Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu

BELEN, Sema; TİMURKAN, Mehmet Özkan; Aydin, Hakan

Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu

Mehmet Özkan TİMURKAN, (Atatürk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Viroloji Anabilim Dalı, Erzurum, Türkiye)

Hakan AYDIN, (Atatürk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Viroloji Anabilim Dalı, Erzurum, Türkiye)

Sema BELEN (Atatürk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Viroloji Anabilim Dalı, Erzurum, Türkiye)

Atatürk Üniversitesi Veteriner Bilimleri Dergisi

2 0

Yıl: 2015 Cilt: 10 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 186 - 192 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu

Öz:

Özet: Sığırların coronavirusları (BCoV) dünya genelinde sığırcılık işletmelerini etkileyerek ciddi solunum ve sindirim sistemi enfeksiyonlarına yol açmaktadır. Bu çalışmada, sığır yetiştiriciliği yapılan işletmelerinde coronavirusların varlığını/yaygınlığını göstermek ve tespit edilen virusların diğer coronaviruslarla ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Erzurum ili ve ilçelerinde solunum sistemi semptomları gösteren, farklı ırk ve yaş gruplarında 54 adet sığır çalışmaya dahil edildi. Materyal olarak hayvanlardan burun sıvabı ve mezbahada kesilen hayvanlardan pnömonili akciğer dokusu alındı. Toplanan örneklerde viral nükleik asit ekstraksiyonu, RT-PCR ve nested-PCR reaksiyonları gerçekleştirildi. Bölgeyi temsilen bir amplikon dizi analizine tabi tutuldu. Yöremize ait coronavirus suşu ile gen bankasından sağlanan aşı ve çeşitli coronavirus suşlarına ait nükleik asit dizilimi karşılaştırılarak karakterize edildi. Coronavirus yönünden yapılan moleküler incelemeler sonucunda solunum sistemi enfeksiyonu bulunan 54 sığırdan alınan akciğer doku ve sıvab örneğinin 11 (%20.4)inde etken pozitif olarak belirlenmiştir. Ayrıca dizi analizi sonucu bölgede sirküle olan virusun Betacoronavirus A grubunda yer aldığı ve aşı suşuyla aynı clusterda yer aldığı tespit edilmiştir. Bu çalışma ile bölgemiz ve ülkemiz açısından mevcut durum güncellenerek epidemiyolojik verilere katkıda bulunulmuştur.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Viroloji Veterinerlik

The Detection and Molecular Characterization of Bovine Respiratory Coronavirus Infection by RT-PCR in Erzurum

Öz:

Abstract: Bovine coronaviruses (BCoV) cause severe respiratory and gastrointestinal infections affecting the animal breeding industry worldwide. In this study, we aimed to evaluate the presence/currency of coronavirus, and to identify the relationship with other coronaviruses. Fifty-four cattle (in different breeds and ages) with respiratory symptoms that have been breeding in the surrounding districts and Erzurum were included in this study. Samples of nasal swap and lung tissue with pneumonia were taken, as material, from the animals slaughtered. The samples collected were subjected to viral nucleic acid extraction, RT-PCR and Nested-PCR. The amplicon representing the region was sequenced. Coronavirus strains that were identified in our region and those obtained from the Gene Bank (as vaccine and reference strains) were compared by sequencing process. As a result of molecular analyses, 11 (20.4 %) samples (swap and lung tissue) collected from 54 cattle with respiratory system infection were positive. Moreover, it was determined that the circulating virus in the region was belonging to the group of betacoronavirus A and it was in the same cluster with the vaccine strain. By this study, the current situation has been updated both in our region and the country and also contributed to the epidemiological data.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Viroloji Veterinerlik

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Alkan F., 1998. Buzağı ishallerinde rotavirus ve coronavirusların rolü. Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 45, 29-37.
2. Decaro N., Campolo M., Desario C., Cirone F., D'Abramo M., Lorusso E., Greco G., Mari V., Colaianni ML., Elia G., Martella V., Buonavoglia C., 2008. Respiratory disease associated with bovine coronavirus infection in cattle herds in Southern Italy. Journal of Veterinary Diagnostic Investigation, 20, 28-32.
3. Kirchhoff J., Uhlenbruck S., Goris K., Keil GM., Herrler G., 2014. Three viruses of the bovine respiratory disease complex apply different strategies to initiate infection. Veterinary Research, 18, 20-32.
4. O'Neill R., Mooney J., Connaghan E., Furphy C., Graham DA., 2014. Patterns of detection of respiratory viruses in nasal swabs from calves in Ireland: a retrospective study. Veterinary Record, 11, 351-355.
5. Cho KO., Halbur PG., Bruna JD., Sorden SD., Yoon KJ., Janke BH., Chang KO., Saif LJ., 2000. Detection and isolation of coronavirus from feces of three herds of feedlot cattle during outbreaks of winter dysentery- like disease. Journal of the American Veterinary Medical Association, 217, 1191-1194.
6. To KKW., Hung IFN., Chan JFW., Yuen K-Y., 2013. From SARS coronavirus to novel animal and human coronavirusesm. Journal of Thoracic Disease, 5, 103-108.
7. Corman VM., Ithete NL., Richards LR., Schoeman MC., Preiser W., Drosten C., Drexler JF., 2014. Rooting the phylogenetic tree of middle East respiratory syndrome coronavirus by characterization of a conspecific virus from an African bat. Journal Virology, 88, 11297-11303.
8. Chu DK., Poon LL., Gomaa MM., Shehata MM., Perera RA., Abu Zeid D., El Rifay AS., Siu LY., Guan Y., Webby RJ., Ali MA., Peiris M., Kayali G., 2014. MERS coronaviruses in dromedary camels, Egypt. Emerging Infectious Diseases, 20, 1049-1053.
9. Lai MMC., Holmes KV., 2001. Coronaviridae: the viruses and their replication. In “Fields virology”, Ed., DM. Knipe, PM. Howley, DE. Griffin, MA. Martin, RA. Lamb, B. Roizman, SE. Straus, 4th ed., 1163–1185, Lippincott Williams & Wilkins, Philadephia.
10. Woo PCY., Lau SKP., Wernery U., Wong EYM., Tsang AKL., Johnson B., Yip CCY, Lau CCY., Sivakumar S., Cai JP., Fan RYY., Chan KH., Mareena R., Yuen KY., 2014. Novel betacoronavirus in dromedaries of the Middle East. Emerging Infectious Diseases, 20, 560-572.
11. Akgül G., Mecitoğlu Z., Ertürk A., Çatık S., Temizel EM., Gülyaz V., Gülaçtı İ., Özdemir S., Onat K., Şenlik B., Şentürk S. 2013. Isolation of first local coranavirus from cattle with winter dysentery in Turkey. Uludag University Journal of Faculty Veterinary Medicine 32, 63-69.
12. Alkan F., Ozkul A., Bilge-Dagalp S., Karaoglu T., Oguzoglu TC., Caliskan E., Burgu I., 2011. The detection and genetic characterization based on the S1 gene region of BCOVs from respiratory and enteric infections in Turkey. Transboundary and Emerging Diseases, 58, 179-185.
13. Hasöksüz M., Kayar A., Dodurka T., Ilgaz A., 2005. Detection of respiratory and enteric shedding of bovine coronaviruses in cattle in Northwestern Turkey. Acta Veterinaria Hungarica, 53, 137-146.
14. Chomczynski P., Sacchi N., 1987. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction. Analytical Biochemistry, 162, 156-159.
15. Cho KO., Hasöksüz M., Nielsen PR., Chang KO., Lathrop S., Saif LJ., 2001. Cross-protection studies between respiratory and calf diarrhea and winter dysentery coronavirus strains in calves and RTPCR and nested PCR for their detection. Archives of Virology, 146, 2401-2419.
16. Hall T., 2011. BioEdit: an important software for molecular biology. GERF Bulletin of Bioscience, 2, 60-61.
17. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S., 2013. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 Molecular Biology and Evolution, 30, 2725-2729.
18. Yavru S., Simsek A., Yapkic O., Kale M., 2005. Serological evaluation of viral infections in bovine respiratory tract. Acta veterinaria, 55, 219-226.
19. Altuğ N., Özdemir R., Cantekin Z. 2013. Ruminantlarda Koruyucu Hekimlik: I. Aşı Uygulamaları. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 10, 33-44.
20. Liu L., Hägglund S., Hakhverdyan M., Alenius S., Larsen LE., Belák S., 2006. Molecular epidemiology of bovine coronavirus on the basis of comparative analyses of the S gene. Journal of Clinical Microbiology, 44, 957-960.
21. Hasöksüz M., Hoet AE., Loerch SC., Wittum TE., Nielsen PR., Saif LJ., 2002. Detection of respiratory and enteric shedding of bovine coronaviruses in cattle in an Ohio feedlot. Journal of Veterinary Diagnostic Investigation, 14, 308- 313.
22. Kanno T., Hatama S., Ishihara R., Uchida I., 2007. Molecular analysis of the S glycoprotein gene of bovine coronaviruses isolated in Japan from 1999 to 2006. Journal of General Virology, 88, 1218- 1224.

APA	TİMURKAN M, Aydin H, BELEN S (2015). Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu. , 186 - 192.
Chicago	TİMURKAN Mehmet Özkan,Aydin Hakan,BELEN Sema Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu. (2015): 186 - 192.
MLA	TİMURKAN Mehmet Özkan,Aydin Hakan,BELEN Sema Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu. , 2015, ss.186 - 192.
AMA	TİMURKAN M,Aydin H,BELEN S Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu. . 2015; 186 - 192.
Vancouver	TİMURKAN M,Aydin H,BELEN S Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu. . 2015; 186 - 192.
IEEE	TİMURKAN M,Aydin H,BELEN S "Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu." , ss.186 - 192, 2015.
ISNAD	TİMURKAN, Mehmet Özkan vd. "Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu". (2015), 186-192.

APA	TİMURKAN M, Aydin H, BELEN S (2015). Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu. Atatürk Üniversitesi Veteriner Bilimleri Dergisi, 10(3), 186 - 192.
Chicago	TİMURKAN Mehmet Özkan,Aydin Hakan,BELEN Sema Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu. Atatürk Üniversitesi Veteriner Bilimleri Dergisi 10, no.3 (2015): 186 - 192.
MLA	TİMURKAN Mehmet Özkan,Aydin Hakan,BELEN Sema Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu. Atatürk Üniversitesi Veteriner Bilimleri Dergisi, vol.10, no.3, 2015, ss.186 - 192.
AMA	TİMURKAN M,Aydin H,BELEN S Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu. Atatürk Üniversitesi Veteriner Bilimleri Dergisi. 2015; 10(3): 186 - 192.
Vancouver	TİMURKAN M,Aydin H,BELEN S Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu. Atatürk Üniversitesi Veteriner Bilimleri Dergisi. 2015; 10(3): 186 - 192.
IEEE	TİMURKAN M,Aydin H,BELEN S "Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu." Atatürk Üniversitesi Veteriner Bilimleri Dergisi, 10, ss.186 - 192, 2015.
ISNAD	TİMURKAN, Mehmet Özkan vd. "Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratorik Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu". Atatürk Üniversitesi Veteriner Bilimleri Dergisi 10/3 (2015), 186-192.