Yıl: 2013 Cilt: 47 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 717 - 721 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron

Öz:
İnsan bağırsak mikrobiyotasının önemli bir kısmını oluşturan Bacteroides türleri, ağır batın içi enfeksiyonları, cerrahi yara enfeksiyonları ve bakteriyemiye neden olabilirler. Ayrıca bu bakteriler, diğer anaerop bakterilere göre antibiyotiklere daha fazla dirençlidirler. Karbapenemler, beta-laktam/beta-laktamaz inhibitörleri ve nitroimidazol gibi sınırlı sayıda antibiyotikler Bacteroides türlerinin eliminasyonunda etkilidirler. Ancak son zamanlarda bazı ülkelerde nadiren de olsa nitroimidazollere dirençli Bacteroides kökenleri bildirilmiştir. Metronidazole direnç mekanizmasının çoğunda nim genleri (nim A-G) suçlanmaktadır. Bu raporda, kan kültüründen izole edilen metronidazole dirençli bir Bacteroides thetaiotaomicron kökeni bildirilmektedir. Pankreas başı adenokarsinomu tanısı alan 62 yaşındaki erkek hastanın cerrahi girişim sonrası 5. günde, kan kültüründen gram-negatif zorunlu anaerop bir çomak izole edilmiştir. Geleneksel testler ve ticari biyokimyasal kitler kullanılarak köken, B.thetaiotaomicron olarak tanımlanmıştır. İzolatın antimikrobiyal duyarlılık paterni agar dilüsyon yöntemiyle belirlenmiştir. Direnç genleri, nim genine özgül primer çiftleri kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile araştırılmıştır. Saflaştırılan PCR ürünü dizilenmiş ve GenBank’da bulunan dizilerle karşılaştırılarak analizi yapılmıştır. Metronidazolün MİK değeri 16 mg/L olarak tespit edilmiştir. Köken CLSI kriterlerine göre ara değerde (intermediate) olmakla beraber, EUCAST kriterlerine göre dirençli (> 4 mg/L) bulunmuştur. Bakteride nim geni saptanmış; yapılan dizi analizinde, PCR ürününün nimE geni (emb|AM042593.1|) ile %100 benzer olduğu görülmüştür. Diğer yandan izolat, karbapenemlere ve sulbaktam-ampisiline duyarlı bulunmuştur. Sulbaktam-ampisilin ile tedavi edilen hastanın ateşi 24 saat sonra düşmüştür. Klinik durumunda kayda değer bir düzelme olan hasta 8. günde taburcu edilmiştir. Operasyon sonrası altı ay süreyle onkoloji polikliniğinde takip edilen hasta, hastalığın progresi nedeniyle kaybedilmiştir. Anaerop bakterilere bağlı bakteriyemilerde mortalite oranının yüksek olması nedeniyle, tanının hızlı yapılması ve uygun tedavinin verilmesi hayati önem taşır. Çalışmalar, Bacteroides türlerine bağlı bakteriyemilerde, hastaya, bakterinin duyarlı olmadığı antibiyotiklerin verilmesi halinde olumsuz sonuçların alınacağını göstermiştir. Bu olguda, metronidazole dirençli mikroorganizma, CLSI breakpoint değerlerine göre duyarlı bildirilebilir, buna bağlı olarak da klinik yanıtsızlık görülebilirdi. Dolayısıyla Bacteroides türleri için antibiyotik duyarlılık sonuçlarının, EUCAST MİK değerleriyle yorumlanması daha akılcı gözükmektedir.
Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

The first Metronidazole-resistant Bacteroides species isolated at Marmara University hospital: Bacteroides thetaiotaomicron

Öz:
Bacteroides species, the predominant constituents of the human intestinal microbiota can cause serious intraabdominal and postoperative wound infections and bacteremia. Moreover, these bacteria are more resistant to antimicrobial agents than the other anaerobes. The limited number of the antimicrobials, such as carbapenems, beta-lactam/beta-lactamase inhibitors and nitroimidazoles are highly effective in eliminating Bacteroides. However, a few metronidazole-resistant isolates have been reported from several countries recently. The nim genes (nim A-G) are suggested to be responsible for the majority of the metronidazole resistance. Here, we describe a metronidazole-resistant Bacteroides thetaiotaomicron isolated from a blood culture. A gram-negative obligate anaerobic rod was isolated from the postoperative 5th day blood culture of a 62-year-old male patient with adenocarcinoma of the pancreas head. The strain was identified as B.thetaiotaomicron by using a combination of conventional tests and commercially available biochemical kits. Antimicrobial susceptibility testing was performed by agar dilution method. The resistance genes were investigated by means of PCR using specific primer pairs for nim gene. The purified PCR product was sequenced and analyzed by comparison of the consensus sequences with GenBank sequences. The MIC for metronidazole was 16 mg/L. Although the strain was intermediate according the CLSI criteria, it was resistant (> 4 mg/L) according to EUCAST criteria. The isolate was nim gene positive, and nucleotide sequencing of the PCR product shared 100% similarity with nimE gene (emb|AM042593.1|). On the other hand the isolate was susceptible to carbapenems and sulbactam-ampicillin. Following administration of ampicillin-sulbactam, the patient’s fever disappeared after 24 hours. The clinical condition improved considerably and he was discharged at day 8. The patient was followed up at the medical oncology clinic; however he died due to disease progression six months after surgery. Since anaerobic bacteremia is associated with high mortality rate, prompt diagnosis and proper management are critical. The studies on Bacteroides bacteremia have revealed adverse outcomes in patients receiving antibiotics to which the bacterium was resistant. In the present case, the metronidazole-resistant organism would be reported as susceptible according to CLSI breakpoint value and on account of this result the treatment might lead to clinical failure. Therefore EUCAST MIC values seem to be more rational in case of Bacteroides antibiotic susceptibility testing.
Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji
Belge Türü: Makale Makale Türü: Olgu Sunumu Erişim Türü: Bibliyografik
  • 1. Finegold SM. Anaerobic bacteria: General concepts, pp: 2519-75. In: Mandell GL, Bennett JE, Dolin R (eds), Principles and Practice of Infectious Diseases. 2005, 5th ed. Churchill Livingstone, Philadelphia.
  • 2. Hecht DW. Prevalence of antibiotic resistance in anaerobic bacteria: worrisome developments. Clin Infect Dis 2004; 39(1): 92-7.
  • 3. Snydman DR, Jacobus NV, McDermott LA, et al. Update on resistance of Bacteroides fragilis group and re- lated species with special attention to carbapenems 2006-2009. Anaerobe 2011; 17(4): 147-51.
  • 4. Sherwood JE, Fraser S, Citron DM, et al. Multi-drug resistant Bacteroides fragilis recovered from blood and severe leg wounds caused by an improvised explosive device (IED) in Afghanistan. Anaerobe 2011; 17(4): 152-5.
  • 5. Nagy E, Urbán E, Nord CE; ESCMID Study Group on Antimicrobial Resistance in Anaerobic Bacteria. Antimicrobial susceptibility of Bacteroides fragilis group isolates in Europe: 20 years of experience. Clin Micro- biol Infect 2011; 17(3): 371-9.
  • 6. Clinical and Laboratory Standards Institute. Methods for antimicrobial susceptibility testing of anaerobic bacteria. Approved Standard, M11-A7. 2007, 7th ed. CLSI, Wayne, PA.
  • 7. Trinh S, Reysset G. Detection by PCR of the nim genes encoding 5-nitroimidazole resistance in Bacteroides spp. J Clin Microbiol 1996; 34(9): 2078-84.
  • 8. Benson DA, Boguski MS, Lipman DJ, Ostell J. GenBank. Nucleic Acids Res 1997; 25(1): 1-6.
  • 9. Mamal Torun M, Bahar H, Yüksel P. Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Bacteroides fragilis grubu bakterilerin antimikrobiklere direnç durumları ve beta-laktamaz aktiviteleri. ANKEM 2000; 14(1): 104-10.
  • 10. Erciş S, Tunçkanat F, Hasçelik G. Klinik örneklerden izole edilen anaerop gram-negatif basillerin çeşitli antibiyotiklere direnç durumları. XXXI Türk Mikrobiyoloji Kongresi, 19-23 Eylül 2004, Kuşadası, Aydın. Kongre Kitabı, Poster No: 036.
  • 11. Löfmark S, Edlund C, Nord CE. Metronidazole is still the drug of choice for treatment of anaerobic infections. Clin Infect Dis 2010; 50(Suppl 1): S16-23.
  • 12. Stubbs SL, Brazier JS, Talbot PR, Duerden BI. PCR-restriction fragment length polymorphism analysis for identification of Bacteroides spp. and characterization of nitroimidazole resistance genes. J Clin Microbiol 2000; 38(9): 3209-13.
  • 13. Sóki J, Eitel Z, Urbán E, Nagy E; ESCMID Study Group on Anaerobic Infections. Molecular analysis of the carbapenem and metronidazole resistance mechanisms of Bacteroides strains reported in a Europe-wide antibiotic resistance survey. Int J Antimicrob Agents 2013; 41(2): 122-5.
  • 14. Sóki J, Gal M, Brazier JS, et al. Molecular investigation of genetic elements contributing to metronidazole resistance in Bacteroides strains. J Antimicrob Chemother 2006; 57(2): 212-20.
  • 15. Nguyen MH, Yu VL, Morris AJ, et al. Antimicrobial resistance and clinical outcome of Bacteroides bacteraemia: findings of a multicenter prospective observational trial. Clin Infect Dis 2000; 30(6): 870-6.
APA ÜLGER TOPRAK N, Sayın E, Dane F, SÖYLETİR G (2013). Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron. , 717 - 721.
Chicago ÜLGER TOPRAK Nurver,Sayın Elvan,Dane Faysal,SÖYLETİR Güner Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron. (2013): 717 - 721.
MLA ÜLGER TOPRAK Nurver,Sayın Elvan,Dane Faysal,SÖYLETİR Güner Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron. , 2013, ss.717 - 721.
AMA ÜLGER TOPRAK N,Sayın E,Dane F,SÖYLETİR G Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron. . 2013; 717 - 721.
Vancouver ÜLGER TOPRAK N,Sayın E,Dane F,SÖYLETİR G Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron. . 2013; 717 - 721.
IEEE ÜLGER TOPRAK N,Sayın E,Dane F,SÖYLETİR G "Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron." , ss.717 - 721, 2013.
ISNAD ÜLGER TOPRAK, Nurver vd. "Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron". (2013), 717-721.
APA ÜLGER TOPRAK N, Sayın E, Dane F, SÖYLETİR G (2013). Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron. Mikrobiyoloji Bülteni, 47(4), 717 - 721.
Chicago ÜLGER TOPRAK Nurver,Sayın Elvan,Dane Faysal,SÖYLETİR Güner Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron. Mikrobiyoloji Bülteni 47, no.4 (2013): 717 - 721.
MLA ÜLGER TOPRAK Nurver,Sayın Elvan,Dane Faysal,SÖYLETİR Güner Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.47, no.4, 2013, ss.717 - 721.
AMA ÜLGER TOPRAK N,Sayın E,Dane F,SÖYLETİR G Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron. Mikrobiyoloji Bülteni. 2013; 47(4): 717 - 721.
Vancouver ÜLGER TOPRAK N,Sayın E,Dane F,SÖYLETİR G Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron. Mikrobiyoloji Bülteni. 2013; 47(4): 717 - 721.
IEEE ÜLGER TOPRAK N,Sayın E,Dane F,SÖYLETİR G "Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron." Mikrobiyoloji Bülteni, 47, ss.717 - 721, 2013.
ISNAD ÜLGER TOPRAK, Nurver vd. "Marmara Üniversitesi hastanesi’nde izole edilen ilk Metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron". Mikrobiyoloji Bülteni 47/4 (2013), 717-721.