Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi

Ahmet Tahir ERSOY, (Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi, Eğirdir Su Ürünleri Fakültesi, Isparta, Türkiye)
Seçil METİN, (Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi, Eğirdir Su Ürünleri Fakültesi, Isparta, Türkiye)
Emek Ertan ONUK (Ondokuz Mayıs Üniversitesi Veteriner Fakültesi, Su Ürünleri Hastalıkları Bölümü, Samsun, Türkiye)
Acta Aquatica Turcica
4 1
Yıl: 2018 Cilt: 14 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 265 - 275 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.22392/egirdir.400641 İndeks Tarihi: 19-10-2020

Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi

Öz:
Bu çalışma ile Akdeniz bölgesinde bulunan 14 farklı gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykissWalbaum, 1792) işletmesinde Flavobacterium psychrophilum’un varlığı ile fenotipik ve genotipiközelliklerinin araştırılması hedeflenmiştir. Bu amaçla Kasım 2012-Mart 2013 tarihleri arasında ticari alabalıkişletmelerinden sperm, yumurta, gözlenmiş yumurta, keseli larva ve 0.2-5 gr ağırlığındaki larvalardan örnekleralınmıştır. Örneklerden olası F. pyschrophilum’un izolasyonu konvansiyonel mikrobiyolojik metotlarkullanılarak yapılmış ve toplamda 172 adet izolat elde edilmiştir. Elde edilen tüm izolatların enzim aktivitesiAPI ZYM test sistemine göre tespit edilmiştir. Yapılan fenotipik testler sonucunda F. psychrophilum olduğudüşünülen 65 izolat belirlenmiştir. Bu izolatların moleküler olarak doğrulanmasında F. pyschrophilum spesifikPolimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) metodu kullanılmıştır. Hasta balıklardan izole edilen 17 izolatın (11karaciğer, 3 dalak ve 3 böbrek) F. psychrophilum’a özgü 971 bp’lik bant verdiği saptanmıştır. İzolatlar arasıklonal ilişkinin belirlenmesi amacıyla RAPD-PCR metodu kullanılmıştır. Bu metoda göre F. psychrophilumizolatlarının beş farklı RAPD bant paterni (F1-F5) verdiği saptanmıştır. İzolatların % 85 benzerlik katsayısınagöre bir “unique” tip (F1 nolu genotip) ve bir küme içerisinde gruplandığı belirlenmiştir. Yapılanantibiyogram testi sonucu, izolatların trimetroprim/sulfametakzol, klindamisine, ampisillin, tekrasiklin,enrofloksasin, kloramfenikole, oksitetrasiklin, florfenikol ve tobramisin’e duyarlı olduğu belirlenmiştir. Sonuçolarak, bu çalışmadan elde edilen bulgular RAPD-PCR'da kullanılan M13 primerinin F. psychrophilumizolatları arasındaki klonal ilişkinin belirlenmesinde kullanılabilir olduğunu göstermiştir.
Anahtar Kelime:

Identification of Phenotypic and Genotypic Characteristics Diversity of Isolated Flavobacterium psychrophilum in Rainbow Trout Farms in Mediterranean Region

Öz:
In this study, it was aimed to investigate the phenotypic and genotypic characteristics with presence of Flavobacterium psychrophilum in fourteen rainbow trout farms in Mediterranean Region. For this purpose, sperm, eyed egg, egg, yolk-sac larvae and 0,2-5 g fry were sampled from commercial trout farms between November 2012- March 2013. Isolation of potential F.psychrophilum from samples was made using conventional microbiological methods and a total of 172 obtained strains. Enzyme activity of all isolates was identified according to the API ZYM test system. As a result of the phenotypic tests, 65 isolates thought to be F. psychrophilum were identified. PCR assay was used in molecular confirming of these strains. It was determined that, 17 strains isolated from diseased fish (11 of them liver, 3 of them spleen, 3 of them kidney) gave specific 971 bp band which was specific to F.psychrophilum. RAPD-PCR assay was used to identify the clonal relationship between strains. F. psychrophilum isolates were yielded five different RAPD band patterns (F1-F5) according to this method. This strains detected to be grouped into 1 cluster and according to similarity coefficient %85 "unique" type (F1 the genotype). According to antibiotic sensitivity tests, isolates were found to be sensitive to trimetroprim/sulfamethoxazole, clindamycin, ampicillin, tetracycline, enrofloxacin, chloramphenicol, oxytetracycline, florfenicol and tobramycine. In conclusion, the findings from this study showed that the M13 primer used in RAPD-PCR can be used to determine the clonal relationship between F. psychrophilum isolates.
Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
  • Austin, B., & Austin, D.A. (2007).Bacterial Fish Pathogens: Disease in Farmed and Wild Fish. 4th ed., Springer-Praxis publishing, Chichester, p. 594, UK.
  • Balta, F. (1997). Kültürü yapılan alabalıklarda (Oncorhyncus mykiss) görülen Flexibacter psychrophila enfeksiyonu. IX. Ulusal Su Ürünleri Sempozyumu, 19 Eylül 1997, Cilt II Eğirdir-ISPARTA, 621-648.
  • Bauer, A.W., Kirby, W.M., Sherris, J.C., & Turck, M. (1966). Antibiotic susceptibility testing by a standardized single disk method. American journal of clinical pathology, 45 (4), 493-496.
  • Beaz-Hidalgo, R., Lopez-Romalde, S., Toranzo, A.E., & Romalde, J.L. (2008). Polymerase chain reaction amplification of repetitive ıntergenic consensus and repetitive extragenic palindromic sequences for molecular typing of Pseudomonas anguilliseptica and Aeromonas salmonicida. Journal of aquatic animal health, 20(2),75–85.
  • Boyacıoğlu, M. (2007). Gökkuşağı alabalıklarında (Oncorhynchus mykiss) RTFS’ye (Rainbow Trout Fry Syndrome) neden olan Flavobacterıum psychrophilum etkeninin izolasyonu ve antibakteriyel sağaltım seçeneğinin belirlenmesi. T.C. Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Farmakoloji ve Toksikoloji Anabilim Dalı, AYDIN.
  • Boyacıoğlu, M., Kum, C., Kırkan, Ş., Sekkin, S., Parın, U., Karademir, Ü., & Akar, F. (2015). Comparison of in vitro and in vivo antibacterial efficacy for the control of Flavobacterium psychrophilum in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) fry: the first genotypical evidence in West Aegean region of Turkey. Turkish Journal of Veterinary and Animal Sciences, 39(3), 314-321.
  • Bruun, M. S., Madsen, L., & Dalsgaard, I. (2003). Efficiency of oxytetracycline treatment in rainbow trout experimentally infected with Flavobacterium psychrophilum strains having different in vitro antibiotic susceptibilities. Aquaculture, 215(1-4), 11-20.
  • Chen, Y. C., Davis, M. A., Lapatra, S. E., Cain, K. D., Snekvik, K. R., & Call, D. R. (2008). Genetic diversity of Flavobacterium psychrophilum recovered from commercially raised rainbow trout, Oncorhynchus mykiss (Walbaum), and spawning coho salmon, O. kisutch (Walbaum). Journal of fish diseases, 31(10), 765-773.
  • Cipriano, R. C., & Holt, R. A. (2005). Flavobacterium psychrophilum, cause of bacterial coldwater disease and rainbow trout fry syndrome. US Department of the Interior, US Geological Survey, National Fish Health Research Laboratory.
  • Çağırgan, H., Tanrıkul, T. T., & Balta, F. (1997, September). Characteristics of yellow pigmented bacteria isolated from diseased rainbow trout (Oncorhyncus mykiss). In Eighth International Conference Diaseases of Fish and Shell Fish (pp. 73-81).
  • Del Cerro, A., Márquez, I., & Prieto, J. M. (2010). Genetic diversity and antimicrobial resistance of Flavobacterium psychrophilum isolated from cultured rainbow trout, Onchorynchus mykiss (Walbaum), in Spain. Journal of fish diseases, 33(4), 285-291.
  • Didinen, B. I., Diler, Ö., Ekici, S., & Altun, S. (2007). Flavobacterium psychrophilum izolatlarının teşhisinde API ZYM kullanımı ve ATB VET ile antimikrobiyal duyarlılığın belirlenmesi. Süleyman Demirel Üniversitesi Eğirdir Su Ürünleri Fakültesi Dergisi, 1(2), 62-68.
  • Diler, Ö., Altun, S., & Işıklı, B. I. (2003). Kültürü yapılan gökkuşağı alabalıkları (Oncorhynchus mykiss)’ndan izole edilen Flavobacterium psychrophilum’un fenotipik karakterleri. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 7(1), 1-8.
  • Durmaz, Y., Onuk, E. E., & Ciftci, A. (2012). Investigation of the presence and antibiotic susceptibilities of Flavobacterium psychrophilum in rainbow trout farms (Oncorhynchus mykiss Walbaum, 1792) in The Middle and Eastern Black Sea Regions of Turkey. Ankara Universitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 59, 141-146.
  • Hesami, S., Allen, K. J., Metcalf, D., Ostland, V. E., MacInnes, J. I., & Lumsden, J.S. (2008). Phenotypic and genotypic analysis of Flavobacterium psychrophilum isolates from Ontario salmonids with bacterial coldwater disease. Canadian journal of microbiology, 54(8), 619- 629.
  • İspir, Ü., Şeker, E., Sağlam, N., & Dörücü, M. (2004). Doğu Anadolu bölgesinde bazı gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss) işletmelerinde görülen Flavobacterium psychrophilum enfeksiyonunun araştırılması. FıratÜniversitesi Fen ve Mühendislik Bilimleri Dergisi, 16(4), 718-724.
  • Korun, J., & Timur, G. (2001). Gökkuşağı alabalıklarında (Oncorhyncus mykiss) fry mortalite sendromu (FMS) üzerinde bir çalışma. İstanbul Üniversitesi Su Ürünleri Dergisi, 12, 15-30.
  • Kubilay, A., Altun, S., Didinen, B. I., Ekici, S., & Diler, O. (2009). Gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss) işletmelerinde Flavobacterium psychrophilum izolasyonu. Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 15(5), 709-715.
  • Lorenzen, E., Dalsgaard, I., & Bernardet, J. F. (1997). Characterization of isolates of Flavobacterium psychrophilum associated with coldwater disease or rainbow trout fry syndrome I: phenotypic and genomic studies. Diseases of aquatic organisms, 31(3), 197- 208.
  • Lorenzen, E., & Karas, N. (1992). Detection of Flexibacter psychrophilus by immunofluorescence in fish suffering from fry mortality syndrome: a rapid diagnostic method. Diseases aquatic organisims, 13, 231-234.
  • Madetoja, J., Hänninen, M. L., Hirvelä–Koski, V., Dalsgaard, I., & Wiklund, T. (2001). Phenotypic and genotypic characterization of Flavobacterium psychrophilum from Finnish fish farms. Journal of Fish Diseases, 24(8), 469-479.
  • Madetoja, J., & Wiklund, T. (2002). Detection of the fish pathogen Flavobacterium psychrophilum in water from fish farms. Systematic and applied microbiology, 25(2), 259-266.
  • Magariños, B., Toranzo, A. E., Barja, J. L., & Romalde, J. L. (2000). Existence of two geographically-linked clonal lineages in the bacterial fish pathogen Photobacterium damselae subsp. piscicida evidenced by random amplified polymorphic DNA analysis. Epidemiology & infection, 125(1), 213-219.
  • Mancuso, M., Avendaño-Herrera, R., Zaccone, R., Toranzo, A. E., & Magariños, B. (2007). Evaluation of different DNA-based fingerprinting methods for typing Photobacterium damselae ssp. piscicida. Biological research, 40(1), 85-92.
  • Moreno, P., Molinari, L., Hualde, P., & Miyazaki, T. (2016). First report of Flavobacterium psychrophilum isolated from cultured rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) in Argentina. Bull. Eur. Ass. Fish Pathol, 36(2), 59.
  • National Committee for Clinical Laboratory Standards, (1999). Performance standards for antimicrobial disk and dilution susceptibility tests for bacteria isolated from animals. National Committee for Clinical Laboratory Standards, Wayne, Pennsylvania, Approved Standard M 31-A19 (11).
  • Nematollahi, A., Decostere, A., Pasmans, F., & Haesebrouck, F. (2003). Flavobacterium psychrophilum infections in salmonid fish. Journal of fish diseases, 26(10), 563-574.
  • Onuk, E.E., Çiftçi, A., Fındık, A., Çiftçi, G., Altun, S., Balta, F., Özer, S., & Çoban, A.Y. (2011).
  • Phenotypic and molecular characterization of Yersinia ruckeri isolates from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum, 1792) in Turkey. Berliner und münchener tierärztliche wochenschrift, 124 (7-8), 320-328.
  • Ostland, V. E., McGrogan, D. G., & Ferguson, H. W. (1997). Cephalic osteochondritis and necrotic scleritis in intensively reared salmonids associated with Flexibacter psychrophilus. Journal of fish diseases, 20(6), 443-451.
  • Özcan, M., Sarıeyyüpoğlu, M. (2013). Elazığ ilindeki bazı alabalık işletmelerinde izole edilen Flavobacterium psychrophilum'un antibakteriyel duyarlılıklarının incelenmesi. Yunus araştırma bülteni, 2, 11-19
  • Rangdale, R.E. & Way, K. (1995). Rapid identification of C. psychrophila from infected spleen tissue using an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Bulletin european association of fish pathologists, 15, 213-216.
  • Ravelo, C., Magarinos, B., López-Romalde, S., Toranzo, A. E., & Romalde, J. L. (2003).
  • Molecular fingerprinting of fish-pathogenic Lactococcus garvieae strains by random amplified polymorphic DNA analysis. Journal of clinical microbiology, 41(2), 751-756.
  • Rochat, T., Fujiwara-Nagata, E., Calvez, S., Dalsgaard, I., Madsen, L., Calteau, A., Lunazzi, A.,Nicolas, P., Wiklund, T., Bernarde, J.F., & Duchaud, E. (2017). Genomic characterization of Flavobacterium psychrophilum serotypes and development of a multiplex PCR-based serotyping scheme. Frontiers in Microbiology, 8, 1752.
  • Romalde, J. L., Magariños, B., Villar, C., Barja, J. L., & Toranzo, A. E. (1999). Genetic analysis of turbot pathogenic Streptococcus parauberis strains by ribotyping and random amplified polymorphic DNA. FEMS microbiology letters, 179(2), 297-304.
  • Valdebenito, S., & Avendaño-Herrera, R. (2009). Phenotypic, serological and genetic characterization of Flavobacterium psychrophilum strains isolated from salmonids in Chile. Journal of fish diseases, 32(4), 321-333.
  • Versalovic, J., Koeuth, T., & Lupski, R. (1991). Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to finerpriting of bacterial enomes. Nucleic acids research, 19(24), 6823-6831.
  • Wiklund, T., Madsen, L., Bruun, M. S., & Dalsgaard, I. (2000). Detection of Flavobacterium psychrophilum from fish tissue and water samples by PCR amplification. Journal of applied microbiology, 88(2), 299-307.
APA ERSOY A, Metin S, ONUK E (2018). Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi. , 265 - 275. 10.22392/egirdir.400641
Chicago ERSOY Ahmet Tahir,Metin Secil,ONUK Emek Ertan Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi. (2018): 265 - 275. 10.22392/egirdir.400641
MLA ERSOY Ahmet Tahir,Metin Secil,ONUK Emek Ertan Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi. , 2018, ss.265 - 275. 10.22392/egirdir.400641
AMA ERSOY A,Metin S,ONUK E Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi. . 2018; 265 - 275. 10.22392/egirdir.400641
Vancouver ERSOY A,Metin S,ONUK E Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi. . 2018; 265 - 275. 10.22392/egirdir.400641
IEEE ERSOY A,Metin S,ONUK E "Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi." , ss.265 - 275, 2018. 10.22392/egirdir.400641
ISNAD ERSOY, Ahmet Tahir vd. "Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi". (2018), 265-275. https://doi.org/10.22392/egirdir.400641
APA ERSOY A, Metin S, ONUK E (2018). Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi. Acta Aquatica Turcica, 14(4), 265 - 275. 10.22392/egirdir.400641
Chicago ERSOY Ahmet Tahir,Metin Secil,ONUK Emek Ertan Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi. Acta Aquatica Turcica 14, no.4 (2018): 265 - 275. 10.22392/egirdir.400641
MLA ERSOY Ahmet Tahir,Metin Secil,ONUK Emek Ertan Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi. Acta Aquatica Turcica, vol.14, no.4, 2018, ss.265 - 275. 10.22392/egirdir.400641
AMA ERSOY A,Metin S,ONUK E Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi. Acta Aquatica Turcica. 2018; 14(4): 265 - 275. 10.22392/egirdir.400641
Vancouver ERSOY A,Metin S,ONUK E Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi. Acta Aquatica Turcica. 2018; 14(4): 265 - 275. 10.22392/egirdir.400641
IEEE ERSOY A,Metin S,ONUK E "Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi." Acta Aquatica Turcica, 14, ss.265 - 275, 2018. 10.22392/egirdir.400641
ISNAD ERSOY, Ahmet Tahir vd. "Akdeniz Bölgesindeki Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Flavobacterium psychrophilum Suşlarının Fenotipik Ve Genetik Farklılıklarının Belirlenmesi". Acta Aquatica Turcica 14/4 (2018), 265-275. https://doi.org/10.22392/egirdir.400641
Sayfa Oluşturulma Tarihi
03-05-2024 7:3

İLETİŞİM

TÜBİTAK ULAKBİM TR Dizin

Yüzüncüyıl, İşçi Blokları Mahallesi

Muhsin Yazıcıoğlu Caddesi No:51/C

06530 Çankaya / ANKARA +90 (312) 298 92 00

trdizin@tubitak.gov.tr

TÜBİTAK ULAKBİM Ulusal Akademik Ağ ve Bilgi Merkezi Cahit Arf Bilgi Merkezi © Tüm Hakları Saklıdır. Gizlilik Politikası Kullanım Şartları