Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu

MÜŞTAK, H. Kaan; ONUK, ERTAN EMEK; SATICIOGLU, Izzet Burcin; ALTUN, Soner; duman, Muhammed

Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu

Ertan Emek ONUK, (Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Su Ürünleri ve Hastalıkları Anabilim Dalı, Samsun, Türkiye)

Soner ALTUN, (Uludağ Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Su Ürünleri Hastalıkları Anabilim Dalı, Bursa, Türkiye)

Muhammed DUMAN, (Uludağ Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Su Ürünleri Hastalıkları Anabilim Dalı, Bursa, Türkiye)

İzzet Burçin SATICIOĞLU, (Uludağ Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Su Ürünleri Hastalıkları Anabilim Dalı, Bursa, Türkiye)

H. Kaan MÜŞTAK (Ankara Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi

6 0

Yıl: 2018 Cilt: 29 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 143 - 150 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 28-05-2019

Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu

Öz:

Bu çalışmada, gökkuşağı alabalıklarından izole edilen altı L. anguillarum izolatı ve bir referans suş fenotipik ve genotipik özellikler açısından incelendi. İzolatların fenotipik özelliklerinin belirlenmesinde klasik mikrobiyolojik testler ve API 20 E strip testi kullanıldı. İzolatların moleküler identifikasyonu amiB genine dayanan L. anguillarum tür spesifik PCR uygulaması ve sonrasında aynı bölgenin sekans analizinin yapılmasıyla gerçekleştirildi. İzolatların dokuz farklı antibiyotiğe karşı antimikrobiyel aktiviteleri disk difüzyon yöntemiyle belirlendi. Ayrıca izolatlar arasındaki olası klonal ilişkiler Rastgele Amplifiye Edilmiş Polimorfik DNA (RAPD) metodu ile ortaya konuldu. API 20 E testlerinde izolatlar arasında β-Galaktosidaz, arginin dihidrolaz, sitrat, sorbitol, amygdalin ve arabinoz testlerinde farklıklar görülmüştür. Tüm izolatların L. anguillarum spesifik 429 bp’lik bant verdiği saptanmış ve bu sonuç sekans analizi ile doğrulanmıştır. L. anguillarum izolatlarının çalışmada kullanılan dokuz farklı antibiyotiğe karşı değişik düzeyde antimikrobiyal aktiviteye sahip oldukları belirlendi. En yüksek direnç oranı neomisin ve linkomisin’e (% 100), en düşük direnç oranı ise doksisklin’e (% 14,2) karşı gözlendi. RAPD analizi sonucunda L. anguillarum izolatları % 60 benzerlik katsayısına göre bir unique tip ve beş alt türden oluşan bir küme (cluster) içerisinde gruplanmıştır. Bu çalışmanın balık kökenli L. anguillarum izolatlarının fenotipik ve genotipik özelliklerinin belirlenmesi ile ilgili ileride yapılacak çalışmalara temel oluşturabileceği düşünülmektedir. Ayrıca elde edilen sonuçlar, balık hastalıklarının tedavisinde uygun antimikrobiyal ajanların seçilmesinin önemini ortaya koymaktadır.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Phenotypic and Genotypic Characterization of Listonella anguillarum Isolates from Rainbow Trout

Öz:

In this study, six L. anguillarum isolates obtained from rainbow trout and one reference strains were examined in terms of phenotypic and genotypic characteristics. Conventional microbiological and API 20E tests were used to determine phenotypic characteristics of isolates. Molecular identification of isolates was carried out by applying the L. anguillarum specific PCR method based on the amiB gene followed by sequence analysis of the analysis of amplified product with the same primer pairs. Antimicrobial activity of isolates was determined by disk diffusion method against the nine different antibiotics. Additionally, possible clonal relationships between isolates were demonstrated by the RAPD-PCR method. There were differences between strains in terms of β-galactosidase, arginine dihydrolase, citrate, sorbitol, amygdalin and arabinose tests in API 20E system. In L .anguillarum specific PCR assay all of isolates gave the final PCR product of 429 bp and this result was confirmed by sequence analysis. L. anguillarum isolates were found to have different levels of antimicrobial activity against nine different antibiotics used in the study. There was a high incidence of resistance to neomycine and lincomycine (84%), and a low incidence of resistance to doxycycline (14.2%). In RAPD method, L. anguillarum isolates were grouped into one unique type and one cluster including five subtypes according to 60% similarity coefficient index. The present study was considered to may provide a basis for further studies on phenotypic and genotypic characterization of L. anguillarum isolates from fishes. Moreover the present results showed the importance of choosing appropriate antimicrobial agents for treatment of fish diseases.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

Akaylı T, Durna M, (2017). Kültür Levrek (D. labrax) Balıklarından izole edilen Vibrio anguillarum izolatlarının karakterizasyonu. Kocatepe Vet J. 10(3), 134-141.
Altun S, Kubilay A, Diler O, (2010). Yersinia ruckeri suşlarının fenotipik ve serolojik özelliklerinin incelenmesi. Kafkas Univ Vet Fak Derg.16(Suppl B), 223-229.
Austin B, Alsina M, Austin DA, Blanch AR, Grimont F, Grimont PAD, Jofre J, Koblavi S, Larsen JL, Pedersen K, Tiainen T, Verdonck L, Swings J, (1995). Identification and typing of Vibrio anguillarum: a comparison of different methods. Syst Appl Microbiol. 18, 285-302.
Austin B, Austin DA, (1993). Bacterial fish pathogens disease of farmed and wild fish, Second edition. Chichester, England, Ellis Horwood. p.269-270.
Balta F, Balta ZD, (2017). Doğu Karadeniz’de yetiştiriciliği yapılan gökkuşağı alabalıkları (Oncorhynchus mykiss)’ndan izole edilen Vibrio anguillarum suşlarının serotiplendirilmesi, genetik karakterizasyonu ve antimikrobiyal duyarlılığının belirlenmesi. Ankara Üniv Vet Fak Derg. 64, 321-328.
Beaz-Hidalgo R, Lopez-Romalde S, Toranzo AE., Romalde JL, (2008). Polymerase Chain Reaction amplification of Repetitive Intergenic Consensus and Repetitive Extragenic Palindromic Sequences for molecular typing of Pseudomonas anguilliseptica and Aeromonas salmonicida. J Aquat Anim Health. 20, 75-85.
CLSI, (2014). Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. Twenty-Fourth Informational Supplement. Clinical Laboratory Standards Institute, Wayne, USA, M100-S24, 230s.
Colorni A, Paperna I, Gordin H, (1981). Bacterial infections in gilt-head sea bream Sparus aurata cultured at Elat. Aquaculture, 23, 257-267.
Cunningham CO, (2002). Molecular diagnosis of fish and shellfish diseases: present status and potential use in disease control. Aquaculture. 206, 19-55.
Frans I, Dierckens K, Crauwels S, Assche AV, Leisner J, Larsen MH, Michiels CW, Willems KA, Lievens B, Bossier P, Rediers H, (2013). Does virulence assessment of Vibrio anguillarum using Sea Bass (Dicentrarchus labrax) Larvae correspond with genotypic and phenotypic characterization? Plos One. 8(8), e70477.
Frans I, Michiels CW, Bossier P, Willems KA, Lievens B, Rediers H, (2011). Vibrio anguillarum as a fish pathogen: virulence factors, diagnosis and prevention. J Fish Dis. 34, 643-661.
Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı. İyi Üretim Uygulamaları Sertifikası (GMP) Bakanlığımızca Verilmiş veya Kabul Edilmiş Pazarlama İzinli Veteriner Biyolojik Ürünler. https://www.tarim.gov.tr/Konular/Veteriner- Hizmetleri/Veteriner-Saglik-Urunleri. İnternet Erişimi: 15.03.2018.
Gonzalez SF, Osorio CR, Santos Y, (2003). Development of a PCR-based method for the detection of Listonella anguillarum in fish tissue and blood samples. Dis Aquat Org. 55, 109-115.p
Grisez L. Ceusters R. Ollevier F, (1991). The use of API 20E for the identification of Vibrio anguillarum and V. ordalii. J Fish Dis. 14, 359-365.
Harrell LW, Novoty AJ, Schiewe MH, Hodgins HO, (1976). Isolation and description of two vibrios pathogenic to Pacific salmon in Puget Sound, Washington. Fish Bullet. 74, 447-449.
Hickey ME, Lee J-L, (2018). A comprehensive review of Vibrio (Listonella) anguillarum: ecology, pathology and prevention. Rev Aquacult. 10, 585-610.
Hong GE, Kim DG, Bae JY, Ahn SH, Bai SC, Kong IS, (2007). Species-specific PCR detection of the fish pathogen, Vibrio anguillarum, using the amiB gene, which encodes N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase. FEMS Microbiol Lett. 269, 201-206.
Huang Y, Runge M, Michael GB, Schwarz S, Jung A, Steinhagen D, (2013). Biochemical and molecular heterogeneity among isolates of Yersinia ruckeri from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum) in north west Germany. BMC Vet Res. 9, 215
Korun J, Gokoglu M, (2007). Listonella anguillarum isolated from hatchery cultured red porgy Pagrus pagrus in Turkey. J Anim Vet Adv. 6, 823-827.
Kuhn I, Austin DA, Austin B, Blanch AR, Grimont PAD, Jofre J, Koblavi S, Larsen JL, Mollby R, Pedersen K, Tiainen T, Verdonck L, Swings J, (1996). Diversity of Vibrio anguillarum isolates from different geographical and biological habitats, determined by the use of a combination of eight different typing methods. Syst Appl Microbiol. 19, 442-450.
MacDonell MT, Colwell RR, (1985). Phylogeny of the Vibrionaceae, and recommendation for two new genera, Listonella and Shewanella. Syst Appl Microbiol. 6, 171- 182.
Noguerola I. Blanch AR, (2008). Identification of Vibrio spp. with a set of dichotomous keys. J Appl Microbiol. 105, 175-185.
Onuk EE, Çiftci A, Fındık A, Çiftci G, Altun S, Balta F, Özer S, Çoban AY, (2011). Phenotypic and molecular characterization of Yersinia ruckeri isolates from Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum, 1792) in Turkey. Berl Munch Tierarztl Wochenschr. 124 (7-8), 320-328.
Öztürk RÇ, Altınok İ, (2014). Bacterial and viral fish diseases in Turkey. Turk J of Fish Aquat Sci. 14, 275-297.
Popovic TN, Coz-Rakovac R, Strunjak-Perovic I, (2007). Commercial phenotypic tests (API 20E) in diagnosis of fish bacteria: a review. Vet Med. 52(2), 49-53.
Ravelo C, Magarinos B, Lopez-Ramade S, Toranzo AE, Romalde JL, (2003). Molecular fingerprinting of fishpathogenic Lactococcus garvieae strains by Random Amplified Polymorphic DNA Analysis. J Clin Microbiol. 41(2), 751-756.
Santos Y, Romalde JL, Bandín I, Magarinos B, Nunez S, Barja JL, Toranzo AE, (1993). Usefulness of the API-20E system for the identification of bacterial fish pathogens. Aquaculture. 116(2-3), 111-120.
Schiewe MH, Trust TJ, Crosa JH, (1981). Vibrio ordalii sp.nov.: a causative agent of vibriosis in fish. Curr Microbiol. 6, 343-348.
Tanrikul TT, (2007). Vibriosis as an epizootic disease of rainbow trout (Onchorhynchus mykiss) in Turkey. Pak J Biol Sci. 10, 1733-1737.
Tanrikul TT, Cagirgan H, Toksen E, (2004). Levreklerden (Dicentrarchus labrax L., 1758) izole edilen vibrio türlerinin API 20E yöntemiyle identifikasyonu. EÜ Su Ürünleri Dergisi. 21, 243-247.
Tanrikul TT, Gultepe N, (2011). Mix infections in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum) Lactococcus garvieae and Vibrio anguillarum O1. J Anim Vet Adv. 10, 1019-1023.
Tekerekoglu MS, Ay S, Otlu B, Çiçek A, Kayabaş Ü, Durmaz R, (2007). Molecular epidemiology of methicillin- resistant Staphylococcus aureus isolates from clinical specimens of patients with nosocomial infection: are there unnoticed silent outbreaks? New Microbiol. 30, 131-137.
Versalovic J, Koeuth T, Lupski R, (1991). Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacterial genomes. Nuc Acid Res. 19(24), 6823-6831.
Vaseeharan B, Hussian MR, Chen JC, (2008). RpoN gene, RAPD profile, antimicrobial resistance and plasmids of Vibrio anguillarum isolates from vibriosis infected Penaeus monodon. Lett Appl Microbiol. 47, 380-385.
Xiao P, Mo ZL, Mao YX, Wang CL, Zou YX, Li J, (2009). Detection of Vibrio anguillarum by PCR amplification of the empA gene. J Fish Dis. 32, 293-296.

APA	ONUK E, ALTUN S, duman M, SATICIOGLU I, MÜŞTAK H (2018). Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu. , 143 - 150.
Chicago	ONUK ERTAN EMEK,ALTUN Soner,duman Muhammed,SATICIOGLU Izzet Burcin,MÜŞTAK H. Kaan Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu. (2018): 143 - 150.
MLA	ONUK ERTAN EMEK,ALTUN Soner,duman Muhammed,SATICIOGLU Izzet Burcin,MÜŞTAK H. Kaan Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu. , 2018, ss.143 - 150.
AMA	ONUK E,ALTUN S,duman M,SATICIOGLU I,MÜŞTAK H Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu. . 2018; 143 - 150.
Vancouver	ONUK E,ALTUN S,duman M,SATICIOGLU I,MÜŞTAK H Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu. . 2018; 143 - 150.
IEEE	ONUK E,ALTUN S,duman M,SATICIOGLU I,MÜŞTAK H "Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu." , ss.143 - 150, 2018.
ISNAD	ONUK, ERTAN EMEK vd. "Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu". (2018), 143-150.

APA	ONUK E, ALTUN S, duman M, SATICIOGLU I, MÜŞTAK H (2018). Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, 29(2), 143 - 150.
Chicago	ONUK ERTAN EMEK,ALTUN Soner,duman Muhammed,SATICIOGLU Izzet Burcin,MÜŞTAK H. Kaan Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi 29, no.2 (2018): 143 - 150.
MLA	ONUK ERTAN EMEK,ALTUN Soner,duman Muhammed,SATICIOGLU Izzet Burcin,MÜŞTAK H. Kaan Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, vol.29, no.2, 2018, ss.143 - 150.
AMA	ONUK E,ALTUN S,duman M,SATICIOGLU I,MÜŞTAK H Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi. 2018; 29(2): 143 - 150.
Vancouver	ONUK E,ALTUN S,duman M,SATICIOGLU I,MÜŞTAK H Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi. 2018; 29(2): 143 - 150.
IEEE	ONUK E,ALTUN S,duman M,SATICIOGLU I,MÜŞTAK H "Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu." Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, 29, ss.143 - 150, 2018.
ISNAD	ONUK, ERTAN EMEK vd. "Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu". Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi 29/2 (2018), 143-150.