Yıl: 2015 Cilt: 45 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 22 - 29 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması

Öz:
Amaç: Çocukluk çağında sıklıkla görülen enfeksiyon hastalıklarından biri olan alt solunum yolu enfeksiyonlarının (ASYE) en sık etkeni respiratuvar sinsityal virüs (RSV)'tür. Bu çalışmanın amacı ASYE tanısı alan 0-5 yaş grubundaki çocuklarda RSV'nin hücre kültürü ve direkt floresan antikor (DFA) yöntemleri ile araştırılması ve sonuçların hastaların klinik bulguları ile birlikte değerlendirilmesidir. Gereç ve Yöntem: ASYE tanısı alan 0-5 yaş arasındaki 107 ayaktan (poliklinik) ve 55 yatan (servis) olmak üzere 162 hasta çalışmaya alınmıştır. Hastaların nazofaringeal sürüntü örnekleri flocked eküvyon ile alınarak viral transport besiyeri (Copan Diagnostics, Brescia, İtalya) içinde laboratuvara ulaştırılmıştır. A549 hücreleri ile hazırlanan shell-vial hücre kültürlerine örnekler inoküle edilip, 48-72 saat inkübe edildikten sonra fikse edilen hücrelerde RSV varlığı floresanla işaretli monoklonal antikorlar (Anti-RSV Group FITC, Argene, BioMérieux, Fransa) aracılığı ile araştırılmıştır. DFA yöntemi için örneklerden direkt sitospin preparatları hazırlanarak, preparatlar RSV varlığı açısından floresanla işaretli monoklonal antikorlar ile benzer şekilde incelenmiştir. Hücre kültürü ve DFA test sonuçları uyumsuz olan örneklerde RSV RNA'sı ticari bir kit (RealStar RSV RT-PCR Kit, Altona Diagnostics, Almanya) ile gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile araştırılmıştır. Ayrıca hastalara ait semptom, fizik muayene ve diğer laboratuvar bulguları ile uygulanan tedaviler kaydedilmiştir. Bulgular: İncelenen 162 örneğin 43'ünde (%26.5) hücre kültürü ile RSV saptanmıştır. Bu örneklerin 38'inde (%24.3) hem hücre kültürü hem de DFA ile RSV saptanmış, 115 (%71.0) örnek her iki testle de negatif bulunmuştur. Hücre kültürü ile pozitif olan beş örnek DFA ile negatif, DFA ile pozitif olan dört örnek hücre kültürü ile negatiftir. Bu dokuz örnekte RSV PZR testinin sonucu hücre kültürü ile uyumlu bulunmuştur. Hücre kültürü referans alınarak DFA yönteminin duyarlılığı, özgüllüğü, pozitif prediktif değeri (PPD) ve negatif prediktif değeri (NPD) sırası ile %88.4, %96.6, %90.5, %95.8 olarak saptanmıştır. RSV pozitif hastaların yaş ortalaması (11.2±11.3 ay), RSV negatif saptanan hastaların yaş ortalamasından (21.7±18.6 ay) anlamlı olarak düşüktür (p=0.001). RSV saptanan ve saptanmayan hastalar arasında cinsiyet, semptom, fizik muayene bulguları, uygulanan tedavi ve diğer laboratuvar bulguları (CRP, lökositoz, nötrofil yüksekliği, lenfesitoz ve trombositoz) açısından anlamlı bir fark bulunmamıştır (hepsi için p>0.05). Aylara göre test istemine bakıldığında istemlerin %93.8'inin Ocak, Şubat ve Mart aylarında yapıldığı ve tüm pozitiflerin bu aylarda saptandığı görülmüştür. Sonuç: Sonuç olarak bu çalışmada, ASYE olan beş yaş altındaki çocuklarda %26.5 oranında RSV saptandığı ve bu oranın erken yaşlarda anlamlı olarak arttığı görülmüştür. Virüsün tanısında DFA yöntemi yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip olup hem hızlı tanı hem de örnek kalitesinin değerlendirilebilmesini sağlamaktadır.
Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Hematoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Viroloji Enfeksiyon Hastalıkları Pediatri

IInvestigation of BK and JC Virus DNA Positivities by Real-Time Polymerase Chain Reaction in Immunosuppressive Patients

Öz:
Objective: Respiratory syncytial virus (RSV) is the most common cause of lower respiratory tract infections (LRTI) in children. This study was aimed to investigate the presence of RSV by cell culture and direct fluorescent antibody (DFA) methods in children with LRTI and to evaluate the results in association with the clinical findings of the patients. Materials and Methods: The study included 162 children with LRTI. The age group of the cases was 0-5 years old, of which 107 were outpatients and 55 were inpatients. Nasopharyngeal swab samples were obtained by flocked swabs and transported to the laboratory within the viral transport medium (Copan Diagnostics, Brescia, Italy). Samples were inoculated into the shell-vial cell culture prepared with A549 cells and presence of RSV were investigated in the fixed cells by fluorescence-labeled monoclonal antibodies (Anti-RSV Group FITC, Argene, BioMérieux, France) after 48-72 hours of incubation. For the DFA method, slides were prepared directly from the samples with cytospin centrifuge method and RSV was investigated following staining with fluorescent labeled monoclonal antibodies in a similar way. Samples which yielded discordant results with cell culture and DFA test, RSV RNA was investigated by a commercial real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) kit (RealStar RSV RT-PCR Kit, Altona Diagnostics, Germany). In addition, symptoms, physical examination and laboratory findings together with the treatment outcome of the patients were recorded. Results: RSV was detected in 26.5% (43/162) of the samples by cell culture. Both cell culture and DFA detected RSV in 24.3% (38/162) of the samples while 71.0% (115/162) were negative with both tests. Five RSV cell culture positive samples were negative with DFA, and four positive samples with DFA were negative with cell culture. In these nine samples, the RSV PCR test results were consistent with the cell culture test results. When the cell culture method was considered as the reference method, sensitivity, specificity, positive (PPV) and negative predictive values (NPV) for the DFA method were 88.4%, 96.6%, 90.5% and 95.8%, respectively. The average age of the RSV-positive patients (11.2±11.3 months) were significantly lower than that of RSV-negative patients (21.7±18.6 months) (p=0.001). There were no significant difference in terms of gender, symptoms, physical examination, treatment outcome and other laboratory markers (CRP, leukocytosis, increase in neutrophile count, lymphocytosis and thrombocytosis) between RSV positive and negative patients (for all p>0.05). The analysis of the RSV test requests revealed that 93.8% of the requests were in January, February and March, and all positive cases were detected in these months. Conclusion: In conclusion, RSV was detected in 26.5% of 0-5 years old children with LRTI and this rate was significantly higher in early ages. DFA method which has a high sensitivity and specificity in the diagnosis of RSV infection, ensures rapid diagnosis and enables the evaluation of the quality of respiratory samples.
Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Hematoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Viroloji Enfeksiyon Hastalıkları Pediatri
Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
  • 1. Haynes AK, Manangan AP, Iwane MK, et al. Respiratory syncytial virus circulation in seven countries with Global Disease Detection Regional Centers. J Infect Dis 2013; 208(Suppl 3):S246-54. http://dx.doi.org/10.1093/infdis/jit515
  • 2. Wright M, Piedimonte G. Respiratory syncytial virus prevention and therapy: past, present, and future. Pediatr Pulmonol 2011; 46:324-47. http://dx.doi.org/10.1002/ppul.21377
  • 3. Boyer KM, Jacobson PA. Viral and atypical pneumonia. Philadelphia: Lippincott Williams&Wilkins; 2006: 408-11.
  • 4. Ostlund MR, Wirgart BZ, Linde A, Grillner L. Respiratory virus infections in Stockholm during seven seasons: a retrospective study of laboratory diagnosis. Scand J Infect Dis 2004; 36:460-5. http://dx.doi.org/10.1080/00365540410015295
  • 5. Naorat S, Chittaganpitch M, Thamthitiwat S, et al. Hospitalizations for acute lower respiratory tract infection due to respiratory syncytial virus in Thailand, 2008-2011. J Infect Dis 2013; 208(Suppl 3):S238-45. http://dx.doi.org/10.1093/infdis/jit456
  • 6. Kumar P, McKean MC. Evidence based paediatrics: review of BTS guidelines for the management of community acquired pneumonia in children. J Infect 2004; 48:134-8. http://dx.doi.org/10.1016/j.jinf.2003.10.013
  • 7. Puppe W, Weigl JA, Aron G, et al. Evaluation of a multiplex reverse transcriptase PCR ELISA for the detection of nine respiratory tract pathogens. J Clin Virol 2004; 30:165-74. http://dx.doi.org/10.1016/j.jcv.2003.10.003
  • 8. Kocabaş E, Doğru Ersöz D, Karakoç F, et al. Türk Toraks Derneği çocuklarda toplumda gelişen pnömoni tanı ve tedavi uzlaşı raporu. Türk Toraks Dergisi 2009; 10(Ek3).
  • 9. Iwane MK, Edwards KM, Szilagyi PG, et al. Population-based surveillance for hospitalizations associated with respiratory syncytial virus, influenza virus, and parainfluenza viruses among young children. Pediatrics 2004; 113:1758-64. http://dx.doi.org/10.1542/peds.113.6.1758
  • 10. Shafik CF, Mohareb EW, Youssef FG. Comparison of direct fluorescence assay and real-time rt-PCR as diagnostics for respiratory syncytial virus in young children. J Trop Med 2011; 2011:781919. http://dx.doi.org/10.1155/2011/781919
  • 11. Müller-Pebody B, Edmunds WJ, Zambon MC, Gay NJ, Crowcroft NS. Contribution of RSV to bronchiolitis and pneumonia-associated hospitalizations in English children, April 1995-March 1998. Epidemiol Infect 2002; 129:99-106. http://dx.doi.org/10.1017/s095026880200729x
  • 12. Pecchini R, Berezin EN, Felicio MC, et al. Incidence and clinical characteristics of the infection by the respiratory syncytial virus in children admitted in Santa Casa de São Paulo Hospital. Braz J Infect Dis 2008; 12:476-9. http://dx.doi.org/10.1590/S1413-86702008000600006
  • 13. Sancaklı Ö, Yenigün A, Kırdar S. Alt solunum yolu enfeksiyonunda nazofaringeal örneklerde polimeraz zincir reaksiyonu sonuçları. J Pediatr Inf 2012; 6:84-9. http://dx.doi.org/10.5152/ced.2012.26
  • 14. Bicer S, Giray T, Çöl D, et al. Virological and clinical characterizations of respiratory infections in hospitalized children. Ital J Pediatr 2013; 39:22. http://dx.doi.org/10.1186/1824-7288-39-22
  • 15. Türk Neonatoloji Derneği Respiratuar Sinsityal Virüs Enfeksiyonları Çalışma Grubu. Türkiye’de respiratuvar sinsityal virüs enfeksiyonlarının mevsimsel özellikleri: iki yıllık epidemiyoloji çalışması. Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Dergisi 2012; 55:1-8.
  • 16. Hacimustafaoglu M, Celebi S, Bozdemir SE, et al. RSV frequency in children below 2 years hospitalized for lower respiratory tract infections. Turk J Pediatr 2013; 55:130-9.
  • 17. Hacımustafaoğlu M. RSV İnfeksiyonları. ANKEM Derg 2006; 20(Ek 2):E240-7.
  • 18. Yilmaz G, Uzel N, Isik N, Baysal SU, Aslan S, Badur S. Viral lower respiratory tract infections in children in Istanbul, Turkey. Pediatr Infect Dis J 1999; 18:173. http://dx.doi.org/10.1097/00006454-199902000-00022
  • 19. Tanır G, Doğru Ü, Uzunali Ö, Akar N. Viral alt solunum yolu enfeksiyonu bulguları olan bebeklerde Respiratory Sinsityal Virus (RSV) enfeksiyonlarının sıklığı ve klinik özellikleri. Türkiye Klinikleri J Pediatr 2000; 9:93-7.
  • 20. Kayıran SM, Paloğlu E, Gürakan B. Bronşiyolit tanısıyla izlenen küçük çocuklarda RSV sıklığı, klinik ve laboratuvar özellikleri. Turk Pediatri Ars 2010; 45:252-6. http://dx.doi.org/10.4274/tpa.45.252
  • 21. Uyar M, Kuyucu N, Tezcan S, Aslan G, Tasdelen B. Bronşiyolit tanısı alan 0-2 yaş grubu çocuklarda insan bokavirus ve diğer solunum viruslarının sıklığının araş- tırılması. Mikrobiyol Bul 2014; 48:242-58. http://dx.doi.org/10.5578/mb.7575
  • 22. Gokalp C, Gokahmetoglu S, Saatci Deniz ES, Gunes T. Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sinsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması. Mikrobiyol Bul 2009; 43:433-8.
  • 23. Landry ML, Ferguson D. SimulFluor respiratory screen for rapid detection of multiple respiratory viruses in clinical specimens by immunofluorescence staining. J Clin Microbiol 2000; 38:708-11.
  • 24. Gregson D, Lloyd T, Buchan S, Church D. Comparison of the RSV respi-strip with direct fluorescent-antigen detection for diagnosis of respiratory syncytial virus infection in pediatric patients. J Clin Microbiol 2005; 43:5782-3. http://dx.doi.org/10.1128/JCM.43.11.5782-5783.2005
  • 25. Henrickson KJ, Hall CB. Diagnostic assays for respiratory syncytial virus disease. Pediatr Infect Dis J 2007; 26(11 Suppl):S36-40. http://dx.doi.org/10.1097/INF.0b013e318157da6f
  • 26. Jacobsen D, Ackerman P, Payne NR. Rapid identification of respiratory syncytial virus infections by direct fluorescent antibody testing: reliability as a guide to patient cohorting. Am J Infect Control 1991; 19:73-8. http://dx.doi.org/10.1016/0196-6553(91)90042-B
  • 27. Abu-Diab A, Azzeh M, Ghneim R, et al. Comparison between pernasal flocked swabs and nasopharyngeal aspirates for detection of common respiratory viruses in samples from children. J Clin Microbiol 2008; 46:2414-7. http://dx.doi.org/10.1128/JCM.00369-08
  • 28. Walsh P, Nguyen TA, Higashida K, et al. Do infants and toddlers prefer nasal swabs or washes for specimen collection? Pediatr Infect Dis J 2010; 29:1156-7. http://dx.doi.org/10.1097/INF.0b013e3181fb45ae
  • 29. Debyle C, Bulkow L, Miernyk K, et al. Comparison of nasopharyngeal flocked swabs and nasopharyngeal wash collection methods for respiratory virus detection in hospitalized children using real-time polymerase chain reaction. J Virol Methods 2012; 185:89-93. http://dx.doi.org/10.1016/j.jviromet.2012.06.009
  • 30. Thorburn K. Pre-existing disease is associated with a significantly higher risk of death in severe respiratory syncytial virus infection. Arch Dis Child 2009; 94:99- 103. http://dx.doi.org/10.1136/adc.2008.139188
  • 31. Rowlinson E, Dueger E, Taylor T, et al. Incidence and clinical features of respiratory syncytial virus infections in a population-based surveillance site in the Nile Delta Region. J Infect Dis 2013; 208(Suppl 3):S189-96. http://dx.doi.org/10.1093/infdis/jit457
APA Sağlık İ, MUTLU D, ÖNGÜT G, VELİPAŞAOĞLU GÜNEY S, Ogunc D, Çolak D (2015). Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması. , 22 - 29.
Chicago Sağlık İmran,MUTLU Derya,ÖNGÜT Gözde,VELİPAŞAOĞLU GÜNEY Sevtap,Ogunc Dilara,Çolak Dilek Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması. (2015): 22 - 29.
MLA Sağlık İmran,MUTLU Derya,ÖNGÜT Gözde,VELİPAŞAOĞLU GÜNEY Sevtap,Ogunc Dilara,Çolak Dilek Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması. , 2015, ss.22 - 29.
AMA Sağlık İ,MUTLU D,ÖNGÜT G,VELİPAŞAOĞLU GÜNEY S,Ogunc D,Çolak D Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması. . 2015; 22 - 29.
Vancouver Sağlık İ,MUTLU D,ÖNGÜT G,VELİPAŞAOĞLU GÜNEY S,Ogunc D,Çolak D Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması. . 2015; 22 - 29.
IEEE Sağlık İ,MUTLU D,ÖNGÜT G,VELİPAŞAOĞLU GÜNEY S,Ogunc D,Çolak D "Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması." , ss.22 - 29, 2015.
ISNAD Sağlık, İmran vd. "Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması". (2015), 22-29.
APA Sağlık İ, MUTLU D, ÖNGÜT G, VELİPAŞAOĞLU GÜNEY S, Ogunc D, Çolak D (2015). Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 45(1), 22 - 29.
Chicago Sağlık İmran,MUTLU Derya,ÖNGÜT Gözde,VELİPAŞAOĞLU GÜNEY Sevtap,Ogunc Dilara,Çolak Dilek Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 45, no.1 (2015): 22 - 29.
MLA Sağlık İmran,MUTLU Derya,ÖNGÜT Gözde,VELİPAŞAOĞLU GÜNEY Sevtap,Ogunc Dilara,Çolak Dilek Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, vol.45, no.1, 2015, ss.22 - 29.
AMA Sağlık İ,MUTLU D,ÖNGÜT G,VELİPAŞAOĞLU GÜNEY S,Ogunc D,Çolak D Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2015; 45(1): 22 - 29.
Vancouver Sağlık İ,MUTLU D,ÖNGÜT G,VELİPAŞAOĞLU GÜNEY S,Ogunc D,Çolak D Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2015; 45(1): 22 - 29.
IEEE Sağlık İ,MUTLU D,ÖNGÜT G,VELİPAŞAOĞLU GÜNEY S,Ogunc D,Çolak D "Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması." Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 45, ss.22 - 29, 2015.
ISNAD Sağlık, İmran vd. "Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması". Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 45/1 (2015), 22-29.