Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi
Yıl: 2019 Cilt: 53 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 254 - 261 Metin Dili: Türkçe DOI: doi: 10.5578/mb.68066 İndeks Tarihi: 30-10-2020
Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi
Öz: Çok ilaca dirençli gram-negatif bakterilerle oluşan enfeksiyonlar, özellikle sağlık kuruluşlarında giderek artan bir sorundur. Kolistin, tedavi seçeneklerinin sınırlı olduğu bu tür enfeksiyonlar için son seçenek antibiyotiklerden biridir. Kolistine karşı direncin artması küresel bir sorundur. Kolistin duyarlılığının belirlenmesinde “Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)” ve “European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST)” ortak çalışma grubu referans yöntem olarak, ISO-standart sıvı mikrodilüsyon yöntemini (20776-1) önermiştir. Sıvı mikrodilüsyon yöntemi pratik bir yöntem olmadığı için rutin klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında tercih edilmemektedir; rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında kolistin direncinin belirlenmesi için henüz basit ve doğru fenotipik saptama yöntemleri kesin olarak tanımlanmamıştır. Çalışmamızda kolistinin gram-negatif bakterilere in vitro etkinliğinin belirlenmesinde BD Phoenix100 (Becton Dickinson, ABD) sistemi ve kolistin sıvı disk elüsyon yöntemlerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Hastanemizde 2016-2018 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen, 199 Klebsiella pneumoniae, 163 Acinetobacter baumannii, 34 Escherichia coli, 20 Enterobacter spp. ve üç Citrobacter spp. olmak üzere toplam 419 gram-negatif bakteri izolatı çalışmaya alınmıştır. Sıvı mikrodilüsyon yöntemi referans yöntem olarak kullanılmıştır ve ISO-standart sıvı mikrodilüsyon yöntemi (20776-1) ve CLSI/EUCAST önerilerine göre çalışılmıştır. Kolistin sıvı disk elüsyon yöntemi uygulaması sırasında her izolat için disk eklenmemiş bir adet ve sırasıyla 1, 2 ve 4 adet 10 μg’lık kolistin diski eklenmiş üç adet olmak üzere toplam dört adet 10 ml katyon eklenmiş Mueller Hinton sıvı besiyeri içeren tüp hazırlanarak, 0 (üreme kontrol), 1, 2 ve 4 μg/ml son konsantrasyonlar elde edilmiştir. Oda sıcaklığında 30 dakika inkübasyondan sonra her tüpe 50 μl bakteri süspansiyonu eklenmiştir. 35°C’de 16-20 saat inkübasyon sonrası minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri gözle değerlendirilmiştir. BD Phoenix100 sistemi için üretici firmanın önerileri izlenmiştir. Sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile kolistin sıvı disk elüsyon yöntemi arasındaki kategorik uyum %99.3, çok büyük hata oranı ve büyük hata oranı sırasıyla %0.2 ve %0.5 olarak saptanmıştır. BD Phoenix100 sistemi ile kategorik uyum %95, çok büyük hata oranı %5 olarak saptanmıştır. Sonuçlarımız kolistin sıvı disk elüsyon yönteminin, referans sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile karşılaştırıldığında performansının iyi olduğunu göstermiştir. Çok büyük hata oranı yüksek olan BD Phoenix100 sistemi ise, kolistine dirençli ve kolistine duyarlı izolatları güvenilir bir şekilde ayırt etmemektedir.
Anahtar Kelime: Evaluation of the BD Phoenix100 System and Colistin Broth Disk Elution Method for Antimicrobial Susceptibility Testing of Colistin Against Gram-negative Bacteria
Öz: Infections with multidrug resistant gram-negative bacteria is a growing problem especially in health care settings. Colistin is one of the last resort antibiotics for such infections in which treatment options are limited. Increasing resistance to colistin is a global problem. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) and the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) study groups have recommended the ISO-standard broth microdilution method (20776-1) as the reference method for the determination of colistin susceptibility. Since the broth microdilution method is not a practical method, it is rarely used in routine clinical microbiology laboratories, yet simple and accurate phenotypic detection methods for the determination of colistin resistance in routine microbiology laboratories are not precisely defined. The aim of this study was to evaluate BD Phoenix100 (Becton Dickinson, USA) system and colistin broth disk elution method for the detection of in vitro activity of colistin against gram-negative bacteria. A total of 419 gram-negative bacteria, including 199 Klebsiella pneumoniae, 163 Acinetobacter baumannii, 34 Escherichia coli, 20 Enterobacter spp., and three Citrobacter spp. isolates which were isolated from various clinical samples in our hospital between 2016-2018 were tested. The broth microdilution method was used as the reference method applying ISO-standard broth microdilution methods (20776-1) and CLSI/EUCAST recommendations. For colistin broth disk elution method, final concentrations of 0 (growth control), 1, 2 and 4 μg/ml were obtained by adding 10 μg colistin disks to four tubes containing 10 ml cation-adjusted Mueller Hinton broth per isolate. After incubation at room temperature for 30 minutes, 50 μl of standardized inoculum suspensions were added to the tubes. Colistin minimum inhibitor concentration (MIC) values were read visually after 16-20 hours of incubation at 35°C in ambient air. Manufacturer’s recommendations were followed for BD Phoenix100 system. The categorical agreement between the reference broth microdilution method and the colistin broth disk elution method was 99.3%, very major error and major error rates were 0.2% and 0.5%, respectively. For BD Phoenix100 system, the categorical agreement was 95%, with a very major error rate of 5%. Our results showed that colistin broth disc elution method worked well compared to the reference broth microdilution method. The BD Phoenix100 system, with a high very major error rate, does not reliably distinguish colistin-resistant and colistin-susceptible strains.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik
- 1. Biswas S, Brunel JM, Dubus JC, Reynaud-Gaubert M, Rolain JM. Colistin: an update on the antibiotic of the 21st century. Expert Rev Anti Infect Ther 2012;10(8):917-34.
- 2. Patel JB, Richter SS. Mechanisms of resistance to antibacterial agents, pp:1212-45. In: Jorgensen JH, Pfaller MA, Carroll KC, Funke G, Landry ML, Richter SS, Warnock DW (eds), Manual of Clinical Microbiology. 2015, 11th ed. ASM Press, Washington DC.
- 3. Simner PJ, Bergman Y, Trejo M, Roberts AA, Marayan R, Tekle T, et al. Two-site evaluation of the colistin broth disk elution test to determine colistin in vitro activity against gram-negative bacilli. J Clin Microbiol 2019;57(2) pii: e01163-18.
- 4. Sarı AN, Süzük S, Karatuna O, Öğünç D, Karakoç AE, Çizmeci Z, et al. Results of a multicenter study investigating plasmid mediated colistin resistance genes (mcr-1 and mcr-2) in clinical Enterobacteriaceae isolates from Turkey. Mikrobiyol Bul 2017;51(3):299-303.
- 5. Jerke KH, Lee MJ, Humphries RM. Polymyxin susceptibility testing: a cold case reopened. Clin Microbiol Newsl 2016;38(9):69-77.
- 6. European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST): 2016. Recommendations for MIC determination of colistin (polymyxin E) as recommended by the joint CLSI-EUCAST Polymyxin Breakpoints Working Group. http://www.eucast.org/fileadmin/src/media/PDFs/EUCAST_files/General_documents/ Recommendations_for_MIC_determination_of_colistin_March_2016.pdf
- 7. European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST): 2018. European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters, version 8.1. http://www.eucast.org/fileadmin/src/media/PDFs/EUCAST_files/Breakpoint_tables/v_8.1_Breakpoint_ Tables.pdf.
- 8. Karlowski JA, Richter SS. Antimicrobial susceptibility testing systems, pp: 1274-85. In: Jorgensen JH, Pfaller MA, Carroll KC, Funke G, Landry ML, Richter SS, Warnock DW (eds). Manual of Clinical Microbiology. 2015, 11th ed. ASM Press, Washington DC.
- 9. Jayol A, Nordmann P, Lehours P, Poirel L, Dubois V. Comparison of methods for detection of plasmidmediated and chromosomally encoded colistin resistance in Enterobacteriaceae. Clin Microbiol Infect 2018; 24(2):175-9.
- 10. Vourli S, Dafopoulou K, Vrioni G, Tsakris A, Pournaras S. Evaluation of two automated systems for colistin susceptibility testing of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii clinical isolates. J Antimicrob Chemother 2017;72(9):2528-30.
| APA | ÖZYURT KOYUNCU Ö, Ozhak B, Ogunc D, YILDIZ Y, OKUMUŞ ÇOLAK D, günseren f, ÖNGÜT G (2019). Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi. , 254 - 261. doi: 10.5578/mb.68066 |
| Chicago | ÖZYURT KOYUNCU Özlem,Ozhak Betil,Ogunc Dilara,YILDIZ Yunus Emre,OKUMUŞ ÇOLAK Dilek,günseren filiz,ÖNGÜT Gözde Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi. (2019): 254 - 261. doi: 10.5578/mb.68066 |
| MLA | ÖZYURT KOYUNCU Özlem,Ozhak Betil,Ogunc Dilara,YILDIZ Yunus Emre,OKUMUŞ ÇOLAK Dilek,günseren filiz,ÖNGÜT Gözde Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi. , 2019, ss.254 - 261. doi: 10.5578/mb.68066 |
| AMA | ÖZYURT KOYUNCU Ö,Ozhak B,Ogunc D,YILDIZ Y,OKUMUŞ ÇOLAK D,günseren f,ÖNGÜT G Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi. . 2019; 254 - 261. doi: 10.5578/mb.68066 |
| Vancouver | ÖZYURT KOYUNCU Ö,Ozhak B,Ogunc D,YILDIZ Y,OKUMUŞ ÇOLAK D,günseren f,ÖNGÜT G Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi. . 2019; 254 - 261. doi: 10.5578/mb.68066 |
| IEEE | ÖZYURT KOYUNCU Ö,Ozhak B,Ogunc D,YILDIZ Y,OKUMUŞ ÇOLAK D,günseren f,ÖNGÜT G "Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi." , ss.254 - 261, 2019. doi: 10.5578/mb.68066 |
| ISNAD | ÖZYURT KOYUNCU, Özlem vd. "Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi". (2019), 254-261. https://doi.org/doi: 10.5578/mb.68066 |
| APA | ÖZYURT KOYUNCU Ö, Ozhak B, Ogunc D, YILDIZ Y, OKUMUŞ ÇOLAK D, günseren f, ÖNGÜT G (2019). Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 53(3), 254 - 261. doi: 10.5578/mb.68066 |
| Chicago | ÖZYURT KOYUNCU Özlem,Ozhak Betil,Ogunc Dilara,YILDIZ Yunus Emre,OKUMUŞ ÇOLAK Dilek,günseren filiz,ÖNGÜT Gözde Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 53, no.3 (2019): 254 - 261. doi: 10.5578/mb.68066 |
| MLA | ÖZYURT KOYUNCU Özlem,Ozhak Betil,Ogunc Dilara,YILDIZ Yunus Emre,OKUMUŞ ÇOLAK Dilek,günseren filiz,ÖNGÜT Gözde Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.53, no.3, 2019, ss.254 - 261. doi: 10.5578/mb.68066 |
| AMA | ÖZYURT KOYUNCU Ö,Ozhak B,Ogunc D,YILDIZ Y,OKUMUŞ ÇOLAK D,günseren f,ÖNGÜT G Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2019; 53(3): 254 - 261. doi: 10.5578/mb.68066 |
| Vancouver | ÖZYURT KOYUNCU Ö,Ozhak B,Ogunc D,YILDIZ Y,OKUMUŞ ÇOLAK D,günseren f,ÖNGÜT G Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2019; 53(3): 254 - 261. doi: 10.5578/mb.68066 |
| IEEE | ÖZYURT KOYUNCU Ö,Ozhak B,Ogunc D,YILDIZ Y,OKUMUŞ ÇOLAK D,günseren f,ÖNGÜT G "Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 53, ss.254 - 261, 2019. doi: 10.5578/mb.68066 |
| ISNAD | ÖZYURT KOYUNCU, Özlem vd. "Kolistinin Gram-negatif Bakterilere İn Vitro Etkinliğinin Belirlenmesinde BD Phoenix100 Sistemi ve Kolistin Sıvı Disk Elüsyon Yöntemlerinin Değerlendirilmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 53/3 (2019), 254-261. https://doi.org/doi: 10.5578/mb.68066 |
