Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi

SÜRÜCÜOĞLU, Süheyla; ÖZKÜTÜK, Nuri

Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi

Nuri ÖZKÜTÜK, (Celal Bayar Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Manisa, Türkiye)

Süheyla SÜRÜCÜOĞLU (Celal Bayar Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Manisa, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

3 0

Yıl: 2014 Cilt: 48 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 223 - 232 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi

Öz:

Tüberküloz (TB) olgularını hızlı ve doğru saptamak TB kontrolü için küresel bir önceliktir. Nükleik asit amplifikasyon testleri, kısa sürede sonuç vermeleri nedeniyle tüberkülozun hızlı tanısında giderek daha yaygın olarak kullanılmaktadır. Doğrudan klinik örnekten Mycobacterium tuberculosis’i ve rifampi- sin direncini saptamaya yönelik Xpert MTB/RIF® testi (Cepheid, ABD) gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Rt-PCR) temeline dayanan ticari bir sistemdir. Bu çalışmada orta düzey TB prevalansına sahip bir bölge olan Türkiye’de Xpert MTB/RIF testinin rutin laboratuvar kullanımında akciğer ve akciğer dışı klinik örneklerden M.tuberculosis saptanmasındaki performansı araştırılmıştır. Çalışmaya 1611’i akciğer, 1028’i akciğer dışı olmak üzere toplam 2639 klinik örnek alınmıştır. Xpert MTB/RIF test sonuçları, kültür sonuçları [BACTEC MGIT 960 (Becton Dickinson, ABD) ve Löwenstein-Jensen besiyeri] ile karşılaştırılarak değerlendirilmiştir. Kültürde üreyen basillerin rifampisin duyarlılığı BACTEC MGIT 960 yöntemi ile değer- lendirilmiştir. İncelenen tüm örnekler için Xpert MTB/RIF testinin duyarlılığı %73.9, özgüllüğü %98.6, pozitif prediktif değeri %79.6, negatif prediktif değeri ise %98.1 olarak bulunmuştur. Akciğer örnekleri için bu değerler sırasıyla %80.8, %98.8, %84.9, %98.4; akciğer dışı örnekler için ise %58.2, %98.4, %66.7, %97.7 olarak belirlenmiştir. Tüm örnekler içinde mikroskobik incelemesi yayma/ARB pozitif olanlarda testin duyarlılık ve özgüllüğü sırasıyla %100, %58.1; yayma/ARB negatif örneklerde ise %39.7, %99.1 olarak bulunmuştur. Yayma/ARB pozitif akciğer örnekleri için duyarlılık %100 ve özgüllük %76.2; ARB pozitif akciğer dışı örnekler için sırasıyla %100 ve %20; ARB negatif akciğer örnekleri için %47.8 ve %99.1; ARB negatif akciğer dışı örnekler için sırasıyla %28.2 ve %99.2 olarak saptanmıştır. Mikroskobik incelemenin duyarlılık ve özgüllüğü sırasıyla tüm örnekler için %56.7 ve %98.7; akciğer örnekleri için %63.2 ve %98.6; akciğer dışı örnekler için ise %41.8 ve %99 olarak bulunmuştur. İncelenen tüm örneklerden sadece iki örnekte Xpert MTB/RIF testi ile rifampisin direnci saptanmış, bu örneklerden birinde BACTEC MGIT 960 TB yöntemi ile rifampisin direnci saptanmamıştır. Xpert MTB/RIF testinin yayma/ARB pozitif örneklerde TB tanısında güvenilir bir yöntem olduğu; özellikle akciğer dışı örnekler olmak üzere az sayıda basil içeren yayma/ARB negatif örneklerde ise duyarlılığının daha düşük olduğu görülmüştür. Ancak testin hasta örneğinin geldiği gün sonuç verdiği ve mikroskobik tanıya göre duyarlılığının daha üstün olduğu göz önüne alındığında tüberkülozun hızlı tanısında yararlı bir yöntem olduğu kanısına varılmıştır.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikroskopi Solunum Sistemi Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Enfeksiyon Hastalıkları

Evaluation of the Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of pulmonary and extrapulmonary tuberculosis in an intermediate-prevalence setting

Öz:

Early and accurate detection of tuberculosis (TB) is a global priority for TB control. In order to obtain results in a short period of time, nucleic acid amplification tests are increasingly used worldwide for the rapid diagnosis of tuberculosis. The Xpert MTB/RIF® (Cepheid, USA) is a commercially available, real-time PCR-based assay, which can detect both TB and resistance to rifampicin directly in clinical samples. The aim of this study was to evaluate the performance of Xpert MTB/RIF assay for M.tuberculosis detection in pulmonary and extrapulmonary clinical samples in routine laboratory practice in Turkey, an intermediate-prevalence setting. A total of 2639 clinical specimens, 1611 of which were pulmonary and 1028 were extrapulmonary, were included in the study. The results of Xpert MTB/RIF assay were evalu- ated by comparing the results with those obtained by culture [BACTEC MGIT 960 (Becton Dickinson, USA) and Löwenstein Jensen medium]. Overall sensitivity, specificity, positive and negative predictive values of Xpert MTB/RIF assay were determined as 73.9%, 98.6%, 79.6% and 98.1%, respectively. These values were calculated as 80.8%, 98.8%, 84.9% and 98.4% for pulmonary specimens, and 58.2%, 98.4%, 66.7% and 97.7% for extrapulmonary specimens. The sensitivity and specificity were 100% and 58.1%, respectively, for acid-fast bacilli (AFB) smear-positive specimens, 39.7% and 99.1%, respectively for smear-negative specimens. The sensitivity and specificity were 100% and 76.2% for smear-positive pulmonary specimens; 100% and 20% for smear-positive extrapulmonary specimens; 47.8% and 99.1% for smear-negative pulmonary specimens; and 28.2% and 99.2% for smear-negative extrapulmonary specimens, respectively. The sensitivity and specificity of microscopic examination were found to be 56.7% and 98.7% for all specimens; 63.2% and 98.6% for pulmonary specimens; and 41.8% and 99% for extrapulmonary specimens, respectively. Rifampicin resistance was detected by Xpert MTB/RIF assay in only two specimens, however, rifampicin resistance was failed to be detected by BACTEC MGIT 960 TB method in one of these samples. Xpert MTB/RIF assay appeared to be a reliable method for the diag- nosis of TB for AFB smear-positive samples, but less sensitive for smear-negative samples, particularly for extrapulmonary samples which include low numbers of bacilli. However, we concluded that the MTB/ RIF is a useful assay for rapid diagnosis of tuberculosis, considering that the results can be given in the same day of sample collection and the assay is superior in sensitivity than microscopic examination.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikroskopi Solunum Sistemi Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Enfeksiyon Hastalıkları

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. World Health Organization. Global Tuberculosis Report 2013. WHO, Geneva. Available at: http://apps.who. int/iris/bitstream/10665/91355/1/9789241564656_eng.pdf?ua=1
2. World Health Organization. Automated real-time nucleic acid amplification technology for rapid and simul- taneous detection of tuberculosis and rifampicin resistance: Xpert MTB/RIF system. Policy statement. 2011, Geneva. Available at: http://whqlibdoc.who.int/publications/2011/9789241501545_eng.pdf?ua=1
3. Pai M, Palamountain KM. New tuberculosis technologies: challenges for retooling and scale-up. Int J Tuberc Lung Dis 2012; 16(10): 1281-90.
4. Wilson ML. Recent advances in the laboratory detection of Mycobacterium tuberculosis complex and drug resistance. Clin Infect Dis 2011; 52(11): 1350-5.
5. Van Rie A, Page-Shipp L, Scott L, Sanne I, Stevens W. Xpert(®) MTB/RIF for point-of-care diagnosis of TB in high-HIV burden, resource-limited countries: hype or hope? Expert Rev Mol Diagn 2010; 10(7): 937-46.
6. Chang K, Lu W, Wang J, et al. Rapid and effective diagnosis of tuberculosis and rifampicin resistance with Xpert MTB/RIF assay: a meta-analysis. J Infect 2012; 64(6): 580-8.
7. Pai M, Minion J, Steingart K, Ramsay A. New and improved tuberculosis diagnostics: evidence, policy, practice, and impact. Curr Opin Pulm Med 2010; 16(3): 271-84.
8. WHO. Framework for implementing new tuberculosis diagnostics. World Health Organization, 2011, Geneva, Switzerland.
9. Zeka AN, Tasbakan S, Cavusoglu C. Evaluation of the GeneXpert MTB/RIF assay for rapid diagnosis of tuberculosis and detection of rifampin resistance in pulmonary and extrapulmonary specimens. J Clin Microbiol 2011; 49(12): 4138-41.
10. Ciftci IH, Aslan MH, Asık G. Evaluation of Xpert MTB/RIF results for the detection of Mycobacterium tuberculosis in clinical samples. Mikrobiyol Bul 2011; 45(1): 43-7.
11. Yoon C, Cattamanchi A. Utility of newer and novel tools for the diagnosis of tuberculosis. South African Respiratory Journal 2013; 18(3): 83-4.
12. WHO, Expert Group Meeting Report, 2013. The use of the XPERT MTB/RIF assay for the detection of pulmonary and extrapulmonary tuberculosis and rifampicin resistance in adults and children. World Health Organization, 2013, Geneva, Switzerland.
13. Cobelens F, van den Hof S, Pai M, Squire SB, Ramsay A, Kimerling ME; Evidence for Scale-up Group. Which new diagnostics for tuberculosis, and when? J Infect Dis 2012; 205 (Suppl 2): S191-8.
14. Williamson DA, Basu I, Bower J, Freeman JT, Henderson G, Roberts SA. An evaluation of the Xpert MTB/RIF assay and detection of false-positive rifampicin resistance in Mycobacterium tuberculosis. Diagn Microbiol Infect Dis 2012; 74(2): 207-9.
15. Lawn SD, Brooks SV, Kranzer K, et al. Screening for HIV-associated tuberculosis and rifampicin resistance before antiretroviral therapy using the Xpert MTB/RIF assay: a prospective study. PLoS Med 2011; 8(7): e1001067.
16. Kurbatova EV, Kaminski DA, Erokhin VV, et al. Performance of Cepheid ® Xpert MTB/RIF ® and TB-Biochip ® MDR in two regions of Russia with a high prevalence of drug-resistant tuberculosis. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2013; 32(6):735-43.
17. Boehme CC, Nabeta P, Hillemann D, et al. Rapid molecular detection of tuberculosis and rifampin resistance. N Engl J Med 2010; 363(11): 1005-15.
18. Helb D, Jones M, Story E, et al. Rapid detection of Mycobacterium tuberculosis and rifampin resistance by use of on-demand, near-patient technology. J Clin Microbiol 2010; 48(1): 229-37.
19. Lee HY, Seong MW, Park SS, et al. Diagnostic accuracy of Xpert® MTB/RIF on bronchoscopy specimens in patients with suspected pulmonary tuberculosis. Int J Tuberc Lung Dis 2013; 17(7): 917-21.
20. Tortoli E, Russo C, Piersimoni C, et al. Clinical validation of Xpert MTB/RIF for the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis. Eur Respir J 2012; 40(2): 442-7.
21. Bates M, O’Grady J, Maeurer M, et al. Assessment of the Xpert MTB/RIF assay for diagnosis of tuberculosis with gastric lavage aspirates in children in sub-Saharan Africa: a prospective descriptive study. Lancet Infect Dis 2013; 13(1): 36-42.
22. Moure R, Martin R, Alcaidea F. Effectiveness of an integrated real-time PCR method for detection of the Mycobacterium tuberculosis complex in smear-negative extrapulmonary samples in an area of low tuberculosis prevalence. J Clin Microbiol 2012; 50(2): 513-5.
23. Patel VB, Theron G, Lenders L, et al. Diagnostic accuracy of quantitative PCR (XPERT MTB/RIF) for tuberculous meningitis in a high burden setting: a prospective study. PLoS Med 2013; 10(10): e1001536.
24. Drobniewski F, Nikolayevskyy V, Balabanova Y, Bang D, Papaventsis D. Diagnosis of tuberculosis and drug resistance: what can new tools bring us? Int J Tuberc Lung Dis 2012; 16(7): 860-70.

APA	ÖZKÜTÜK N, SÜRÜCÜOĞLU S (2014). Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi. , 223 - 232.
Chicago	ÖZKÜTÜK Nuri,SÜRÜCÜOĞLU Süheyla Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi. (2014): 223 - 232.
MLA	ÖZKÜTÜK Nuri,SÜRÜCÜOĞLU Süheyla Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi. , 2014, ss.223 - 232.
AMA	ÖZKÜTÜK N,SÜRÜCÜOĞLU S Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi. . 2014; 223 - 232.
Vancouver	ÖZKÜTÜK N,SÜRÜCÜOĞLU S Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi. . 2014; 223 - 232.
IEEE	ÖZKÜTÜK N,SÜRÜCÜOĞLU S "Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi." , ss.223 - 232, 2014.
ISNAD	ÖZKÜTÜK, Nuri - SÜRÜCÜOĞLU, Süheyla. "Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi". (2014), 223-232.

APA	ÖZKÜTÜK N, SÜRÜCÜOĞLU S (2014). Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 48(2), 223 - 232.
Chicago	ÖZKÜTÜK Nuri,SÜRÜCÜOĞLU Süheyla Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 48, no.2 (2014): 223 - 232.
MLA	ÖZKÜTÜK Nuri,SÜRÜCÜOĞLU Süheyla Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.48, no.2, 2014, ss.223 - 232.
AMA	ÖZKÜTÜK N,SÜRÜCÜOĞLU S Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2014; 48(2): 223 - 232.
Vancouver	ÖZKÜTÜK N,SÜRÜCÜOĞLU S Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2014; 48(2): 223 - 232.
IEEE	ÖZKÜTÜK N,SÜRÜCÜOĞLU S "Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 48, ss.223 - 232, 2014.
ISNAD	ÖZKÜTÜK, Nuri - SÜRÜCÜOĞLU, Süheyla. "Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 48/2 (2014), 223-232.