Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması

Yıl: 2021 Cilt: 46 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 1548 - 1557 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.17826/cumj.1003633 İndeks Tarihi: 29-07-2022

Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması

Öz:
Amaç: Tanı testleri, hasta ve sağlıklı bireylerin oluşturduğu heterojen bir kitlede bireyin gerçek durumunu ortaya çıkarmak amacıyla kullanılır. Bu çalışmada, altın standart test yokluğunda, Bayesci yaklaşım ile ilgilenilen tanı testine ait doğruluk ölçütlerini elde etmek ve diğer yöntemlerle karşılaştırması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Helicobacter Pylori tanısında; HpSA, Kültür, CLO, Histoloji ve PCR gibi farklı testler kullanılmaktadır. Bu çalışmada, Bayesci yaklaşımla parametre tahminlerinin elde edilmesinde önsel bilgileri (prevalans, duyarlılık vs.) içeren modeller oluşturulmuştur. Çalışmada bu tanı testlerinin doğruluklarının saptanmasında ortaya çıkabilen kesin olmayan altın standart yanlılığının düzeltilmesi amacıyla Bayesci yöntemler kullanılmıştır. Bu amaçla H. Pylori ile ilgili bir uzmanlık tezine ait veriler WinBUGS ve R paket programları yardımıyla analiz edilmiştir. Bulgular: Bayesci çıkarsama yapıldığında hastalık ile ilgili prevalans bilgisi ve önsel bilgi dikkate alındığından tanı testine ait pozitif ve negatif kestirim değerlerine ait sonuçların daha güvenilir olduğu saptanmıştır. Kestirim değerlerine benzer şekilde duyarlılık ve seçicilik değerleri içinde güvenilir sonuçlar elde edilmiştir. Bayesci yaklaşım ile elde edilen güvenilir aralık önsel bilgi kullanıldığında daralmıştır. Sonuç: Altın standardın olmadığı durumlarda prevalans gibi önsel bilgileri kullanan Bayesci yaklaşımlar klinisyenler için tanıda kolaylık sağlayacaktır.
Anahtar Kelime: Bayes yaklaşımı altın standart test önsel bilgi tanı testleri Helicobacter Pylori

Bayesian estimation of diagnostic accuracy measures when there is no gold standard: a Helicobacter Pylori data application

Öz:
Purpose: Diagnostic tests are used for defining the disease status of person in a heterogeneous population which consists of healthy and diseased people. In this study, it was aimed to obtain the accuracy measures of the diagnostic test with the Bayesian approach when there was no gold standard test, and to compare it with other methods. Materials and Methods: In the diagnosis of Helicobacter Pylori, different tests are used such as HpSA, Culture, CLO, Histology and PCR. In this study, models containing a priori information (prevalence, sensitivity, etc.) were created to obtain parameter estimations with the Bayesian approach. Bayesian methods were used to correct the imperfect gold standard bias that may occur in determining the accuracy of these diagnostic tests. For this purpose, the data of a medical thesis on H. Pylori were analyzed with the help of WinBUGS and R package programs. Results: When Bayesian inference is made, the results of the positive and negative predictive values of the diagnostic test were found to be more reliable, since the prevalence and a priori information about the disease were taken into account. Similar to the predictive values, reliable results were obtained for sensitivity and specificity values. The credible interval obtained by using Bayesian approach is narrowed when a prior information is used. Conclusion: In the absence of a gold standard, Bayesian approaches using a prior information such as prevalence and diagnostic test information could facilitate diagnosis for clinicians.
Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
  • 1. Reid MC, Lachs MS, Feinstein AR. Use of methodological standards in diagnostic test research: getting better but still not good. JAMA. 1995;274:645- 51.
  • 2. Genç Y. Tanı testi çalışmalarında metodolojik standartların kullanılması. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mecmuası. 2003;56:259-64.
  • 3. Hadgu A. The discrepancy in discrepant analysis. Lancet. 1996;348:592-3.
  • 4. Zhou XH, Obuchowski NA, McClish DK. Statistical Methods in Diagnostic Medicine. New York, Wiley, 2002.
  • 5. Joseph L, Gyorkos T W, Coupal L. Bayesian estimation of disease prevalence and the parameters of diagnostic tests in the absence of a gold standard. Am J Epidemiol. 1995;141:263-72.
  • 6. Dendukuri N, Rahme E, Bélisle P, Joseph L. Bayesian sample size determination for prevalence and diagnostic test studies in the absence of a gold standard test. Biometrics. 2004;60:388-97.
  • 7. Dendukuri N, Joseph L. Bayesian approaches to modeling the conditional dependence between multiple diagnostic tests. Biometrics. 2001;158-67.
  • 8. Dendukuri N, Rahme E, Bélisle P, Joseph L. Bayesian sample size determination for prevalence and diagnostic test studies in the absence of a gold standard test. Biometrics. 2004;60:388-97.
  • 9. Joseph L, Gyorkos, TW. inferences for likelihood ratios in the absence of a" gold standard". Med Decis Making. 1996;16:412-17.
  • 10. Lesaffre E, Lawson AB. Bayesian Biostatistics. New York, Wiley, 2012
  • 11. Broemeling LD. Bayesian biostatistics and diagnostic medicine. CRC Press. 2007.
  • 12. Bayes T. An essay towards solving a problem in the doctrine of chances. By the late Rev. Mr. Bayes, FRS communicated by Mr. Price, in a letter to John Canton, AMFR S. Philos Trans R Soc Lond. 1763;53:370-418.
  • 13. Ashby D. Bayesian statistics in medicine: a 25 year review. Stat Med. 2006;25:3589-631.
  • 14. Clayton D, Kaldor J. Empirical Bayes estimates of age-standardized relative risks for use in disease mapping. Biometrics. 1987;43:671-81.
  • 15. Broemeling LD. Bayesian Methods for Measures of Agreement. CRC Press. 2009.
  • 16. Koçak F. Helicobacter pylori infeksiyonunda yeni bir tanı yöntemi olan stool antijen testinin değerlendirilmesi (Tıpta Uzmanlık Tezi). Adana, Çukurova Üniversitesi, 2002.
  • 17. WinBUGS, MRC Biostatistics Unit Cambridge Biomedical Campus. Cambridge Institute of Public Health.
  • 18. IBM SPSS Statistics for Windows, Version 20.0. Armonk, NY:IBM Corp. IBM Corp. Released. 2011.
  • 19. R Core Team (2020). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL: https://www.Rproject.org/.
  • 20. Hunt RH, Xiao SD, Megraud F, Bazzoli F, Hamid S, Vakil N, Malfer-theiner P et al. Helicobacter pyloriin developing countries. WGO Practice Guideline 2006.
  • 21. Ünal İ. Tanı testlerinin değerlendirilmesinde kullanılan standartlar ve analitik yöntemler. Doktora Tezi. Adana, Çukurova Üniversitesi, 2010
  • 22. Burgut R, Bozdemir N, Erdoğan F, Sertdemir Y, Unal I. Approaches to determining the value of a new test or tests in Diagnostic medicine when there is no gold standard. Invited presentation on the 4rt conference of the EMR of the International Biometric Society, Eilat, Israel, January 23-25, 2007.
  • 23. Burgut R, Biostatistical approaches to determining the value of a new test or tests in diagnostic medicine: an example of Helicobacter Pylori Infection. WCMCQ, Qatar October 10, 2007.
  • 24. Goetghebeur E, Liinev J, Boelaert M, Van der Stuyft P. Diagnostic test analyses in search of their gold standard: latent class analyses with random effects. Stat Methods Med Res. 2000;9:231-48.
  • 25. Shapiro DE. The interpretation of diagnostic tests. Stat Methods Med Res. 1999;82:113-34.
  • 26. Dorny P, Phiri IK, Vercruysse J, Gabriel S, Willingham AL 3rd, Brandt J, Victor B et al. A Bayesian approach for estimating values for prevalence and diagnostic test characteristics of porcine cysticercosis. Int J Parasitol. 2004;34:569-76.
  • 27. Gilks WR, Clayton DG, Spiegelhalter DJ, Best NG, McNeilet AJ et. al. Modelling complexity: applications of Gibbs sampling in medicine. J R Stat Soc Series B Stat Methodol. 1993;55:39-52.
  • 28. Joseph L, Gyorkos TW, Coupal L. Bayesian estimation of disease prevalence and the parameters of diagnostic tests in the absence of a gold standard. Am J Epidemiol. 1995;141:263-72.
  • 29. Altman DG, Bland JM. Statistics Notes: Diagnostic tests 2: predictive values. BMJ. 1994;309:102.
  • 30. Dendukuri N, Bélisle P, Joseph L. Bayesian sample size for diagnostic test studies in the absence of a gold standard: Comparing identifiable with non‐ identifiable models. Stat Med. 2010;29:2688-97.
APA ARSLAN Y (2021). Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması. , 1548 - 1557. 10.17826/cumj.1003633
Chicago ARSLAN YUSUF KEMAL Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması. (2021): 1548 - 1557. 10.17826/cumj.1003633
MLA ARSLAN YUSUF KEMAL Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması. , 2021, ss.1548 - 1557. 10.17826/cumj.1003633
AMA ARSLAN Y Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması. . 2021; 1548 - 1557. 10.17826/cumj.1003633
Vancouver ARSLAN Y Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması. . 2021; 1548 - 1557. 10.17826/cumj.1003633
IEEE ARSLAN Y "Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması." , ss.1548 - 1557, 2021. 10.17826/cumj.1003633
ISNAD ARSLAN, YUSUF KEMAL. "Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması". (2021), 1548-1557. https://doi.org/10.17826/cumj.1003633
APA ARSLAN Y (2021). Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması. Cukurova Medical Journal, 46(4), 1548 - 1557. 10.17826/cumj.1003633
Chicago ARSLAN YUSUF KEMAL Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması. Cukurova Medical Journal 46, no.4 (2021): 1548 - 1557. 10.17826/cumj.1003633
MLA ARSLAN YUSUF KEMAL Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması. Cukurova Medical Journal, vol.46, no.4, 2021, ss.1548 - 1557. 10.17826/cumj.1003633
AMA ARSLAN Y Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması. Cukurova Medical Journal. 2021; 46(4): 1548 - 1557. 10.17826/cumj.1003633
Vancouver ARSLAN Y Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması. Cukurova Medical Journal. 2021; 46(4): 1548 - 1557. 10.17826/cumj.1003633
IEEE ARSLAN Y "Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması." Cukurova Medical Journal, 46, ss.1548 - 1557, 2021. 10.17826/cumj.1003633
ISNAD ARSLAN, YUSUF KEMAL. "Altın standart test yokluğunda tanısal doğruluk ölçütlerinin Bayesci yaklaşım ile tahmini: Helicobacter Pylori verisi uygulaması". Cukurova Medical Journal 46/4 (2021), 1548-1557. https://doi.org/10.17826/cumj.1003633