TY  - JOUR
TI  - Candida türlerini tanımlayan bir gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin geliştirilmesi
AB  - Candida türleri, nozokomiyal enfeksiyonların önemli bir sebebi olup, kan kültürlerinde en sık izole edilen dördüncü etkendir. Kan kültürlerinden en sık izole edilen türün Candida albicans olmasına karşın, albikans-dışı türlerin görülme sıklığı da giderek artmaktadır. Candida türlerinde antifungal duyarlılık paternleri değişken olabildiğinden albikans-dışı türlerin hızlı tanısı, tedavide kullanılacak antifungal ilaçların belirlenmesi açısından önemlidir. Bu çalışmada, sık rastlanılan Candida türlerini hızlı bir şekilde kan kültürü örneklerinden saptayabilen, tanımlayabilen ve kantitasyon yapabilen bir gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Rt-PCR) testinin geliştirilmesi hedeflenmiştir. Çalışmaya, Haziran-Kasım 2013 döneminde laboratuvarımızda pozitif sonuç alınan 50 ardışık BACTEC (Beckton Dickinson, ABD) şişesi dahil edilmiştir. Kalite kontrolü amacıyla Sabouraud dekstroz agarda üretilen Candida spp. standart suşları (C.albicans ATCC 10231, C.glabrata ATCC 90030, C.tropicalis ATCC 1021, C.krusei ATCC 6258, C.parapsilosis ATCC 22019 ve C.dubliniensis CD36) kullanılmıştır. Ayrıca Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa ve Staphylococcus aureus üreyen BACTEC şişeleri çapraz reaktivitenin araştırılması amacıyla çalışılmıştır. DNA izolasyonu, ticari bir kit (Zymo Research, ABD) ile yapılmış; Candida türlerine ait 18S rRNA bölgesini hedef alan primer ve problar kullanılarak Rt-PCR, LightCycler 480 (Roche, Almanya) cihazında gerçekleştirilmiştir. Reaksiyon karışımı; 20 μl hacimde 2 μl DNA, 2 μl LightCycler Fast Start DNA Master Probe (Roche Diagnostics, Almanya), 2 μl MgCl (5 mmol), 2 μl 10x PCR tamponu (Roche 2Diagnostics, Almanya), 0.5 μl her bir primerden (0.01 nmol/μl) ve 1 μl prob 1 ve 2 (0.1 μmol/μl)(TibMolBiol, Almanya) kullanılarak hazırlanmıştır. Amplifikasyon döngüsü; 95oCde 10 dk sonrasında 95oCde 10 sn, 62oCde 10 sn ve 72oCde 20 snden oluşan 50 döngülük bir program ile uygulanmış; 50 döngü sonrasında erime eğrisi analizi yapılmıştır. Bu amaçla, ürünler önce 50oCde 30 sn bekletilmiş ve ardından 80oCye kadar 0.1oC/sn artışla ısıtılarak eş zamanlı floresans ölçümü yapılmıştır. Kantitasyon için C.albicans ATCC 10231 suşundan hazırlanmış olan 3 x 105 ile 3 x 102 ng/μl arasındaki seri dilüsyon örnekleri kullanılmıştır. Test sonuçlarını karşılaştırmak için, tüm suşlar ayrıca dizi analizi ve geleneksel yöntemlerle de tanımlanmıştır. Çalışmamızda geliştirilen Rt-PCR testi ile tüm standart suşlar ve hasta örneklerinden izole edilen suşlar çoğaltılmış, tanımlanmış ve kantite edilmiştir. Hasta örneklerinin 26sında C.parapsilosis, 15inde C.glabrata, 6sında C.albicans ve 3ünde C.tropicalis olmak üzere toplam 50 suş saptanmış ve tanımlanmıştır. Elde edilen sonuçların, geleneksel yöntemler ve dizi analizi sonuçları ile tam uyumlu olduğu gösterilmiş ve geliştirdiğimiz testin duyarlılık ve özgüllüğü %100 olarak hesaplan- mıştır. Sonuç olarak, sık görülen Candida suşlarını saptamak, tanımlamak ve kantite edebilmek amacıyla geliştirilen Rt-PCR testinin, tekrarlanabiIir, hızlı, güvenilir, duyarlılık ve özgüllüğü yüksek bir test olduğu düşünülmüştür.
AU  - CİLO DALYAN, Burcu
AU  - ENER, Beyza
AU  - AGCA, HARUN
AU  - ÖZMERDİVEN, Gülşah Ece
AU  - SAĞLAM, Sezcan
PY  - 2015
JO  - Mikrobiyoloji Bülteni
VL  - 49
IS  - 1
SN  - 0374-9096
SP  - 56
EP  - 65
DB  - TRDizin
UR  - http://search/yayin/detay/167488
ER  -