16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları

HASÇELİK, AYŞE GÜLŞEN; Mustak, Hamit Kaan; UNER, Mahmut Celalettin

16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları

Mahmut Celalettin UNER, (Mardin Devlet Hastanesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği, Mardin, Türkiye)

AYŞE GÜLŞEN HASÇELİK, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Hamit Kaan MÜŞTAK (Ankara Üniversitesi, Fen Fakültesi, Mikrobiyoloji Bölümü, Ankara, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

3 0

Yıl: 2016 Cilt: 50 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 11 - 20 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları

Öz:

Doğada yaygın olarak bulunan Nocardia türleri, insanlarda pulmoner, kütanöz, merkezi sinir sistemi ve sistemik nokardiyoz gibi çeşitli enfeksiyonlara neden olabilmektedir. Çok farklı klinik tablolara yol açması ve yapılan antibiyotik duyarlılık testlerinde farklı profi llerin izlenmesi nedeniyle, izole edilen her bir Nocardia türü için antibiyotik duyarlılık testlerinin yapılması önerilmektedir. Bu çalışmada, klinik örneklerden izole edilen Nocardia türlerinin antibiyotik duyarlılık düzeylerinin belirlenmesi ve mikrodilüsyon ve disk difüzyon yöntemlerinin sonuçlarının karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada, klinik örneklerden izole edilen 45 suş (17 solunum yolu, 8 beyin apsesi, 7 püy, 3 deri, 3 konjonktiva, 2 kan, 2 doku, 2 plevral sıvı, 1 beyin omurilik sıvısı) konvansiyonel yöntemler ve 16S rRNA gen dizi analizi kullanılarak tanımlanmıştır. Duyarlılık testi Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) 2011 M24-A2 klavuzu tarafından önerilen sıvı mikrodilüsyon ve ayrıca disk difüzyon yöntemi ile yapılmış ve testte amikasin, siprofl oksasin, seftriakson, linezolid ve trimetoprim-sülfametoksazol (TMP-SMX) antibiyotikleri kullanılmıştır. İzole edilen 45 Nocardia suşunun çoğunluğunu N.cyriacigeorgica (n: 26, %57.8) oluşturmuş, bunu N.farcinica (n: 12, %26.7), N.otitiscaviarum (n: 4, %8.9), N.asteroides (n: 1, %2.2), N.neocaledoniensis (n: 1, %2.2) ve N.abscessus (n: 1, %2.2) izlemiştir. Amikasin ve linezolid, sıvı mikrodilüsyon ve disk difüzyon yönteminde direnç gözlenmeyen iki antibiyotik olmuştur. Sıvı mikrodilüsyon yönteminde TMP-SMX, seftriakson ve siprofl oksasine direnç oranları sırasıyla %15.6, %37.8 ve %84.4 olarak bulunmuştur. Tüm izolatlar içinde siprofl oksasine en yüksek direnç N.cyriacigeorgica (n: 25, %96.2) suşlarında tespit edilmiştir. Disk difüzyon yönteminde en fazla direnç siprofl oksasine (n: 33, %73.3) karşı saptanmış ve N.cyriacigeorgica (n: 25, %96.2) tanımlanan türler içinde siprofl oksasine en fazla direnç gözlenen tür olmuştur. İkinci sıklıkta ilaç direnci TMP-SMX (n: 22, %48.9) için belirlenmiş olup, bunu seftriakson (n: 15, %33.3) izlemiştir. Her iki yöntem arasındaki uyum karşılaştırıldığında; amikasin (?= 1), linezolid (?= 1) ve seftriakson (?= 0.903) için yöntemler arasındaki uyumun çok iyi olduğu, siprofl oksasin için ise iyi düzeyde (?= 0.672) olduğu görülmüştür. Buna karşın TMP-SMX için iki yöntem arasında uyum olmadığı (?= 0.092) belirlenmiştir. Sonuç olarak, son yıllarda Nocardia enfeksiyonlarının sıklığının artması ve moleküler yöntemler sayesinde farklı türlerin tanımlanması, tedavi açısından Nocardia türlerine karşı in vitro duyarlılık testlerinin yapılmasının önemini ortaya koymuştur

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Antimicrobial Susceptibilities of Clinical Nocardia Isolates Identifi ed by 16S rRNA Gene Sequence Analysis

Öz:

Nocardia species are ubiquitous in the environment and responsible for various human infections such as pulmonary, cutaneous, central nervous system and disseminated nocardiosis. Since the clinical pictures and antimicrobial susceptibilities of Nocardia species exhibit variability, susceptibility testing is recommended for every Nocardia isolates. The aims of this study was to determine the antimicrobial susceptibilities of Nocardia clinical isolates and to compare the results of broth microdilution and disc diffusion susceptibility tests. A total of 45 clinical Nocardia isolates (isolated from 17 respiratory tract, 8 brain abscess, 7 pus, 3 skin, 3 conjunctiva, 2 blood, 2 tissue, 2 pleural fl uid and 1 cerebrospinal fl uid samples) were identifi ed by using conventional methods and 16S rRNA gene sequence analysis. Susceptibility testing was performed for amikacin, ciprofl oxacin, ceftriaxone, linezolid and trimethoprimsulfamethoxazole (TMP-SMX) by broth microdilution method according to the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) criteria recommended in 2011 approved standard (M24-A2) and disk diffusion method used as an alternative comparative susceptibility testing method. Among the 45 Nocardia strains, N.cyriacigeorgica (n: 26, 57.8%) was the most common species, followed by N.farcinica (n: 12, 26.7%), N.otitiscaviarum (n: 4, 8.9%), N.asteroides (n: 1, 2.2%), N.neocaledoniensis (n: 1, 2.2%) and N.abscessus (n: 1, 2.2%). Amikacin and linezolid were the only two antimicrobials to which all isolates were susceptible for both broth microdilution and disk diffusion tests. In broth microdilution test, resistance rates to TMP-SMX, ceftriaxone and ciprofl oxacin were found as 15.6%, 37.8% and 84.4% respectively, whereas in the disk diffusion test, the highest resistance rate was observed against ciprofl oxacin (n: 33, 73.3%), followed by TMP-SMX (n: 22, 48.9%) and ceftriaxone (n: 15, 33.3%). In both of these tests, N.cyriacigeorgica was the species with the highest resistance to ciprofl oxacin (n: 25, 96.2%). When the susceptibility test results were compared, amikacin (?= 1), linezolid (?= 1), and ceftriaxone (?= 0.903) showed very good agreement, whereas ciprofl oxacin showed good agreement (?= 0.672). For TMPSMX no agreement was found between the two test methods (?= 0.092). In conclusion, due to the identifi cation of different species with molecular methods and increased frequency of Nocardia infections in recent years, in vitro susceptibility testing for Nocardia species is important to guide the appropriate antimicrobial treatment

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

Wilson JW. Nocardiosis: updates and clinical overview. Mayo Clin Proc 2012; 87(4): 403-7.
Singh M, Sandhu RS, Randhawa HS, Kallan BM. Prevalence of pulmonary nocardiosis in a tuberculosis hospital in Amritsar, Punjab. Indian J Chest Dis Allied Sci 2000; 42(4): 325-39.
McNeil MM, Brown JM. The medically important aerobic actinomycetes: epidemiology and microbiology. Clin Microbiol Rev 1994; 7(3): 357-417.
Milman T, Trubnik V, Shah M, McCormick SA, Finger PT. Isolated Nocardia exalbida endogenous endophthalmitis. Ocul Immunol Infl amm 2011; 19(4): 237-9.
Ambrosioni J, Lew D, Garbino J. Nocardiosis: updated clinical review and experience at a tertiary center. Infection 2010; 38(2): 89-97.
Wallace RJ Jr, Steele LC, Sumter G, Smith JM. Antimicrobial susceptibility patterns of Nocardia asteroides. Antimicrob Agents Chemother 1988; 32(12): 1776-9.
Brown-Elliott BA, Brown JM, Conville PS, Wallace RJ Jr. Clinical and laboratory features of the Nocardia spp. based on current molecular taxonomy. Clin Microbiol Rev 2006; 19(2): 259-82.
McTaggart LR, Doucet J, Witkowska M, Richardson SE. Antimicrobial susceptibility among clinical Nocardia species identifi ed by multilocus sequence analysis. Antimicrob Agents Chemother 2015; 59(1): 269-75.
Biehle JR, Cavalieri SJ, Saubolle MA, Getsinger LJ. Comparative evaluation of the E test for susceptibility testing of Nocardia species. Diagn Microbiol Infect Dis 1994; 19(2): 101-10.
Ambaye A, Kohner PC, Wollan PC, Roberts KL, Cockerill FR. Comparison of agar dilution, broth microdilution, disk diffusion, E test, and BACTEC radiometric methods for antimicrobial susceptibility testing of clinical isolates of Nocardia asteroides complex. J Clin Microbiol 1997; 35(4): 847-52.
Clinical and Laboratory Standards Institute. Susceptibility testing of mycobacteria, nocardiae, and other aerobic actinomycetes. Approved Standard. CLSI Document M24-A, 2003. CLSI, Wayne, PA.
Turner S, Pryer KM, Miao VP, Palmer JD. Investigating deep phylogenetic relationships among cyanobacteria and plastids by small subunit rRNA sequence analysis. J Eukaryot Microbiol 1999; 46(4): 327-38.
Clinical and Laboratory Standards Institute. Susceptibility testing of mycobacteria, nocardiae and other aerobic actinomycetes. CLSI Document M24-A2, 2011. CLSI, Wayne, PA.
Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. 23rd Informational Supplement. CLSI M100-S23, 2013. CLSI, Wayne, PA.
Brown-Elliott BA, Biehle J, Conville PS, et al. Sulfonamide resistance in isolates of Nocardia spp. from a US multicenter survey. J Clin Microbiol 2012; 50(3): 670-2.
Uhde KB, Pathak S, McCullum I Jr, et al. Antimicrobial-resistant nocardia isolates, United States, 1995-2004. Clin Infect Dis 2010; 51(12): 1445-8.
Tremblay J, Thibert L, Alarie I, Valiquette L, Pepin J. Nocardiosis in Quebec, Canada, 1988-2008. Clin Microbiol Infect 2011; 17(5): 690-6.
Cercenado E, Marin M, Sanchez-Martinez M, et al. In vitro activities of tigecycline and eight other antimicrobials against different Nocardia species identifi ed by molecular methods. Antimicrob Agents Chemother 2007; 51(3): 1102-4.
Conville PS, Brown-Elliott BA, Wallace RJ Jr, et al. Multisite reproducibility of the broth microdilution method for susceptibility testing of Nocardia species. J Clin Microbiol 2012; 50(4): 1270-80.
Schlaberg R, Fisher MA, Hanson KE. Susceptibility profi les of Nocardia isolates based on current taxonomy. Antimicrob Agents Chemother 2014; 58(2): 795-800.
Larruskain J, Idigoras P, Marimon JM, Perez-Trallero E. Susceptibility study of 186 Nocardia sp. isolates to 20 antimicrobial agents. Antimicrob Agents Chemother 2011; 55(6): 2995-8.
Sorrell TC, Mitchell DH, Iredell JR, Chen SCA. Nocardia species, pp: 3199-207. In: Mandell GL, Bennett JE, Dolin R (eds), Mandell, Douglas and Bennett's Principles and Practice of Infectious Diseases. 2010, 7th ed. Churchill Livingstone, Philadelphia.
Aydoslu B, Tuğrul HM. Nocardia spp. isolated from immunocompromised patients in Trakya University Medical Faculty Hospital and their antibiotic susceptibilities. Mikrobiyol Bul 2007; 41(4): 529-35.
Perçin D, Sümerkan B, Inci R. Comparative evaluation of E-test and disk diffusion methods for susceptibility testing of Nocardia species. Mikrobiyol Bul 2011; 45(2): 274-9.

APA	UNER M, HASÇELİK A, Mustak H (2016). 16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları. , 11 - 20.
Chicago	UNER Mahmut Celalettin,HASÇELİK AYŞE GÜLŞEN,Mustak Hamit Kaan 16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları. (2016): 11 - 20.
MLA	UNER Mahmut Celalettin,HASÇELİK AYŞE GÜLŞEN,Mustak Hamit Kaan 16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları. , 2016, ss.11 - 20.
AMA	UNER M,HASÇELİK A,Mustak H 16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları. . 2016; 11 - 20.
Vancouver	UNER M,HASÇELİK A,Mustak H 16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları. . 2016; 11 - 20.
IEEE	UNER M,HASÇELİK A,Mustak H "16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları." , ss.11 - 20, 2016.
ISNAD	UNER, Mahmut Celalettin vd. "16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları". (2016), 11-20.

APA	UNER M, HASÇELİK A, Mustak H (2016). 16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları. Mikrobiyoloji Bülteni, 50(1), 11 - 20.
Chicago	UNER Mahmut Celalettin,HASÇELİK AYŞE GÜLŞEN,Mustak Hamit Kaan 16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları. Mikrobiyoloji Bülteni 50, no.1 (2016): 11 - 20.
MLA	UNER Mahmut Celalettin,HASÇELİK AYŞE GÜLŞEN,Mustak Hamit Kaan 16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.50, no.1, 2016, ss.11 - 20.
AMA	UNER M,HASÇELİK A,Mustak H 16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları. Mikrobiyoloji Bülteni. 2016; 50(1): 11 - 20.
Vancouver	UNER M,HASÇELİK A,Mustak H 16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları. Mikrobiyoloji Bülteni. 2016; 50(1): 11 - 20.
IEEE	UNER M,HASÇELİK A,Mustak H "16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları." Mikrobiyoloji Bülteni, 50, ss.11 - 20, 2016.
ISNAD	UNER, Mahmut Celalettin vd. "16S rRNA Gen Dizi Analizi ile Tanımlanan Klinik Nocardia İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları". Mikrobiyoloji Bülteni 50/1 (2016), 11-20.