Yıl: 2018 Cilt: 29 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 121 - 126 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 28-05-2019

Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması

Öz:
İnsan norovirüsü (HNoV), çevresel etkenlere oldukça dirençli bir RNA virüsüdür ve akut viral gastroenteritin nedeni olan ana etkenlerden birisidir. Hızlı evrim yeteneği nedeniyle 7 genogrubu vardır ve bunlardan GI, GII ve GIV insan enfeksiyonları ile ilişkilidir. Sular HNoV için salgın aracı olarak tanımlamaktadır. Bu bilgiler ışığında, çalışmamızda, lokal kuyular ve derelerden alınan su numunelerinde özellikle insanlarda enfeksiyonları ile ilişkili HNoV genogrup (G)I, GII ve GIV varlığının gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (real-time PCR) ile tanımlanarak moleküler epidemiyolojik bir veri sağlanması amaçlanmıştır.Çalışma için lokal kuyulardan ve derelerden, Ocak 2017 – Ocak 2018 döneminde toplanan 60 adet su numunesi çalışmamıza dahil edildi. RNA izolasyonu ve cDNA sentezi sonrası HNoV GI, GII ve GIV spesifik primer problar ile LightCycler 480 sisteminde real-time PCR yöntemi ile çalışıldı ve sonuçlar değerlendirildi.Çalışmamıza dâhil edilen 60 numunede, HNoV GII’nin %10 düzeyinde saptandığı, bunu sırasıyla GI (%5) ve GIV (%1.67) varlığının takip ettiği tespit edildi. 10 numunede (%16.67) HNoV GI, GII ve GIV pozitifliği bulundu. Lokal kuyulardan 3 (%8.57) tanesinde ve derelerden alınan numunelerden de 7 (%28) tanesinde pozitiflik saptandı.Sonuç olarak, ülkemizde ilk defa kuyu suları ve derelerden alınan sularla yaptığımız çalışmamızla, moleküler epidemiyolojik olarak HNoV varlığını saptadık. HNoV’lar arasında GII’nin ön planda tutulması gerektiğini ama GI ve GIV’ünde bulunduğunu tespit ettik. HNoV için salgınlarında sular göz önünde bulundurulmalı ve gelişen moleküler tekniklerle, sular gibi önemli enfeksiyon kaynaklarından epidemiyolojik veriler sağlanarak durum ortaya konabilir ve bu bilgiler ile bölgesel aşı geliştirme çalışmaları içinde ön veriler sağlanabileceği kanaatindeyiz.
Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Balıkçılık Mikrobiyoloji Viroloji Genetik ve Kalıtım

Determination of Norovirus Genogroups Associated with Human İnfections in Water by Real-Time PCR Method

Öz:
Human norovirus (HNoV) is a RNA virus that is highly resistant to environmental conditions and is one of the main causes of acute viral gastroenteritis. It has 7 genogroups, due to ability of rapid evolution, and which genogrup (G)I, GII and GIV are associated with human infections. The waters describe HNoV as an epidemic source. Aim of this study was to provide molecular epidemiological data by using real-time polymerase chain reaction (real-time PCR) of HNoV GI, GII and GIV presence related to infections in water samples taken from local underground waters and creeks. Sixty (60) water samples collected from local underground waters and creeks, between January 2017 and January 2018, were included in our study. After RNA isolation and cDNA synthesis, HNoV GI, GII and GIV specific primary and probes were used on LightCycler 480 system by real-time PCR method and the results were evaluated. In the 60 samples included in our study, it was found that HNoV GII was detected at 10% level, followed by GI (5%) and GIV (1.67%) respectively. HNoV GI, GII and GIV positivity were found in 10 samples (16.67%). 3 (8.57%) of the local underground waters and 7 (28%) of the creeks water samples were found positive. As a result, we determined the presence of HNoV by molecular epidemiology in our country for the first time in our study with water taken from underground waters and creeks. We found that GII should be in the forefront of HNoVs, but it was found in GI and GIV. For HNoV, water should be considered in outbreaks, and epidemiological data can be obtained from important sources of infection, such as water, by developing molecular techniques, and we believe that data in this study can be important epidemiologically and can be used for regional vaccine development studies.
Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Balıkçılık Mikrobiyoloji Viroloji Genetik ve Kalıtım
Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
0
0
0
  • Atmar RL, (2010). Noroviruses – State of the Art. Food and environmental virology. 2(3), 117-126. doi:10.1007/ s12560-010-9038-1.
  • Aw TG, Gin KY-H, Ean Oon LL, Chen EX, Woo CH, (2009). Prevalence and Genotypes of Human Noroviruses in Tropical Urban Surface Waters and Clinical Samples in Singapore. Applied and Environmental Microbiology. 75(15), 4984-4992. doi:10.1128/AEM.00489-09.
  • Da Silva AK, Le Saux J-C, Parnaudeau S, Pommepuy M, Elimelech M, Le Guyader FS, (2007). Evaluation of Removal of Noroviruses during Wastewater Treatment, Using Real-Time Reverse Transcription-PCR: Different Behaviors of Genogroups I and II. Applied and Environmental Microbiology. 73(24), 7891-7897. doi:10.1128/AEM.01428-07.
  • Delgado-Gardea MCE, Tamez-Guerra P, Gomez-Flores R, Mendieta-Mendoza A, Zavala-Díaz de la Serna FJ, Contreras-Cordero JF, Erosa-de la Vega G, Pérez-Recoder MC, Sánchez-Ramírez B, González-Horta C, Infante- Ramírez R, (2017). Prevalence of Rotavirus Genogroup A and Norovirus Genogroup II in Bassaseachic Falls National Park Surface Waters in Chihuahua, Mexico. International Journal of Environmental Research and Public Health.14(5), 482. doi:10.3390/ijerph14050482.
  • Huang X-Y, Su J, Lu Q-C, Li SZ, Zhao JY, Li ML, Li Y, Shen X-J, Zhang B-F, Wang H-F, Mu Y-J, Wu S-Y, Du Y-H, Liu L-C, Chen W-J, Klena JD, Xu B-L, (2017). A large outbreak of acute gastroenteritis caused by the human norovirus GII.17 strain at a university in Henan Province, China. Infectious Diseases of Poverty. 6, 6. doi:10.1186/ s40249-017-0236-z.
  • Jalava K, Rintala H, Ollgren J, Maunula L, Gomez-Alvarez V, Revez J, Palander M, Antikainen J, Kauppinen A, Räsänen P, Siponen S, Nyholm O, Kyyhkynen A, Hakkarainen S, Merentie J, Pärnänen M, Loginov R, Ryu H, Kuusi M, Siitonen A, Miettinen I, Santo Domingo JW, Hänninen M-L & Pitkänen T, (2014). Novel Microbiological and Spatial Statistical Methods to Improve Strength of Epidemiological Evidence in a Community-Wide Waterborne Outbreak. PLoS ONE. 9(8), e104713. doi:10.1371/journal.pone.0104713.
  • Joung HK, Han SH, Park S-J, Jheong WH, Ahn TS, Lee JB, Jeong Y-S, Jang KL, Lee G-C, Rhee O-J, Park J-W, Paik SY, (2013). Nationwide Surveillance for Pathogenic Microorganisms in Groundwater near Carcass Burials Constructed in South Korea in 2010. International Journal of Environmental Research and Public Health. 10(12), 7126-7143. doi:10.3390/ijerph10127126.
  • Kaplan JE, Goodman RA, Schonberger LB, Lippy EC, Gary GW, (1982). Gastroenteritis due to Norwalk virus: an outbreak associated with a municipal water system. J Infect Dis. 146(2), 190-197.
  • Kauppinen A, Miettinen IT, (2017). Persistence of Norovirus GII Genome in Drinking Water and Wastewater at Different Temperatures. Pathogens. 6(4), 48. doi:10.3390/ pathogens6040048.
  • Kazama S, Miura T, Masago Y, Konta Y, Tohma K, Manaka T, Liu X, Nakayama D, Tanno T, Saito M, Oshitani H, Omura T, (2017). Environmental Surveillance of Norovirus Genogroups I and II for Sensitive Detection of Epidemic Variants. Applied and Environmental Microbiology. 83(9), e03406-16. doi:10.1128/AEM.03406-16.
  • Kim MS, Koo ES, Choi YS, Kim JY, Yoo CH, Yoon HJ, Kim T-O, Choi HB, Kim JH, Choi JD, Park K-S, Shin Y, Kim Y-M, Ko GP, Jeong YS, (2016). Distribution of Human Norovirus in the Coastal Waters of South Korea. PLoS ONE. 11(9),e0163800. doi:10.1371/journal.pone.0163800.
  • Koo ES, Kim MS, Choi YS, Park K-S, Jeong YS. (2017). Occurrence of novel GII.17 and GII.21 norovirus variants in the coastal environment of South Korea in 2015. PLoS ONE. 12(2), e0172237. doi:10.1371/journal.pone.0172237.
  • Lee B-R, Lee S-G, Park J-H, Kim KY, Ryu SR, Rhee OJ, Park J-W, Lee J-S, Paik S-Y, (2013). Norovirus Contamination Levels in Ground Water Treatment Systems Used for Food-Catering Facilities in South Korea. Viruses. 5(7), 1646-1654. doi:10.3390/v5071646.
  • Lodder WJ, de Roda Husman AM, (2005). Presence of Noroviruses and Other Enteric Viruses in Sewage and Surface Waters in The Netherlands. Applied and Environmental Microbiology. 71(3), 1453-1461. doi:10.1128/AEM.71.3.1453-1461.2005.
  • Masago Y, Konta Y, Kazama S, Inaba M, Imagawa T, Tohma K, Saito M, Suzuki A, Oshitani H, Omura T, (2016). Comparative Evaluation of Real-Time PCR Methods for Human Noroviruses in Wastewater and Human Stool. PLoS ONE. 11(8), e0160825. doi:10.1371/journal.pone.0160825.
  • Miura T, Parnaudeau S, Grodzki M, Okabe S, Atmar RL, Le Guyader FS (2013). Environmental Detection of Genogroup I, II, and IV Noroviruses by Using a Generic Real-Time Reverse Transcription-PCR Assay. Applied and Environmental Microbiology. 79(21), 6585-6592. doi:10.1128/AEM.02112-13.
  • Pouillot R, Van Doren JM, Woods J, Plante D, Smith M, Goblick G, Roberts C, Locas A, Hajen W, Stobo J, (2015). Meta-Analysis of the Reduction of Norovirus and Male- Specific Coliphage Concentrations in Wastewater Treatment Plants. Applied and Environmental Microbiology. 81(14), 4669-4681. doi:10.1128/AEM.00509-15.
  • Schultz AC, Perelle S, Di Pasquale S, Kovac K, De Medici D, Fach P, Sommer HM, Hoorfar J, (2011). Collaborative validation of a rapid method for efficient virus concentration in bottled water. Int J Food Microbiol. 1;145 Suppl 1:S158- 66. doi: 10.1016/j.ijfoodmicro.2010.07.030.
  • Siqueira JAM, Bandeira R da S, Oliveira D de S, dos Santos LFP, Gabbay YB (2017). Genotype diversity and molecular evolution of noroviruses: A 30-year (1982- 2011) comprehensive study with children from Northern Brazil. PLoS ONE. 12(6), e0178909. doi:10.1371/journal. pone.0178909.
  • Timurkan MÖ, Aydin H, Aktaş O, (2017). Frequency and molecular characterization of human norovirus in Erzurum, Turkey. Turk J Med Sci. 12;47(3), 960-966. doi: 10.3906/sag-1509-87.
  • Vantarakis A, Mellou K, Spala G, Kokkinos P, Alamanos Y, (2011). A Gastroenteritis Outbreak Caused by Noroviruses in Greece. International Journal of Environmental Research and Public Health. 2011;8(8), 3468-3478. doi:10.3390/ ijerph8083468.
APA Demirci M, YİĞİN A, ESER N, Dinc H (2018). Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması. , 121 - 126.
Chicago Demirci Mehmet,YİĞİN AKIN,ESER Nadire,Dinc Hikmet Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması. (2018): 121 - 126.
MLA Demirci Mehmet,YİĞİN AKIN,ESER Nadire,Dinc Hikmet Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması. , 2018, ss.121 - 126.
AMA Demirci M,YİĞİN A,ESER N,Dinc H Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması. . 2018; 121 - 126.
Vancouver Demirci M,YİĞİN A,ESER N,Dinc H Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması. . 2018; 121 - 126.
IEEE Demirci M,YİĞİN A,ESER N,Dinc H "Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması." , ss.121 - 126, 2018.
ISNAD Demirci, Mehmet vd. "Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması". (2018), 121-126.
APA Demirci M, YİĞİN A, ESER N, Dinc H (2018). Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, 29(2), 121 - 126.
Chicago Demirci Mehmet,YİĞİN AKIN,ESER Nadire,Dinc Hikmet Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi 29, no.2 (2018): 121 - 126.
MLA Demirci Mehmet,YİĞİN AKIN,ESER Nadire,Dinc Hikmet Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, vol.29, no.2, 2018, ss.121 - 126.
AMA Demirci M,YİĞİN A,ESER N,Dinc H Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi. 2018; 29(2): 121 - 126.
Vancouver Demirci M,YİĞİN A,ESER N,Dinc H Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi. 2018; 29(2): 121 - 126.
IEEE Demirci M,YİĞİN A,ESER N,Dinc H "Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması." Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, 29, ss.121 - 126, 2018.
ISNAD Demirci, Mehmet vd. "Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması". Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi 29/2 (2018), 121-126.