Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması

ESER KÖSEOĞLU, Özgen; BULUT, CEMAL; HATİPOĞLU ATAMAN, Çiğdem; ALTUN ULUDAĞ, Hatice; DEMİRÖZ, Ali Pekcan

Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması

Hatice ALTUN ULUDAĞ, (Turgut Özal Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Çiğdem HATİPOĞLU ATAMAN, (Sağlık Bakanlığı, Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği, Ankara, Türkiye)

Cemal BULUT, (Sağlık Bakanlığı, Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği, Ankara, Türkiye)

Özgen ESER KÖSEOĞLU, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Ali Pekcan DEMİRÖZ (Sağlık Bakanlığı, Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği, Ankara, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

5 0

Yıl: 2014 Cilt: 48 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 538 - 544 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması

Öz:

Vankomisine dirençli enterokoklar (VRE), tüm dünyada önemli hastane enfeksiyonu etkenlerinden biridir. VRE kolonizasyonunun erken tespit edilebilmesi, oluşabilecek hastane enfeksiyonlarının kontrolün- de önemlidir. Bu çalışmada, VRE kolonizasyonunun tespitinde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Rt-PCR) ile kültür yönteminin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Ocak 2013-Eylül 2013 tarihleri arasında hastanemizin yoğun bakım üniteleri (YBÜ)’nde yatmakta olan hastalardan (142’si dahili, 68’i cerrahi YBÜ) alınan 210 perirektal sürüntü örneği dahil edilmiştir. Örnekler eşzamanlı olarak Rt-PCR (GeneXpert® vanA/vanB, Cepheid, ABD) ve kültür yöntemiyle değerlendirilmiştir. Kültür için örnekler enterokokosel agar besiyerine ekilerek 37oC’de inkübe edilmiş; kültürdeki üremeler üç gün boyunca gün- lük olarak değerlendirilmiştir. Üreyen koloniler konvansiyonel yöntemler ve otomatize Vitek 2.0 sistemi (BioMérieux, Fransa) kullanılarak tanımlanmıştır. İzolatların direnç durumu E-test (BioMérieux, Fransa) ile doğrulanmıştır. PCR yöntemi ile örneklerin 76 (%36.1)’sında VRE saptanmış; 70’i vanA, ikisi vanB ve dördü vanA + vanB pozitif olarak tespit edilmiştir. Kültür yöntemi ile aynı örneklerin 71 (%33.8)’inden VRE izolasyonu yapılmıştır. Yetmiş bir örneğin 39’unda birinci, 29’unda ikinci, üçünde ise üçüncü gün üreme izlenmiştir. PCR ile vanB pozitif tespit edilen iki örnek, kültürde üreyen kolonilerin Vitek 2 cihazı ile değerlendirilmesi sonucu vankomisine duyarlı enterokok olarak tanımlanmıştır. Enterokokosel agarda üreyen kolonilerin Vitek 2 ile değerlendirilmesi sonucu, vankomisine duyarlı enterokok olarak tanımlanan iki örnek PCR ile vanB pozitif tespit edilmiştir. Ancak bu örnekler E-test ile VRE olarak doğrulanmış ve PCR ile alınan sonucun doğru olduğuna karar verilmiştir. PCR ile iki kez çalışılmasına rağmen sonuç alı- namayan (invalid) bir örnek kültür sonucunda negatif olarak saptanmıştır. Kültür ile negatif bulunan yedi örnekten beşi GeneXpert® ile vanA, ikisi vanB olarak tespit edilmiştir. Çalışmamızda GeneXpert® vanA/ vanB PCR sisteminin duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif prediktif değerleri sırasıyla %97.4, %98.4, %97.4 ve %97.4 olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak, GeneXpert® vanA/vanB PCR yöntemi, kısa sürede sonuç alınabilmesi yönünden kültür yöntemine göre giderek daha cazip görünmekle birlikte, maliyetinin yüksek olması nedeniyle, her laboratuvarın kendi imkanlarına göre en uygun yöntemi seçmesi gerektiği düşünülmüştür.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikroskopi Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Comparison of GeneXpert® vanA/vanB PCR system and culture methods in the surveillance of vancomycin-resistant enterococci

Öz:

Vancomycin-resistant enterococci (VRE) are important agents of hospital infections worldwide. Early recognition of VRE colonization is important in the control of hospital infections. The aim of this study was to compare a real-time PCR (Rt-PCR) system and culture methods in the detection of VRE colonizati- on. A total of 210 perirectal swab samples obtained from the patients (142 were in internal and 68 were in surgical intensive care units) hospitalized at Ankara Training and Research Hospital, Turkey between January-September 2013 were included in the study. The samples were simultaneously evaluated with both Rt-PCR (GeneXpert®vanA/vanB, Cepheid, USA) and the culture methods. The samples were culti- vated in enterococcosel agar and incubated at 370C for culture. Culture plates were evaluated for three days on a daily basis. Bacterial identification was done by conventional methods and automated Vitek 2.0 system (BioMérieux, France). Antibiotic susceptibility testing was performed by the E-test. VRE was detected in 76 (36.1%) of the samples by the Rt-PCR method; of them 70 were positive for vanA, two for vanB, and four for vanA + vanB. On the other hand, VRE was detected in 71 (33.8%) of the samples by the culture method. Out of 71 samples, colony growth was observed on the first day in 39 cases, on the second day in 29 cases, and on the third day in three cases. The two strains identified as vancomycin- sensitive enterococci by the Vitek 2 Compact system were determined as vanB positive by PCR. These samples were also confirmed as VRE by E-test. The PCR result of a sample which was found to be invalid, also yielded negative result by culture. Five out of the seven culture-negative samples were positive for vanA, and two for vanB by the GeneXpert® system. In our study, the sensitivity, specificity, positive and negative predictive values of the GeneXpert vanA/vanB PCR system were determined as 97.4%, 98.4%, 97.4%, and 97.4%, respectively. Although the GeneXpert® vanA/vanB RT-PCR method seems to be more attractive regarding the turn around time, it has a higher cost than the culture method. Thus, it was concluded that all laboratories should choose the most appropriate method for screening VRE in the hospital setting according to their own capacities.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikroskopi Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Leclercq R, Derlot E, Duval J, Courvalin P. Plasmid-mediated resistance to vancomycin and teicoplanin in Enterococcus faecium. N Engl J Med 1988; 319(3): 157-61.
2. Zirakzadeh A, Patel R. Vancomycin-resistant enterococci: colonization, infection, detection, and treatment. Mayo Clin Proc 2006; 81(4): 529-36.
3. Noble WC, Virani Z, Cree RG. Co-transfer of vancomycin and other resistance genes from Enterococcus faecalis NCTC 12201 to Staphylococcus aureus. FEMS Microbiol Lett 1992; 72(2): 195-8.
4. Yagci S, Ataman Hatipoglu C, Altun Ş, et al. Evaluation of GeneXpert vanA/vanB assay for the detection of vancomycin-resistant enterococci in patients newly admitted to intensive care units. Turk J Med Sci 2013; 43(6): 1008-12.
5. Marner ES, Wolk DM, Carr J, et al. Diagnostic accuracy of the Cepheid GeneXpert vanA/vanB assay ver. 1.0 to detect the vanA and vanB vancomycin resistance genes in Enterococcus from perianal specimens. Diagn Microbiol Infect Dis 2011; 69(4): 382-9.
6. Bartlett JG, Gilbert DN, Spellberg B. Seven ways to preserve the miracle of antibiotics. Clin Infect Dis 2013; 56(10): 1445-60.
7. Boehme CC, Nabeta P, Hillemann D, et al. Rapid molecular detection of tuberculosis and rifampin resistance. N Engl J Med 2010; 363(11): 1005-15.
8. Gazin M, Lammens C, Goossens H, et al. Evaluation of GeneOhm VanR and Xpert vanA/vanB molecular as- says for the rapid detection of vancomycin-resistant enterococci. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2011; 31(3): 273-6.
9. Esen Ş, Yıldız İE, Güney AK, Günaydın M. Cepheid Xpert vanA/vanB testinin rektal örneklerde vankomisin- dirençli enterokokların hızlı tespiti için değerlendirilmesi. 4. EKMUD Kongresi, 9-12 Mayıs 2012, İstanbul. Kongre Kitabı, s: 189, PS-078.
10. Durmaz S, Erçal BD, Alp E, Perçin D. Rektal sürüntü örneklerinde vankomisine dirençli enterekok saptanmasında GenXpert vanA/vanB rep-PCR yöntemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması. 6. Ulusal Tanısal ve Moleküler Mikrobiyoloji Kongresi, 15-19 Haziran 2010, Ankara. Kongre Kitabı, s: 144, P1-9.
11. Bourdon N, Berenger R, Lepoultier R, et al. Rapid detection of vancomycin-resistant enterococci from rectal swabs by the Cepheid Xpert vanA/vanB assay. Diagn Microbiol Infect Dis 2010; 67(3): 291-3.
12. Patel R, Uhl JR, Kohner P, Hopkins MK, Cockerill FR III. Multiplex PCR detection of vanA, vanB, vanC-1, and vanC-2/3 genes in enterococci. J Clin Microbiol 1997; 35(3): 703-7.
13. Palladino S, Kay ID, Flexman JP, et al. Rapid detection of vanA and vanB genes directly from clinical specimens and enrichment broths by real-time multiplex PCR assay. J Clin Microbiol 2003; 41(6): 2483-6.
14. Satake S, Clark N, Rimland D, Nolte FS, Tenover FC. Detection of vancomycin-resistant enterococci in fecal samples by PCR. J Clin Microbiol 1997; 35(9): 2325-30.
15. Paule SM, Trick WE, Tenover FC, et al. Comparison of PCR assay to culture for surveillance detection of vancomycin-resistant enterococci. J Clin Microbiol 2003; 41(10): 4805-7.
16. Sloan LM, Uhl JR, Vetter EA, et al. Comparison of the Roche LightCycler vanA/vanB detection assay and culture for detection of vancomycin resistant enterococci from perianal swabs. J Clin Microbiol 2004; 42(6): 2636-43.
17. Koh TH, Deepak RN, Se-Thoe SY, Lin RV, Koay ES. Experience with the Roche LightCycler VRE detection kit during a large outbreak of vanB2/B3 vancomycin-resistant Enterococcus faecium. J Antimicrob Chemother 2007; 60(1): 182-3.
18. Ballard SA, Grabsch EA, Johnson PDR, Grayson ML. Comparison of three PCR primer sets for identification of vanB gene carriage in feces and correlation with carriage of vancomycin-resistant enterococci: interference by vanB-containing anaerobic bacilli. Antimicrob Agents Chemother 2005; 49(1): 77-81.
19. Al-Mohri HA, Tadros MA, Louie L, Vearncombe M, Simor AE. Utility of direct, real-time PCR in the management of a nosocomial outbreak of vancomycin-resistant Enterococcus faecium (vanB genotype). Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2008; 27(4): 321-2.
20. Mak A, Miller MA, Chong G, Monczak Y. Comparison of PCR and culture for screening of vancomycin-resis- tant enterococci: highly disparate results for vanA and vanB. J Clin Microbiol 2009; 47(12): 4136-7.
21. Altun D, Erdem G, Çöplü N, Çağatay M. Klinik örneklerden izole edilen enterekok suşlarının tür düzeyinde tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının çeşitli yöntemlerle araştırılması. ANKEM 2013; 27(3): 130-4.
22. Garcia-Garrote F, Cercenado E, Bouza E. Evaluation of a new system, VITEK 2, for identification and antimic- robial susceptibility testing of enterococci. J Clin Microbiol 2000; 38(6): 2108-11.
23. Abele-Horn M, Hommers L, Trabold R, Frosch M. Validation of VITEK 2 version 4.01 software for detection, identification, and classification of glycopeptide-resistant enterococci. J Clin Microbiol 2006; 44(1): 71-6.
24. Babady NE, Gilhuley K, Cianciminio-Bordelon D, Tang YW. Performance characteristics of the Cepheid Xpert vanA assay for rapid identification of patients at high risk for carriage of vancomycin-resistant Enterococci. J Clin Microbiol 2012; 50(11): 3659-63.

APA	ALTUN ULUDAĞ H, HATİPOĞLU ATAMAN Ç, BULUT C, ESER KÖSEOĞLU Ö, DEMİRÖZ A (2014). Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması. , 538 - 544.
Chicago	ALTUN ULUDAĞ Hatice,HATİPOĞLU ATAMAN Çiğdem,BULUT CEMAL,ESER KÖSEOĞLU Özgen,DEMİRÖZ Ali Pekcan Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması. (2014): 538 - 544.
MLA	ALTUN ULUDAĞ Hatice,HATİPOĞLU ATAMAN Çiğdem,BULUT CEMAL,ESER KÖSEOĞLU Özgen,DEMİRÖZ Ali Pekcan Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması. , 2014, ss.538 - 544.
AMA	ALTUN ULUDAĞ H,HATİPOĞLU ATAMAN Ç,BULUT C,ESER KÖSEOĞLU Ö,DEMİRÖZ A Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması. . 2014; 538 - 544.
Vancouver	ALTUN ULUDAĞ H,HATİPOĞLU ATAMAN Ç,BULUT C,ESER KÖSEOĞLU Ö,DEMİRÖZ A Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması. . 2014; 538 - 544.
IEEE	ALTUN ULUDAĞ H,HATİPOĞLU ATAMAN Ç,BULUT C,ESER KÖSEOĞLU Ö,DEMİRÖZ A "Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması." , ss.538 - 544, 2014.
ISNAD	ALTUN ULUDAĞ, Hatice vd. "Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması". (2014), 538-544.

APA	ALTUN ULUDAĞ H, HATİPOĞLU ATAMAN Ç, BULUT C, ESER KÖSEOĞLU Ö, DEMİRÖZ A (2014). Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, 48(4), 538 - 544.
Chicago	ALTUN ULUDAĞ Hatice,HATİPOĞLU ATAMAN Çiğdem,BULUT CEMAL,ESER KÖSEOĞLU Özgen,DEMİRÖZ Ali Pekcan Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni 48, no.4 (2014): 538 - 544.
MLA	ALTUN ULUDAĞ Hatice,HATİPOĞLU ATAMAN Çiğdem,BULUT CEMAL,ESER KÖSEOĞLU Özgen,DEMİRÖZ Ali Pekcan Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.48, no.4, 2014, ss.538 - 544.
AMA	ALTUN ULUDAĞ H,HATİPOĞLU ATAMAN Ç,BULUT C,ESER KÖSEOĞLU Ö,DEMİRÖZ A Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2014; 48(4): 538 - 544.
Vancouver	ALTUN ULUDAĞ H,HATİPOĞLU ATAMAN Ç,BULUT C,ESER KÖSEOĞLU Ö,DEMİRÖZ A Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2014; 48(4): 538 - 544.
IEEE	ALTUN ULUDAĞ H,HATİPOĞLU ATAMAN Ç,BULUT C,ESER KÖSEOĞLU Ö,DEMİRÖZ A "Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması." Mikrobiyoloji Bülteni, 48, ss.538 - 544, 2014.
ISNAD	ALTUN ULUDAĞ, Hatice vd. "Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması". Mikrobiyoloji Bülteni 48/4 (2014), 538-544.