Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi
Yıl: 2019 Cilt: 15 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 262 - 271 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.22392/actaquatr.503853 İndeks Tarihi: 21-10-2020
Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi
Öz: Bu çalışmanın amacı, Türkiye'nin farklı coğrafi bölgelerinden elde edilmiş olan Yersinia ruckeri izolatlarınıntiplendirilmesinde farklı PCR tabanlı DNA fingerprinting metotlarını değerlendirmektir. Gökkuşağı alabalıklarından izoleedilmiş 18 Y. ruckeri izolatı ERIC2 primerinin kullanıldığı enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCRmetodu, P5, P6 ve M13 primerlerinin kullanıldığı randomly amplified polymorphic (RAPD) DNA-PCR metodu ve (GTG)5primerinin kullanıldığı (GTG)5-PCR metodu ile karakterize edildi. Test edilen tüm primerlerin doğru bir analiz içinkullanılabilir amplifikasyon ürünü oluşturduğu belirlendi. Kluster ve ayrım gücü analizi sonuçlarına göre, Y. ruckeri'ninmoleküler tiplendirmesi için en uygun primerin ERIC2 primeri olduğu, bunu P5, P6, M13 ve (GTG)5 primerinin takip ettiğibelirlendi. ERIC-PCR DNA fingerprinting metodunun Y. ruckeri’nin epidemiyolojik sürveyansının belirlenmesinde güçlü birgenotipik araç olarak düşünülebileceği sonucuna ulaşılmıştır.
Anahtar Kelime: Comparative Analysis of PCR-Based DNA Fingerprinting Techniques in the Genotyping of Yersinia ruckeri Isolates
Öz: The aim of the present study was to evaluate different PCR-based DNA fingerprinting techniques for typing Yersinia ruckeri isolates from the different geographic region of Turkey. Eighteen Y. ruckeri isolates obtained from rainbow trout were characterized by enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCR with ERIC2 primer, randomly amplified polymorphic (RAPD) DNA-PCR with P5, P6 and M13 primer and (GTG)5-PCR with (GTG)5 primer. It was determined that all the primers tested generated an appropriate pattern of amplified products suitable for accurate analysis. Based on the results of cluster analysis and discriminant function analysis, ERIC2 primer was found to be the most suitable primer for molecular typing of Y. ruckeri, followed by P5, P6, M13, and (GTG)5 primer. In conclusion, the ERIC-PCR DNA fingerprinting method can be considered as a powerful genotypic tool for epidemiological surveillance of Y. ruckeri.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
- Altun, S., Onuk, E.E., Çiftçi, A., Duman, M., & Büyükekiz, A.G. (2013). Determination of phenotypic, serotypic and genetic diversity and antibiotyping of Yersinia ruckeri isolated from rainbow trout. Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 19(2), 225-232.
- Avendano-Herrera, R., Rodrıguez, J., Magarinos, B., Romalde, J.L., & Toranzo, A.E. (2004). Intraspecific diversity of the marine fish pathogen Tenacibaculum maritimum as determined by randomly amplified polymorphic DNA-PCR. Journal of Applied Microbiology, 96, 871-877.
- Bastardo, A., Bohle, H., Ravelo, C., Toranzo, A.E., & Romalde, J.L. (2011a). Serological and molecular heterogenetity among Yersinia ruckeri strains isolated from farmed Atlantic salmon Salmo salar in Chile. Diseases Aquatic Organisim, 93, 207-214.
- Bastardo, A., Ravelo, C., & Romalde, J.L.(2012). Multilocus sequence typing reveals high genetic diversity and epidemic population structure for the fish pathogen Yersinia ruckeri. Environmental Microbiology, 14(8), 1888-1897.
- Bastardo, A., Sierralta, V., Leon, J., Ravelo, C., & Romalde, J.L. (2011b). Phenotypical and genetic characterization of Yersinia ruckeri strains isolated from recent outbreaks in farmed rainbow trout Oncorhynchus mykiss (Walbaum) in Peru. Aquaculture, 317, 229-232.
- Çagırgan, H., & Yüreklitürk, O. (1991). First isolation of Yersinia ruckeri from rainbow trout in Turkey. Fifth International Conference, Disease of Fish and Shellfish Book of Abstracts, 131.
- Davies, R.L., & Frerichs, G.N. (1989). Morphological and biochemical differences among isolates of Yersinia ruckeri obtained from wide geographical areas. Journal of Fish Diseases, 12, 357-365.
- Duman, M., Altun, S., Cengiz, M., Saticioglu, I.B., Buyukekiz, A.G., & Sahinturk, P. (2017). Genotyping and antimicrobial resistance genes of Yersinia ruckeri isolates from rainbow trout farms. Diseases of Aquatic Organisms, 125, 31-44.
- Durmaz, R. (2008). Bakteri tiplendirme çalışmaları niçin gerekli?, XXXIII. Türk mikrobiyoloji kongresi, İstanbul, Kongre Kitabı, s, 27-30.
- Ewıng, W.H., Ross, A.J., Brenner, D.J., & Fanning, G.R. (1978). Yersinia ruckeri sp. nov., the Red Mouth (RM) Bacterium. International Journal of Systematic Bacteriology, 28, 37-44.
- Fidanboylu, A. (2010). Gram negatif bakterilerin moleküler tiplendirilmesinde bazı pcr tabanlı yöntemlerin karşılaştırılması. Ege Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Yüksek Lisans Tezi, İzmir.
- Foschino, R., Nucera, D., Volponi, G., Picozzi, C., Ortoffi, M., & Bottero, M.T. (2008). Comparison of Lactococcus garvieae strains isolated in northern Italy from dairy products and fishes through molecular typing. Journal of Applied Microbiology, 105(3), 652-62.
- Grundmann, H.J., Towner, K.J., Dijkshoorn, L., Gerner-Smidt, P., Mahmer, M., Seifert, H., & Vaneechoutte, M. (1997). Multicenter study using standardized protocols and reagents for evaluation of reproducibility of PCR-based fingerprinting of Acinetobacter spp. Journal of Clinical Microbiology, 35, 3071-7.
- Horne, M.T., & Barnes, A.C. (1999). Enteric Red Mouth Diseases (Yersinia ruckeri) In: Fish Diseases and Disorders Volume 3. Viral, Bacterial and Fungal Infections. Ed.: P.T.K. Woo, D.W. Bruno, CAB International, New York, USA. p, 455-479.
- Huang, Y., Runge, M., Michael, G.B., Schwarz, S., Jung, A., & Steinhagen, D. (2013). Biochemical and molecular heterogeneity among isolates of Yersinia ruckeri from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum) in north west Germany. BMC Veterinary Research, 9, 215
- Köksal, F. (1999). Moleküler tiplendirme yöntemlerinin hastane infeksiyonlarıda kullanımı. Hastane İnfeksiyonları Dergisi, 3, 189-95.
- Kumar, G., Menanteau-Ledouble, S., Saleh, M., & El-Matbouli, M. (2015). Yersinia ruckeri, the causative agent of enteric redmouth disease in fish. Veterinary Research, 46, 103
- Li, W., Raoult, D., & Fournier, P.E. (2009). Bacterial strain typing in the genomic era. FEMS Microbiology Reviews, 33, 892-916.
- Mancuso, M., Avendano-Herrera, R., Zaccone, R., Toranzo, A.E., & Magarinos, B. (2007). Evaluation of different DNA-based fingerprinting methods for typing Photobacterium damselae ssp. piscicida. Biological Research, 39, 71-82.
- Olive, D.M., & Bean, P. (1999). Principles and applications of methods for DNA-based typing of microbial organisms. Journal of Clinical Microbiology, 37(6), 1661-1669.
- Onuk, E.E., Çiftçi, A., Fındık, A., Çiftçi, G., Altun, S., Balta, F., Özer, S., & Çoban, A.Y. (2011). Phenotypic and molecular characterization of Yersinia ruckeri isolates from Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum, 1792) in Turkey. Berliner und Münchener Tierärztliche Wochenschrift, 124(7-8), 320-328.
- Özer, S., Bulduklu, P., Dönmez, E., Koyuncu, E., Serin, M.S., Aslan, G., Tezcan, S., Aydin, E., & Emekdas, G. (2008). Phenotypic and genetic homogeneity of Yersinia ruckeri strains isolated from farmed rainbow trout, Oncorhynchus mykiss (Walbaum), in Mersin Province, Turkey. Bulletin of the European Association of Fish Pathologists, 28(3), 97-104.
- Öztürk, R.Ç., & Altınok, İ. (2014). Bacterial and viral fish diseases in Turkey. Turkish Journal of Fisheries and Aquatic Sciences, 14, 275-297.
- Romalde, J.L., Margarinos, B., Barja, J.L., & Toranzo, A.E. (1993). Antigenic and molecular characterization of Yersinia ruckeri: proposal for a new intraspecies classification. Systematic and Applied Microbiology, 16, 411-419.
- Tobback, E., Decostere, A., Hermans, K., Haesebrouck, F., & Chiers, K. (2007). Yersinia ruckeri infections in salmonid fish. Journal of Fish Diseases, 30, 257-268.
- Versalovic, J., Koeuth, T., & Lupski, R. (1991). Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacterial genomes. Nucleic Acids Research, 19(24), 6823-6831.
| APA | KÖSTERELİ S, ONUK E (2019). Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi. , 262 - 271. 10.22392/actaquatr.503853 |
| Chicago | KÖSTERELİ Seda,ONUK ERTAN EMEK Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi. (2019): 262 - 271. 10.22392/actaquatr.503853 |
| MLA | KÖSTERELİ Seda,ONUK ERTAN EMEK Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi. , 2019, ss.262 - 271. 10.22392/actaquatr.503853 |
| AMA | KÖSTERELİ S,ONUK E Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi. . 2019; 262 - 271. 10.22392/actaquatr.503853 |
| Vancouver | KÖSTERELİ S,ONUK E Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi. . 2019; 262 - 271. 10.22392/actaquatr.503853 |
| IEEE | KÖSTERELİ S,ONUK E "Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi." , ss.262 - 271, 2019. 10.22392/actaquatr.503853 |
| ISNAD | KÖSTERELİ, Seda - ONUK, ERTAN EMEK. "Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi". (2019), 262-271. https://doi.org/10.22392/actaquatr.503853 |
| APA | KÖSTERELİ S, ONUK E (2019). Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi. Acta Aquatica Turcica, 15(3), 262 - 271. 10.22392/actaquatr.503853 |
| Chicago | KÖSTERELİ Seda,ONUK ERTAN EMEK Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi. Acta Aquatica Turcica 15, no.3 (2019): 262 - 271. 10.22392/actaquatr.503853 |
| MLA | KÖSTERELİ Seda,ONUK ERTAN EMEK Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi. Acta Aquatica Turcica, vol.15, no.3, 2019, ss.262 - 271. 10.22392/actaquatr.503853 |
| AMA | KÖSTERELİ S,ONUK E Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi. Acta Aquatica Turcica. 2019; 15(3): 262 - 271. 10.22392/actaquatr.503853 |
| Vancouver | KÖSTERELİ S,ONUK E Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi. Acta Aquatica Turcica. 2019; 15(3): 262 - 271. 10.22392/actaquatr.503853 |
| IEEE | KÖSTERELİ S,ONUK E "Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi." Acta Aquatica Turcica, 15, ss.262 - 271, 2019. 10.22392/actaquatr.503853 |
| ISNAD | KÖSTERELİ, Seda - ONUK, ERTAN EMEK. "Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi". Acta Aquatica Turcica 15/3 (2019), 262-271. https://doi.org/10.22392/actaquatr.503853 |
