006; 40(4): 295-9.
22. Akçimen B. Hastane infeksiyonlarından izole edilen vankomisin dirençli enterokokların pulsed field jel elektroforez yöntemiyle genotip tayini. Uzmanlık Tezi, 2010. Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Adana.
23. Klare I, Konstabel C, Mueller-Bertling S, et al. Spread of ampicillin/vancomycin-resistant Enterococcus faecium of the epidemic-virulent clonal complex-17 carrying the genes esp and hyl in German hospitals. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2005; 24(12): 815-25.
24. Quinones D, Kobayashi N, Nagashima S. Molecular epidemiologic analysis of Enterococcus faecalis isolates in Cuba by multilocus sequence typing. Microb Drug Resist 2009; 15(4): 287-93.
25. Valdezate S, Miranda C, Navarro A, et al. Clonal outbreak of ST17 multidrug-resistant Enterococcus faecium harbouring an Inc18-like:Tn1546 plasmid in a haemo-oncology ward of a Spanish hospital. J Antimicrob Chemother 2012; 67(4): 832-6.
26. Willems RJ, Top J, van Santen NM, et al. Global spread of vancomycin-resistant Enterococcus faecium from distinct nosocomial genetic complex. Emerg Infect Dis 2005; 11(6): 821-8.
27. Liu Y, Cao B, Gu L, Wang H. Molecular characterization of vancomycin-resistant enterococci in a Chinese hospital between 2003 and 2009. Microb Drug Resist 2011; 17(3): 449-55.
28. Kirdar S, Sener AG, Arslan U, Yurtsever SG. Molecular epidemiology of vancomycin-resistant Enterococcus faecium strains isolated from haematological malignancy patients in a research hospital in Turkey, J Med Microbiol 2010; 59(6): 660-4.
29. Ergani-Ozcan A, Naas T, Baysan BO, et al. Nosocomial outbreak of vancomycin-resistant Enterococcus faecium in a paediatric unit at a Turkish university hospital. J Antimicrob Chemother 2008; 61(5): 1033-9.

APA	Arslan U, Demir E, ORYASIN E, TÜRK DAĞI H, TUNCER İ, FINDIK D, BOZDOĞAN B (2013). Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri. , 432 - 441.
Chicago	Arslan Ugur,Demir Esra,ORYASIN ERMAN,TÜRK DAĞI HATİCE,TUNCER İnci,FINDIK Duygu,BOZDOĞAN Bülent Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri. (2013): 432 - 441.
MLA	Arslan Ugur,Demir Esra,ORYASIN ERMAN,TÜRK DAĞI HATİCE,TUNCER İnci,FINDIK Duygu,BOZDOĞAN Bülent Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri. , 2013, ss.432 - 441.
AMA	Arslan U,Demir E,ORYASIN E,TÜRK DAĞI H,TUNCER İ,FINDIK D,BOZDOĞAN B Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri. . 2013; 432 - 441.
Vancouver	Arslan U,Demir E,ORYASIN E,TÜRK DAĞI H,TUNCER İ,FINDIK D,BOZDOĞAN B Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri. . 2013; 432 - 441.
IEEE	Arslan U,Demir E,ORYASIN E,TÜRK DAĞI H,TUNCER İ,FINDIK D,BOZDOĞAN B "Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri." , ss.432 - 441, 2013.
ISNAD	Arslan, Ugur vd. "Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri". (2013), 432-441.

APA	Arslan U, Demir E, ORYASIN E, TÜRK DAĞI H, TUNCER İ, FINDIK D, BOZDOĞAN B (2013). Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri. Mikrobiyoloji Bülteni, 47(3), 432 - 441.
Chicago	Arslan Ugur,Demir Esra,ORYASIN ERMAN,TÜRK DAĞI HATİCE,TUNCER İnci,FINDIK Duygu,BOZDOĞAN Bülent Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri. Mikrobiyoloji Bülteni 47, no.3 (2013): 432 - 441.
MLA	Arslan Ugur,Demir Esra,ORYASIN ERMAN,TÜRK DAĞI HATİCE,TUNCER İnci,FINDIK Duygu,BOZDOĞAN Bülent Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.47, no.3, 2013, ss.432 - 441.
AMA	Arslan U,Demir E,ORYASIN E,TÜRK DAĞI H,TUNCER İ,FINDIK D,BOZDOĞAN B Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri. Mikrobiyoloji Bülteni. 2013; 47(3): 432 - 441.
Vancouver	Arslan U,Demir E,ORYASIN E,TÜRK DAĞI H,TUNCER İ,FINDIK D,BOZDOĞAN B Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri. Mikrobiyoloji Bülteni. 2013; 47(3): 432 - 441.
IEEE	Arslan U,Demir E,ORYASIN E,TÜRK DAĞI H,TUNCER İ,FINDIK D,BOZDOĞAN B "Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri." Mikrobiyoloji Bülteni, 47, ss.432 - 441, 2013.
ISNAD	Arslan, Ugur vd. "Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri". Mikrobiyoloji Bülteni 47/3 (2013), 432-441.