Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları

BUDAK, Ferah; BAL, Salih Haldun

Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları

Salih Haldun BAL, (Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi, Dr. Raşit DURUSOY Kan Merkezi, Bursa, Türkiye)

Ferah BUDAK (Uludağ Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Bursa, Türkiye)

Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi

30 0

Yıl: 2013 Cilt: 39 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 65 - 69 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları

Öz:

Genomik, genom ve genlerle ilgili bilginin açıklanmasına yönelik yapılan çalışmalardır. Genomik çalışmalarda, bir hücre veya dokunun tümgenleri, topluca değerlendirilmekte ve yorumlanmaktadır. Bunun için güçlü bir biyoinformatif desteğe ihtiyaç duyulmaktadır. Genomikçalışmalar, yapısal ve fonksiyonel olmak üzere iki grupta incelenmektedir. Yapısal genomik, organizmanın genetik bilgilerinin ortaya çıkar- tılmasını sağlamaktadır. Ama genlerin fonksiyonları ile ilgili bilgi vermez. Fonksiyonel genomik, genlerin fonksiyonlarının öğrenilmesininyanı sıra, organizma açısından önemlerinin anlaşılmasına aracılık eder. Ancak, genomik bilgi proteinlerle ilgili bilgi ile desteklenmelidir.Proteinler ile ilgiliyi bilgiyi topluca sağlamayı amaçlayan disipline ise proteomik denmektedir. Proteomik, proteomun yapı, yerleşim, miktar,diğer moleküllerle olan etkileşim vb özelliklerinin incelenmesini sağlar ve biyoinformatif desteğe ihtiyaç duyar. Proteinler çeşitli özelliklerinden dolayı genler kadar kolay çalışılmasa da, genomik ve proteomik, tıp ve tıp dışı birçok alanda, çeşitli amaçlarla kullanılmaktadır. Buderleme ile genomik ve proteomik çalışmalar hakkında farkındalık oluşturmak amaçlanmıştır. Aynı zamanda geleneksel biyokimyasal- genetik yöntemler ile farklılıkları da vurgulanmak istenmiştir.

Anahtar Kelime:

Konular: Cerrahi

General Overwiev to the Concepts of Genomics, Proteomics and Application Areas

Öz:

Genomics is a total practice for the description of informations about genome and genes. Genomics studies provide assessment and interpretation of total genome of a cell or a tissue. A powerful bioinformatics is one of the major components of genomics. Genomics is divided intotwo groups as structural and functional genomics. Structural genomics provides genetic informations of organism, but not functions of genes.Functions and importance of genes can be discovered through functional genomics. Genomics have to be supported with informations ofproteins. Proteomics is discipline which obtains total information of proteins. It investigates features of proteome. Genomics and proteomicscan be implemented for different scientific areas and purposes. In this rewiev, we aim to raise awareness about genomics and proteomics.Also, we want to underline the differences between these methods and traditional genetical-biochemical methods.

Anahtar Kelime:

Konular: Cerrahi

Belge Türü: Makale Makale Türü: Derleme Erişim Türü: Bibliyografik

1. Watson JD and Crick FH. The structure of DNA. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1953; 18: 123-31.
2. Min Jou W, Haegeman G, Ysebaert M, et al. Nucleotide sequence of the gene coding for the bacteriophage MS2 coat protein. Nature 1972; 237: 82-8.
3. Başaran E, Aras S and Cansaran-Duman D. Genomik, proteomik metabolomik kavramlarına genel bakış ve uygulama alanları. Türk Hijyen ve Besinsel Biyoloji Dergisi 2010; 67: 85- 96.
4. Kurban S and Mehmetoğlu İ. Proteomik. Yeni Tıp Dergisi 2010; 27: 70-5.
5. Pearson H. Genetics: what is a gene? Nature 2006; 441: 398- 401.
6. Clamp M, Fry B, Kamal M, et al. Distinguishing protein-coding and noncoding genes in the human genome. Proc Natl Acad Sci U S A 2007; 104: 19428-33.
7. Martin DB and Nelson PS. From genomics to proteomics: techniques and applications in cancer research. Trends Cell Biol 2001; 11: S60-5.
8. Del Boccio P and Urbani A. Homo sapiens proteomics: clinical perspectives. Ann Ist Super Sanita 2005; 41: 479-82.
9. Sarwal M and Alemi F. Genomics and Microarray. In: Lotze M and Thomson A (eds). Measuring Immunity Basic Science and Clinical Practise. Great Britain: Elsevier; 2005. 697-706.
10. Anderson L and Seilhamer J. A comparison of selected mRNA and protein abundances in human liver. Electrophoresis 1997; 18: 533-7.
11. Anderson NL and Anderson NG. Proteome and proteomics: new technologies, new concepts, and new words. Electrophoresis 1998; 19: 1853-61.
12. Blackstock WP and Weir MP. Proteomics: quantitative and physical mapping of cellular proteins. Trends Biotechnol 1999; 17: 121-7.
13. Wilkins MR, Pasquali C, Appel RD, et al. From proteins to proteomes: large scale protein identification by two- dimensional electrophoresis and amino acid analysis. Biotechnology (N Y) 1996; 14: 61-5.
14. Arthur JM. Proteomics. Curr Opin Nephrol Hypertens 2003; 12: 423-30.
15. Alizadeh AA, Eisen MB, Davis RE, et al. Distinct types of diffuse large B-cell lymphoma identified by gene expression profiling. Nature 2000; 403: 503-11.
16. Chan KY, Wong CM, Kwan JS, et al. Genome-wide association study of hepatocellular carcinoma in Southern Chinese patients with chronic hepatitis B virus infection. PLoS One 2011; 6: e28798.
17. Huang YK, Fan XG, Qiu F, et al. Genomics of hepatitis B virus-related hepatocellular carcinoma and adjacent noncancerous tissues with cDNA microarray. Chin Med J (Engl) 2011; 124: 2057-64.
18. Gregersen PK, Lee HS, Batliwalla F, et al. PTPN22: setting thresholds for autoimmunity. Semin Immunol 2006; 18: 214-23.
19. Maron JL, Alterovitz G, Ramoni M, et al. High-throughput discovery and characterization of fetal protein trafficking in the blood of pregnant women. Proteomics Clin Appl 2009; 3: 1389- 96.
20. Kubach J, Lutter P, Bopp T, et al. Human CD4+CD25+ regulatory T cells: proteome analysis identifies galectin-10 as a novel marker essential for their anergy and suppressive function. Blood 2007; 110: 1550-8.
21. Yohannes E, Ghosh SK, Jiang B, et al. Proteomic signatures of human oral epithelial cells in HIV-infected subjects. PLoS One 2011; 6: e27816.
22. Nedelkov D, Kiernan UA, Niederkofler EE, et al. Population proteomics: the concept, attributes, and potential for cancer biomarker research. Mol Cell Proteomics 2006; 5: 1811-8.
23. de Souza GA and Wiker HG. A proteomic view of mycobacteria. Proteomics 2011; 11: 3118-27.
24. Munday DC, Surtees R, Emmott E, et al. Using SILAC and quantitative proteomics to investigate the interactions between viral and host proteomes. Proteomics 2012; 12: 666-72.

APA	BAL S, BUDAK F (2013). Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları. , 65 - 69.
Chicago	BAL Salih Haldun,BUDAK Ferah Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları. (2013): 65 - 69.
MLA	BAL Salih Haldun,BUDAK Ferah Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları. , 2013, ss.65 - 69.
AMA	BAL S,BUDAK F Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları. . 2013; 65 - 69.
Vancouver	BAL S,BUDAK F Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları. . 2013; 65 - 69.
IEEE	BAL S,BUDAK F "Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları." , ss.65 - 69, 2013.
ISNAD	BAL, Salih Haldun - BUDAK, Ferah. "Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları". (2013), 65-69.

APA	BAL S, BUDAK F (2013). Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları. Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi, 39(1), 65 - 69.
Chicago	BAL Salih Haldun,BUDAK Ferah Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları. Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi 39, no.1 (2013): 65 - 69.
MLA	BAL Salih Haldun,BUDAK Ferah Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları. Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi, vol.39, no.1, 2013, ss.65 - 69.
AMA	BAL S,BUDAK F Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları. Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi. 2013; 39(1): 65 - 69.
Vancouver	BAL S,BUDAK F Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları. Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi. 2013; 39(1): 65 - 69.
IEEE	BAL S,BUDAK F "Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları." Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi, 39, ss.65 - 69, 2013.
ISNAD	BAL, Salih Haldun - BUDAK, Ferah. "Genomik, Proteomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları". Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi 39/1 (2013), 65-69.