MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR

BAŞTUĞ, Turgut; TUNA, Onur

MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR

Onur TUNA, (TOBB University)

Turgut BAŞTUĞ (TOBB University)

Journal of the Turkish Chemical Society, Section A: Chemistry

2 0

Yıl: 2015 Cilt: 2 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 5 - 7 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR

Öz:

Nikotinik Asetilkolin Reseptörler (nAChR) analjezikler gibi ilaçların keşfinde önemli bir rol oynamaktadır. Alfa-konotoksin SI (SI) koni salyangozun zehrinde bulunan 13 aminoasitli bir peptiddir. Yeni ilaçlar keşfetmek için bu peptidlerin etkileşimlerinin araştırılması önemlidir. Moleküler etkileşimleri deneysel olarak araştırmak neredeyse imkansızdır. Bu durumda, Moleküler Dinamik (MD) simülasyonları gibi hesaplamalı teknikler bu etkileşim mekanizmalarını ortaya çıkarmak için kullanılır. nAChR için saflaştırılmış bir yapı Unwin N. tarafından 2005'te yayınlanmıştır. [1] HADDOCK ve NAMD yazılım paketleri kullanarak sırasıyla kenetlenme ve MD simülasyonları gerçekleştirdik. MD çalışmalarımızın en olası bağlanma bölgelerini ve SI'nın nAChR için afinitesini etkileyen önemli aminoasitleri sunan önceki deneysel çalışmalarla uyumlu olduğunu gösterdik. Verimli bir yaklaşım kullanarak Ortalama Kuvvet Potansiyeli hesaplarından nAChR ve SI etkileşim mekanizmasını ortaya çıkardık.

Anahtar Kelime:

Konular: Mühendislik, Kimya

ALFA-KONOTOKSIN SI’NIN nAChR’YE BAĞLANMASININ MOLEKÜLER DINAMIK ARAŞTIRMASI

Öz:

Nicotinic Acetylcholine Receptors (nAChR) play an important role in drug discovery such as analgesics. Alpha-conotoxin SI (SI) is a 13-aminoacide peptide which exists in the venom of sea cone shell. It is crucial to investigate the interaction of such peptides for discovering novel drugs. It is almost impossible to investigate the molecular interactions using experimental techniques. At this stage, computational studies such as molecular dynamics (MD) simulations are used to demonstrate such interaction mechanisms. A refined structure for nAChR (Figure 1) was published by Unwin N. in 2005 [1]We have carried out docking and MD simulations using HADDOCK and NAMD softwarepackages respectively. We show that our MD studies are in agreement with the previousexperimental studies [2,3] which present the most possible binding sites and interactionmechanism of nAChR and SI from Potential of Mean Force calculations using a costefficientapproach.

Anahtar Kelime:

Konular: Mühendislik, Kimya

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

[1] Unwin N. J. Mol. Bio., 346, 967-989, (2005).
[2] Duncan R. G., William R. G., and Stewart N. A. Biochem., 36, 6469-6474, (1997).
[3] Richard M. H., One R. P., and Vesna A. E., Biochem., 33, 14058-14063, (1994).

APA	TUNA O, BAŞTUĞ T (2015). MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR. , 5 - 7.
Chicago	TUNA Onur,BAŞTUĞ Turgut MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR. (2015): 5 - 7.
MLA	TUNA Onur,BAŞTUĞ Turgut MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR. , 2015, ss.5 - 7.
AMA	TUNA O,BAŞTUĞ T MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR. . 2015; 5 - 7.
Vancouver	TUNA O,BAŞTUĞ T MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR. . 2015; 5 - 7.
IEEE	TUNA O,BAŞTUĞ T "MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR." , ss.5 - 7, 2015.
ISNAD	TUNA, Onur - BAŞTUĞ, Turgut. "MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR". (2015), 5-7.

APA	TUNA O, BAŞTUĞ T (2015). MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR. Journal of the Turkish Chemical Society, Section A: Chemistry, 2(2), 5 - 7.
Chicago	TUNA Onur,BAŞTUĞ Turgut MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR. Journal of the Turkish Chemical Society, Section A: Chemistry 2, no.2 (2015): 5 - 7.
MLA	TUNA Onur,BAŞTUĞ Turgut MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR. Journal of the Turkish Chemical Society, Section A: Chemistry, vol.2, no.2, 2015, ss.5 - 7.
AMA	TUNA O,BAŞTUĞ T MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR. Journal of the Turkish Chemical Society, Section A: Chemistry. 2015; 2(2): 5 - 7.
Vancouver	TUNA O,BAŞTUĞ T MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR. Journal of the Turkish Chemical Society, Section A: Chemistry. 2015; 2(2): 5 - 7.
IEEE	TUNA O,BAŞTUĞ T "MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR." Journal of the Turkish Chemical Society, Section A: Chemistry, 2, ss.5 - 7, 2015.
ISNAD	TUNA, Onur - BAŞTUĞ, Turgut. "MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR". Journal of the Turkish Chemical Society, Section A: Chemistry 2/2 (2015), 5-7.