TY  - JOUR
TI  - Transkriptomik Veri Yaklaşımı ile Kutanöz Leyşmanyazisteki Moleküler Sinyal Yolakların ve Regülatör Moleküllerin Tanımlanması
AB  - Leyşmanyazis, hücre içi bir parazit olan Leishmania türlerinin etken olduğu bir hastalıktır. Parazitintürlerine ve konakçı immün tepkisine bağlı olarak, hastalıkların üç temel klinik formu; kutanöz, mukokutanözve viseral leyşmanyazis olarak adlandırılmaktadır. Kutanöz leyşmanyazis kronik bir hastalık olup ülserleşmişlezyonların varlığı ile karakterizedir. Hastalık sırasında oluşan cilt patolojisi, kısmen enfekte edenLeishmania türleriyle, aynı zamanda çeşitli klinik sonuçlara neden olan enflamatuvar ve anti-enflamatuvarkonak immün yanıt faktörlerinin kombinasyonu ile belirlenmektedir. Bu çalışmada, Leishmania major veLeishmania braziliensis’e karşı doğal dirençli ve duyarlı olan farelerde hastalığın patogenezi ile bağışıklıkyanıtında rolü olan ve konak-parazit etkileşimlerini belirleyen genleri, moleküler sinyal mekanizmalarınıve moleküllerin biyolojik fonksiyonlarını belirlemek amaçlanmıştır. Bunun için, L.major/L.braziliensis ileenfekte ve sağlıklı farelerden elde edilmiş yirmi dört doku örneğinin ekspresyon profilini içeren GSE56029kodlu transkriptomik veri seti “Gene Expression Omnibus” (GEO) veri tabanından elde edilmiştir. Dahasonra, R betiğinde limma paketi ile diferansiyel olarak eksprese edilmiş genler tanımlanmıştır. AnalizlerdeFDR q< 0.05 ve mutlak log2FC> 2 eşik değer olarak kabul edilmiştir. Ardından diferansiyel olarak ekspreseedilmiş genler için fonksiyonel ve yolak zenginleştirme analizleri “Ingenuity Pathway Analysis” (IPA) ilegerçekleştirilmiştir. Anlamlı derecede farklı seviyede eksprese edilen genlerin her biri için p< 0.01, FDR qdeğeri< 0.01 ve mutlak log2FC> 1 kullanılarak IPA 8.0 yazılım programı ile analiz edilmiştir. Bu analizlerile en yüksek oranda zenginleştirilmiş yolakların enflamasyon, dendritik hücre olgunlaşması ve TREM-1“Triggering Receptor Expressed on Myeloid Cells 1” (TREM-1) sinyal mekanizmaları olduğu ve bağışıklık sisteminin düzenlenmesiyle ilgili diferansiyel olarak eksprese edilmiş genlerin kutanöz leyşmanyazis seyriile yakından ilişkili olduğu belirlenmiştir. Akım-yukarı regülatör analizi ile dokularda biyolojik aktivitelereneden olan gen ekspresyon değişikliklerini açıklayan regülatörün TNF-α, IFNy, IL-1 β, IL-10RA ve “SignalTransducer and Activator of Transcription-1” (STAT-1) olduğu öngörülmüştür. Çalışmada ayrıca, antileishmanialetkiye sahip olabilecek kimyasal bileşikler de tanımlanmıştır. Bu çalışma ile direnç/duyarlılıkfenotipini belirleyen parazit türlerine ve konağa ait mekanizmalar aydınlatılmaya çalışılmıştır. L.major veL.braziliensis ile enfekte olan BALB/c ve C57BL/6 farelerinde farklılık gösteren gen ekspresyon paternleri,sitokin/kemokinler ve sinyal yolaklarının değerlendirilmesi, enfeksiyonun altında yatan potansiyel mekanizmalarıgenetik açıdan daha iyi anlamamızı sağlayacaktır. Bu sonuçların kutanöz leyşmanyazisin tanıve prognoz tahmini için potansiyel biyobelirteçlerin geliştirilmesi ve yeni tedavi hedefleri hakkında bilgisağlaması açısından gelecek çalışmalar için yol gösterici nitelikte olabileceği düşünülmektedir.
AU  - ulusan, özlem
AU  - Caner, Ayse
DO  - 10.5578/mb.20092
PY  - 2021
JO  - Mikrobiyoloji Bülteni
VL  - 55
IS  - 1
SN  - 0374-9096
SP  - 67
EP  - 80
DB  - TRDizin
UR  - http://search/yayin/detay/449813
ER  -