Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi

Neslihan DUZKALE, (Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Ankara Dışkapı Yıldırım Beyazıt Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Genetik, Ankara, Türkiye)
Özlem ÖZ (Harran Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı, Şanlıurfa, Türkiye)
Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi
3 0
Yıl: 2020 Cilt: 17 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 454 - 459 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.35440/hutfd.826687 İndeks Tarihi: 11-10-2021

Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi

Öz:
Amaç: Ailevi Akdeniz ateşi (FMF) Akdeniz ülkelerinde sık görülen, otoinflamatuar multisistemik bir hastalıktır.MEFV geni, bu hastalıktan sorumlu tutulmuştur. Bu çalışmada FMF ön tanısı olan hastaların MEFV geninin yeninesil dizileme (NGS) kullanılarak araştırılması amaçlanmıştır.Materyal ve metod: Bu retrospektif çalışma 01.06.2018 – 01.07.2020 tarihleri arasında, Ankara Dışkapı YıldırımBeyazıt Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Genetik Bölümü’nde gerçekleşti. Çalışmada, FMF ön tanılı 220hastanın NGS ile araştırılmış olan MEFV genine ait bulguları değerlendirilmiştir.Bulgular: Çalışmadaki 220 hastanın (142 kadın, 78 erkek) yaş ortalaması 35,6±11,4 idi. Hastaların 131’nde(%59) MEFV geninde varyant tespit edildi. Allel sayıları ve frekansları değerlendirildiğinde en sık tespit edilenvaryantlar sırasıyla M694V, V726A, M680I ve E148Q olarak belirlendi. Hastalarda ayrıca nadir görülen varyantlarda tespit edildi. Tüm varyantların 152’si heterozigot, 20’si homozigot, 36’sı bileşik heterozigot ve 3’ü kompleksgenotip durumundaydı.Sonuç: Bu çalışmada elde edilen bulgular, Türkiye’den FMF hasta gruplarında daha önce bildirilen veriler ileuyumludur. Gerçekleştirilen NGS analizi, FMF hastalarında sık gözlenen MEFV gen varyantlarının yanında,nadir varyantların saptanmasını da mümkün kılmıştır. Bu çalışma, Türkiye MEFV gen spektrumu verilerine katkısağlayacaktır.
Anahtar Kelime:

Analysis of the MEFV Gene by NGS in Patients with Familial Mediterranean Fever: A Single Center Experience

Öz:
Background: Familial Mediterranean fever (FMF) is an autoinflammatory multisystemic disease common seen in Mediterranean countries. The MEFV gene has been implicated in the disease. In this study, it was aimed to investigate the MEFV gene of patients with a pre-diagnosis of FMF by using NGS method. Materials and Methods: This retrospective study was held between 01.06.2018 - 01.07.2020 in Ankara Dışkapı Yıldırım Beyazıt Training and Research Hospital, Department of Medical Genetics. In this study, the findings of the MEFV gene of 220 patients with a pre-diagnosis of FMF, which were investigated by Next Generation Sequencing method, were evaluated. Results: The mean age of 220 patients (142 women, 78 men) in the study was 35.6 ± 11.4 years. Variant was detected in the MEFV gene in 131 (59%) of the patients. When allele numbers and frequencies were evaluated, the most frequently detected variants were M694V, V726A, M680I and E148Q, respectively. Of these variants, 152 were heterozygous, 20 were homozygous, 36 were compound heterozygous, and 3 were complex genotypes. Conclusion: The findings obtained in this study are consistent with data reported previously in patients with FMF group from Turkey. The performed NGS analysis made it possible to detect rare variants as well as the MEFV gene variants frequently observed in FMF patients. This work will contribute to the FMF gene Turkey spectral data.
Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
  • 1. Ozen S, Karaaslan Y, Ozdemir O, Saatci U, Bakkaloglu A, Koroglu E, et al. Prevalence of juvenile chronic arthritis and familial Mediterranean fever in Turkey: a field study. J Rheumatol. 1998;25(12):2445-9.
  • 2. Tunca M, Akar S, Onen F, Ozdogan H, Kasapcopur O, Yalcinkaya F, et al. Familial Mediterranean fever (FMF) in Turkey: results of a nationwide multicenter study. Medicine (Baltimore). 2005;84(1):1-11.
  • 3. Twig G, Livneh A, Vivante A, Afek A, Shamiss A, Derazne E, et al. Mortality risk factors associated with familial Mediterranean fever among a cohort of 1.25 million adolescents. Ann Rheum Dis. 2014;73(4):704-9.
  • 4. Kasifoglu T, Bilge SY, Sari I, Solmaz D, Senel S, Emmungil H, et al. Amyloidosis and its related factors in Turkish patients with familial Mediterranean fever: a multicentre study. Rheumatology. 2014;53(4):741- 5.
  • 5. Booty MG, Chae JJ, Masters SL, Remmers EF, Barham B, Le JM, et al. Familial Mediterranean fever with a single MEFV mutation: where is the second hit? Arthritis Rheum. 2009;60(6):1851-61.
  • 6. Marek‐Yagel D, Berkun Y, Padeh S, Abu A, Reznik‐Wolf H, Livneh A, et al. Clinical disease among patients heterozygous for familial Mediterranean fever. Arthritis Rheum. 2009;60(6):1862-6.
  • 7. Masters SL, Lagou V, Jéru I, Baker PJ, Van Eyck L, Parry DA, et al. Familial autoinflammation with neutrophilic dermatosis reveals a regulatory mechanism of pyrin activation. Sci Transl Med. 2016;8(332):332ra45-ra45.
  • 8. Mankan A, Kubarenko A, Hornung V. Immunology in clinic review series; focus on autoinflammatory diseases: inflammasomes: mechanisms of activation. Clin Exp Immunol. 2012;167(3):369-81.
  • 9. Berkun Y, Padeh S, Reichman B, Zaks N, Rabinovich E, Lidar M, et al., editors. A single testing of serum amyloid a levels as a tool for diagnosis and treatment dilemmas in familial Mediterranean fever. Semin Arthritis Rheum. 2007;37(3):182-8.
  • 10. Goulielmos G, Fragouli E, Aksentijevich I, Sidiropoulos P, Boumpas D, Eliopoulos E. Mutational analysis of the PRYSPRY domain of pyrin and implications for familial mediterranean fever (FMF). Biochem Biophys Res Commun. 2006;345(4):1326-32.
  • 11. Ben‐Chetrit E, Touitou I. Familial Mediterranean fever in the world. Arthritis Rheum. 2009;61(10):1447-53.
  • 12. Giancane G, Ter Haar NM, Wulffraat N, Vastert SJ, Barron K, Hentgen V, et al. Evidence-based recommendations for genetic diagnosis of familial Mediterranean fever. Ann Rheum Dis. 2015;74(4):635-41.
  • 13. Richards S, Aziz N, Bale S, Bick D, Das S, Gastier-Foster J, et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015;17(5):405-23.
  • 14. Kocakap DBS, Günel-Özcan A, Cabuk F, Ensari C. The frequency of Familial Mediterranean fever gene mutations and genotypes at Kirikkale and comparison with the mean of regional MEFV mutation frequency of Turkey. Mol Biol Rep. 2014;41(3):1419-26.
  • 15. Rowczenio DM, Iancu DS, Trojer H, Gilbertson JA, Gillmore JD, Wechalekar AD, et al. Autosomal dominant familial Mediterranean fever in Northern European Caucasians associated with deletion of p. M694 residue—a case series and genetic exploration. Rheumatology. 2017;56(2):209-13.
  • 16. Bonyadi M, Esmaeili M, Jalali H, Somi M, Ghaffari A, Rafeey M, et al. MEFV mutations in Iranian Azeri Turkish patients with familial Mediterranean fever. Clin Genet. 2009;76(5):477-80.
  • 17. Stoffels M, Szperl A, Simon A, Netea MG, Plantinga TS, van Deuren M, et al. MEFV mutations affecting pyrin amino acid 577 cause autosomal dominant autoinflammatory disease. Ann Rheum Dis. 2014;73(2):455-61.
  • 18. Hentgen V, Grateau G, Stankovic‐Stojanovic K, Amselem S, Jéru I. Familial Mediterranean fever in heterozygotes: are we able to accurately diagnose the disease in very young children? Arthritis & Rheumatism. 2013;65(6):1654-62.
  • 19. Lachmann H, Şengül B, Yavuzşen T, Booth D, Booth S, Bybee A, et al. Clinical and subclinical inflammation in patients with familial Mediterranean fever and in heterozygous carriers of MEFV mutations. Rheumatology. 2006;45(6):746-50.
  • 20. Kalyoncu M, Acar BC, Cakar N, Bakkaloglu A, Ozturk S, Dereli E, et al. Are carriers for MEFV mutations" healthy"? Clin Exp rheumatol. 2006;24(5 Suppl 42):S120-2.
  • 21. Federici S, Calcagno G, Finetti M, Gallizzi R, Meini A, Vitale A, et al. Clinical impact of MEFV mutations in children with periodic fever in a prevalent western European Caucasian population. Ann Rheum Dis. 2012;71(12):1961-5.
  • 22. Ozturk C, Halıcıoglu O, Coker I, Gulez N, Sutçuoglu S, Karaca N, et al. Association of clinical and genetical features in FMF with focus on MEFV strip assay sensitivity in 452 children from western Anatolia, Turkey. Clin Rheumatol. 2012;31(3):493-501.
  • 23. Marek-Yagel D, Bar-Joseph I, Pras E, Berkun Y. Is E148Q a benign polymorphism or a disease-causing mutation? J Rheumatol. 2009;36(10):2372-.
  • 24. Shinar Y, Obici L, Aksentijevich I, Bennetts B, Austrup F, Ceccherini I, et al. Guidelines for the genetic diagnosis of hereditary recurrent fevers. Ann Rheum Dis. 2012;71(10):1599-605.
  • 25. Ben‐Chetrit E, Lerer I, Malamud E, Domingo C, Abeliovich D. The E148Q mutation in the MEFV gene: is it a disease‐causing mutation or a sequence variant? Hum Mutat. 2000;15(4):385-6.
  • 26. Touitou I, Lesage S, McDermott M, Cuisset L, Hoffman H, Dode C, et al. Infevers: an evolving mutation database for auto‐inflammatory syndromes. Hum Mutat. 2004;24(3):194-8.
  • 27. Gershoni-Baruch R, Brik R, Shinawi M, Livneh A. The differential contribution of MEFV mutant alleles to the clinical profile of familial Mediterranean fever. Eur J Hum Genet. 2002;10(2):145-9.
  • 28. Majeed HA, El-Khateeb M, El-Shanti H, Rabaiha ZA, Tayeh M, Najib D, editors. The spectrum of familial Mediterranean fever gene mutations in Arabs: report of a large series. Semin Arthritis Rheum. 2005;34(6):813-8.
  • 29. Karacan İ, Balamir A, Uğurlu S, Aydın AK, Everest E, Zor S, et al. Diagnostic utility of a targeted next-generation sequencing gene panel in the clinical suspicion of systemic autoinflammatory diseases: a multicenter study. Rheumatol Int. 2019;39(5):911-9.
  • 30. Bozgeyik E, Mercan R, Arslan A, Tozkir H. Next-generation screening of a panel of genes associated with periodic fever syndromes in patients with familial Mediterranean Fever and their clinical characteristics. Genomics. 2020.
  • 31. Gumus E. The frequency of MEFV gene mutations and genotypes in Sanliurfa province, South-Eastern region of Turkey, after the Syrian Civil War by using next generation sequencing and report of a Novel Exon 4 Mutation (I423T). J Clin Med. 2018;7(5):105.
APA Duzkale N, oz o (2020). Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi. , 454 - 459. 10.35440/hutfd.826687
Chicago Duzkale Neslihan,oz ozlem Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi. (2020): 454 - 459. 10.35440/hutfd.826687
MLA Duzkale Neslihan,oz ozlem Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi. , 2020, ss.454 - 459. 10.35440/hutfd.826687
AMA Duzkale N,oz o Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi. . 2020; 454 - 459. 10.35440/hutfd.826687
Vancouver Duzkale N,oz o Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi. . 2020; 454 - 459. 10.35440/hutfd.826687
IEEE Duzkale N,oz o "Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi." , ss.454 - 459, 2020. 10.35440/hutfd.826687
ISNAD Duzkale, Neslihan - oz, ozlem. "Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi". (2020), 454-459. https://doi.org/10.35440/hutfd.826687
APA Duzkale N, oz o (2020). Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi. Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi, 17(3), 454 - 459. 10.35440/hutfd.826687
Chicago Duzkale Neslihan,oz ozlem Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi. Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi 17, no.3 (2020): 454 - 459. 10.35440/hutfd.826687
MLA Duzkale Neslihan,oz ozlem Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi. Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi, vol.17, no.3, 2020, ss.454 - 459. 10.35440/hutfd.826687
AMA Duzkale N,oz o Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi. Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi. 2020; 17(3): 454 - 459. 10.35440/hutfd.826687
Vancouver Duzkale N,oz o Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi. Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi. 2020; 17(3): 454 - 459. 10.35440/hutfd.826687
IEEE Duzkale N,oz o "Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi." Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi, 17, ss.454 - 459, 2020. 10.35440/hutfd.826687
ISNAD Duzkale, Neslihan - oz, ozlem. "Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geninin NGS ile Analizi: Tek Merkez Deneyimi". Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi 17/3 (2020), 454-459. https://doi.org/10.35440/hutfd.826687
Sayfa Oluşturulma Tarihi
02-05-2024 5:25

İLETİŞİM

TÜBİTAK ULAKBİM TR Dizin

Yüzüncüyıl, İşçi Blokları Mahallesi

Muhsin Yazıcıoğlu Caddesi No:51/C

06530 Çankaya / ANKARA +90 (312) 298 92 00

trdizin@tubitak.gov.tr

TÜBİTAK ULAKBİM Ulusal Akademik Ağ ve Bilgi Merkezi Cahit Arf Bilgi Merkezi © Tüm Hakları Saklıdır. Gizlilik Politikası Kullanım Şartları