HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu
Yıl: 2018 Cilt: 20 Sayı: 59 Sayfa Aralığı: 376 - 399 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.21205/deufmd. 2018205931 İndeks Tarihi: 16-10-2019
HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu
Öz: Biyolojik sistemler, birbirleri ile sürekli bilgi alışverişinde bulunan ağyapılar, biyolojik moleküller de bu yapının temel noktaları olarak tanımlanabilirler. Yaşamsal süreklilik açısından sistemin herhangi bir noktasında oluşacak bir sinyalin, hücreler arasında, hücre içinde veya hücre dışından hücre içine iletilmesi büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada, sistematik bir çerçevede HLA (İnsan Lökosit Antijenleri-Human Leukocyte Antigen) molekülleri üzerinde çalışılmıştır. HLAlar hücrelere yapışan yabancı proteinleri tanıyarak kendinden olan ve olmayanı ayırmakta kullanılır, bağışıklık sisteminin temelini oluştururlar. Çalışma kapsamında hesapsal bir yöntem olan Gaussian Ağ yapı modeli uygulanarak HLA sınıf 1 grubuna mensup yapıların yüksek frekanslarda öne çıkan bölgeleri tespit edilmiştir. Tüm moleküllerde hızlı modlarda aynı rezidülerin ön plana çıktığı görülmekte olup bu rezidülerin arasında bir iletişim patikası olduğu düşünülmektedir.
Anahtar Kelime: Dynamic Characterization of HLA Molecules by GNM
Öz: Biological systems communicate within a network and biological molecules are the main building blocks of this network. For the continuation of life, it is necessary for the signals to be transmitted within and among the cells in a living organism. This study is conducted on HLA (Human Leukocyte Antigen) structures in a systematic manner. HLAs having a role in immune system recognize the foreign substances and attack them. By employing Gaussian Network Model (GNM) on HLA class I molecules, the residues that are energetically active at high frequency modes are detected. In all the molecules, same residues are observed to have the highest fluctuating profile, which are thought to form an interaction network.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
- Gough, S.C. ve M.J. Simmonds. 2007. The HLA Region and Autoimmune Disease: Associations and Mechanisms of Action. Curr Genomics , Cilt 8(7), s. 453-65.
- Ghodke, Y. vd. 2005. HLA and disease. Eur J Epidemiol. Cilt 20(6), s. 475-88.
- Schreuder, G.M. vd. 2001. The HLA Dictionary 2001: a summary of HLA-A, -B, -C, -DRB1/3/4/5 and DQB1 alleles and their association with serologically defined HLA-A, B, -C, -DR and -DQ antigens. Eur J Immunogenet, Cilt 28(6), s. 565-96.
- Robinson, J. vd. 2011. The IMGT/HLA database. Nucleic Acids Res, 2011. Cilt 39(Database issue), s. D1171-6.
- Starikov, E.B., L. Nilsson ve M. Hulsmeyer. 2004. A single residue exchange between two HLA-B27 alleles triggers increased peptide flexibility. Eur Biophys J, Cilt 33(7), s. 651-5.
- Ghosh, P., vd. 1995. The structure of an intermediate in class II MHC maturation: CLIP bound to HLADR3. Nature, Cilt 378(6556), s. 457-62.
- Haliloglu, T., I. Bahar ve B. Erman. 1997. Gaussian dynamics of folded proteins. Phys Rev Lett, Cilt 79(16), s. 3090-3093.
- Bahar, I. vd. 1998. Vibrational dynamics of folded proteins: Significance of slow and fast motions in relation to function and stability. Phys Rev Lett. Cilt 80(12), s. 2733-2736.
- Ponomarenko, J. vd. 2011. IEDB3D: structural data within the immune epitope database. Nucleic Acids Res, Cilt 39(Database issue), s. D1164-70.
- Berman, H.M. vd. 2000. The Protein Data Bank. Nucleic Acids Res, Cilt 28(1), s. 235-42.
- Vita, R. vd. 2015. The immune epitope database (IEDB) 3.0. Nucleic Acids Res, Cilt 43(Database issue), s. D405-12.
- de Beer, T.A. vd. 2014. PDBsum additions. Nucleic Acids Res. Cilt 42(Database issue), s. D292-6.
- Singh, H. vd. 2012. ccPDB: compilation and creation of data sets from Protein Data Bank. Nucleic Acids Res. Cilt 40(Database issue), s. D486-9.
- Dereeper, A. vd. 2008. Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis for the non-specialist. Nucleic Acids Res, 2008. Cilt 36(Web Server issue), s. W465-9.
- Haliloglu, T., A. Gul ve B. Erman. 2010. Predicting Important Residues and Interaction Pathways in Proteins Using Gaussian Network Model: Binding and Stability of HLA Proteins. Plos Computational Biology, Cilt 6(7).
- Ozbek, P., S. Soner ve T. Haliloglu. 2013. Hot Spots in a Network of Functional Sites. PLoS One, Cilt 8(9).
- Ashkenazy. H. vd., 2016. ConSurf 2016: an improved methodology to estimate and visualize evolutionary conservation in macromolecules. Nucleic Acids Research, Cilt 44(Web Server issue), s. W344– W350
- Warburton RJ. vd., 1994. Mutation of the alpha 2 domain disulfide bridge of the class I molecule HLAA*0201. Effect on maturation and peptide presentation. Hum Immunol, Cilt 39(4), s261-71.
| APA | SERÇİNOĞLU O, ÖZBEK SARICA P (2018). HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu. , 376 - 399. 10.21205/deufmd. 2018205931 |
| Chicago | SERÇİNOĞLU ONUR,ÖZBEK SARICA Pemra HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu. (2018): 376 - 399. 10.21205/deufmd. 2018205931 |
| MLA | SERÇİNOĞLU ONUR,ÖZBEK SARICA Pemra HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu. , 2018, ss.376 - 399. 10.21205/deufmd. 2018205931 |
| AMA | SERÇİNOĞLU O,ÖZBEK SARICA P HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu. . 2018; 376 - 399. 10.21205/deufmd. 2018205931 |
| Vancouver | SERÇİNOĞLU O,ÖZBEK SARICA P HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu. . 2018; 376 - 399. 10.21205/deufmd. 2018205931 |
| IEEE | SERÇİNOĞLU O,ÖZBEK SARICA P "HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu." , ss.376 - 399, 2018. 10.21205/deufmd. 2018205931 |
| ISNAD | SERÇİNOĞLU, ONUR - ÖZBEK SARICA, Pemra. "HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu". (2018), 376-399. https://doi.org/10.21205/deufmd. 2018205931 |
| APA | SERÇİNOĞLU O, ÖZBEK SARICA P (2018). HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu. Dokuz Eylül Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Fen ve Mühendislik Dergisi, 20(59), 376 - 399. 10.21205/deufmd. 2018205931 |
| Chicago | SERÇİNOĞLU ONUR,ÖZBEK SARICA Pemra HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu. Dokuz Eylül Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Fen ve Mühendislik Dergisi 20, no.59 (2018): 376 - 399. 10.21205/deufmd. 2018205931 |
| MLA | SERÇİNOĞLU ONUR,ÖZBEK SARICA Pemra HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu. Dokuz Eylül Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Fen ve Mühendislik Dergisi, vol.20, no.59, 2018, ss.376 - 399. 10.21205/deufmd. 2018205931 |
| AMA | SERÇİNOĞLU O,ÖZBEK SARICA P HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu. Dokuz Eylül Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Fen ve Mühendislik Dergisi. 2018; 20(59): 376 - 399. 10.21205/deufmd. 2018205931 |
| Vancouver | SERÇİNOĞLU O,ÖZBEK SARICA P HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu. Dokuz Eylül Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Fen ve Mühendislik Dergisi. 2018; 20(59): 376 - 399. 10.21205/deufmd. 2018205931 |
| IEEE | SERÇİNOĞLU O,ÖZBEK SARICA P "HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu." Dokuz Eylül Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Fen ve Mühendislik Dergisi, 20, ss.376 - 399, 2018. 10.21205/deufmd. 2018205931 |
| ISNAD | SERÇİNOĞLU, ONUR - ÖZBEK SARICA, Pemra. "HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu". Dokuz Eylül Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Fen ve Mühendislik Dergisi 20/59 (2018), 376-399. https://doi.org/10.21205/deufmd. 2018205931 |
