Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi

Karslı, Taki

Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi

Taki Karslı (Akdeniz Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Zootekni Bölümü)

Lalahan Hayvancılık Araştırma Enstitüsü Dergisi

1 0

Yıl: 2019 Cilt: 59 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 25 - 29 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 03-03-2021

Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi

Öz:

Asetil koenzim A dehidrogenaz (ACADVL) uzun zincirli yağ asitlerinin oksidasyonunda ve enerji salınımındaönemli rol oynayan bir proteindir. Sığırlarda 19. kromozom üzerinde bulunan ACADVL geni üzerindeki bir SNP’in(g.2885C>A; Pro236Thr) bazı büyüme özellikleri (göğüs genişliği, göğüs derinliği ve sağrı genişliği) ile ilişkili olduğubelirlenmiştir. Bu gen için AA genotipli bireyler AC ve CC genotiplilere göre daha üstün büyüme özelliklerine sahiptir.Bu çalışmada Türkiye’ de yetiştirilen Siyah Alaca (SA), Yerli Kara (YK), Boz (BI) ve Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK)sığır ırklarında ACADVL (g.2885C>A) geni üzerinde bulunan polimorfizmin ARMS-PCR yöntemiyle belirlenmesi hedeflenmiştir. Çalışmada SA (64 örnek), YK (54 örnek), BI (48 örnek) ve DAK (44 örnek) sığır ırklarına ait toplam 210örnek incelenmiştir. ARMS-PCR analizleri sonucunda ACADVL (g.2885C>A) geni için Siyah Alaca ırkı monomorfik(CC-307-152 bç) bulunurken BI, DAK ve YK sığır ırkları polimorfik (AC: 307-211-152 bç ve CC: 307-152 bç) bulunmuştur. AC genotipinin frekansı BI, DAK ve YK sığır ırklarında sırasıyla 0.063, 0.045, 0.093 olarak hesaplanırken, CCgenotipinin frekansı sırasıyla 0.937, 0.955 ve 0.907 olarak hesaplanmıştır. Yapılan bu çalışma ile SA, BI, DAK ve YKsığır ırklarında ACADVL genindeki polimorfizmler ilk defa gösterilmiştir. Çalışılan sığır ırklarında AA genotipi tespitedilememiştir.

Anahtar Kelime:

Determination of Polymorphism in Acyl-coenzyme A Dehydrongenase Gene (g.2885C>A) by ARMS-PCR Methods in Some Cattle Breeds Raised in Turkey

Öz:

Acetyl coenzyme A dehydrogenase (ACADVL) is a protein that plays an important role in oxidation of long chain fatty and releasing energy. SNP (g.2885C>A; Pro236Thr) on the ACADVL dehydrogenase gene located on chromosome 19 in cattle is associated with some growth traits (chest width, chest depth and hip width). Individuals with AA genotype have superior growth traits than individuals with AC and CC genotypes. In this study was aimed to determine polymorphism on ACADVL gene (g.2885C>A) in Holstein (SA), Anatolian Black (YK) Turkish Grey Steppe (BI), and East Anatolian Red (DAK) cattle breeds raised in Turkey by ARMS-PCR method. In this study was used totally 210 samples obtained from SA (64 samples), YK (54 samples), BI (48 samples) and DAK (44 samples) cattle breeds. As a result of ARMRS-PCR analyzes for ACADVL (g.2885C>A) gene SA breed was found to be monomorphic (CC-307- 152 bp) while BI, DAK and YK cattle breeds were found to be polymorphic (AC: 307-211-152 bp and CC: 307-152 bp). Frequency of AC genotype were calculated as 0.063, 0.045 and 0.093 while frequency of CC genotype were calculated as 0.937, 0.955 and 0.907 in BI, DAK and YK cattle breeds, respectively. The polymorphism was shown for the first time on ACADVL (2885C>A) gene in SA, YK, BI and DAK cattle breeds. AA genotype could not be detected in studied cattle breeds.

Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Elmacı C, Öner Y (2007): Et Sığırcılığında Moleküler Genetik Yaklaşımlar. Hayvansal Üretim, 48(2): 45-48.
2. Gen M, Ahmed HI (2018): Amplification Refractory Mutation System (ARMS). http://grcpk.com/wp-content/uploads/2014/10/7.-ARMS.pdf [Son Erişim Tarihi: 02.09.2018]
3. Ghanem ME, Akita M, Suzuki T, Kasuga A, Nishibori M (2008): Complex vertebral malformation in Holstein cows in Japan and its inheritance to crossbred F1 generation. Animal Reproduction Science, 103: 348-354.
4. Hartl DL, Clark AG (1989): Principles of Population Genetics. Second Edition. Sinauer Associates, Inc., Sunderland, Massachusetts, pp.37
5. Karslı T, Balcıoğlu MS, Demir E, Fidan HG, Aslan M, Aktan S, Kamanlı S, Karabag K, Sahin E (2017): Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü’nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi. Türk Tarım – Gıda Bilim ve Teknoloji Dergisi, 5(9): 1051-1056.
6. Medrano RFV, Oliveira CA (2014): Guidelines for the Tetra-Primer ARMS–PCR technique development. Molecular Biotechnology, 56: 599-608.
7. Miller S, Dykes D, Plesky HA (1988): Simple salting out procedure for extracting DNA from human cells. Nucleic Acids Research, 16: 1215
8. Nei M (1987): Molecular Evolutionary Genetics. Columbia University Press. New York
9. Redshaw C, Stewart C (2014): Anesthetic gents in patients with very long-chain acyl-coenzyme A dehydrogenase deficiency: a literature review. Paediatric Anaesthesia, 24: 1115-1119.
10. Rothchild MF, Plastow GS (2014): Applications of genomics to improve livestock in the developing world. Livestock Science, 166: 76-83.
11. Singh U, Deb R, Alyethodi RR, Alex R, Kumar S, Chakraborty S, Dhama K, Sharma A (2014): Molecular markers and their applications in cattle genetic research: A review. Biomarkers and Genomic Medicine, 6: 49-58.
12. Sun W, Chen H, Lei C, Lei X, Zhang Y (2007): Study on population genetic characteristics of Qinchuan cows using microsatellite markers. Journal of Genetics and Genomics, 34(1): 17-25.
13. Waldron S, Jimin W, Huijie Z, Xiaoxia D, Mingli W (2015): The Chinese Beef Cattle Industry. ss:1-31. Regional Workshop on Beef markets and trade in Southeast Asian and China, 30 Kasım-3 Aralık 2015, Ben Tre, Vietnam.
14. Wang C, Liu M, Li Q, Ju Z, Huang J, Li J, Wang H, Zhong J (2011) Three novel single-nucleotide polymorphisms of MBL1 gene in Chinese native cattle and their associations with milk performance traits. Veterinary Immunology and Immunopathology, 139: 229– 236.
15. Yeh FC, Yang RC, Boyle TBJ, Ye ZH, Mao JX. 1997. “POPGENE, The user-friendly shareware for population genetic analysis”. Molecular Biology and Biotechnology Centre, University of Alberta, Canada.
16. Zhang S, Dang Y, Qingfeng Z, Qiaomei Q, Lei C, Chen H, Lan X (2015): Tetra-primer amplification refractory mutation system PCR (T-ARMS-PCR) rapidly identified a critical missense mutation (P236T) of bovine ACADVL gene affecting growth traits. Gene, 559: 184-188.

APA	Karslı T (2019). Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi. , 25 - 29.
Chicago	Karslı Taki Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi. (2019): 25 - 29.
MLA	Karslı Taki Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi. , 2019, ss.25 - 29.
AMA	Karslı T Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi. . 2019; 25 - 29.
Vancouver	Karslı T Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi. . 2019; 25 - 29.
IEEE	Karslı T "Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi." , ss.25 - 29, 2019.
ISNAD	Karslı, Taki. "Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi". (2019), 25-29.

APA	Karslı T (2019). Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi. Lalahan Hayvancılık Araştırma Enstitüsü Dergisi, 59(1), 25 - 29.
Chicago	Karslı Taki Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi. Lalahan Hayvancılık Araştırma Enstitüsü Dergisi 59, no.1 (2019): 25 - 29.
MLA	Karslı Taki Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi. Lalahan Hayvancılık Araştırma Enstitüsü Dergisi, vol.59, no.1, 2019, ss.25 - 29.
AMA	Karslı T Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi. Lalahan Hayvancılık Araştırma Enstitüsü Dergisi. 2019; 59(1): 25 - 29.
Vancouver	Karslı T Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi. Lalahan Hayvancılık Araştırma Enstitüsü Dergisi. 2019; 59(1): 25 - 29.
IEEE	Karslı T "Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi." Lalahan Hayvancılık Araştırma Enstitüsü Dergisi, 59, ss.25 - 29, 2019.
ISNAD	Karslı, Taki. "Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi". Lalahan Hayvancılık Araştırma Enstitüsü Dergisi 59/1 (2019), 25-29.