Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması

YALÇINKAYA, KEZBAN TÜLAY; köse, şükran

Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması

KEZBAN TÜLAY YALÇINKAYA, (Türkiye Halk Sağlığı Kurumu, Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Daire Başkanlığı, Ankara, Türkiye)

Şükran KÖSE (Sağlık Bakanlığı, Tepecik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği, İzmir, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

73 0

Yıl: 2014 Cilt: 48 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 585 - 595 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması

Öz:

İlk AIDS olgusunun 1985 yılında bildirildiği ülkemizde, 2013 Haziran sonu itibariyle Sağlık Bakanlığı tarafından rapor edilen toplam HIV pozitif ve AIDS’li olgu sayısı 6802’dir. Kombine antiretroviral ilaç tedavisi, hastaların yaşam süresi ve kalitesini büyük ölçüde iyileştirmesine rağmen, HIV-1 ilaç direnci etkin bir tedavi için önemli bir engel teşkil etmektedir. Bu çalışmada, antiretroviral ilaç kullanmamış HIV-1 enfeksiyonu olan kişilerde primer ilaç direncinin saptanması hedeflenmiştir. Çalışmada, Mart 2010-Nisan 2014 döneminde rutin olarak direnç testi yapılmak üzere, ülkemizin farklı illerinden (Ankara: 64; Adana: 42; İstanbul: 20; Antalya: 13; Gaziantep: 11; Erzurum: 5; Elazığ: 3; Malatya: 3; Mersin: 3 ve diğer 21 ilden 26 örnek) Türkiye Halk Sağlığı Kurumu AIDS Doğrulama Merkezine gönderilen 190 olguya ait (28 kadın, 143 erkek, 19 bilinmeyen; yaş aralığı: 20-72 yıl, ortalama yaş: 34.7 yıl) plazma örneği incelenmiştir. Virusun pol geninin proteaz enzimini kodlayan kısmının tamamı ile ters transkriptaz (RT) enzimini kodlayan genin ilk 335 kodonluk kısmına ait nükleotid dizileri, ticari test kiti (ViroSeq, Abbott/ Celera Diagnostics, ABD) kullanılarak Sanger popülasyon bazlı dizileme yöntemiyle belirlenmiştir. Ticari test kitiyle sonuç alınamadığı durumlarda farklı primer çiftlerinin kullanıldığı “in-house” PCR yöntemiyle çalışılmıştır. Primer ilaç direnci mutasyonları Dünya Sağlık Örgütü 2009 yılı ilaç direnci sürveyans listesine göre tanımlanmıştır. Örneklerde ortalama HIV-RNA düzeyi 5.07 (aralık: 2.09-7.67) log10 kopya/ml, CD4+ T hücre sayısı 280.3 (aralık: 0-1000) hücre/mm3 olarak saptanmıştır. HIV enfeksiyonu tanısının konulmasıyla HIV-1 ilaç direnci testi yapılması arasında geçen süre ortalama 18.4 (aralık: 0-973) haftadır. İncelenen örneklerde en sık saptanan alttipler; alttip B (%31); rekombinant B, F1 (%24.7); alt-alt tip A1 (%16.8); rekombinant B/CRF02_AG (%10.5) ve CRF02_AG (%7.9) olarak belirlenmiştir. Yapılan analizlerde örneklerin %10 (19/190)’unda mutasyon saptanmıştır. Bunlar; NRTİ (nükleozid RT inhibitörü) direncinden sorumlu M41L, K70E, M184V, L210W, T215C/D/S; NNRTİ (nonnükleozid RT inhibitörü) direncinden sorumlu K103N/S, Y181C ve Pİ (proteaz inhibitörü) direncinden sorumlu M46L, L90M olarak izlenmiştir. Örneklerin %5.2’sinde NRTİ, %3.1’inde NNRTİ ve %2.1’inde Pİ mutasyonu bulunmuştur. Bir örnekte hem NRTİ hem de NNRTİ mutasyonu, beş örnekte ise NRTİ direncine neden olan iki mutasyon birlikte saptanmıştır. Primer direnç mutasyonunun saptandığı toplam 19 suşun yedisi Ankara, üçü Adana, ikişer adedi İstanbul, Erzurum ve Mersin, birer adedi ise Amasya, Samsun ve Tokat illerinden gönderilen örneklerden izole edilmiştir. Primer ilaç direnci saptanan ve saptanmayan olgular arasında yaş, cinsiyet, CD4+ T hücre sayısı ve tanı ile direnç testi arasında geçen süre açısından istatistiksel olarak anlamlı farklılık saptanmamıştır (p> 0.05). Buna karşın, primer ilaç direncinin saptandığı gruptaki ortalama HIV-RNA düzeyi [4.77 (2.95-6.87) log10 kopya/ml], saptanmayan gruba göre [5.11 (2.09-7.67) log10 kopya/ml] anlamlı düzeyde düşük bulunmuştur (p= 0.043). Sonuç olarak, HIV-1 primer ilaç direnci oranının görece olarak yüksek olduğu (%10) ve hastalarda antiretroviral tedaviye başlamadan önce ilaç direnci mutasyonlarının araştırılmasının yol gösterici olacağı kanısına varılmıştır.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Viroloji Enfeksiyon Hastalıkları Farmakoloji ve Eczacılık

Investigation of HIV-1 primary drug resistance mutations in antiretroviral therapy-naive cases

Öz:

Following the report of the first AIDS case in Turkey in 1985, the total number of HIV-positive and AIDS cases is 6802 near the end of June 2013, according to the data obtained from the Turkish Ministry of Health. Although combined antiretroviral drug therapy has greatly improved the life-span and the life quality of the patients, HIV-1 drug resistance poses a major obstacle for treatment outcome. The aim of this study was to detect the presence of primary drug resistance in antiretroviral therapy-naive cases. Plasma samples obtained from 190 cases (143 male, 28 female, 19 unknown; age range: 20-72 yrs; mean age: 34.7 yrs) sent to AIDS Confirmation Center of Turkish Public Health Institution, from different provinces of Turkey (Ankara: 64; Adana: 42; Istanbul: 20; Antalya: 13; Gaziantep: 11; Erzurum: 5; Elazig: 3; Malatya: 3; Mersin: 3; and 26 samples from other 21 regions) for routine HIV-1 genotyp- ing test between May 2010-April 2014 period were included in the study. In viral pol gene, complete protease encoding sequence and the first 335 codons of reverse transcriptase (RT) encoding sequence were analyzed by Sanger population-based sequencing method with a commercial test kit (ViroSeq, Abbott/Celera Diagnostics, USA). An alternative in house PCR method with different set of primers was used when the commercial test failed. Primary drug resistance mutations were identified according to the WHO 2009 drug resistance surveillance list. The mean HIV-RNA level at the time of resistance test- ing was 5.07 (range, 2.09-7.67) log10 copies/ml and the median CD4+ T cell count was 280.3 (range, 0-1000) cells/mm3. The period between the diagnosis of HIV infection and HIV-1 drug resistance test was 18.4 (range, 0-973) weeks. Most prevalent HIV-1 subtypes were subtype B (31%); recombinant B, F1 (24.7%), sub-subtype A1 (16.8%), recombinant B/CRF02_AG (10.5%) and CRF02_G (7.8%). Analysis of our results showed that 10% (19/190) of the samples exhibited resistance mutations. Detected mutations were as follows: M41L, K70E, M184V, L210W and T215C/D/S, responsible for nucleoside RT inhibitor (NRTI) resistance; K103N/S and Y181C, responsible for non-nucleoside RT inhibitor (NNRTI) resistance; M46L and L90M, responsible for protease inhibitor (PI) resistance. NRTI, NNRTI and PI muta- tion rates in the samples were found as 5.2%, 3.1% and 2.1%, respectively. Both NRTI and NNRTI muta- tions were detected in one sample. Two mutations leading to NRTI resistance were obtained together in five samples. Seven out of the 19 strains with primary resistance mutation were isolated from samples sent from Ankara, three from Adana, two of each from Istanbul, Erzurum and Mersin, and one of each from Amasya, Samsun and Tokat provinces. There were no statistically significant differences in terms of age, gender, CD4+ T cell count, time from diagnosis to resistance testing between the patient group with primary drug resistance and the group without resistance (p> 0.05). However, the mean HIV-RNA level in patients with primary drug resistance [4.77 (2.95-6.87) log10 copies/ml] was significantly lower than those without primary drug resistance [5.11 (2.09-7.67) log10 copies/ml] (p= 0.043). Our results revealed a relatively high (10%) prevalence of HIV-1 primary drug resistance. We therefore support the need for routine HIV resistance testing so that clinicians can individualize their treatments taking into account the presenting drug resistance.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Viroloji Enfeksiyon Hastalıkları Farmakoloji ve Eczacılık

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. T.C. Sağlık Bakanlığı. HIV/AIDS veri tabloları. HIV Tedavi Bülteni Türkiye 2013; 3:35. Erişim: http://www. egehaum.com/EGEHAUM_yayinlar/hiv_tedavi_bulteni_turkiye_aralik_2013.pdf
2. Clavel F, Hance AJ. HIV drug resistance. N Eng J Med 2004; 350(10): 1023-35.
3. Antiretroviral Therapy Cohort Collaboration. Life expectancy of individuals on combination antiretroviral therapy in high-income countries: a collaborative analysis of 14 cohort studies. Lancet 2008; 372(9635): 293-9.
4. Wittkop L, Günthard HF, de Wolf F, et al. Effect of transmitted drug resistance on virological and immuno- logical response to initial combination antiretroviral therapy for HIV (EuroCoord-CHAIN joint project): a European multicohort study. Lancet Infect Dis 2011; 11(5): 363-71.
5. Maartens G, Cellum C, Lewin SR. HIV infection: epidemiology, pathogenesis, treatment and prevention. Lancet 2014; 384 (9939): 258-71.
6. European AIDS Clinical Society (EACS). HIV Guidelines Version 7.0, 2013. Erişim: http://www.eacsociety. org/Portals/0/Guidelines_Online_131014.pdf
7. AIDSinfo. Guidelines for the use of antiretroviral agents in HIV-1-infected adults and adolescents. 2014. Erişim: http://aidsinfo.nih.gov/guidelines
8. World Health Organization. Consolidated guidelines on the use of antiretroviral drugs for treating and preventing HIV infection. 2013. Available at: http://www.who.int/hiv/pub/guidelines/arv2013/download/en/
9. Aghokeng AF, Mpoudi-Ngole E, Chia JE, Edoul EM, Delaporte E, Peeters M. High Failure Rate of the ViroSeq HIV-1 genotyping system for drug resistance testing in Cameroon, a country with broad HIV-1 genetic diversity. J Clin Microbiol 2011; 49(4): 1635-1641.
10. Lindström A, Albert J. A simple and sensitive “in-house” method for determining genotypic drug resistance. J Virol Methods 2003; 107(1): 45-51.
11. Yalçınkaya T, Köse Ş. HIV-1 subtiplerinin dağılımı. Türk Mikrobiyol Cem Derg 2011; 41(3): 116-9.
12. Hall TA. BioEdit: a user friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT, pp: 95-8. In: Nucleic Acids Symposium Series No.41, 1999. Oxford University Press. Available at: http://www.mbio.ncsu.edu/jwb/papers/1999Hall1.pdf
13. Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol Biol Evol 2011; 28(10): 2731-9.
14. Los Alamos HIV Sequence Database. HIV Sequence Alignments. Available at: http://www.hiv.lanl.gov/con- tent/sequence/NEWALIGN/align.html#ref
15. Uluer Biçeroğlu S, Altuğlu I, Nazli Zeka A, Gökengin D, Yazan Sertöz R. HIV-1 subtype distribution determined by phylogenetic analysis of pol gene sequences and automated subtyping tools among HIV-1 isolates from the Aegian Region of Turkey. Mikrobiyol Bul 2014; 48(3): 420-8.
16. REGA HIV Subtyping Tool, Version 3. Available at: http://regatools.med.kuleuven.be/typing/v3/hiv/typing- tool
17. Stanford University HIV Drug Resistance Database. The World Health Organization 2009 List of Mutations for Surveillance of Transmitted Drug Resistant HIV Strains. Available at: http://hivdb.stanford.edu/pages/ WHOResistanceList.html
18. Stanford HIV Database. HIV-1 Drug Resistance in ARV-naive Populations. Compendium of published virus sequences from 46,765 persons, 264 studies according to region, year and subtype 1998-2014. Erişim: http://www.hibdb-stanford.edu/surveillance/map/
19. Rodger AJ, Marshall N, Geretti AM, Booth C. Antiretroviral drug resistance, pp: 46-52. In: Rodger AJ, Mahungu TW, Johnson MA (eds), An Atlas of Investigation and Management of HIV/AIDS. 2011, 1st ed. Clinical Publishing, Oxford.
20. Turner D, Wainberg MA. HIV transmission and primary drug resistance. AIDS Rev 2006; 8(1):17-23.
21. Yilmaz G, Midilli K, Türkoğlu S, et al. Genetic subtypes of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) in Istanbul, Turkey. Int J Infect Dis 2006; 10(4): 286-90.
22. Midilli K, Kuşkucu MA, Ergin S ve ark. 2004-2011 yılları arasında HIV genotiplerinin dağılımı. 4. Ulusal Viroloji Kongresi, 23-26 Haziran 2011, İstanbul. Kongre Kitabı, s: 182, CYBH-008.
23. Midilli K, Ergin S, Kuşkucu MA ve ark. Türkiye’de HIV ile enfekte naif hastalarda antiretroviral direnci. 4. Ulusal Viroloji Kongresi, 23-26 Haziran 2011, İstanbul. Kongre Kitabı, s: 148, Sözlü Bildiri.

APA	YALÇINKAYA K, köse ş (2014). Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması. , 585 - 595.
Chicago	YALÇINKAYA KEZBAN TÜLAY,köse şükran Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması. (2014): 585 - 595.
MLA	YALÇINKAYA KEZBAN TÜLAY,köse şükran Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması. , 2014, ss.585 - 595.
AMA	YALÇINKAYA K,köse ş Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması. . 2014; 585 - 595.
Vancouver	YALÇINKAYA K,köse ş Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması. . 2014; 585 - 595.
IEEE	YALÇINKAYA K,köse ş "Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması." , ss.585 - 595, 2014.
ISNAD	YALÇINKAYA, KEZBAN TÜLAY - köse, şükran. "Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması". (2014), 585-595.

APA	YALÇINKAYA K, köse ş (2014). Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, 48(4), 585 - 595.
Chicago	YALÇINKAYA KEZBAN TÜLAY,köse şükran Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni 48, no.4 (2014): 585 - 595.
MLA	YALÇINKAYA KEZBAN TÜLAY,köse şükran Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.48, no.4, 2014, ss.585 - 595.
AMA	YALÇINKAYA K,köse ş Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2014; 48(4): 585 - 595.
Vancouver	YALÇINKAYA K,köse ş Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2014; 48(4): 585 - 595.
IEEE	YALÇINKAYA K,köse ş "Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması." Mikrobiyoloji Bülteni, 48, ss.585 - 595, 2014.
ISNAD	YALÇINKAYA, KEZBAN TÜLAY - köse, şükran. "Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması". Mikrobiyoloji Bülteni 48/4 (2014), 585-595.