Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu
Yıl: 2017 Cilt: 21 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 570 - 577 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.19113/sdufbed.67694 İndeks Tarihi: 23-11-2018
Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu
Öz: Çalışmada; Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü (BATEM) ve Karadeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsüne (KTAE) ait 35 adet kendilenmiş cin mısır hattı moleküler analize tabi tutulmuştur. Moleküler karakterizasyon için 21 adet SSR primeri kullanılmış ve hatlar arasındaki genetik uzaklıklar tespit edilmeye çalışılmıştır. Araştırma sonucunda; kümeleme analizi ile elde edilen dendograma göre cin mısır hatları 2 ana ve 5 alt gruba ayrılmıştır. Çalışmada kullanılan hatlar 0.44 ile 0.95 aralığında benzerlik göstermişlerdir. Çalışmada kullanılan hatlardan 9 ve 28 nolu hatlar yakın akraba bulunur iken, 1 ve 23 nolu hatların uzak akraba bulunmuştur. Elde edilen bu sonuca göre BATEM ve KTAE ait kendilenmiş cin mısır hatları arasında genetik olarak bir varyasyonun olduğu tespit edilmiştir.
Anahtar Kelime: Molecular Characterization of Popcorn Inbred Lines by Using SSR Primers
Öz: In this study, 35 popcorn inbred lines that belong to West Akdeniz Agricultural Research Institute (BATEM) and Black Sea Agricultural Research Institute (KTAE) were subjected to molecular analysis. 21 SSR primers were used to determine genetic distances among genotypes for molecular characterization. According to the unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) cluster analysis, popcorn inbred lines were divided in to 2 main and 5 sub-clusters. Similarity coefficient was changed between 0.44 and 0.95 among inbred lines. The nearest genetic similarity was detected between 9 and 28 number. On the other hand, 1 and 9 numbered lines were found to be the most distant relatives. The results of the study revealed a genetic variation in the popcorn inbred lines that belong to West Mediterranean Agricultural Research Institute and Black Sea Agricultural Research Institute.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
- [34] Okumuş, A., Öz, A., Mercan, L., ve Kapar, H. 2009. Kendilenmiş At Dişi Mısır Hatlarında Moleküler Genetik Analiz (SSR) Yöntemi İle Yüksek Verimli Muhtemel Hibrit Anaçlarının Belirlenmes, TÜBİTAK 1050504 nolu projenin sonuç raporu.
- Hildebrand, CE; Torney, DC; and Wagner, RP; 1992. Informativeness of polymorphic DNA markers. Los Alamos Science 20:100-102.
- Da Silva,T.A., Cantagalli, l.,B., Saavedra, J., Lopes,. A.D., Mangolin, C.A., Machado, M.F.P. and Scapim, C.A. 2015. Population structure and genetic diversity of Brazilian popcorn germplasm inferred by microsatellite markers. Electronic Journal of Biotechnology, 18(3),181- 187.
- Pabendon, M.B., Mejayaa, M.J., Koswarab J, and Aswidinnoorb, H. 2009. Ssr-Based Genetic Diversities Among Maize Inbred Lines And Their Relationships With F1 Phenotypic Data Of Mr4 And Mr14 Testcrosses. Indonesian Journal of Agriculture, 26,69-77.
- Laborda, P.R., Oliveira, K.M, Garcia, A.A.F., Paterniani, M.E.A.G.Z., and Souza, A.P. 2005. Tropical Maize Germplasm: What Can We Say About Its Genetic Diversity In The Light of Molecular Markers. Theoretical and Applied Genetics, 111: 1288-1299.
- Beyene Y., Botha, A.M., and Myburg, A.A. 2005. A comparative study of molecular and morphological methods of describing genetic relationships in traditional ethiopian highland maize, African Journal of Biotechnology, 4(7), 586-595.
- Xu, S.X., Liu, J., and Liu, G.S. 2004. The use of SSRs for predicting the hybird yield and yield heterosis in 15 key inbred lines of Chinese maize, Hereditas, 141, 207-215.
- Li, Y.L., L.V., D.B., Wang, Y.Z., Chen, S.J., and Tang, J.H. 2004. Study on genetic diversity of popcorn inbred and their germplasm relationship eith normal corn inbreds using SSRmarker. Maydica, 49, 327-333.
- Remington,D.L., Thornberry, J.M., Matsuoka, Y., Wilson, L.M., Whitt, S.R., Doebley, J., Kresovich, S., Goodman, M.M., and Buckler E.S. 2001. Structure of Linkage disequilibrium and phenotypic associations in the maize genome.PNAS, 98 (20), 11479-11484.
- Trindade, A.P.R., Pinto, R.J.B., Amaral Júnior, A.T., Mangolin,C.A., Machado, M.F.P.S., and Scapim,C.A. 2010. Genetic diversity of breeding popcorn lines determined by SSR markers. Electronic Journal of Biotechnology, 13(1), 1-11.
- Cheng-Lai, W., Qian,-Qian, Z., Bing-Zue, D., Sheng-Fu, L., and Chun-Qıng, Z. 2010. Analysis of Genetic Structure and Relationships of Maize Inbred Lines in China, Acta Agronomica Sinica, 36 (11): 1821-1831.
- Dandolini, T.S., Scapim,C.A., Amaral J.,A.T., Mangolin, C.A., Machado, M.F.P.S., Mott, A.S. and Lopes, A.D. 2008. Genetic divergence in popcorn lines detected by microsatellite markers. Crop Breeding and Applied Biotechnology, 8(4), 313- 320.
- Da Silva,T.A., Pinto,R.J.B., Scapim,C.A., Mangolin,C.A., Machado,M.F.P.S., and Carvalho, M.S.N. 2009. Genetic divergence in popcorn genotypes using microsatellites in bulk genomic DNA.Crop Breeding and Applied Biotechnology 9(1), 31-36.
- Kostova, A., Todorovska, E., Christov, N., Sevov, V., and Atanassov, A.I. 2006. Molecular characterization of Bulgarian maize germplasm collection via SSR markers. Biotechnol. & Biotechnol, 20 (2), 29-36
- Nei M. 1972. Genetic distance between population. The American Naturalist, 106 (949), 283-292.
- Yeh,F.C., Yang,R.C., Boyle,T.B.J., Ye,Z.H. and Mao,J.X. 1997. POPGENE,The user-friendly shareware for population genetic analysis, Moleculer Biology and Biotechnology Centre, University of Alberta, Canada.
- Glaubitz, J.C. 2004. CONVERT: A user-friendly program to reformat diploid genotypic data for commonly used population genetic software packages. Moleculer Ecology Notes, 4, 309-310.
- Warburton, M.L., Xianchun, X., Crossa, J., Franko, J., Melchinger, A.E.,Frisch, M., Bohn, M. and Hoisington, D. 2002. Genetic characterization of CIMMYT inbred maize lines and open pollinated populations using large scale fingerprinting methods. Crop Science, 42(6), 1832–1840.
- Aldrich, J., and Cullis, C. A. 1993. RAPD analysis in flax: optimization of yield and reproducibility using KlenTaq 1 DNA polymerase, chelex 100, and gel purification of genomic DNA. Plant Molecular Biology Reporter. 11 (2), 128–141
- Powel, W., Morgante, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, J., Tingey, S., and Rafalski, A. 1996. The Comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) Markers for Germplasm Analysis. Molecular Breeding 2 (3), 225-238.
- Matsuoka Y., Vigouroux, Y., Goodman, M.M., Sanchez, J., Buckler, E., and Doebley, J. A. 2002. Single domestication for maize shown by multilocus microsatellite genotyping, Proceedings of the National Academy of the USA 99(9), 6080-6084.
- Cömertpay, A. 2008. Yerel mısır populasyonlarinin morfolojik ve dna moleküler işaretleyicilerinden ssr tekniği ile karakterizasyonu. Çukorova Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Anabilim Dalı, Doktora Tezi, Adana.
- Mohammadi, S. A. and Prasanna, B. M., 2003. Analysis of Genetic Diversity in Crop Plants— Salient Statistical Tools and Considerations. Crop Science ,43,1235-1248.
- Erdal, Ş. 2014. Kendilenmiş mısır hatlarinin kuraklik stresine tolerans düzeylerinin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu. Süleyman Demirel Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Anabilim Dalı, Doktora Tezi, Isparta.
- East, E. M., 1908. Inbreeding in Corn. Report of the Connecticut Agricultural Experiment Station, 419–428.
- Shull, G.H. 1911. The Genotypes of Maize. Amer. Nat. 45, 234-252.
- Shull, G.H. 1908. The Composition of Field Maize. Report of the American Breeders Association. 4, 296-301
- Crow, J.F., 1948. Alternative Hypotheses Of Hybrid Vigor. Genetics, 33, 477-487.
- Shull, G.H. 1914. Duplicate Genes for Capsule Form in Bursa Bursa-Pastoris. J. Ind. Abst. Vererb. 12,97-149.
- Cruz, C.D., Regazzi, A.J. and Carneiro,P.C.S. 2004. Modelos biometricos aplicados ao melhoramento genetico. Ed:Editora UFV, 1: 480.
- Dickerson G.W. 2003. Specialty corns, http://aces.nmsu.edu/pubs/_h/h- 232.pdf, (Erişim tarihi 06.01.2014).
- Anonymous 2015. Popcorn profili, http://www.agmrc.org/commodities__products /grains__oilseeds/corn_grain/popcorn-profile/ (Erişim tarihi: 13.12.2015).
- Galinat, W.C. 1988. The origin of corn, p. 1–32. In: G.F. Sprague and J.W. Dudley (eds.). Corn and corn improvement. Amer. Soc. Agron., Madison, Wis.
- Brunson, A. M. 1955. Popcorn, in Corn and Corn Improvement, Sprague, G. F., Ed., American Society of Agronomy, Madison, WI, 423.
| APA | ÇAKIR E, SADE B, SOYLU S, ERDAL Ş, BOYACI H (2017). Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. , 570 - 577. 10.19113/sdufbed.67694 |
| Chicago | ÇAKIR Elif,SADE Bayram,SOYLU Süleyman,ERDAL Şekip,BOYACI Hatice Filiz Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. (2017): 570 - 577. 10.19113/sdufbed.67694 |
| MLA | ÇAKIR Elif,SADE Bayram,SOYLU Süleyman,ERDAL Şekip,BOYACI Hatice Filiz Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. , 2017, ss.570 - 577. 10.19113/sdufbed.67694 |
| AMA | ÇAKIR E,SADE B,SOYLU S,ERDAL Ş,BOYACI H Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. . 2017; 570 - 577. 10.19113/sdufbed.67694 |
| Vancouver | ÇAKIR E,SADE B,SOYLU S,ERDAL Ş,BOYACI H Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. . 2017; 570 - 577. 10.19113/sdufbed.67694 |
| IEEE | ÇAKIR E,SADE B,SOYLU S,ERDAL Ş,BOYACI H "Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu." , ss.570 - 577, 2017. 10.19113/sdufbed.67694 |
| ISNAD | ÇAKIR, Elif vd. "Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu". (2017), 570-577. https://doi.org/10.19113/sdufbed.67694 |
| APA | ÇAKIR E, SADE B, SOYLU S, ERDAL Ş, BOYACI H (2017). Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 21(2), 570 - 577. 10.19113/sdufbed.67694 |
| Chicago | ÇAKIR Elif,SADE Bayram,SOYLU Süleyman,ERDAL Şekip,BOYACI Hatice Filiz Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 21, no.2 (2017): 570 - 577. 10.19113/sdufbed.67694 |
| MLA | ÇAKIR Elif,SADE Bayram,SOYLU Süleyman,ERDAL Şekip,BOYACI Hatice Filiz Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, vol.21, no.2, 2017, ss.570 - 577. 10.19113/sdufbed.67694 |
| AMA | ÇAKIR E,SADE B,SOYLU S,ERDAL Ş,BOYACI H Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi. 2017; 21(2): 570 - 577. 10.19113/sdufbed.67694 |
| Vancouver | ÇAKIR E,SADE B,SOYLU S,ERDAL Ş,BOYACI H Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi. 2017; 21(2): 570 - 577. 10.19113/sdufbed.67694 |
| IEEE | ÇAKIR E,SADE B,SOYLU S,ERDAL Ş,BOYACI H "Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu." Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 21, ss.570 - 577, 2017. 10.19113/sdufbed.67694 |
| ISNAD | ÇAKIR, Elif vd. "Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu". Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 21/2 (2017), 570-577. https://doi.org/10.19113/sdufbed.67694 |
