Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi

MERCAN, Levent; OKUMUŞ, Ahmet

Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi

Levent MERCAN, (Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü, Samsun, Türkiye)

Ahmet OKUMUŞ (Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü, Samsun, Türkiye)

Akademik Ziraat Dergisi

0 0

Yıl: 2016 Cilt: 5 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 103 - 110 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi

Öz:

Bu çalışmada Samsun, Ordu ve Amasya'da çıplak boyunlu köy tavuklarının bulunduğu tespit edilen köylerdeki tavuklardan oluşturulan 7 kongenik populasyon ile referans olarak kullanılan bir Gerze tavuk populasyonunun 28 mikrosatelit lokusunda allelik polimorfizm durumlarının ve genetik ilişkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışılan 28 lokusta elde edilen allel sayısı 2-15 arasında değişmektedir. En az allel LEI0192 lokusunda, en çok allel ise LEI0234 lokusunda tespit edilmiştir. Bu lokuslar aynı zamanda polimorfizm bilgi içeriği (PIC) değeri sırasıyla en düşük (0,375) ve en yüksek (0,918) olan lokuslardır. Populasyonlar arasında genetik benzerlik katsayısı 0,000-0,177 arasında değişmektedir. Tüm lokuslar bakımından allel sayısı en az olan populasyon 32 allel ile SVNN, en çok olan ise 38 allel içeren ASNN02 ve SANN02'dir. Kümeleme analizleri sonucunda oluşturulan dendogramda bölgelere Filogenetik ağaç topolojisinde Samsun ve Amasya populasyonları ile Gerze populasyonu aynı grupta yer almış, Ordu populasyonları ise ayrı bir grup oluşturmuştur. Bulgular, populasyonların moleküler olarak göstermektedir.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Microsatellite DNA polymorphism in some congenic naked neck village chicken populations

Öz:

In this study, we aimed to determine of allelic polymorphisms and genetic relationships among 7 populations generated from congenic village naked neck chicken in Samsun, Ordu and Amasya with Gerze chicken population used as a reference, by 28 microsatellite loci. The number of alleles obtained from all loci was 2 to15. Minimum and maximum number of alleles was determined in LEI0196 and LEI0234 microsatellite loci, respectively. Besides, these loci have the lowest (0.375) and the highest (0.918) polymorphism information content (PIC) values. Genetic similarity coefficients ranged from 0.000 to 0.177 among all populations. In terms of all loci, the least number of alleles was seen in SVNN population with 32 alleles and the most number of alleles were seen in ASNN02 and SANN02 populations with 38 alleles. Clustering analysis based phylogenetic dendrogram showed that the populations were mainly grouped according to their regions. Samsun, Amasya and Gerze populations were took place in the same group, while Ordu populations were in a separated group in the phylogenetic tree topology. The findings suggest that populations have had unique genetic richness at the molecular level.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

Alkan, S., Mutaf, S., Şeber, N., 2003. Antalya İli Yaz Koşullarının Farklı Genotiplerdeki Etlik Piliçlerin Vücut Sıcaklıklarına ve Kan Gazlarına Etkisi. Akdeniz Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 16(2), 135-142.
Cemal, İ., Karaca, O., 2001. Tavuklarda Major Genler. I. Doğu Anadolu Kanatlı Yetiştiriciliği Sempozyumu, 21-24 Mayıs 2001, Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Van.
Chapuis, M.P., Estoup, A., 2007. Microsatellite Null Alleles and Estimation of Population Differentiation. Molecular Biology and Evolution, 24(3), 621-631.
Goldstein, D.B., Linares, A.R., Cavalli-Sforza, L.L., Fedman, M.W., 1995. An Evaluation of Genetic Distances for Use with Microsatellite Loci. Genetics, 139, 463- 471.
Hillel, J., Groenen, M.A.M., Tixier-Boichard, M., Korol, A.B., David, L., Kirzhner, V.M., Burke, T., Barre-Dirie, A., Crooijmans, R.P.M.A., Elo, K., Feldman, M.W., Freidlin, P.J., Maki-Tanila, A., Oortwijn, M., Thomson, P., Vignal, A., Wimmers, K., Weigend, S., 2003. Biodiversity of 52 chicken populations assessed by microsatellite typing of DNA pools. Genetics Selection Evolution, 35, 533-557.
Islam, M.A., Nishibori, M., 2009. Indigenous naked neck chicken, a valuable genetic resource for Bangladesh. World's Poultry Science Journal, 65, 125-138.
Kaplan, S., Boztepe, S., Arıkoğlu, H., 2015. The Potential of Microarray Databases to Identify Tissue Specific Genes, Kafkas Universitesi Veteriner Fakultesi Dergisi, 22, 29-35.
Korzun, V., 2003. Molecular markers and their applications in URL:http://www.fao.org/Biotech/docs/Korzun.pdf / [Erişim:10 Ocak 2016]. Available from
Mercan, L., Okumuş, A. 2015. Genetic diversity of village chickens in Central Black Sea Region and commercial chickens in Turkey by using microsatellite markers. Turkish Journal of Veterinary and Animal Sciences, 39, 134-140.
Powell, W., Morgante, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, J., Tingey, S., Rafalski, A., 1996. Comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Molecular Breeding, 2, 225- 238.
Rohlf, F.J., 2000. NTSYSpc Version 2.11 Numeric Taxonomy System. Exeter Software, NY, USA.
Romanov, M.N., Weigend, S., 2001. Analysis of Genetic Relationships Between Various Populations of Domestic and Jungle Fowl Using Microsatellite Markers. Poultry Science, 80, 1057-1063.
Rosenberg, N.A., Burke, T., Elo, K., Feldman, M.W., Freidlin P.J., Groenen, M.A.M., Hillel, J., Maki-Tanila, A., Tixier-Boichard, M., Vignal, A., Wimmers, K., Weigend, S., 2001. Empirical Evaluation of Genetic Clustering Methods Using Multilocus Genotypes from 20 Chicken Breeds. Genetics, 159, 699-713.
Selkoe, K.A., Toonen, R.J., 2006. Microsatellites for ecologists: a practical guide to using and evaluating microsatellite markers. Ecology Letters, 9, 615-629.
Singh, C.V., Kumar, D., Singh, Y.P., 2001. Potential usefulness of the plumage reducing Naked Neck (Na) gene in poultry production at normal and high ambient temperatures. World's Poultry Science Journal, 57(2), 139-156.
Tixier-Boichard, M., 2002. From phenotype to genotype: major genes in chickens. World's Poultry Science Journal, 58(1), 65-75.
Toro, M.A., Fernandez, J., Caballero, A., 2009. Molecular characterization of breeds and its use in conservation. Livestock Science, 120, 174-195.
Yalçın, S., Testik, A., Ozkan, S., Settar, P., Çelen, F., Cahaner, A., 1997. Performance of Naked Neck and Normal Broilers in Hot, Warm and Temperate Climates. Poultry Science, 76, 930-937.

APA	MERCAN L, OKUMUŞ A (2016). Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi. , 103 - 110.
Chicago	MERCAN Levent,OKUMUŞ Ahmet Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi. (2016): 103 - 110.
MLA	MERCAN Levent,OKUMUŞ Ahmet Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi. , 2016, ss.103 - 110.
AMA	MERCAN L,OKUMUŞ A Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi. . 2016; 103 - 110.
Vancouver	MERCAN L,OKUMUŞ A Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi. . 2016; 103 - 110.
IEEE	MERCAN L,OKUMUŞ A "Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi." , ss.103 - 110, 2016.
ISNAD	MERCAN, Levent - OKUMUŞ, Ahmet. "Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi". (2016), 103-110.

APA	MERCAN L, OKUMUŞ A (2016). Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi. Akademik Ziraat Dergisi, 5(2), 103 - 110.
Chicago	MERCAN Levent,OKUMUŞ Ahmet Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi. Akademik Ziraat Dergisi 5, no.2 (2016): 103 - 110.
MLA	MERCAN Levent,OKUMUŞ Ahmet Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi. Akademik Ziraat Dergisi, vol.5, no.2, 2016, ss.103 - 110.
AMA	MERCAN L,OKUMUŞ A Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi. Akademik Ziraat Dergisi. 2016; 5(2): 103 - 110.
Vancouver	MERCAN L,OKUMUŞ A Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi. Akademik Ziraat Dergisi. 2016; 5(2): 103 - 110.
IEEE	MERCAN L,OKUMUŞ A "Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi." Akademik Ziraat Dergisi, 5, ss.103 - 110, 2016.
ISNAD	MERCAN, Levent - OKUMUŞ, Ahmet. "Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi". Akademik Ziraat Dergisi 5/2 (2016), 103-110.